• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제36권3호
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• pp.627-637
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• 2006

이 연구는 rh BMP-7-immobilized substrates에 대한 백서 태자 두개관 세포의 반응을 석회화 결절 측정, 알카리 효소 분석, 역전사 중합반응 및 단백질 분석등으로 평가하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 배양 14일 째, 석회화 결절 형성율을 측정한 결과, rh BMP-7-immobilized substrates에서 대조군과 비교하여 더 많은 석회화 결절을 형성하였다. 2. 배양 7일에 염기성 인산 분해효소 활성도는 rh BMP-7-immobilized substrates에서 대조군에 비해 효소 활성도가 유의하게 높았다. 3. 역전사 중합반응의 결과에서 BSP 와 OCN 유전자 발현은 대조군보다 더 현저하였다. 4. 단백질 분석에서 rh BMP-7-immobilized substrates와 대조군 모두 Smad 1,5,8 단백질의 인산화를 활성화시키지 못했다. 이상의 결과 rh BMP-7-immobilized substrates는 백서 태자 두개관세포가 조골세포로의 분화와 석회화를 유도하며 따라서 rh BMP-7-immobilized substrates는 임프란트 주변의 골 형성에 유용하리라 사료된다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제17권2호
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• pp.92-96
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• 2020

Hypotonia, Ataxia, and Delayed Development Syndrome (HADDS) is an autosomal-dominant, extremely rare neurodevelopmental disorder caused by the heterozygous EBF3 gene mutation. EBF3 is located on chromosome 10q26.3 and acts as a transcription factor that regulates neurogenesis and differentiation. This syndrome is characterized by dysmorphism, cerebellar hypoplasia, urogenital anomaly, hypotonia, ataxia, intellectual deficit, and speech delay. The current report describes a 3-year-old Korean male carrying a de novo EBF3 mutation, c.589A>G (p.Asn197Asp), which was identified by whole exome sequencing. He manifested facial dysmorphism, hypotonia, strabismus, vermis hypoplasia, and urogenital anomalies, including vesicoureteral reflux, cryptorchidism, and areflexic bladder. This is the first report of a case of HADDS cause by an EBF3 mutation in the Korean population.

• Journal of Veterinary Science
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• 제21권1호
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• pp.18.1-18.17
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• 2020

Cat vocalizes to communicate with another and express their internal states. The vocal repertoire of the cat is wide and up to 21 different vocalizations have been described in the literatures. But it is more than probable that the repertoire contains more types of vocalizations. An ethogram was created in this paper describing the actual known vocalisations of the domestic cat based on an auditory classification. However, the audiogram allows also a visual classification which can increase the accuracy of vocalization differentiation. The classification can be risky as it is sometimes unclear if different types of vocalizations are produced in different environments or if a unique type of vocalization is used with variation in the acoustic parameters. As an example, isolation calls produced by kittens differ depending on the context. The environment has an important impact on the vocal behaviour and thus feral cats and pet cats vocalize differently. Pet cats are thus able to create an efficient communication with humans thanks to the flexibility of vocalisation behaviours. This review allowed us to create a simple model of the cat vocal repertory.

• 한국균학회지
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• 제45권3호
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• pp.196-211
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• 2017

Aspergillus nidulans의 포자형성 및 무성분화에 관여하는 새로운 인자를 찾고자, 포자형성 촉진 조건인 0.6 M KCl이 첨가된 배지와 첨가되지 않은 배지에서 자란 균사체의 단백질체 분석을 시도하였다. 2DE 분석을 통해 2,400여개의 spot을 확인하였고, 무성분화 유도 9시간 및18시간 별로 생성양의 변화양상을 기준으로 총 5개의 그룹으로 나눌 수 있었다. 기능 분석이 아직까지 이루어지지 않은 단백질을 암호화하고 있는 유전자들 가운데 DU 그룹에 속하는 AN1342와 DD 그룹에 속하는 AN9419 두 개의 유전자의 기능을 알아보고자 유전자결손 돌연변이주를 제작하고 표현형을 관찰하였다. Alanine-glyoxylate aminotransferase의 기능을 할 것으로 예측되는 AN1342을 결손 시키면 무성분화 기관인 stalk의 길이가 짧아졌고, 액체 배양 시 야생형과 달리 배지로 분홍색 색소가 분비되어 sspA라 명명하였다. AN9419 결손균주는 균사생장이 심각하게 저해되고 알라닌이 첨가되어야 균사생장이 가능하였으나 무성포자 형성은 거의 이루어지지 않았으며 GO분석을 통하여 alanyl-tRNA synthetase의 기능을 할 것으로 유추된 점에 근거하여 alaA라 명명하였다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제37권1호
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• pp.35-44
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• 2007

