• 제목/요약/키워드: F-cycle

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Meta- and Gene Set Analysis of Stomach Cancer Gene Expression Data

  • Kim, Seon-Young;Kim, Jeong-Hwan;Lee, Heun-Sik;Noh, Seung-Moo;Song, Kyu-Sang;Cho, June-Sik;Jeong, Hyun-Yong;Kim, Woo Ho;Yeom, Young-Il;Kim, Nam-Soon;Kim, Sangsoo;Yoo, Hyang-Sook;Kim, Yong Sung
    • Molecules and Cells
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    • 제24권2호
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    • pp.200-209
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    • 2007
  • We generated gene expression data from the tissues of 50 gastric cancer patients, and applied meta-analysis and gene set analysis to this data and three other stomach cancer gene expression data sets to define the gene expression changes in gastric tumors. By meta-analysis we identified genes consistently changed in gastric carcinomas, while gene set analysis revealed consistently changed biological themes. Genes and gene sets involved in digestion, fatty acid metabolism, and ion transport were consistently down-regulated in gastric carcinomas, while those involved in cellular proliferation, cell cycle, and DNA replication were consistently up-regulated. We also found significant differences between the genes and gene sets expressed in diffuse and intestinal type gastric carcinoma. By gene set analysis of cytogenetic bands, we identified many chromosomal regions with possible gross chromosomal changes (amplifications or deletions). Similar analysis of transcription factor binding sites (TFBSs), revealed transcription factors that may have caused the observed gene expression changes in gastric carcinomas, and we confirmed the overexpression of one of these, E2F1, in many gastric carcinomas by tissue array and immunohistochemistry. We have incorporated the results of our meta- and gene set analyses into a web accessible database (http://human-genome.kribb.re.kr/stomach/).

Partial denture metal framework may harbor potentially pathogenic bacteria

  • Mengatto, Cristiane Machado;Marchini, Leonardo;de Souza Bernardes, Luciano Angelo;Gomes, Sabrina Carvalho;Silva, Alecsandro Moura;Rizzatti-Barbosa, Celia Marisa
    • The Journal of Advanced Prosthodontics
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    • 제7권6호
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    • pp.468-474
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    • 2015
  • PURPOSE. The aim of this study was to characterize and compare bacterial diversity on the removable partial denture (RPD) framework over time. MATERIALS AND METHODS. This descriptive pilot study included five women who were rehabilitated with free-end mandibular RPD. The biofilm on T-bar clasps were collected 1 week ($t_1$) and 4 months ($t_2$) after the RPD was inserted ($t_0$). Bacterial 16S rDNA was extracted and PCR amplified. Amplicons were cloned; clones were submitted to cycle sequencing, and sequences were compared with GenBank (98% similarity). RESULTS. A total of 180 sequences with more than 499 bp were obtained. Two phylogenetic trees with 84 ($t_1$) and 96 ($t_2$) clones represented the bacteria biofilm at the RPD. About 93% of the obtained phylotypes fell into 25 known species for $t_1$ and 17 for $t_2$, which were grouped in 5 phyla: Firmicutes ($t_1=82%$; $t_2=60%$), Actinobacteria ($t_1=5%$; $t_2=10%$), Bacteroidetes ($t_1=2%$; $t_2=6%$), Proteobacteria ($t_1=10%$; $t_2=15%$) and Fusobacteria ($t_1=1%$; $t_2=8%$). The libraries also include 3 novel phylotypes for $t_1$ and 11 for $t_2$. Library $t_2$ differs from $t_1$ (P=.004); $t_1$ is a subset of the $t_2$ (P=.052). Periodontal pathogens, such as F. nucleatum, were more prevalent in $t_2$. CONCLUSION. The biofilm composition of the RPD metal clasps changed along time after RPD wearing. The RPD framework may act as a reservoir for potentially pathogenic bacteria and the RPD wearers may benefit from regular follow-up visits and strategies on prosthesis-related oral health instructions.

