The difrrrenlial display reverse transcription polymerase chain reaction (DDRT-PCR) aniilysis roils performed to identify the pathogellir strain specific amplicons. mRNAs were purified from the trophozoites of the pathogenif strain YS-27 and the non-pathogenic strain S 16. respectively. Three kinds of rirsl stranded rDNAs were reverse transcribed from the mRNAs by one base anchored oligo-dT 11M (M: A. C, or G) primers. Each cDNA lemplatr was used for DDRT-PCK analysis. A total of 144 pathogenic strain specific amplicons was observed in DDRT-PCR analysis using primer combinations of the 11 arbitrary primers and the 3 one base anchored oli해-dT11M primers. Of these 31 amplit'tons were verified as the amplirons amplified only from the mRNAs of the pathogenic strain by DNA slots biol llybridizatioil. Furthel cklaracleization of the 31 pathogenic strain sprcifil amplicons by DNA slot blot hybridlnation analysis using biotin labeled Probes or the PCR amplified DNA of rysteine proteinase genes revealed that 21 of them were amplliried from the maNAs of the cysteine proteinase genes. Four randomly selected amplirons out of the rest 10 amplirons were used fur screening of cDNA library followed by immunoscreening and all of them were turned outs to be amplified from the mRNA.
Agrocybe cylindracea, an edible mushroom belonging to Bolbitiaceae, Agaricales, is widely used as invaluable medicinal material in the oriental countries. This study was initiated to find the genes expressed during the fruiting body formation of A. cylindracea. The cDNAs expressed differentially during fruiting body morphogenesis of A. cylindracea were isolated through subtractive hybridization between vegetative mycelia and fruiting bodies. The cDNAs expressed in the fruiting body morphogenesis of A. cylindracea were cloned and twenty genes were identified. Eleven were homologous to genes of known functions, three were homologous to genes in other organism without any function known. Six were completely novel genes specific to A. cylindracea so far examined. Some genes with known functions were a pleurotolysin, a self-assembling poreforming cytolysins; Aa-Pril and Pir2p, specifically induced genes during fruiting initiation of other mushroom, Agrocybe aegerita; an amino acid permease; a cytochrome P450; a MADS-box gene; a peptidylprolyl isomerase; and a serine proteinase. For other clones, no clear function was annotated so far. We believe the first report of the differentially expressed genes in fruiting process of A. cylindracea will be great helps for further research.
Song, Ki-Hoon;Song, Dae-Hae;Lee, Jeong-Ran;Kim, Goon-Bo;Choi, Hong-Kyu;Penmetsa, R. Varma;Nam, Young-Woo
KOREAN JOURNAL OF CROP SCIENCE
/
v.52
no.4
/
pp.458-468
/
2007
To tolerate environmentally adverse conditions such as cold, drought, and salinity, plants often synthesize and accumulate proline in cells as compatible osmolytes. ${\Delta}^1$-Pyrroline-5-carboxylate synthetase(P5CS) catalyzes the rate-limiting step of proline biosynthesis from glutamate. Two complete genes, MtP5CS1 and MtP5CS2, were isolated from the model legume Medicago truncatula by cDNA cloning and bacterial artificial chromosome library screening. Nucleotide sequence analysis showed that both genes consisted of 20 exons and 19 introns. Alignment of the predicted amino acid sequences revealed high similarities with P5CS proteins from other plant species. The two MtP5CS genes were expressed in response to high salt and low temperature treatments. Semi-quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction showed that MtP5CS1 was expressed earlier than MtP5CS2, indicating differential regulation of the two genes. To evaluate the reverse genetic effects of nucleotide changes on MtP5CS function, a Targeting Induced Local Lesions in Genomes approach was taken. Three mutants each were isolated for MtP5CS1 and MtP5CS2, of which a P5CS2 nonsense mutant carrying a codon change from arginine to stop was expected to bring translation to premature termination. These provide a valuable genetic resource with which to determine the function of the P5CS genes in environmental stress responses of legume crops.
Objectives: It has long been known about the osteogenic effect of CPC-HAS(cervi parvum cornu herbal-acupuncture solution) on bone tissues. However, it has not been determined the effect of CPC-HAS on cancer cells. The purpose of this study is to screen the CPC-HAS mediated differentially expressed genes..in cancer cells such as SNU484 gastric cancer cell lines. Oligonucleotide microarray approache was employed to screen the differential expression genes. Methods: CPC-HAS was prepared by boiling and stored at $-70^{\circ}C$ until use. Cells were treated with various concentrations of CPC-HAS (0.1, 0.5, 1.5, 10, 20 mg/ml) for 24 h. Cell toxicity was tested by MTT assay. To screen the differentially expressed genes in cancer cells, cells were treated with 1.5 mg/ml of CPC-HAS. For oligonucleotide microarray assay, total RNA was used for gene expression analysis using oligonucleotide Genechip(Human genome U133 Plus 2.0., Affimatrix Co.). Results: It has no cytotoxic effects on SNU484 cell in all concentrations(0.l, 0.5, 1.5, 10, 20 mg/ml). In oligonucleotide microarray assay, in SNU484 cells, the number of more than twofold up-regulated genes was 5 while, the number of more than twofold down-regulated genes was 10. Conclusions: This study showed the screening of CPC-HAS mediated differentially regulated genes using combined approaches of oligonucleotide microarray. The screened genes will be used for the better understanding of the therapeutic effects of CPC-HAS on cancer fields.
