• Genes and Genomics
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• 제40권11호
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• pp.1137-1148
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• 2018

Freshwater gobies Rhinogobius cliffordpopei and R. giurinus are invasive species with particular concern because they have become dominant and were fierce competitors in the invaded areas in Yunnan-Guizhou Plateau (southwest of China). Information about genetic characteristics of R. giurinus have been published, but there were still no relevant reports about R. cliffordpopei. In present study, the complete mitochondrial genome of R. cliffordpopei was determined, which was 16,511 bp in length with A+T content of 51.1%, consisting of 13 protein-coding genes, 22 tRNAs, 2 ribosomal RNAs, and a control region. The gene composition and the structural arrangement of the R. cliffordpopei complete mtDNA were identical to most of other teleosts. Phylogenetic analyses placed R. cliffordpopei in a well-supported monophyletic cluster with other Rhinogobius fish. But the phylogenetic relationship between genus Rhinogobius and Tridentiger remained to be resolved.

• Journal of Ecology and Environment
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• 제46권2호
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• pp.99-110
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• 2022

Background: Many investigations on phytoplankton from the Nakdong River carried out. However, since the weirs were constructed, only changes in phytoplankton biomass and dominant species have been restrictively studied in phytoplankton investigations in the Nakdong River. Added to this, any investigation on the phytoplankton flora has not been done in the Nakdong River. The aim of this study is to elucidate the characteristics of phytoplankton communities in the Nakdong River with the weirs built in it. Results: We observed a total of 103 taxa of Euglenophytes belonging to 8 genera from middle-lower part of the Nakdong River. The genus Trachelomonas was the most abundant group making up 40 taxa, followed Lepocinclis (20), Phacus (17), Strombomonas (14), Euglena (5), Colacium (3), Monomorphina (3) and Menoideum (1). Among them, a total of 22 taxa including Colacium (1), Lepocinclis (8), Phacus (4), Strombomonas (4) and Trachelomonas (5) were reported for the first time in Korea, and 86 taxa including those new to Korea were first recorded in the Nakdong River. All the species are illustrated with photomicrographs, and new to Korean species briefly discussed with regard to their taxonomy together with photomicrographs. Conclusions: The present study, a total of 22 taxa including one species of Colacium, 8 taxa of Lepocinclis, 4 taxa of Phacus, 4 taxa of Strombomonas and 5 taxa of Trachelomonas were reported for the first time in Korea, and 86 taxa including those new to Korea were first recorded in the Nakdong River.

• Mycobiology
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• 제50권5호
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• pp.317-325
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• 2022

Endophytic fungi occupy various ecological niches, which reinforces their diversity. As few studies have investigated the endophytic fungi of alpine conifers, we focused on four species of alpine conifers in this study-Abies nephrolepis, Pinus pumila, Taxus cuspidata var. nana, and Thuja koraiensis-and examined them for endophytic fungi. A total of 108 endophytic fungi were isolated. There were four taxa in A. nephrolepis, 12 in P. pumila, 18 in T. cuspidata var. nana, and 17 in T. koraiensis; these were divided into five classes: Agaricomycetes (3.2%), Dothideomycetes (29.0%), Leotiomycetes (15.0%), Sordariomycetes (41.9%), and Orbiliomycetes (1.6%). The most prevalent fungi were Sydowia polyspora (22.7%) and Xylariaceae sp. (22.7%) in P. pumila, Phomopsis juglandina (16.1%) in T. cuspidate var. nana, and Thuja-endophytes sp. 1 (70.0%) in T. koraiensis. However, there was no dominant species growing in A. nephrolepis. Some host plants were analyzed using next-generation sequencing. We obtained 4618 reads for A. nephrolepis and 2268 reads for T. koraiensis. At the genus level, the top three endophytic fungi were Ophiostomataceae_uc (64.6%), Nectriaceae_uc (15.5%), and unclassified organism (18.0%) in A. nephrolepis and Nectriaceae_uc (41.9%), Ophiostomataceae_uc (41.8%), and Magnaporthaceae_uc (9.2%) in T. koraiensis. Our results show that there are different communities of endophytic fungi among different host plants, even if the host plants are in the same region. Such ecological niches are important in terms of the ecological restoration of alpine conifers.