원형질체(原形質體) 융합(融合)에 의한 느타리버섯과 잔나비걸상버섯의 이목간(異目間) 교잡(交雜) (Interorder Hybridization between Pleurotus ostreatus and Elfvingia applanata by Protoplast Fusion)

  • 유영복
    • 한국균학회지
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    • 제22권1호
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    • pp.107-116
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    • 1994
  • 원형질체 융합으로 주름버섯목 느타리버섯과 민주름버섯목 잔나비걸상버섯과의 이목간 체세포잡종을 36균주 얻어 꺽쇠연결체 clamp connections있는 2균주와 꺽쇠연결체 없는 3균주의 자실체를 형성하였다. 꺽쇠연결체 없는 융합주는 한천배지나 액체배지에서는 자실체를 얻을 수 없었다. 그러나 톱밥배지에서 균사가 완전히 성장한 후 일정한 광과 온도를 유지한 결과 꺽쇠연결체가 있는 균사가 새로이 성장하였으며 거의 완전하게 다시 성장한 후 원기가 유도되고 자실체가 성숙하였다. 버섯자실체 특성은 느타리버섯과 유사하였으며, 갓 색택은 느타리와는 다소 다르게 나타났다. 3균주의 담자포자로 유전형질의 분리와 유전자재조합을 조사한 결과 꺽쇠연결체 있는 2균주는 비정상적인 분리 현상을 보였는데, 양친에 없는 ane, rib, ane rib 표지를 가진 것이 나타났다. 3종류의 random primer를 이용하여 핵산 연쇄 중합반응 polymerase chain reaction(PCR)에 의한 4개 체세포잡종의 염색체 DNA의 다형화현상을 조사한 결과 느타리친과 유사한 양상을 가졌으나 비양친의 밴드를 나타내었으며 primer #87, #125의 1.2kbp, 0.6kbp에서 각각 뚜렷하게 구분되었다. 4개 체세포잡종의 미토콘드리아 DNA의 제한효소 EcoR1과 HindIII의 절단결과 2균주는 느타리와 동일하였으며 2균주는 양친과 다른 양상을 나타내었다. 원형질체 융합주, 융합주 자실체로부터의 조직배양주, 융합주의 담자포자 발아주, 양친주를 포함하여 총16균주를 등전점 전기영동으로 동위효소 esterase를 분석한 결과 융합주 6균주중 5균주는 느타리와 유사하였으며 1균주는 양친과 전혀 다른 새로운 밴드양상으로 이들 모두 양친과 뚜렷이 구분되었다. 융합주와 자실체 조직배양주는 밴드양상이 거의 유사하였으나 $F^2$는 다소 차이가 나타났다.

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가족생활 교육 프로그램 개발을 위한 기초연구(II)-부부교육을 중심으로- (A Study on The Family Life Education(II) -special Reference to marital life education-)

  • 오윤자
    • 가정과삶의질연구
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    • 제10권2호
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    • pp.209-229
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    • 1992
  • The purpose of this study is to develop Family Life Education program for Marital education in Korea. In order to realize the about research purpose, this study is divided into three sections. First, nature conception and contents f Family Life Education, second, patterns and models for Family Life Education Program in USA and Korea, and Third, the future of Family Life Education. Family Life Education (FLE) is an education originated in reaction to changing social conditions, industrialization and urbanization, it deals with the perceived inadequacies of families to cope with these changes, thereby reduction social problems involved with, and improving family life. With and assumption that the studies about FLE have not been so active in Korea, the present thesis examines the FLE in Korea. The necessity of marital education in Korea Is based upon the theories of FLE in the United States of America. Also, it atempts to formulate a tentative plan for the promotion of a FLE program in Korea. The concept of FLE in Korea was manifested in the social educational law and life-span education. specified as 4th among ten presidential regulations. It is defined as " the Life-span developmental education to enhance the quality of human life, to solve family problems, to develop an individual's potentiality and to strengthen the family relations. of the FLE programs, the marital education is considered one of the furcial wubjects becaused it is the core of the family life. With this premise, FLE tries to wupport the healthy mrital relations. subsequently helping to explore the family potentiality and to strengthen family ties. The objects of the FLE program are unmarried, pre-marred , and married persons. For the married persons, the FLE program should be arranged in accordance with their rrital status divided by the family life cycle so that they may prevent possible family problems at each stage of the family life. Also, to prevent the problems occurred in the course of carrying out family functions, the FLE program should be provided with on the basis of a family unit, thereby improving the quality of the family functions. The FLE is to hep persons begin smoothly the adaption process for a successful marital relations. For the FLE to be practised more widely systematically, research on family education--that is basic study, research and production and evaluation or the FLE to be carried out by research institute wholly responsible for it-- should be done first.

