A stuructural gene (ycl) encoding novel yeast cell wall hydrolase, YCL, was cloned from alkalophilic Bacillus alcalophilus subsp. YB380 by PCR, and transformed into E. coli JM83. Based on the N-terminal and internal amino acid sequences of the enzyme, primers were designed for PCr. The positive clone that harbors 1.8 kb of the yeast cell wall hydrolase gene was selected by the colony hybridization method with a PCR fragment as a probe. According to the computer analysis, this gene contained a 400-base-paired N-terminal domain of the enzyme. Based on nucletide homology of the cloned gene, a 850 bp fragment was amplified and the C-terminal domain of the enzyme was sequenced. With a combination of the two sequences, a full nucleotide sequence for YCL was obtained. This gene, ycl, consisted of 1,297 nucleotides with 27 nucleotides with 27 amino acids of signal sequence, 83 redundant amino acids of prosequence, and 265 amino acids of the mature protein. This gene was then cloned into the pJH27 shuttle vector and transformed into the Bacillus subtilis DB104 to express the enzyme. It was confirmed that the expressed cell wall hydrolase that was produced by Bacillus subtilis DB104 was the same as that of the donor strain, by Western blot using polyclonal antibody (IgY) prepared from White Leghorn hen. Purified yeast cell wall hydrolase and expressed recombinant protein showed a single band at the same position in the Western blot analysis.
Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
/
v.10
no.6
/
pp.1287-1291
/
2009
The genes of cyanide hydratase(CHT), a kind of nitrilases whichhydrolyze cyanide to formamide were extracted from N. crassa and A. nidulans, the two fungal strains. The recombinant forms of the CHT originated from N. crassa and A. nidulans were prepared with N-terminal hexahistidine purificationtags or no tags, and expressed in E. coli. The enzymes were purified using immobilized metal affinity chromatography. They were compared according to their pH activity profiles, and kinetic parameters. The N. crassa CHT has the wider pH range of activity above 50% and three-fold higher turnover rate (6.6 ${\times}$$10^8$$min^{-1}$) than the A. nidulans, meanwhile the CHT of A. nidulans has the higher $K_m$ value. Expression of CHT in both N. crassa and A. nidulans were induced by the presence of KCN, regardless of any presence of nitrogen sources. Max. 82% of KCN was degraded in 60 min for biological degradation tests.
In order to improve the expression of heat-resistant xylanase XYNB from Aspergillus niger SCTCC 400264, XynB has been cloned into Pichia pastoris secretary vector pPIC9K. The XynB production of recombinant P. pastoris was four times that of E. coli, and the $V_{max}$ and specific activity of XynB reached $2,547.7{\mu}mol/mg$ and 4,757 U/mg, respectively. XynB still had 74% residual enzyme activity after 30 min of heat treatment at $80^{\circ}C$. From the van der Waals force analysis of XYNB (ACN89393 and AAS67299), there is one more oxygen radical in AAS67299 in their catalytic site, indicating that the local cavity is much more free, and it is more optimal for substrate binding, affinity reaction, and proton transfer, etc, and eventually increasing enzyme activity. The H-bonds analysis of XYNB indicated that there are two more H-bonds in the 33rd Ser of XYNB (AAS67299) than in the 33rd Ala(ACN89393 ), and two H-bonds between Ser70 and Asp67.
The bacterium Sphingomonas chungbukensis DJ77 produces the extracellular polysaccharide gellan in high yield. Gellan produced by this bacterium is widely used as a gelling agent, and the enzyme UDP-glucose pyrophosphorylase (UGP) is thought to play a key role in the gellan biosynthetic pathway. The UGP gene has been successfully cloned and over-expressed in E. coli. The expressed enzyme was purified with a molecular weight of approximately 32 kDa, as determined by a SDS-polyacrylamide gel, but the enzyme appears as ca. 63 kDa on a native gel, suggesting that the enzyme is present in a homodimer. Kinetic analysis of UDP-glucose for UGP indicates $K_m$ = 1.14 mM and $V_{max}$ = 10.09 mM/min/mg at pH 8.0, which was determined to be the optimal pH for UGP catalytic activity. Amino acid sequence alignment against other bacteria suggests that the UGP contains two conserved domains: An activator binding site and a glucose-1-phosphate binding site. Site-directed mutagenesis of Lys194, located within the glucose-1-phosphate binding site, indicates that substitution of the charge-reversible residue Asp for Lys194 dramatically impairs the UGP activity, supporting the hypothesis that Lys194 plays a critical role in the catalysis.