• 한국해양학회지:바다
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• 제12권3호
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• pp.186-190
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• 2007

The species composition and the biomass of intertidal microphytobenthos (MPB) were investigated at four sites in the Nakdong Estuary from Feb. to Dec. 2006. The chlorophyll (chl) ${\alpha}$ concentration showed a positive correlation with MPB abundance, and depth profiles showed similar patterns: high at the surface, rapidly decreasing within 4 cm from the surface, and slowly decreasing thereafter. A MANOVA analysis revealed that the chl ${\alpha}$ concentration varied significantly not only with depth, month, and site, but also with combinations of these factors. Among the four investigated sites, site D (Baekhabdeung) showed a seasonal biomass variation trend distinct from those of the other sites: higher in summer, decreased in autumn and with sustained low values until winter. As indicated, the other sites contrastingly showed low biomasses in summer, after which the biomasses continuously increased, with some variation among the sites. A cluster analysis of species composition indicated that sites near to each other and with similar sediment structures had closer similarities in the same seasons. The species of genus Amphora and Navicula were dominant at the four sites throughout the study period.

• 생태와환경
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• 제53권1호
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• pp.46-54
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• 2020

국내 하천에서 발생하는 준설 및 보 건설은 하천 연속성 차단과 교란을 유도하여 수서 생물서식환경에 변화를 가져온다. 본 연구에서는 4대강 보(이포보, IP; 세종보, SJ; 죽산보, JS; 강정고령보, GG; 달성보, DS)에 서식하는 깔따구 군집 분포를 조사하고 서식환경에 영향을 주는 여러 환경인자를 측정하였다. 조사 지역 중 IP, SJ은 다른 조사 지역에 비해 WT, pH, TOC, Chl-a가 낮은 수준을 보였으며, 깔따구 개체수 결과에서는 Chironominae, Orthocladinae, Tanypodinae가 비교적 균등한 수준으로 관찰되었다. 반면, JS, GG, DS는 Chironominae가 높은 비율로 우점하며, TOC와 Chl-a의 농도가 높게 나타났다. 각 조사 정점에 대한 깔따구 군집 조성의 특징과 환경요인을 반영한 집괴분석 결과 4대강 보는 3개의 그룹으로 구분되었으며, 이는 정점별 환경 차이와 깔따구의 대악 및 하순기절의 구조에 따른 먹이원 선호도 차이와 일치하였다. 따라서 본 연구에서는 연구 정점 간 먹이원의 차이에 의해 깔따구의 군집 구조의 차이가 나타나는 것을 확인하였으며, 향후 각 깔따구 과 별 주 먹이원에 대한 연구에 대한 필요성을 제시한다.

• 한방비만학회지
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• 제19권2호
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• pp.97-105
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• 2019

Objectives: We investigated differences between the tracheostomized and the non-tracheostomized stroke patients through microbiological analysis for the purpose of preliminary explorations of full-scale clinical research in the future. Methods: We collected tracheal aspirates samples from 5 stroke patients with tracheostomy and expectorated sputum samples from 5 stroke patients without tracheostomy. Genomic DNA from sputum samples was isolated using QIAamp DNA mini kit. The sequences were processed using Quantitative Insights into Microbial Ecology 1.9.0. Alpha-diversity was calculated using the Chao1 estimator. Beta-diversity was analyzed by UniFrac-based principal coordinates analysis (PCoA). To confirm taxa with different abundance among the groups, linear discriminant analysis effect size analysis was performed. Results: Although alpha-diversity value of the tracheostomized group was higher than that of the non-tracheostomized group, there was no statistically significant difference. In PCoA, clear separation was seen between clusters of the tracheostomized group and that of the non-tracheostomized group. In both groups, Bacteroidetes, Proteobacteria, Fusobacteria, Firmicutes, Actinobacteria were identified as dominant in phylum level. In particular, relative richness of Proteobacteria was found to be 31% more in the tracheotomized group (36.6%) than the non-tracheostomized group (5.6%)(P<0.05). In genus level, Neisseria (24%), Prevotella (17%), Streptococcus (13%), Fusobacteria (11%), Porphyromonas (7%) were identified as dominant in the tracheostomized group. In the non-tracheostomized group, Prevotella (38%), Veillonella (20%), Neisseria (9%) were genera that found to be dominant. Conclusions: It is meaningful in that the tracheostomized group has been identified a higher rate of microbiotas known as pathogenic in respiratory diseases compared to the non-tracheostomized group, confirming the possibility that the risk of opportunity infection may be higher.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제39권3호
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• pp.294-300
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• 2011