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Accelerated Growth of Corynebacterium glutamicum by Up-Regulating Stress-Responsive Genes Based on Transcriptome Analysis of a Fast-Doubling Evolved Strain

  • Park, Jihoon;Lee, SuRin;Lee, Min Ju;Park, Kyunghoon;Lee, Seungki;Kim, Jihyun F.;Kim, Pil
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제30권9호
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    • pp.1420-1429
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    • 2020
  • Corynebacterium glutamicum, an important industrial strain, has a relatively slower reproduction rate. To acquire a growth-boosted C. glutamicum, a descendant strain was isolated from a continuous culture after 600 generations. The isolated descendant C. glutamicum, JH41 strain, was able to double 58% faster (td=1.15 h) than the parental type strain (PT, td=1.82 h). To understand the factors boosting reproduction, the transcriptomes of JH41 and PT strains were compared. The mRNAs involved in respiration and TCA cycle were upregulated. The intracellular ATP of the JH41 strain was 50% greater than the PT strain. The upregulation of NCgl1610 operon (a putative dyp-type heme peroxidase, a putative copper chaperone, and a putative copper importer) that presumed to role in the assembly and redox control of cytochrome c oxidase was found in the JH41 transcriptome. Plasmid-driven expression of the operon enabled the PT strain to double 19% faster (td=1.82 h) than its control (td=2.17 h) with 14% greater activity of cytochrome c oxidase and 27% greater intracellular ATP under the oxidative stress conditions. Upregulations of genes those might enhance translation fitness were also found in the JH41 transcriptome. Plasmid-driven expressions of NCgl0171 (encoding a cold-shock protein) and NCgl2435 (encoding a putative peptidyl-tRNA hydrolase) enabled the PT to double 22% and 32% faster than its control, respectively (empty vector: td=1.93 h, CspA: td=1.58 h, and Pth: td=1.44 h). Based on the results, the factors boosting growth rate in C. gluctamicum were further discussed in the viewpoints of cellular energy state, oxidative stress management, and translation.

염분분사환경에서 냉연 304 스테인레스강의 부식거동 (The Corrosion Behavior of Cold-Rolled 304 Stainless Steel In Salt Spray Environments)

  • Chiang, M.F.;Young, M.C.;Huang, J.Y.
    • 방사성폐기물학회지
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    • 제9권2호
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    • pp.93-98
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    • 2011
  • 염분분위기에서의 부식은 사용후핵연료의 중간저장 기간동안 304 스테인레스 강재 건식저장용기의 주 열화기구들 중 하나다. 본 연구에서는 감소정도가 서로 다른 냉연 304 스테인레스 강 시편들에 0.5wt.%의 염화나트륨 연무를 분사시키면서 느린 변형속도시험(SSRT)과 중성염 분사시험(NSS)을 $85^{\circ}C$$200^{\circ}C$ 에서 수행하였다. $85^{\circ}C$에서 2000 시간 동안 시험한 NSS시편의 무게 변화는 $200^{\circ}C$에서 시험한 시편의 무게 변화와 크게 달랐다. NSS 시편의 $85^{\circ}C$에서 무게 감량은 미미하였지만, 냉연 감소율이 증가함에 따라서 무게 변화는 점진적으로 감소하였다. $85^{\circ}C$$200^{\circ}C$에서 그리고 염분분사 환경에서 가볍게 냉연 가공된 시편의 SSRT 시험으로부터 얻은 항복강도와 극한 인장응력의 값은 공기 중의 값보다 약간 낮았다. 그러나 염분 분위기에서 부식으로 인한 20% 감소 냉연시편의 강도는 더 이상 변화하지 않았다. 예비결과는 냉연 304 스테인레스 강의 질과 성능이 건식저장용기의 제작을 위한 조건에 맞는다는 것을 증명하였다. 그러나 냉연 스테인레스 강의 장기적인 성능을 더 잘 이해하기 위해서는 염분분위기에서 이 재질의 부식거동에 관한 더 많은 연구가 필요하다.

