• ALGAE
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• 제36권3호
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• pp.165-174
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• 2021

Radicilingua Papenfuss and Calonitophyllum Aregood are two small genera of the family Delesseriaceae that consist of only three and one taxonomically accepted species, respectively. The type species of these genera, Radicilingua thysanorhizans from England and Calonitophyllum medium from the Americas, are morphologically very similar, with the only recognized differences being vein size and procarp development. To date, only other two species were recognized inside the genus Radicilingua: R. adriatica and R. reptans. In this study, we analysed specimens of Radicilingua collected in the Adriatic and Ionian Sea (Mediterranean), including a syntype locality of R. adriatica (Trieste, northern Adriatic Sea), alongside material from near the type locality of R. thysanorhizans (Torpoint, Cornwall, UK). The sequences of the rbcL-5P gene fragment here produced represent the first molecular data available for the genus Radicilingua. Phylogenetic reconstruction showed that the specimens from the Adriatic and Ionian Seas were genetically distinct from the Atlantic R. thysanorhizans, even if morphologically overlapping with this species. A detailed morphological description of the Mediterranean specimens, together with an accurate literature search, suggested that they were distinct also from R. adriatica and R. reptans. For these reasons, a new species was here described to encompass the Mediterranean specimens investigated in this study: R. mediterranea Wolf, Sciuto & Sfriso. Moreover, in the rbcL-5P tree, sequences of the genera Radicilingua and Calonitophyllum grouped in a well-supported clade, distinct from the other genera of the subfamily Nitophylloideae, leading us to propose that Calonitophyllum medium should be transferred to Radicilingua.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권4호
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• pp.467-476
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• 2019

Objective: This research was conducted to study the genetic diversity in several Indonesian cattle breeds using microsatellite markers to classify the Indonesian cattle breeds. Methods: A total of 229 DNA samples from of 10 cattle breeds were used in this study. The polymerase chain reaction process was conducted using 12 labeled primers. The size of allele was generated using the multiplex DNA fragment analysis. The POPGEN and CERVUS programs were used to obtain the observed number of alleles, effective number of alleles, observed heterozygosity value, expected heterozygosity value, allele frequency, genetic differentiation, the global heterozygote deficit among breeds, and the heterozygote deficit within the breed, gene flow, Hardy-Weinberg equilibrium, and polymorphism information content values. The MEGA program was used to generate a dendrogram that illustrates the relationship among cattle population. Bayesian clustering assignments were analyzed using STRUCTURE program. The GENETIX program was used to perform the correspondence factorial analysis (CFA). The GENALEX program was used to perform the principal coordinates analysis (PCoA) and analysis of molecular variance. The principal component analysis (PCA) was performed using adegenet package of R program. Results: A total of 862 alleles were detected in this study. The INRA23 allele 205 is a specific allele candidate for the Sumba Ongole cattle, while the allele 219 is a specific allele candidate for Ongole Grade. This study revealed a very close genetic relationship between the Ongole Grade and Sumba Ongole cattle and between the Madura and Pasundan cattle. The results from the CFA, PCoA, and PCA analysis in this study provide scientific evidence regarding the genetic relationship between Banteng and Bali cattle. According to the genetic relationship, the Pesisir cattle were classified as Bos indicus cattle. Conclusion: All identified alleles in this study were able to classify the cattle population into three clusters i.e. Bos taurus cluster (Simmental Purebred, Simmental Crossbred, and Holstein Friesian cattle); Bos indicus cluster (Sumba Ongole, Ongole Grade, Madura, Pasundan, and Pesisir cattle); and Bos javanicus cluster (Banteng and Bali cattle).

• 한국환경농학회지
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• 제41권2호
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• pp.115-124
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• 2022

BACKGROUND: Methane is a major greenhouse gas attributed to global warming partly contributed by agricultural activities from ruminant fermentation and rice paddy fields. Methanotrophs are microorganisms that utilize methane. Their unique metabolic lifestyle is enabled by enzymes known as methane monooxygenases (MMOs) catalyzing the oxidation of methane to methanol. Rice absorbs, transports, and releases methane directly from soil water to its stems and the micropores and stomata of the plant epidermis. Methylobacterium species associated with rice are dependent on their host for metabolic substrates including methane. METHODS AND RESULTS: Methylobacterium spp. isolated from rice were evaluated for methane oxidation activities and screened for the presence of sMMO mmoC genes. Qualitatively, the soluble methane monooxygenase (sMMO) activities of the selected strains of Methylobacterium spp. were confirmed by the naphthalene oxidation assay. Quantitatively, the sMMO activity ranged from 41.3 to 159.4 nmol min^-1 mg of protein^-1. PCR-based amplification and sequencing confirmed the presence and identity of 314 bp size fragment of the mmoC gene showing over 97% similarity to the CBMB27 mmoC gene indicating that Methylobacterium strains belong to a similar group. CONCLUSION(S): Selected Methylobacterium spp. contained the sMMO mmoC gene and possessed methane oxidation activity. As the putative methane oxidizing strains were isolated from rice and have PGP properties, they could be used to simultaneously reduce paddy field methane emission and promote rice growth.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제47권2호
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• pp.16.1-16.9
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• 2022