Kim, Chul;Yae, Sang-Jun;Nam, Ky-Youb;Kim, Sang-Kyun;Jang, Hyun-Chul;Kim, Jin-Hyun;Kim, Young-Eun;Song, Mi-Young
Korean Journal of Oriental Medicine
/
v.17
no.3
/
pp.77-85
/
2011
Objectives : The purpose of this study was to develop a simulator which can analyze the anti-inflammatory effects of medical herbs based on e-cell concerning p38 MAPK signal pathway. Methods : We collected data concerning medical herbs with anti-inflammatory effects and the active compounds to provide as a fundamental databse and to validate the newly developed algorithm. At this time, we used the target database as pubmed and gathered the data by data mining tool, pathway studio. Also we have developed the web-based search system for confirming database related to anti-inflammation. We researched the mechanism of actions of proteins in p38 MAPK signal pathway when active compound has been inserted into the network. We reduced total network into TAK-MKK3-p38 and made the two types of mathematical model about active compounds' interaction. Results & Conclusion : We constructed the database which have 69 cases of medical herbs, 71 cases of active compounds, about 8,000 cases of URL(Uniform Resource Locator) related to papers and reports. We designed the ordinary differential equations for response of TAK, MKK3, p38 in e-cell's cytosol and nucleus. We used this formular as measure whether an active compound of medicinal plants which is inputted by an user would have an anti-inflammation effects. We developed the visualization program which could show the change of concentration over time.
Kim, Soo-Young;Lee, Sae-Won;You, Sung Yong;Rha, Sun Young;Kim, Kyu-Won
Genomics & Informatics
/
v.2
no.1
/
pp.36-44
/
2004
Astrocytes play supportive roles for neurons in the brain. Recently, they have been accepted to have various functions in the vascular system as well as in the nervous system. We investigated the differential gene expression in rat astrocytes according to the oxygen tension, which is a crucial factor for angiogenesis. A cDNA microarray was performed to find the genes whose expression was sensitive to oxygen tension. We found 26 genes in the astrocyte were found and classified into 4 groups. In order to show the genes' relevancy to angiogenesis, seven of the 26 genes were investigated to see whether they have capabilities of interaction with angiogenesisrelated factors in AngioDB. Through this investigation, we found interactions of three proteins with angiogenesis-related factors. These genes were further investigated with a new focus on the vascular endothelial growth factor (VEGF) expression in an astrocyte based on our hypothesis that astrocytes can have effects on endothelial angiogenesis via the release of VEGF. Collectively, we identified several genes whose expressions were dependent on the oxygen concentration of the astrocyte. Furthermore, the relevancy of astrocytes to angiogenesis was investigated using preexisting information of AngioDB, and suggested a possible signaling pathway for VEGF expression in the aspects of brain endothelial angiogenesis by astrocytes.
Objective : It has long been known about the anticancer effect of GRR-HAS, however, it has not been systemically determined the differentially regulated genes by GRR-HAS in cancer cells. The purpose of this study is to screen the GRR-HAS mediated differentially expressed genes in cancer cells such as SNU484 gastric cancer cell lines. Oligonucleotide microarray approache was employed to screen the differential expression genes. Methods : GRR-HAS was prepared by boiling and stored at $-70^{\circ}C$ until use. Cells were treated with various concentrations of GRR-HAS(0.1, 0.5, 1.5, 10, 20mg/ml) for 24 h. Cell toxicity was tested by MTT assay. To screen the differentially expressed genes in cancer cells, cells were treated with 1.5mg/ml of GRR-HAS. For oligonucleotide microarray assay, total RNA was used for gene expression analysis using oligonucleotide Genechip (Human genome Ul33 Plus 2.0., Affimatrix Co.). Results : It has no cytotoxic effects on both HepG2 and SNU484 cells in all concentrations(0.1, 0.5, 1.5, 10, 20mg/ml). In oligonucleotide microarray assay, in SNU484 cells, the number of more than twofold up-regulated genes was 346. The number of more than twofold down-regulated genes was 9. Discussion : This study showed the comprehensive gene expression analysis using oligonucleotide microarray for the screening of GRR-HAS mediated differentially regulated genes. These results will provide a better application of GRR-HAS in cancer field and drug target development.