젓갈의 숙성에 미치는 bacteria의 역할 규명을 목표로 고염에서 생장하며 단백질 분해활성을 나타내는 bacteria를 멸치젓과 새우젓으로부터 분리하여 이들의 고염에서의 생장을 검토하였다. NaCl이 15% 첨가된 고체배지를 이용하여 bacteria를 분리한 경우, 멸치젓으로부터는 Bacillus 및 근연속이, 새우젓으로부터는 Staphylococcus 속이 우점으로 분리되었고, 멸치젓으로부터 분리된 Virgibacillus halodenitrificans와 새우젓으로부터 분리된 Halobacillus trueperi가 단백질 분해활성을 나타내었다. NaCl이 8% 첨가된 고체배지에서 단백질 분해활성을 나타낸 멸치젓 유래 bacteria는 Vb. halodenitrificans를 중심으로 한 Bacillus 근연 속으로 NaCl 농도 15%에서 생장하는 bacteria의 군집과 크게 다르지 않았다. 그러나 NaCl이 8% 첨가된 고체배지에서 단백질 분해 활성을 나타낸 새우젓 유래 bacteria는 NaCl 농도 15%에서 분리된 우점균 Staphylococcus, Salinicoccus, Salimicrobium 속이 아닌 Bacillus 속과 Planococcus, Salinivibrio 속으로 확인되어 새우젓의 우점종은 단백질 분해와 큰 관련이 없는 것으로 추정된다. 멸치젓의 우점종 Vb. halodenitrificans와 새우젓의 우점종 Staphylococcus equorum은 NaCl이 25% 첨가된 배지에서도 생장을 나타내어 젓갈 숙성과 높은 관련성을 가지고 있으며, 종균으로 이용될 높은 가능성을 가지고 있다.

• 한국환경생태학회지
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• 제31권1호
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• pp.72-80
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• 2017

2015년 6월부터 9월까지 보길도 일대의 소하천의 12개 조사지점에서 담수어류상 및 어류 군집구조를 분석하였다. 조사기간 동안 9과 17속 21종의 어류가 채집되었다. 망둑어과(10종, 1,157개체; 상대풍부도 (RA), 40.9%)가 우점과로 나타났고, 아우점과는 잉어과 (3종, 500개체), 숭어과(2종, 168개체)순으로 나타났다. 버들치(RA 20.7%, 397개체)가 우점종으로 나타났으며, 아우점종은 꾹저구(19.5%, 373개체), 사백어(17.2%, 330개체), 가숭어(8.5%, 163개체) 순으로 나타났다. 보길도에서 채집된 담수어류 중 생활형 구분으로 일차담수어가 9종(42.9%), 주연성 어종 11종(52.4%), 양측회유성 어종 1종(4.8%)으로 나타났다. 한반도 고유종 및 외래어종은 보길도에서 한종도 출현하지 않았다. 군집분석 결과에 따르면, 종 풍부도 지수 및 종 다양도 지수는 다른 지점에 비해 많은 종이 출현한 부황천 최하류 구간(S8)에서 각각 1.831, 1.957로 높게 나타났으며, 중류구간 (S4)에서 0으로 가장 낮게 나타났다. 반면, 우점도 지수는 중류구간(S4) 1로 높게 나타났으며, 최하류 구간(S8)에서 0.17로 낮게 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제55권3호
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• pp.268-273
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• 2019

장 내에 존재하는 microbiome은 생활환경, 나이와 섭취하는 음식물에 따라 변하게 된다. 본논문에서는 모유를 섭취한 영아와 분유를 섭취한 영아들에 대한 장내미생물 군집의 변화를 비교하였다. 미생물의 군집변화를 차세대 염기서열 분석기법을 이용하여 분석하였으며 총 80개의 영아 분변을 통해 미생물 군집변화를 확인하였다. 모유그룹(BIG)과 분유그룹(FIG-A, FIG-B, FIG-C)간의 장내세균의 군집을 비교한 결과 BIG에서는 Actinobacteria 문이 전체 군집의 $74.22{\pm}3.48%$로 우점을 차지하였다. 분유그룹의 Actinobacteria 문을 비교하였을 때 FIG-A는 $73.46{\pm}4.12%$였지만 FIG-B와 FIG-C는 $66.52{\pm}5.80%$와 $68.88{\pm}4.33%$로 BIG와 FIG-A에 비해 낮은 비율을 보였다. 속(genus) 수준에서 살펴보면 Bifidobacterium이 전체 미생물군집에서 가장 높은 비율로 분포하고 있었으며 BIG가 $73.09{\pm}2.31%$로 가장 높았고 FIG-A, FIG-B 및 FIG-C는 각각 $72.25{\pm}4.93%$, $63.81{\pm}6.05%$ 및 $67.42{\pm}5.36%$를 차지하였다. Bifidobacterium 종의 경우 모든 그룹에서 Bifidobacterium longum이 우점을 차지하고 있었으며 BIG와 FIG-A가 전체 군집의 $68.77{\pm}6.07%$와 $66.85{\pm}5.80%$를 차지하였다. 이에 반해 FIG-B와 FIG-C는 각각 $58.94{\pm}6.20%$와 $61.86{\pm}5.31%$로 BIG와 FIG-A보다 낮은 비율로 분포하는 것을 분석하였다. FIG-A가 섭취한 분유는 Bifidobacterium의 선택적 증식이 우수하다고 알려진 갈락토올리고당, 갈락토실락토스, 시너지올리고당, 비피도올리고 및 장내균총개선소재를 혼합한 5-Bifidus factor 복합물이 포함되어 있다. 이와 같은 5-Bifidus factor라는 유산균에 대한 증식능이 우수한 프리바이오틱스를 혼합하였기 때문에 모유를 섭취한 영아의 장내에 존재하는 Bifidobacterium 속의 군집과 유사하게 나타난 것으로 판단된다.

• 한국산림과학회지
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• 제54권1호
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• pp.49-59
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• 1981

충북(忠北) 경북지방(慶北地方) 적송림(赤松林)의 천이과정(遷移過程)을 연구(硏究)하기 위하여 솔잎흑파리의 발생시기(發生時期)의 신구(新舊)에 따라 무피해지(無被害地)(대조구(對照區))로서 청원(淸原)(A), 피해중간지(被害中間地)(5년전(年前)에 피해발생(被害發生))로서 구미(亀尾)(B), 피해극심지(被害極甚地)(10년전(年前)에 피해발생(被害發生))로서 영동(永同)(C) 지역(地域)을 설정(設定)하고 각조사지역별(各調査地域別) 환경요인(環境要因)과 식생상태(植生狀態)를 조사(調査)하여 환경요인(環境要因)과 식생상태(植生狀態)와의 관계(關係), 삼림군집구조(森林群集構造)의 비교(比較), 식물상(植物相)의 변화등(變化等)을 분석(分析)한 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. 1. 솔잎혹파리의 피해(被害)에 의하여 초기(初期)에 소나무의 낙엽량(落葉量)이 증가(増加)하고, 광조건(光條件), 토괴조건(土壞條件) 등(等)의 환경요인(還境要因)의 변화(變化)에 따라 식생구성(植生構成)에 변화(變化)가 생겨, 대상수종(代償樹種)으로 참나무류(類)가 발달(發達)했다. 본조사지역내(本調査地域內)에서는 참나무류중(類中) 갈참나무, 졸참나무, 상수리나무, 굴참나무 및 신갈나무의 상대우점치(相對優占値)의 증가(増加)가 유의적(有意的)이었다. 2. 솔잎혹파리의 피해(被害)가 심(甚)해질수록 조사지역별(調査地域別), 조사구별(調査區別)의 종구성상태(種構成狀態)가 점차 다양(多樣)해지나, 그 후(後) 피해(被害)가 지속(持續)되어 식생상태(植生狀態)가 재구성(再構成)됨에 따라 종구성상태(種構成狀態)는 다시 단순화(單純化)되는 것으로 나타났다. 3. 상대밀도(相對密度) 및 상대우점치(相對優占値)의 상대치(相對値)에 의한 식생천이(植生遷移)를 종합분석(綜合分析)한 결과(結果) 소나무가 우점종(優占種)을 이루는 본조사지역내(本調査地域內)에서는 솔잎혹파리의 피해(被害)가 지속(持續)됨에 따라 참나무류(類)가 우점종(優占種)으로 나타나며 진달래류(類), 싸리류등(類等)이 하층식생(下層植生)을 구성(構成)하는 삼림군집(森林群集)으로 변화(變化)되는 것으로 나타났다. 4. 식생(植生)에 미친 토심(土深), 토괴함수량(土壞含水量), 유기물함량(有機物含量), 그리고 유기물층(有機物層)의 두께는 본조사대상지(本調査對象地)의 범위내에 있어서는 거의 같은 것으로 사료(思料)된다. 연평균강수량(年平均降水量)과 온도(溫度)도 조사대상지간(調査對象地間)에 있어서 유사(類似)하였다고 본다.