Objectives: This study compared the cyclic fatigue resistance of One Curve (C wire) and F6 Skytaper (conventional austenite nickel-titanium [NiTi]), and 2 instruments with thermos-mechanically treated NiTi: Protaper Next X2 (M wire) and Hyflex CM (CM wire). Materials and Methods: Ten new instruments of each group (size: 0.25 mm, 6% taper in the 3 mm tip region) were tested using a rotary bending machine with a 60° curvature angle and a 5 mm curvature radius, at room temperature. The number of cycles until fracture was recorded. The length of the fractured instruments was measured. The fracture surface of each fragment was examined with a scanning electron microscope (SEM). The data were analyzed using one-way analysis of variance and the post hoc Tukey test. The significance level was set at 0.05. Results: At 60°, One Curve, F6 Skytaper and Hyflex CM had significantly longer fatigue lives than Protaper Next X2 (p < 0.05). No statistically significant differences were found in the cyclic fatigue lives of One Curve, F6 Skytaper, and Hyflex CM (p > 0.05). SEM images of the fracture surfaces of the different instruments showed typical features of fatigue failure. Conclusions: Within the conditions of this study, at 60° and with a 5 mm curvature radius, the cyclic fatigue life of One Curve was not significantly different from those of F6 Skytaper and Hyflex CM. The cyclic fatigue lives of these 3 instruments were statistically significantly longer than that of Protaper Next.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
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• pp.294-294
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• 2022

To date, there have been no reports on the cloning and characterization of a gene encoding SQS from Amaranthus, although there have been some reports on methods of extracting and purifying squalene from Amaranthus seeds. In this study, we monitored the expression pattern of the amaranth SQS gene in seeds at different developmental stages and in different tissues. The transcript expression pattern of the SQS gene was investigated using total RNA isolated from seeds at different stages of development. There were low levels of SQS transcripts at the early stage of seed development, and the levels remained low until the middle developmental stage. The expression of SQS increased rapidly to reach a peak at the mid-late developmental stage, and then declined dramatically. This pattern of expression was consistent with the results of RT-PCR analyses. All RNA samples generated a fragment of the expected size (183-bp). The amaranth SQS was expressed at low levels during the initial to middle stages of seed development, and its expression level increased at the mid-late development stage. Also The tissue-specific expression of amaranth SQS was determined by quantifying its mRNA in total RNA isolated from the leaves, petioles, stems, and roots of seedlings at the four- and six-leaf stages. Using qRT-PCR and RT-PCR analysis, we detected amaranth SQS transcripts in some of the tissues at the six-leaf stage, but in none of the tissues from plants at the four-leaf stage. SQS transcripts accumulated in almost equal amounts in stems and roots, while a lower level accumulated in leaves and petioles during seedling development at the four- to six-leaf stages. This study provides useful information about the molecular characterization of the SQS clone isolated from grain amaranth. A basic understanding of these characteristics will contribute to further studies on the amaranth SQS.

• 미생물학회지
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• 제52권1호
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• pp.10-17
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• 2016