미디어 콘텐츠의 시장가치 산정을 위한 가치평가 프레임워크 개발 (Development of Valuation Framework for Estimating the Market Value of Media Contents)

  • 성태응;박현우
    • 서비스연구
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    • 제6권3호
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    • pp.29-40
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    • 2016
  • 20세기 후반 이후 영상, 음성, 부호, 문자 등의 디지털 데이터에 IT 기술을 융합 적용하여 디지털포맷으로 상품화된 미디어 콘텐츠의 시장가치를 높이려는 많은 노력이 있어 왔다. 그렇다면 미디어에서 언급하는 드라마 '태양의 후예' 혹은 애니메이션 영화 '겨울왕국'에 대한 시장가치는 어떠한 기준과 방법론으로 산출할 수 있을까? 현재까지 미디어 콘텐츠 가치평가 프레임워크나 시스템 개발 등에 대한 연구가 전무한 실정에서, 본 논문에서는 영화, 온라인게임, 방송광고, 애니메이션 등 4가지 미디어 유형에 대한 콘텐츠 가치평가 프레임워크를 정형화하고 제시함으로써, 향후 콘텐츠 이전거래, 투자적정성 검토 등 다양한 목적을 위한 실용적인 가치평가모형을 제안하고자 한다. 따라서, 여기서는 미디어 콘텐츠 유형별로 제작(개발)비용을 포함한 현금흐름(cash flow: C.F.)의 산출방안을 제시하고, 이와 연관된 기타 가치평가 핵심변수요인(경제적 수명, 할인율, 콘텐츠 기여도 및 로열티율)에 관한 참조정보 D/B를 제시하여, 기존 무형자산 평가시에 적용되었던 수익접근법 및 로열티공제법 방식의 가치평가 개념을 활용한 미디어 콘텐츠 가치평가 프레임워크를 개발하고 제안한다.

Identification of genes involved in inbreeding depression of reproduction in Langshan chickens

  • Xue, Qian;Li, Guohui;Cao, Yuxia;Yin, Jianmei;Zhu, Yunfen;Zhang, Huiyong;Zhou, Chenghao;Shen, Haiyu;Dou, Xinhong;Su, Yijun;Wang, Kehua;Zou, Jianmin;Han, Wei
    • Animal Bioscience
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    • 제34권6호
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    • pp.975-984
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    • 2021
  • Objective: Inbreeding depression of reproduction is a major concern in the conservation of native chicken genetic resources. Here, based on the successful development of strongly inbred (Sinb) and weakly inbred (Winb) Langshan chickens, we aimed to evaluate inbreeding effects on reproductive traits and identify candidate genes involved in inbreeding depression of reproduction in Langshan chickens. Methods: A two-sample t-test was performed to estimate the differences in phenotypic values of reproductive traits between Sinb and Winb chicken groups. Three healthy chickens with reproductive trait values around the group mean values were selected from each of the groups. Differences in ovarian and hypothalamus transcriptomes between the two groups of chickens were analyzed by RNA sequencing (RNA-Seq). Results: The Sinb chicken group showed an obvious inbreeding depression in reproduction, especially for traits of age at the first egg and egg number at 300 days (p<0.01). Furthermore, 68 and 618 differentially expressed genes (DEGs) were obtained in the hypothalamus and ovary between the two chicken groups, respectively. In the hypothalamus, DEGs were mainly enriched in the pathways related to vitamin metabolism, signal transduction and development of the reproductive system, such as the riboflavin metabolism, Wnt signaling pathway, extracellular matrix-receptor interaction and focal adhesion pathways, including stimulated by retinoic acid 6, serpin family F member 1, secreted frizzled related protein 2, Wnt family member 6, and frizzled class receptor 4 genes. In the ovary, DEGs were significantly enriched in pathways associated with basic metabolism, including amino acid metabolism, oxidative phosphorylation, and glycosaminoglycan degradation. A series of key DEGs involved in folate biosynthesis (gamma-glutamyl hydrolase, guanosine triphosphate cyclohydrolase 1), oocyte meiosis and ovarian function (cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1, structural maintenance of chromosomes 1B, and speedy/RINGO cell cycle regulator family member A), spermatogenesis and male fertility (prostaglandin D2 synthase 21 kDa), Mov10 RISC complex RNA helicase like 1, and deuterosome assembly protein 1) were identified, and these may play important roles in inbreeding depression in reproduction. Conclusion: The results improve our understanding of the regulatory mechanisms underlying inbreeding depression in chicken reproduction and provide a theoretical basis for the conservation of species resources.

