• 제목/요약/키워드: Gene chip

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Exploiting cDNA Microarray-Based Approach Combined with RT-PCR Analysis to Monitor the Radiation Effect: Antioxidant Gene Response of ex vivo Irradiated Human Peripheral Blood Lymphocyte

  • Sung, Myung-Hui;Jun, Hyun-Jung;Hwang, Seung-Yong;Hwang, Jae-Hoon;Park, Jong-Hoon;Han, Mi-Young;Lee, U-Youn;Park, Eun-Mi;Park, Young-Mee
    • 한국환경성돌연변이발암원학회지
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    • 제22권3호
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    • pp.142-148
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    • 2002
  • Although ionizing radiation (IR) has been used to treat the various human cancers, IR is cytotoxic not only to cancer cells but to the adjacent normal tissue. Since normal tissue complications are the limiting factor of cancer radiotherapy, one of the major concerns of IR therapy is to maximize the cancer cell killing and to minimize the toxic side effects on the adjacent normal tissue. As an attempt to develop a method to monitor the degree of radiation exposure to normal tissues during radiotherapy, we investigated the transcriptional responses of human peripheral blood lymphocytes (PBL) following IR using cDNA microarray chip containing 1,221 (1.2 K) known genes. Since conventional radiotherapy is delivered at about 24 h intervals at 180 to 300 cGy/day, we analyzed the transcriptional responses ex-vivo irradiated human PBL at 200 cGy for 24 h-period. We observed and report on 1) a group of genes transiently induced early after IR at 2 h, 2) of genes induced after IR at 6 h, 3) of genes induced after IR at 24 h and on 4) a group of genes whose expression patters were not changed after IR. Since Biological consequences of IR involve generation of various reactive oxygen species (ROS) and thus oxidative stress induced by the ROS is known to damage normal tissues during radiotherapy, we further tested the temporal expression profiles of genes involved in ROS modulation by RT-PCR. Specific changes of 6 antioxidant genes were identified in irradiated PBL among 9 genes tested. Our results suggest the potential of monitoring post-radiotherapy changes in temporal expression profiles of a specific set of genes as a measure of radiation effects on normal tissues. This type of approach should yield more useful information when validated in in vivo irradiated PBL from the cancer patients.

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마이크로칩젤 전기영동에서 충진젤 혼합물을 이용한 ORF 바이러스의 진단 (Diagnosis of the ORF Virus Using a Mixture of Sieving Gel Matrixes in Microchip Gel Electrophoresis)

  • 김윤정;채준석;강성호
    • 대한화학회지
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    • 제48권5호
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    • pp.483-490
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    • 2004
  • 시판 중인 poly(vinylpyrrolidone) (PVP)와 hydroxy ethyl cellulose (HEC) 혼합물을 충진젤 기질로 이용하여 한국 재래산양에 감염된 orf virus (ORFV)를 빠른 시간에 검출하여 진단할 수 있는 새로운 효소중합연쇄반응 (polymerase chain reaction, PCR)-마이크칩젤 전기영동법 (microchip gel electrophoresis, MGE)을 개발하였다. Orf 바이러스 B2L 유전자에서 지표-DNA인 594-bp DNA를 PCR로 증폭시킨 뒤, MGE법을 이용하여 증폭된 DNA를 분석하였다. MGE법은 64 mm 총길이(유효길이 36 mm) ${\times}$90 ${\mu}$m 폭 ${\times}$20 ${\mu}$m 깊이의 유리로 제작된 마이크로칩을 사용하였다. 1.0% PVP ($M_r$ 360,000)와 1.0% HEC ($M_r$ 250,000)의 혼합 충진젤과 277.8 V/cm의 전기장에서 4분 안에 증폭된 594-bp DNA를 분석하였다. PVP와 HEC의 혼합된 충진젤을 사용시 DNA 단편의 길이에 영향이 없이 하나의 DNA 피크를 나타내며 향상된 분리도와 이동시간의 재현성을 보여주었다. 본 PCR-MGE법은 고전적인 슬랩젤 전기영동법에 비해 약 20배 이상의 빠른 검출시간과 정량분석이 가능한 효과적인 ORFV 유전자단편 검출법이었다.