항체의 특이적 결합을 분석하는 효소면역분석법은 항원의 탐지를 위해 주로 horseradish peroxidase (HRP) 또는 alkaline phosphatase (AP) 등의 효소를 사용한다. 이때 효소를 주로 화학적으로 항체에 결합시켜 사용하게 되는데 이 과정이 복잡하며 불규칙하게 일어나서 항체 및 효소의 기능을 감소시키게 된다. 또한 대부분의 효소면역분석법에서는 주로 일차 항체의 항원결합을 탐지하기위해 이차 항체를 사용하는데, 즉 이차 항체에 결합한 효소의 기질발색에 의해 일차 항체의 항원결합을 탐지하므로 이차 항체가 요구 되어질 뿐만 아니라 이차 항체의 일차 항체에 대한 반응을 위한 부가적인 배양시간이 필요하다. 더욱 더 중요한 것은 이차 항체만의 비특이적 항원 결합 역시 제거되어져야 한다. 본 연구에서는 대장균의 genomic DNA로부터 PCR을 통해 alkaline phosphatase 유전자(Sadeghi et al., 2008)를 증폭 분리한 다음 이를 TRAIL (tumor necrosis factor ${\alpha}$ related apoptosis induced ligand) receptor인 death receptor 4 (DR4)에 특이적으로 결합하는 hAY4 single-chain Fv (ScFv)에 융합시킨 재조합 ScFv-AP 형태로 대장균에서 발현시켜 정제하였다. 정제된 hAY4 ScFv-AP는 SDS-PAGE에서 단량체(monomer) 분자량인 73.8 kDa을 나타내었다. 그러나 size-exclusion chromatography(SEC)에서는 147.6 kDa을 나타내는 결과를 통해 hAY4 ScFv-AP는 AP의 자연적인 비공유결합에 의해 이량체(dimeric form)형성이 유도되어짐을 확인하였다. 또한 ELISA, Western blot 그리고 immunocytochemistry에서 이차 항체 없이 일차 항체 hAY4 ScFv에 직접 융합된 AP의 기질발색에 의해 ScFv 일차 항체의 특이적 항원결합을 나타내었다. 요약하면 hAY4 ScFv와 대장균의 alkaline phosphatase 유전자를 융합시켜 대장균에서 수용성 형태로 성공적으로 정제하였으며 정제된 ScFv-AP 융합단백질은 ELISA, Western blot 및 immunocytochemistry에서 항원결합력을 나타냈으며 또한 구매에 따른 고비용, 부가적인 배양시간 및 비특이적 결합에 의한 오류 등의 문제점을 갖는 이차 항체를 사용하지 않고 직접적인 항원결합력을 나타내었다.

• 터널과지하공간
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• 제15권4호
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• pp.264-274
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• 2005

대규모 채석을 위한 최적 발파 패턴은 파쇄 입도의 분포에 따라 추산된 최소 발파 비용에 기초하여 결정될 수 있다. 따라서 파쇄 입도의 분포를 예측하는 문제는 매우 중요하다. 파쇄 입도 분포의 예측에 사용된 모델은 현장 시험발파로부터 얻은 발파석에 대한 입도 분포와 비교 검토하여 선택하였다. 그 결과 Kuz-Ram 모델을 파쇄 입도 모델로 선정하였으며, 이 모델은 현지 암반의 상태를 고려할수 있는 발파암 계수라는 지배적 인자를 사용한다. 전체 생산 비용 산정을 위해 발파암 계수의 3차원 공간 분포의 추정은 매우 중요한 문제라 할 수 있다. 따라서 본 연구에서는 대규모 발파 예정 대상 구역 전체의 발파암 계수에 대한 3차원 공간 분포를 추정하기 위해 순차적 지시 시뮬레이션을 적용하였다. 순차적 지시 시뮬레이션은 조건부 시뮬레이션의 한 종류로서, 크리깅 기법에 비해 높은 변동도 모델 재현성과 취득된 조사 자료의 분포 모델에 관한 정보를 활용함으로써 추정치에 대한 불확실성을 보다 줄일 수 있는 장점을 가진다. 발파암 계수의 3차원 분포로부터 대상 구역 전체의 발파암 TYPE을 분류할 수 있었으며, 각 TYPE별 최적 발파 패턴을 설계할 수 있었다. 또한, 지반고별 발파암 계수의 분포에 대한 정량적 정보를 제공함으로써 각 공정단계별 비용을 추산하여 공정계획을 세우는데 도움이 될 수 있다.

• 한국양식학회지
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• 제9권4호
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• pp.445-452
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• 1996

어류 및 폐류내에 내재하는 내재성 ${\beta}-galactosidase$의 활성도를 분석함으로서 외래유전자의 이식시 기초자료로 활용하고자 어류 6종 및 패류 4종을 대상으로 본 실험을 행하였다. 어류에 있어서의 X-gal 염색 결과 혈청 및 근육을 제외한 모든 조직에서 모두 positive ( + ) 염색 양상을 보였다. 패류에 있어서도 어류와 같은 양상을 보여 근육을 제외한 모든 조직에서 모두 positive 염색 양상을 보였으며 더욱이 참굴에 있어서는 폐각근 및 근육에 있어 매우 진한 염색 반응을 보였다. 근육으로 부터 DNA를 추출한 후 PCR을 수행한 결과 모든 종에서 positive (+) 결과를 나타내었으며, 어패류간 그리고 각 개체간 차이는 없었다. 각 장기별 ${\beta}-galactosidase$의 활성도 측정결과 모든 종에 있어서 혈청의 활성도는 무시할 만한 수준이었고, 근육에서 가장 낮게 나타났다. 미꾸라지와 잉어에서는 신장에서 가장 높은 활성을 보였고, 틸라피아는 소화관에서 가장 높은 값을 보였다. 해산어인 넙치의 경우 돌가지미, 문치가자미의 경우에 비해 간에서 활성이 높았다. 그러나 돌가자미 및 문치가자미인 경우 신장에서 가장 높은 값을 보였다. 패류에 있어서는 소화맹낭에서 가장 높은 활성값을 나타내었고 폐각근 및 외투막에서 매우 낮은 활성값을 나타내었다. 그러나, 참굴에 있어서는 참전복, 피조개 및 진주조개 보다는 상대적으로 폐각근 및 외투근에서 높은 활성을 나타내었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제35권2호
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• pp.119-126
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• 1997

