• 정보관리연구
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• 제40권4호
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• pp.109-133
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• 2009

생명정보 중에서 미국의 국립생명공학정보센터(NCBI)에서 제공하는 GenBank는 전 세계적으로 연구자들이 가장 많이 사용하는 대표적인 유전자정보 데이터베이스이다. 한국과학기술정보연구원(KISTI)은 GenBank의 최신 버전을 데이터베이스로 재구축하여 Bio-KRISTAL 검색엔진을 이용하여 국내 생명과학 연구자들에게 제공하고 있다. 본 논문에서는 GenBank 데이터베이스를 활용하여 과학기술정보 통합서비스인 NDSL의 논문정보, 특허정보, 생물다양성정보 등의 콘텐트와 GenBank reference 필드와 organism 필드를 상호 연계하는 서비스 모델을 설계하고 프로토타입 시스템을 개발하였다. 이를 위하여 1) NCBI FTP 사이트에서 GenBank 데이터를 수집하여, 2) GenBank 텍스트 파일을 유전자 기본정보와 참고정보로 나누어 데이터베이스로 재구축하여, 3) GenBank reference 필드에서 논문 및 특허 정보 추출을 통한 새로운 테이블을 생성하여, 4) 데이터 맵핑 기술을 이용하여 GenBank 데이터와 NDSL 데이터가 상호 연계되어 서비스되는 프로토타입 시스템을 구현하여 이종의 콘텐트간 연계 및 융합 서비스의 가능성을 확인하였다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제34권1호
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• pp.65-70
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• 2018

Co-infection with two virus species was previously reported in some cactus plants. Here, we showed that Notocactus leninghausii f. cristatus can be co-infected with six different viruses: cactus mild mottle virus (CMMoV)-Nl, cactus virus X (CVX)-Nl, pitaya virus X (PiVX)-Nl, rattail cactus necrosis-associated virus (RCNaV)-Nl, schlumbergera virus X (SchVX)-Nl, and zygocactus virus X (ZyVX)-Nl. The coat protein sequences of these viruses were compared with those of previously reported viruses. CMMoV-Nl, CVX-Nl, PiVX-Nl, RCNaV-Nl, SchVX-Nl, and ZyVX-Nl showed the greatest nucleotide sequence homology to CMMoV-Kr (99.8% identity, GenBank accession NC_011803), CVX-Jeju (77.5% identity, GenBank accession LC12841), PiVX-P37 (98.4% identity, GenBank accession NC_024458), RCNaV (99.4% identity, GenBank accession NC_016442), SchVX-K11 (95.7% identity, GenBank accession NC_011659), and ZyVX-B1 (97.9% identity, GenBank accession NC_006059), respectively. This study is the first report of co-infection with six virus species in N. leninghausii f. cristatus in South Korea.

• Mycobiology
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• 제50권4호
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• pp.231-237
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• 2022

Penicillium species have been actively studied in various fields, and many new and unrecorded species continue to be reported in Korea. Moreover, unidentified and misidentified Korean Penicillium species still exist in GenBank. Therefore, it is necessary to revise the Korean Penicillium inventory based on accurate identification. We collected Korean Penicillium nucleotide sequence records from GenBank using the newly developed software, GenMine, and re-identified Korean Penicillium based on the maximum likelihood trees. A total of 1681 Korean Penicillium GenBank nucleotide sequence records were collected from GenBank. In these records, 1208 strains with four major genes (Internal Transcribed Spacer rDNA region, b-tubulin, Calmodulin and RNA polymerase II) were selected for Penicillium reidentification. Among 1208 strains, 927 were identified, 82 were identified as other genera, the rest remained undetermined due to low phylogenetic resolution. Identified strains consisted of 206 Penicillium species, including 156 recorded species and 50 new species candidates. However, 37 species recorded in the national list of species in Korea were not found in GenBank. Further studies on the presence or absence of these species are required through literature investigation, additional sampling, and sequencing. Our study can be the basis for updating the Korean Penicillium inventory.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2000년도 추계 학술발표회
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• pp.56.2-56
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• 2000

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2002년도 총회 및 추계학술발표회
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• pp.111.1-111
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• 2002

• The Plant Pathology Journal
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• 제17권6호
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• pp.388.2-388
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• 2001

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2001년도 가을 학술발표논문집 Vol.28 No.2 (1)
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• pp.43-45
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• 2001

NCBI 의 GenBank 데이터베이스는 전세계에서 수집된 염기 서열 데이터들의 집합이며, 그 중 특허로 등록되어 있는 데이터들을 GenBank 특허 데이터라 부른다. 본 논문에서는 한국생명공학연구원의 유전체 사업단에서 개발해 오고 있는 웹기반 GenBank 특허 데이터 검색 시스템의 설계와 구현에 대해서 설명한다. 본 시스템은 일반 속성(attribute)을 저장하고 검색하기 위해 DBMS 를 사용하고, DNA 시퀸스 검색을 위해 BLAST를 사용한 약결합 아키텍쳐(loosely-coupled architecture)를 채택하고 있다. 즉, 일반 속성으로 저장될 수 있는 데이터들은 데이터베이스의 테이블들의 컬럼 값으로 저장하고 SQL 언어를 통해 검색할 수 있도록 하였으며, DNA 시퀸스 검색을 위해서는 BLAST 에서 제공하는 인덱스를 구축하고 BLAST 명령어를 사용하여 검색할 수 있도록 하였다. 또한, 검색 결과들이 기존의 외부 특허 시스템과 연동하도록 하기 위해, 결과 분석 모듈을 구현하여 검색 결과들이 다른 웹 사이트의 데이터를 가리키도록 하였다. 마지막으로, 이러한 DNA 검색 시스템을 구현할 때에 고려해 되야 되는 이슈들을 설명한다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제20권3호
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• pp.206-211
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• 2004

Transgenic Nicotiana benthamiana plants harboring coat protein (CP) gene of Zucchini green mottle mosaic virus (ZGMMV) were generated for virus-resistant screening and complementation analysis of related viruses for environmental safety assessment (SA) of living modified organism (LMO) purposes. Transformation of leaf disc of N.benthamiana was performed by using Agrobacterium-mediated method and the pZGC-PPGA748 containing the ZGMMV CP and NPTII genes. Two kinds of transgenic homozygous groups, virus-resistant and virus-susceptible N.benthamiana lines, were obtained by screening of challenging homologous virus for Tl generations. These two pathologically different lines can be useful for host-virus interactions and LMO environmental SA.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2000년도 추계 학술발표회
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• pp.56.1-56
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• 2000

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2002년도 총회 및 추계학술발표회
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• pp.110.2-111
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• 2002