Measurement of estrogen concentration in bio-samples are very important for differential diagnosis of various disease or evaluation of health status. However, it is difficult to collect immediate data of estrogen concentration because they are measured by radioimmunoassay or chromatography which need time- and cost-consuming sample pre-treatment. This study was performed for development of new estrogen biosensor employing taste principles, and for evaluation of cross reactivity between various steroid hormones. Gene sequence of ligand binding domain of ${\alpha}$-human estrogen receptor (amino acid 302-553; hER-LBD) was cloned from human breast cancer cell line. The proteins of hER-LBD were produced by T7-E.coli expression system, and isolated by chromatography. hER-LBD were coated on the gold plated quartz crystal (AT-cut 9MHz), and resonance frequencies were measured by universal frequency counter. Estradiol, progesterone, testosterone, and aldosterone were used for cross reactivity of the hER-LBD. We also monitored influences of pH change in resonance frequency. The resonance frequencies of hER-LBD coated quartz crystal were decreased during increase of estrogen concentration from $15 \;{\mu}g/mL$ to $50\;{\mu}g/mL$. However, similar steroid hormones, progesterone and aldosterone, did not elicit the change in resonance frequency. Testosterone evoke weak change in resonance frequency. The new estrogen biosensor was more sensitive in pH 7.2 than in pH 7.6. These results suggest that hER-LBD coated quartz crystal biosensor is a probable estrogen biosensor.
L-asparaginase (EC 3.5.1.1) catalyzes the hydrolysis of the amide group of L-asparagine, releasing aspartate and $NH_4{^+}$. We isolated a low temperature-inducible cDNA sequence encoding L-asparaginase from soybean leaves. The full-length L-asparaginase cDNA, designated GmASP1, contains an open reading frame of 1,258 bp coding for a protein of 326 amino acids. Genomic DNA blotting and fluorescence in situ hybridization showed that the soybean genome has two copies of GmASP1. GmASP1 mRNA was induced by low temperature, ABA and NaCl, but not by heat shock or drought stress. E. coli cells expressing recombinant GmASP1 had 3-fold increased L-asparaginase activity. A possible function of L-asparaginase in the early response to low temperature stress is discussed.
Kim, Young Woo;Choi, Jae Young;Chang, Jin Woo;Park, Yong Gou;Chung, Sang Sup
Journal of Korean Neurosurgical Society
/
v.30
no.sup1
/
pp.13-19
/
2001
Objective : We investigated the feasibility of a double suicide gene/prodrug therapy, involving direct introduction of the herpes simplex virus Type 1 thymidine kinase(TK) gene and the Escherichia coli cytosine deaminase(CD) gene, via a recombinant adenoviral vector and ganciclovir(GCV) and/or 5-fluorocytosine(5-FC) treatment, in C6 glioma cells. Methods : Efficient gene transfer and transduction of C6 glioma cells via a recombinant adenovirus were evaluated by infecting cells with adenovirus bearing the ${\beta}$-galactosidase gene and then staining cells with 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-13-D-galactoside. CD/TK expression in cells infected with adenovirus bearing the CD/TK gene(ad-CD/TK) was examined by immunoblotting analysis. For in vitro cytotoxicity experiments, the cells were infected with ad-CD/TK or ad-${\Delta}E1$(as a control). After addition of a variety of concentrations of GCV and 5-FU, either separately or in combination, cell viability was determined by staining the cells with crystal violet solution 6 days after infection. Result : C6 glioma cells were efficiently transduced with recombinant adenoviral vector at multiplicities of infection of 200 or more. In vitro cytotoxicity of GCV and/or 5-FC, either alone or in combination, was exclusively observed in the cells transduced with ad-CD/TK. Obvious cytotoxicity(>50% inhibition) was observed in the presence of 5-FC at concentrations greater than 30ug/ml or GCV at concentrations greater than 0.3ug/ml at a multiplicity of infection of 100. Additionally, cytotoxicity in the presence of both GCV and 5-FC was greater than that after sinlge-prodrug treatments, indicating additive effects of the prodrug treatments. Conclusion : The administration of a double-suicide gene/prodrug therapy might have great potential in the treatment of brain tumors.