Dysregulation of MicroRNA-196b-5p and MicroRNA-375 in Gastric Cancer

  • Lee, Seung Woo;Park, Ki Cheol;Kim, Jeong Goo;Moon, Sung Jin;Kang, Sang Bum;Lee, Dong Soo;Sul, Hae Joung;Ji, Jeong Seon;Jeong, Hyun Yong
    • Journal of Gastric Cancer
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    • 제16권4호
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    • pp.221-229
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    • 2016
  • Purpose: Dysregulated microRNAs (miRNAs) can contribute to cancer development by leading to abnormal proliferation of cells, apoptosis, and differentiation. Although several miRNAs that are related to gastric cancer have been identified, the reported results have been inconsistent. The aim of this study was to determine miRNA expression profiles and validate miRNAs up- and down-regulated in gastric cancer. Materials and Methods: We evaluated 34 primary gastric cancer tissues and paired adjacent nontumorous gastric tissues. Total RNA was extracted, and low-molecular-weight RNAs (<200 nucleotides) were isolated for further analysis. Two pairs of tissues were processed for GeneChip microarray analysis, and the identified up- and down-regulated miRNAs were validated by real-time quantitative polymerase chain reaction (qPCR). Results: In the set of differentially expressed miRNAs, 5 were overexpressed by more than 2 fold, and 5 were reduced by 2 fold or less in gastric cancer tissues compared with normal gastric tissues. Four of these miRNAs (miR-196b-5p, miR-375, miR-483-5p, and miR-486-5p) were then validated by qPCR, and the relative expression levels of 2 miRNAs (miR-196b-5p and miR-375) were significantly different between cancer and normal tissues. Conclusions: Our results revealed that the expression of miR-196b-5p and miR-375 significantly correlates with gastric cancer. These miRNAs could therefore serve as diagnostic biomarkers of gastric cancer.

LPS로 유발된 대식세포의 염증반응에 대한 청상보하탕(淸上補下湯)의 효과 (Effect of Chungsangboha-tang on LPS induced Anti-inflammatory in THP-1 cells)

  • 이경희;김홍렬;정희재;이형구
    • 대한한방내과학회지
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    • 제29권1호
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    • pp.12-24
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    • 2008
  • Background and Objective : Chungsangboha-tang (CSBHT) has analgesic, sedative, anti-convulsive and anti-histamine effects, so it alleviates the symptoms of asthma. For the comparison of anti-inflammatory effect(s) on CSBHT, PD098059 was used as a negative control. Materials and Methods : This study emphasized THP-1 cells, which had been well characterized as a human monocytic leukemic cell line. The cells resemble monocytes with respect to several criteria and can be differentiated into macrophage-like cells by treatment with PMA. By using the MTS assay, it was possible to prove the safety of CSBHT. Results : Results shows that the CSBHT did not affected cell survival within $10^{1}$ ng/ml to $10^{5}$ ng/ml. Especially, $10^{5}$ ng/ml CSBHT treated cells show 70% deduction of $TNF-{\alpha}$ gene expression against that of LPS treated group. Furthermore, $IL-1{\beta}$, IL-6, IL-8, IL-10 and $TNF-{\alpha}$ levels are down-regulated when treated with CSBHT with concentrations up to 100 ug/ml on monocyte-derived macrophages. Interestingly, CSBHT-treated samples showed that overall transcriptional activities were down-regulated to 20% of that of PD098059 ($TNF-{\alpha}$ inhibitor). At protein level, the expression of $TNF-{\alpha}$ showed similar results as that of transcriptional activity. Results show that the protein level decreased more in the CSBHT-treated group (487 ${\pm}$ 87 pg/ml) than in the LPS-treated group (703 ${\pm}$ 103 pg/ml). In addition, the protein level of IL-8 in the CSBHT treated-group (9.84 ${\pm}$ 3.28 ng/ml) decreased similar as the expression of the control and PD098059-treated groups. Conclusion : CSBHT affects immune response, especially allergic responses and suppression of inflammatory reaction. The results provide us an alternative way to care for clinical inflammatory diseases, not only asthma but also the other possible general inflammatory and allergic diseases.

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림프절 유래 fibroblastic reticular cell의 효율적 항원처리 관련성에 대한 연구 (Fibroblastic Reticular Cell Derived from Lymph Node Is Involved in the Assistance of Antigen Process)