Accnthamoebn sp. W-4는 영양형 및 포낭의 형태학적 특징이 A. culbefson가 비슷하지만. 마우스에 대한 병원성. in vitro 세포독성. isoenzyme pattern 비교 분석 및 콩-특이성 난세포군 항체 교차반응 등에 의하변 A. culbensoni와는 조금 다르다. 많은 아메바들이 다양한 환경에서 다양한 형태로 분리됨으로써 종 농정에 있어서 좀더 다양한 정보를 얻고자 분자유전학적 접근을 시도하였다 본 실험은 Acanthcmoebc sp. YM-4(한국 분리수)에 대한 미토콘드리아 DNA(mtDNA)를 분리하여. 여러 종의 제한효소를 처리함으로써 mtDNA의 단편들을 얻은 다 전체 크기 및 제한효소 절단 단편길이 다형성(RFLP) 분석을 하였다. 5가지의 제한효소 즉 Hce III. Hind III . Cla I. pvu II 빛 Sal I으로 처리된 Acanthamoebn의 mtDNA는 최소 3개의 단편들고부터 많은 것은 15개의 단편들로까지 나뉘어졌다. 단편들을 합산한 mtDNA의 전체 크기는 Acnnthcmoebc sp. YM-4가 평균 46.4 kbp였으며 A. culbertsoni 및 A. potwphcgc는 각각 48.3 kbp 및 48.8 kbp로 관찰되었다 제한효소 단편길이들은 0. 6 kip초부터 34. 4 kbp가시 다양하였으며. Accnthcmoebc sp. YM- 4의 mtDNA 단편들을 A. culbertsorli 및 A. polyphnbc와 비교해 볼 때 각각 총 67개 및 65개 중에서 총통으로 갖은 단편들이 각각 9개 및 7개로 관찰되었다. 그것을 토대로 genetic divergence를 계산한 결과 Accnthnmoebn sp. YM-4차 A. culbertsoni 간에는 10.1%였으며 A. poIWphogc와는 0.99%였다. 이런 다형성의 결과는 Acnnthcmoebc sp. YM-4가 A. culbertsoni 및 A. poIMphafc와는 종이 다를 수 있다는 것을 보여준다고 하겠다.

• 한국어병학회지
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• 제19권2호
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• pp.127-139
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• 2006

2002년에서 2004년에 걸쳐, 우리 나라의 넙치 양식장에서 질병의 증상이 보이는 중간 육성 단계의 넙치를 대상으로 다수의 Vibrio속 세균을 분리 동정하였으며 그 중에서 V. ichthyoenteri균이 높은 비율을 차지하고 있었다. 일반적으로 V. ichthyoenteri는 넙치의 자어기 장관백탁증의 원인균으로 잘 알려져 있으며, 미성어의 병어로부터 분리되었다는 점에서 여러 크기의 넙치 및 종묘 생산에 미치는 영향을 알고자 하였다. 본 연구는 미성어 넙치에서 분리된 균주그룹과 장관백탁증에 걸린 넙치 자어에서 분리한 V. ichthyoenteri 참조 균주 두 그룹간의 생화학적 및 생리학적 성상, 유전학적 특성을 비교 분석함으로서 분리 균주를 V. ichthyoenteri로 동정하고, 이들의 어병학적 특성을 조사하였다.실험 결과 시험 균주와 참조 균주간의 생화학적 특성과 생리학적 성상이 거의 동일한 것으로 나타났다.본 연구에서 분리 균주와 참조 균주의 16S-23S rRNA intergenic space (IGS) region을 cloning하여 염기 서열을 분석한결과 3개의 참조 균주와 19개의 분리 균주들은 V. ichthyoenteri 참조 균주와 99.1 ~ 100% 동일하였으며 V. ichthyoenteri는 3개 이상의 PCR products를 보였다. 이들 각각에 대한 tRNA type을 분석한 결과, no-tRNA, tRNAGlu(TTC) type 그리고 tRNAIle(GAT)와 tRNAAla(TGC) 를 coding하는 3 가지 tRNA type을 밝혔다.