The engineered Aspergillus oryzae has a high NADPH demand for xylose utilization and overproduction of target metabolites. Glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PDH, E.C. 1.1.1.49) is one of two key enzymes in the oxidative part of the pentose phosphate pathway, and is also the main enzyme involved in NADPH regeneration. The open reading frame and cDNA of the putative A. oryzae G6PDH (AoG6PDH) were obtained, followed by heterogeneous expression in Escherichia coli and purification as a his6-tagged protein. The purified protein was characterized to be in possession of G6PDH activity with a molecular mass of 118.0 kDa. The enzyme displayed maximal activity at pH 7.5 and the optimal temperature was $50^{\circ}C$. This enzyme also had a half-life of 33.3 min at $40^{\circ}C$. Kinetics assay showed that AoG6PDH was strictly dependent on $NADP^+$ ($K_m=6.3{\mu}M$, $k_{cat}=1000.0s^{-1}$, $k_{cat}/K_m=158.7s^{-1}{\cdot}{\mu}M^{-1}$) as cofactor. The $K_m$ and $k_{cat}/K_m$ values of glucose-6-phosphate were $109.7s^{-1}{\cdot}{\mu}M^{-1}$ and $9.1s^{-1}{\cdot}{\mu}M^{-1}$ respectively. Initial velocity and product inhibition analyses indicated the catalytic reaction followed a two-substrate, steady-state, ordered BiBi mechanism, where $NADP^+$ was the first substrate bound to the enzyme and NADPH was the second product released from the catalytic complex. The established kinetic model could be applied in further regulation of the pentose phosphate pathway and NADPH regeneration of A. oryzae to improve its xylose utilization and yields of valued metabolites.
The transcriptional capacities of target genes are strongly influenced by promoters, whereas few studies have focused on the development of robust, high-performance and cross-species promoters for wide application in different bacteria. In this work, four novel promoters (Pk.rtufB, Pk.r1, Pk.r2, and Pk.r3) were predicted from Ketogulonicigenium robustum and their inconsistency in the -10 and -35 region nucleotide sequences indicated they were different promoters. Their activities were evaluated by using green fluorescent protein (gfp) as a reporter in different species of bacteria, including K. vulgare SPU B805, Pseudomonas putida KT2440, Paracoccus denitrificans PD1222, Bacillus licheniformis and Raoultella ornithinolytica, due to their importance in metabolic engineering. Our results showed that the four promoters had different activities, with Pk.r1 showing the strongest activity in almost all of the experimental bacteria. By comparison with the commonly used promoters of E. coli (tufB, lac, lacUV5), K. vulgare (Psdh, Psndh) and P. putida KT2440 (JE111411), the four promoters showed significant differences due to only 12.62% nucleotide similarities, and relatively higher ability in regulating target gene expression. Further validation experiments confirmed their ability in initiating the target minCD cassette because of the shape changes under the promoter regulation. The overexpression of sorbose dehydrogenase and cytochrome c551 by Pk.r1 and Pk.r2 resulted in a 22.75% enhancement of 2-KGA yield, indicating their potential for practical application in metabolic engineering. This study demonstrates an example of applying bioinformatics to find new biological components for gene operation and provides four novel promoters with broad suitability, which enriches the usable range of promoters to realize accurate regulation in different genetic backgrounds.
Bae, Won-Young;Jung, Woo-Hyun;Shin, So Lim;Kwon, Seulgi;Sohn, Minn;Kim, Tae-Rahk
Food Science of Animal Resources
/
v.42
no.6
/
pp.1031-1045
/
2022
Postbiotics are defined as probiotics inactivated by heat, ultraviolet radiation, sonication, and other physical or chemical stresses. Postbiotics are more stable than probiotics, and these properties are advantageous for food additives and pharmacological agents. This study investigated the immunostimulatory effects of heat-treated Lactiplantibacillus plantarum LM1004 (HT-LM1004). Cellular fatty acid composition of L. plantarum LM1004 isolated form kimchi was analyzed by gas chromatography-mass spectrometry detection system. The nitric oxide (NO) content was estimated using Griess reagent. Immunostimulatory cytokines were evaluated using enzyme-linked immunosorbent assay. Relative protein expressions were evaluated by western blotting. Phagocytosis was measured using enzyme-labelled Escherichia coli particles. L. plantarum LM1004 showed 7 kinds of cellular fatty acids including palmitic acid (C16:0). The HT-LM1004 induced release of NO and upregulated the inducible NO synthase in RAW 264.7 macrophage cells. Tumor necrosis factor-α and interleukin-6 levels were also increased compared to control (non-treated macrophages). Furthermore, HT-LM1004 modulated mitogen-activated protein kinase (MAPK) subfamilies including p38 MAPK, extracellular signal-regulated kinase 1/2, and c-Jun N-terminal kinase. Therefore, these immunostimulatory effects were attributed to the production of transcriptional factors, such as nuclear factor kappa B (NF-κB) and the activator protein 1 family (AP-1). However, HT-LM1004 did not showed significant phagocytosis of RAW 264.7 macrophage cells. Overall, HT-LM1004 stimulated MAPK/AP-1 and NF-κB expression, resulting in the release of NO and cytokines. These results will contribute to the development of diverse types of food and pharmacological products for immunostimulatory agents with postbiotics.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.