네팔 르왕지역의 지속적 유기농차 재배 방향 (Prospect of Sustainable Organic Tea Farming in Lwang, Kaski, Nepa)

  • 장광진;황대선;박철호;전운성;전상호;비노드
    • 현장농수산연구지
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    • 제12권1호
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    • pp.137-150
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    • 2010
  • 1. Lwang은 해발 1,200m 정도의 산악지역으로 일교차가 크고 햇볕의 양이 많은 지역으로 토양산도는 차재배에 이상적인 pH(H2O)가 평균 5.60이다. 2. pH(KCL) 4.26으로 이상적이다. 그러나 두 pH 차이가 1.34으로 심한 양분 부족 현상을 보이며 토양 EC가 0.05 mS/cm로 심각한 토양 수탈현상을 보이고 있다. 3. 토양의 산화환원전위(ORP)는 393mV로 아주 이상적인 토양을 보이고 있다. 토양산도와 함께 산화환원전위(ORP)는 좋은 유기농 차를 만드는데 큰 역할을 하고 있다. 4. 차는 연중 양분(養分)을 흡수하고 있는데, 측정 결과는 전 항목에서 심한 양분의 부족현상을 보여 향후 유기물의 투입이 요구되고 있다.

발정주기 중 흰쥐 부신에서의 카테콜아민 합성과 분비 변화 (Alteration of Biosynthesis and Secretion of Adrenal Catecholamines in Cycling Rat)

  • 이성호
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제6권2호
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    • pp.105-110
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    • 2002
  • 포유동물의 생식을 조절하는 다수의 호르몬 가운데 가장 중요한 것들로 난소로부터의 estrogen과 progesterone을 들 수 있다. 반면 다양한 스트레스 인자들은 암컷의 성 반응 행동과 번식을 억제함이 잘 알려졌다. 이러한 스트레스가 가해지는 동안 부신에서는 카테콜아민(catecholamine)이 다량 분비되어 위기 상황에 대처하며 이 과정에서 생식 현상의 억제가 일어나는 것으로 추정된다. 본 연구에서는 생식호르몬 분비와 성 행동 양식에 광범위한 영향을 미침이 알려진 카테콜아민 중 특히 부신의 norepinephrine(NE)과 epinephrine(E) 합성ㆍ분비 양상과 발정주기 간의 상관관계를 조사하였다. 이를 위해 HPLC-ECD를 사용하여 주기 중인 흰쥐 부신 수질내 NE와 E함량과 체외 배양한 부신으로부터의 분비를 조사하였다. NE 함량은 proestrus에서 증가하기 시작하여 diestrus I에서 최고에 도달하였고, diestrus II에 최소치로 감소하였다. 부신 내 E 함량의 최고치는 proestrus, 그리고 최저치는 diestrus II에서 관찰되었다. 흰쥐 부신 내 NE : E ratio는 diestrus I에서 1 : 4.81로 가장 낮았고 기타 시기에는 1 : 6.13~7.02였다. 체외 배양한 흰쥐 부신으로부터의 NE 분비는 diestrus II에서 가장 낮았으며 estrus에서 최고에 도달하였고, proestrus에서의 분비 역시 diestrus II 때보다 유의성있게 높았다. E분비의 최고치는 estrus에서, 그리고 최저치는 diestrus 떼서 II 관찰되었다. 한편 배양액 중 Ne : E ratio는 estrus에서 1 : 3.32로 가장 높았고 기타 시기에는 1 : 2.34~2.65였다. 본 연구 결과는 (1) 흰쥐 부신에서 카테콜아민 생성과 분비 양상이 발정주기 중 역동적으로 변화하며, (2) NE로부터 E로의 전환이 발정주기 중 stage-specific하게 일어남을 나타내는 것으로서, 이는 카테콜아민 합성율을 결정하는 rate limiting enzyme인 tyrosine hydroxylase(TH)와 NE에서 E로의 전환 과정을 매개하는 phenylethanolamine-N-methyltransferase(PNMT)의 발현과 활성이 중추신경계에서와 유사하게 생식호르몬, 특히 estrogen and/or progesterone의 영향을 받음을 시사한다.

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