Periodontal ligament (PDL) is the connective tissue located between the tooth root and alveolar bone. In a previous study, PDLs22 was isolated as a PDL-specific gene by using subtractive hybrid-ization between cultured PDL fibroblasts and gingival fibroblasts. It was also suggested that PDLs22 plays important roles in the development, differentiation and maintenance of periodontal tissues. However, little is known about functional study of PDLs22 using recombinant protein in PDL fibroblast differentiation and periodontium formation. In this study, in order to produce the PDLs22 recombinat protein, PDLs22 expression vector were constructed and expressed its protein in various host cell and temperature conditions. The results were as follows: 1. PDLs22 protein was not strongly expressed In the induction system using pRSET-PDLs22 construct. 2. When the BL21(DE3) pLysS was used as a expression host, PDLS22 protein was strongly ex-pressed in the induction system using pHCEIIBNd-PDLs22 construct. 3. The PDLs22 protein was recognized at a molecular weight of 28 kDa in western blots. 4. Almost of the expressed PDLs22 protein was not soluble and observed like as inclusion body. 5. The protein solubility was not improved after modification of induction time and temperature during PDLs22 protein production. In this study, the system for the PDLs22 protein production was connstructed. However, the re-results suggest that further studies will be needed to produce the considerable amount of PDLs22 re-combinat protein, which can use for the periodontal regeneration.

• 한국토양비료학회지
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• 제39권2호
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• pp.59-64
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• 2006

중부 서해안에 분포하는 염해답으로 분류되어 있는 토양에서 간척 후 경작년대의 진척에 따른 토양 특성변화를 구명하고, Soil Taxonomy 분류에 따른 문제점을 검토하며, 염해답에서의 제염 소요년수를 추정한 결과는 다음과 같았다. 1. 간척년대가 오래될수록 토색이 밝아지고, 층위가 발달되며, 토양구조의 형성이 진전되는 경향이며, EC는 감소되는 경향이었다. 2. 식양질인 포승통의 경우 분류기준에 따라 분석한 결과를 Salic 층위를 가지고 있는 것으로 판단되었으며, 광활통 등 사양질 토양의 경우에는 아군단위에서의 sodic 특성을 가지고 있는 것으로 판단되었다. 3. Soil Taxonomy 분류기준을 적영하여 분석하였을때에는 식양질 토양에서는 간척년대가 지속되어도 Na 함량이 기준 이하로 떨어지지 않았으며, 사양질 토양에서는 재배를 시작한지 76된 김제시 광활면 지역에 분포하는 토양에서만 Na 함량이 기준 이하로 떨어져 사질답이라 할 수 있었다. 4. 이용 측면에서 염농도의 피해 기준을 dSmX로 판단할 때 식양질토양은 제염이 되는데 약 108년정도가 소요되었으며 사양질 토양에서는 12년 정도가 소요되었다.

• Animal Bioscience
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• 제36권3호
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• pp.404-416
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• 2023

Objective: Daweizi (DWZ) is a famous indigenous pig breed in China and characterized by tender meat and high fat percentage. However, the expression profiles and functions of transcripts in DWZ pigs is still in infancy. The object of this study was to depict the transcript profiles in DWZ pigs and screen the potential pathway influence adipogenesis and fat deposition, