• Genomics & Informatics
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• 제14권1호
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• pp.29-33
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• 2016

A retron is a bacterial retroelement that encodes an RNA gene and a reverse transcriptase (RT). The former, once transcribed, works as a template primer for reverse transcription by the latter. The resulting DNA is covalently linked to the upstream part of the RNA; this chimera is called multicopy single-stranded DNA (msDNA), which is extrachromosomal DNA found in many bacterial species. Based on the conserved features in the eight known msDNA sequences, we developed a detection method and applied it to scan National Center for Biotechnology Information (NCBI) RefSeq bacterial genome sequences. Among 16,844 bacterial sequences possessing a retron-type RT domain, we identified 48 unique types of msDNA. Currently, the biological role of msDNA is not well understood. Our work will be a useful tool in studying the distribution, evolution, and physiological role of msDNA.

• 한국엔터테인먼트산업학회논문지
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• 제14권7호
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• pp.309-318
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• 2020

지금까지의 미야자키 하야오 작품 연구의 경향은 작품의 미학적 분석 및 사회적 의의에 치중되어 왔다. 본 논문은 3막 구조, 혹은 8 시퀀스 구조라고 불리는 내러티브 구조 및 주요 등장인물의 갈등을 유발하는 대립자 등 할리우드의 규범적 스토리텔링의 요소를 변주하여 차용하는 미야자키 하야오의 스토리텔링 전략에 대한 구체적인 분석을 수행하고, 이와 같은 변칙적인 스토리텔링으로 인해 야기될 수 있는 서사상의 단점이 해당 작품의 설화적, 그리고 동화적 성격으로 인해 상호보완 된 사례를 살핌으로써 미야자키 하야오 작품 연구의 다각화에 기여하고자 한다. 이를 위해 본 논문은 주인공의 목표를 방해하는 특정 대립자의 존재 없이 상황과 인물 관계의 설정만으로 이에 상응하는 극적 효과를 성취한 <이웃집 토토로>와 첫 번째 대립자가 극의 중간점 전후로 아군으로 돌아서는 <하울의 움직이는 성>과 <센과 치히로의 행방불명>의 대안적 대립 운용의 사례를 살펴보았다. 또한 해당 작품들의 내러티브 전개가 서사 구조상의 구획을 축약하고 확장하는 등, 8 시퀀스 구조의 재구성을 통해 관객을 흥미를 효과적으로 유발하는 설화적 스토리텔링의 구조를 성취한 사례의 구체적인 분석을 수행하였다.

• 생명과학회지
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• 제13권6호
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• pp.958-969
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• 2003

인간 Y 염색체는 엄격히 부계 유전되고 그 길이의 대부분은 남성 감수분열 동안 교차가 일어나지 않는다. 비록 이영역이 비 재조합 영역 Y (non-recombining region Y: NRY)로 불려왔지만, 풍부한 재조합의 발견으로 그것은 남성 특이 영역 (male-specific region Y: MSY)으로 재 명명(命名)되었다. MSY는 이질염색질 (heterochromatin) 서열과 세가지 분류의 진정염색질 (euchromatin) 서열 (X-전위영역, X-퇴화영역, 증폭영역)이 모자이크화 되어있다. X-전위영역의 서열은 X 염색체의 상동 좌위와 약 99% 동일성을 가진다. X-퇴화영역 서열은 고대 상 염색체가 현대의 X와 Y 염색체로 진화되면서 남아 있는 부분이다. 증폭영역의 8개의 회문구조는 인간 Y염색체의 남성 특이영역의 4분의 1을 차지한다. 이들은 많은 정소 특이 유전자를 포함하고, 회문구조서열 사이의 상동성은 약 99.97%이다. 이 회문구조의 양쪽 팔은 계속되는 유전자 교환에 의해 유지되며, 서로 협력하여 진화된다. 새로 태어나는 남성당 평균 약 600 염기당 하나가 Y-Y유전자 교환을 겪고, 정소 특이적 다중유전자군의 진화에 중요한 역할을 한다.

• Toxicological Research
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• 제8권2호
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• pp.331-342
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• 1992

The chicken major histocompatibility complex (MHC), the B complex, is beginning to be analyzed at the DNA level. Inbred lines of chickens have been reported to possess 3~5 MHC class II genes. To further analyzed the molecular structure of the chicken MHC class II genes, cDNA clones coding for chicken MHC class II (B-L) ${\beta}$ chain molecules were isolated from chicken spleen and liver. Tissue-specific transcription of B-L ${\beta}$genes was studied by Northern blot analysis. A high level of expression was detected for spleen poly(A)$^+$ RNA whereas a faint signal was detected for liver poly(A)$^+$ RNA. Twenty-nine cDNA clones were isolated from the spleen and eight cDNA clones were isolated from the liver. Based on restriction maps, most clones could be clustered into one family of genes. Four cDNA clones were sequenced (S7, S10 and S19 from the spleen and L1, which was identical to S19, from the liver). Complete amino acid sequences of B-L ${\beta}$ chain molecules were predicated from the nucleotide sequences of the cDNA clones. Although both the nature and the location of the conserved residues were similar in chicken and mammalian sequences, some species-specific differences were found, suggesting that the structures of the B-L molecules are similar, but not identical to their mammalian counterparts.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제35권4호
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• pp.317-327
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• 2008

Phytocystatins, which are inhibitors of plant cysteine peptidases, are involved in the regulation of protein turnover and in the defense against insect pests and pathogens. Extensive searches in the Brassica rapa genome allowed the prediction of at least eight different phytocystatin genes on seven chromosomes in the B. rapa genome. Structure comparisons based on alignments of the all BrCYS ($\underline{B}$. $\underline{r}apa$ $phyto{\underline{cys}}tatin$) proteins using the CLUSTALW program revealed conservation of the three consensus motifs known to interact with the active site of cysteine peptidases. According to the phylogenetic analysis based on the deduced amino acid sequences, the eight BrCYS proteins were divided into several clusters related to the orthologous phytocystatin. The predicted three-dimensional structure models of the eight BrCYS proteins demonstrate that all of these proteins are similar to the reported crystal structure of oryzacystatin-I (OC-I). Digital northern and RT-PCR analyses indicated that the eight BrCYS genes exhibit different expression patterns in B. rapa tissues and respond differently to abiotic stimuli. The differences in gene structure and expression between the eight BrCYS genes suggest that these proteins may play diverse physiological roles in B. rapa and may interact with cysteine peptidases through different mechanisms.

• 천문학회지
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• 제44권1호
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• pp.13-21
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• 2011

We model dust around Herbig Ae/Be stars using a radiative transfer model for multiple isothermal circumstellar dust shells to reproduce the multiple broad peaks in their spectral energy distributions (SEDs). Using the opacity functions for various types of dust grains at different temperatures, we calculate the radiative transfer model SEDs for multiple dust shells. For eight sample stars, we compare the model results with the observed SEDs including the Infrared Space Observatory (ISO) and AKARI data. We present model parameters for the best fit model SEDs that would be helpful to understand the overall structure of dust envelopes around Herbig Ae/Be stars. We find that at least four separate dust components are required to reproduce the observed SEDs. For all the sample stars, two innermost dust components (a hot component of 1000-1500 K and a warm component of 300-600 K) with amorphous silicate and carbon grains are needed. Crystalline dust grains (corundum, forsterite, olivine, and water ice) are needed for some objects. Some crystalline dust grains exist in cold regions as well as in hot inner shells.

• 한국지능시스템학회:학술대회논문집
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• 한국퍼지및지능시스템학회 1998년도 추계학술대회 학술발표 논문집
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• pp.255-262
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• 1998

This paper presents a translation, rotation and scale invariant methodology for the recognition of closed planar shape images using the bispectrum of a contour sequence and the learning vector quantization(LVQ) neural classifier. The contour sequences obtained from the closed planar images represent the Euclidean distance between the centroid and all boundary pixels of the shape, and are related to the overall shape of the images. The higher order spectra based on third order cumulants is applied to tihs contour sample to extract fifteen bispectral feature vectors for each planar image. There feature vector, which are invariant to shape translation, rotation and scale transformation, can be used to represent two0dimensional planar images and are fed into a neural network classifier. The LVQ architecture is chosen as a neural classifier because the network is easy and fast to train, the structure is relatively simple. The experimental recognition processes with eight different hapes of aircraft images are presented to illustrate the high performance of this proposed method even the target images are significantly corrupted by noise.

• 한국전통조경학회지
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• 제37권4호
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• pp.32-50
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• 2019

본 연구는 고군산 선유팔경이 설정된 경위와 각 경점의 경관특성을 고찰한 것으로 요약된 결론은 다음과 같다. 첫째, 1969년 이래 설정된 경점은 수차례 그 내용과 순서가 바뀌었고 표제어 또한 일정한 변천과정이 확인된다. 70년대까지 알려진 팔경은 공식적인 팔경명이 없거나 고군산팔경으로 명명된 경우가 많았으며, 무산십이봉이 제외된 구성을 보인다. 또한 팔경의 경점이 시기별로 제각각인 유형도 나타나는데, 따라서 선유팔경의 초기 형태는 인근 지역의 팔경을 참조하되, 고군산군도 특히 선유도의 경승이 취사선택된 것이었음을 알 수 있다. 둘째, 현재와 같은 팔경 요소가 모두 충족되어 나타나는 2000년대 초의 선유팔경은 순번이 명시되어 있고 표제어가 네 글자로 정제되어 있어 전통적인 팔경의 명명법을 따르고 있다. 이때 제1경이 망주폭포로 설정되고 선유낙조가 제8경으로 구분되기도 하였는데, 현재는 제1경이 선유낙조, 제2경이 망주폭포의 순서로 확정되었다. 이러한 경처 순서의 변화는 시기별 대표 경관자원이 달랐다는 점을 잘 보여준다. 셋째, 정체성과 완결성이 약한 점은 선유팔경에 내재된 문제점으로 지적된다. 무엇보다 설정주체와 설정시기가 모호하며, 선행되는 옥구팔경, 임피팔경 등 인근 지역의 팔경사례를 답습한 흔적이 역력하다. 또한 경관대상에 대한 지식정보, 조망하는 시점의 명시, 역사·문화적 배경 등이 모호하여 정제되지 않은 불완전한 체계를 갖는 것으로 평가된다. 넷째, 제1경 선유낙조는 전체 경점을 대표하는 것을 넘어 팔경 전체를 지배하는 주도적인 이미지를 갖는다. 일시적 경관인 낙조가 제일의 경관이 될 수 있었던 것은 그것이 선유도의 아름다운 자연적 요소들이 융합하여 만들어진 경관의 총체로 인식되었기 때문이었다. 따라서 선유낙조를 기점으로 선유도 및 고군산군도 전체 경관을 탐색해 보고자 하는 기왕의 인식을 활용하여, 다른 고군산군도 경관자원의 가치 고양시킬 여지는 충분하다고 판단되며, 이를 위해서 각 경점의 정체성과 완결성을 강화하는 작업이 추가되어야 할 것으로 사료된다.

• 한국환경생태학회지
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• 제29권5호
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• pp.693-702
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• 2015

동절기에 제주도 지역에서 도래하는 떼까마귀의 유전적 특성과 집단 간 유연관계를 구명하기 위해, 미토콘드리아 COI 유전자 서열의 다형성에 기반한 모계 계통 구조와 계통 유연관계를 분석하였다. 떼까마귀 DNA는 우도와 제주도 내에서 발견된 깃털과 사체 시료에서 분리하였다. 결정된 COI 서열들(n=41)은 떼까마귀(Corvus frugilegus)에서 기존에 보고된 서열들과 97.0% 이상 일치하였다. 제주도 떼까마귀 COI 서열들은 3가지 haplotype(J01-J03)으로 구분되었으나 지역-특이적인 양상을 보이지 않아, 이들이 하나의 모계 기원에서 유래한 집단임을 알 수 있었다. 떼까마귀 전체 COI 서열에서 8개의 COI haplotype들이 발견되었다. 이 중 3가지 haplotype들은 러시아 동부, 몽골, 한국 등 동북아시아의 COI 서열들을 포함하였고, 나머지 5가지는 중앙아시아, 중동아시아, 러시아 서부, 유럽국가의 떼까마귀에서 발견되었다. 계통수 상에서 떼까마귀의 COI 서열들은 측소적 종분화 단계인 2아종, C. f. frugilegus와 C. f. pastinator인 2개의 모계 계통으로 뚜렷하게 구분되었다. DNA barcoding 분석을 통한 연구결과는 모계 계통의 구조, 계통 유연관계 및 분자생태를 이해하는 데 중요한 정보를 제공할 것이다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제27권3호
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• pp.145-158
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• 2024

Life history characteristics, habitat landscape, and historical events are believed to have shaped the patterns of genetic variation in many taxa. The bony lip barb, Osteohilus vittatus, represent a potamodromous fish that complete all life cycle in freshwater and is widely distributed in Southeast Asia. It usually lives in small rivers and other freshwater habitats, and movement between habitats for either food or reproduction has been typical. These life history characteristics may promote gene flow, leading to less structured populations. However, many freshwater habitats are fragmented, which restricts gene flow. We investigate how this interplay has shaped patterns of genetic variation and phylogeographic structure within this species in the Sundaland, a biodiversity hotspot with a complex geological history, using mitochondrial cytochrome oxidase I (mtCOI) as a genetic marker. Forty-six mtCOI sequences of 506 bp long were collected from ten localities, eight geographically isolated and two connected. The sequences were used for population genetic and phylogeographic analyses. Our results showed a low genetic diversity within populations but high between populations. There was a deep phylogeographic structure among geographically isolated populations but a lack of such structure in the connected habitats. Among geographically isolated populations, sequence divergence was revealed, ranging from 1.8% between Java and Sumatra populations to 12.2% between Malaysia and Vietnam. An indication of structuring was also observed among localities that are geographically closer but without connectivity. We conclude that despite high dispersal capacity, the joint effects of historical events, long-term geographic isolation associated with sea level oscillation during the Pleistocene, and restricted gene flow related to lack of habitat connectivity have shaped the phylogeographic structure within the O. vittatus over the Sundaland.