Kim, Kyun-Yo;Byun, Jin-Seok;Jung, Jae-Kwang;Choi, Jae-Kap
Journal of Oral Medicine and Pain
/
v.44
no.1
/
pp.25-30
/
2019
Purpose: The exact causes of burning mouth syndrome (BMS) is unclear so far. There are many studies to elucidate the relation between oral disease and genetic predisposition. In this study, we first tried to investigate salivary exosomal genetic components that could play an important role for diagnosing and elucidating the progression of BMS. Methods: We compared salivary exosomal micro RNAs (miRNAs) of BMS Patients to those of control using next generation sequencing (NGS). Unstimulated whole saliva from 15 patients with BMS and 10 control subjects were divided into two sets. Isolated exosomes and their total RNAs were subject to NGS for the screening of miRNAs. Results: There were up-regulated 10 exosomal miRNAs (hsa-miR-1273h-5p, hsa-miR-1273a, hsa-miR-1304-3p, hsa-miR-4449, hsa-miR-1285-3p, hsa-miR-6802-5p, hsa-miR-1268a, hsa-miR-1273d, hsa-miR-1273f, and hsa-miR-423-5p) and down-regulated 18 exosomal miRNAs (hsa-miR-27b-3p, hsa-miR-16-5p, hsa-miR-186-5p, hsa-miR-142-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-150-5p, hsa-miR-374a-5p, hsa-miR-93-5p, hsa-miR-29c-3p, hsa-miR-29a-3p, hsa-miR-148a-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-424-5p, hsa-miR-19b-3p, hsa-miR-99a-5p, hsa-miR-548d-3p, and hsa-miR-19a-3p) in BMS patients comparing with those of control subjects. Conclusions: We show that there are 28 differential expression of miRNAs between the patients with BMS and those of control subjects. The specific function of indicated miRNAs should be further elucidated.
Choi, Eui Kyung;Shin, Jeong Hee;Jang, Gi Young;Choi, Byung Min
Neonatal Medicine
/
v.25
no.4
/
pp.137-143
/
2018
Purpose: This study was performed to determine the clinical features of full-term infants with hypoxemia detected by pulse oximetry and to establish the diagnosis of critical congenital heart disease (CCHD). Methods: We retrospectively reviewed the medical records of neonates who had been admitted to the neonatal intensive care unit within 2 weeks of birth at Korea University Ansan Hospital between January 2013 and October 2017 (n=450). We classified these neonates based on the presence of hypoxemia at admission and investigated neonatal characteristics, initial symptoms, echocardiographic findings, and final diagnosis associated with hypoxemic diseases. Results: Of 450 term infants, 265 infants (58.9%) were identified hypoxemia by pulse oximetry at admission. The most common symptoms of them were cyanosis and tachypnea. Among them, 80.1% of infants (214/265) were diagnosed with respiratory tract disease and 8.3% of infants (22/265) had congenital heart disease. Thirteen infants (13/265, 4.9%) had CCHD and were treated with urgent surgery or transcatheter intervention within 28 days of birth. Majority of infants with respiratory tract disorder were transferred from hospital immediately after birth, but 46.1% of infants (6/13) with CCHD remained asymptomatic after birth and were admitted after 48 hours after birth. In addition, other hypoxemic illnesses were identified as neonatal infectious and neurological diseases. Conclusion: This study showed the importance of assessment in neonates with hypoxemia, including those diagnosed with CCHD. The possibility of CCHD should be considered in the differential diagnosis in neonates demonstrating hypoxemia after 48 hours of birth. A larger prospective study is needed to assess the effectiveness and outcomes of pulse oximetry for neonatal screening in Korea.
Objective : Distinguishing between an infundibulum and a true aneurysm is clinically important. This study aimed to evaluate whether using source image based new three-dimensional rotational angiography (S-n3DRA) can increase the rate of aneurysm detection and improve distinction between a true aneurysm and an infundibulum. Methods : Twenty-two consecutive patients with 23 lesions, were evaluated by time-of-flight (TOF) magnetic resonance angiography (MRA), S-n3DRA, and digital subtraction angiography (DSA). The data were retrospectively and independently reviewed by two neurointerventionists, and the diagnoses based on TOF MRA, S-n3DRA, and DSA were compared. The diagnostic efficacy (interobserver agreement and diagnostic performance) of S-n3DRA was compared with that of TOF MRA. Results : S-n3DRA showed higher interobserver agreement (κ=0.923) than TOF MRA (κ=0.465) and significantly higher accuracy than MRA in distinguishing an aneurysm from an infundibulum (p=0.0039). Conclusion : Compared to MRA, S-n3DRA could provide better screening accuracy and information for distinguishing an aneurysm from an infundibulum. Therefore, S-n3DRA has the potential to reduce the need for DSA.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.