  • 김민환;이종환
    • 생명과학회지
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    • 제26권9호
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    • pp.1027-1032
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    • 2016
  • 항원은 병원체로부터 유래한 질병인자다. 생명체는 항원에 대항하는 방어계인 면역계를 가지고 있다. 항원은 식세포작용, 항체, 보체 활성화, NK세포 혹은 MHC 분자를 통한 세포독성 T세포와 같은 방법을 통해서 처리된다. 림프절은 스트로마세포와 3차원 네트워크를 통해서 구성되어 있다. Fibroblastic reticular cells (FRC)는 림프절 T zone에서 T세포와 상호작용한다. FRC는 세포외 기질 생산과 homing 케모카인을 생산하여 감염에 대비한다. 하지만, FRC가 항원처리과정에 관련되어있다는 보고는 없다. 본 연구는 FRC의 항원처리 관련성에 대한 연구이다. 이를 위해 FRC는 대식세포, T세포, LPS, 그리고 TNFα와 같은 다양한 감염상황에 노출시켜 연구를 진행하였다. FRC가 대식세포 및 T세포와 공배양 했을 때 FRC가 형태적 변화와 FRC간 빈 공간 형성이 관찰 되었다. MMP 활성은 Y27632와 T세포에 의해 조절 되었다. 더욱이, 염증물질인 TNFα를 FRC에 처리 후 마이크로어레이를 통한 결과에서 부착분자와 MHC I antigen transporter의 발현을 조절하는 것으로 나타났다. FRC 단일층에 LPS와 대식 세포를 공배양 했을 때 NO 생성력이 크게 향상되었다. GFP antigen을 FRC와 대식세포 공배양군에 처리 했을 때 항원 흡수율이 증가되었다. 이러 결과는 FRC가 항원처리에 관여하고 있다는 것을 의미하며 이는 림프절이 항원처리과정에 연관되어 있다는 것을 제시한다.

푸른곰팡이 대치배양에 의한 꽃송이버섯 균사 생장 특성 및 계통간 교잡균주의 rDNA 분석 (Characteristic of mycelial growth of cauliflower mushroom (Sparassis latifolia) using replacement culture with Trichoderma and rDNA analysis in genealogy of crossbreeding strain)

  • 오득실;김현석;김영;위안진;윤병선;박화식;박형호;왕승진
    • 한국버섯학회지
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    • 제12권1호
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    • pp.41-51
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    • 2014
  • ${\beta}$-glucan 함량이 높다고 알려진 꽃송이버섯의 농가재배 활성화를 위하여 푸른곰팡이 내성균주를 선발하고자 푸른곰팡이 대치배양에 의한 꽃송이버섯 균사생장 특성을 확인하였으며, 또한 생장이 우수한 신품종을 개발하고자 교잡육종 균주에 대한 유전 다양성을 분석하였다. 먼저 푸른곰팡이 대치배양에 의한 꽃송이버섯 균사의 생장 특성을 확인한 결과, 6951 (T. viride) 균주에서는 대치선을 형성한 후 별다른 변화를 보이지 않았고, 6952 (T. spp.) 균주에서는 대치선을 형성한 다음 보다 많은 포자를 형성하는 것이 관찰되었다. 그러나 6426 (T. harzianum) 균주에서는 꽃송이버섯 균사가 생장하고 있던 부분까지 모두 덮어버리는 것이 확인되었다. 그 중 특이하게도 구례에서 채집선발한 균주인 JF02-06 균주에서는 다른 균주에 비해 푸른곰팡이 포자가 형성되지 않는 것을 확인되어 다소 푸른곰팡이에 대한 저항성을 갖는 것으로 사료되었다. 전남 산림자원연구소에서 보유 중인 균주 중 생장 및 자실체 발생이 우수한 모균주를 선발하여 교잡을 실시하여 생장특성을 조사한 결과, 미송톱밥배지에서 JF02-47, 49, 50 균주의 균사생장량이 우수한 것으로 확인되었다. 이러한 교잡육종 균주의 유전 다양성을 분석하기 위하여 ITS1, 5.8S와 ITS4 영역에 대한 염기서열을 분석한 결과 Genebank에 등록된 다른 꽃송이버섯 균주와 높은 유의성을 갖는 것으로 확인되었다. 이러한 꽃송이버섯의 포자 및 균사를 현미경으로 관찰하여 생장 특성을 확인한 결과, 포자의 크기는 장경 $6{\mu}m$, 단경 $5{\mu}m$의 물방울 모양으로 확인되었고, 균사에서 3가지 형태의 꺽쇠가 관찰되었다. 균사의 폭은 $3{\mu}m$이며 꽃송이버섯 균사의 특징으로는 약 50% 정도 꺽쇠에서 균사가 뻗어나가는 특성을 갖고 있음이 확인되었다. 균사의 생장 속도는 $0.507{\mu}m/min$이며, 2차 균사는 $0.082{\mu}m/min$의 속도로 생장하다가 모균사와 평행을 이루는 시점에서는 모균사의 생장속도와 유사한 속도로 생장하였다. 꺽쇠발생은 약 5시간 동안 균사 내부 전해질의 이동이 관찰된 후 작은 꺽쇠를 형성하였다. 약 3시간 후 격막이 형성되기 시작하였으며, 그로부터 2시간 후 최종적으로 완성되었다. 이러한 특성을 갖는 꽃송이버섯의 푸른곰팡이 저항성을 확인하고, 교잡균주의 유전 다양성 및 균사의 생장 특성을 확인하여 꽃송이버섯에 대한 기초적인 이해를 높이고, 더 나아가 버섯산업 발전에 이바지하고자 한다.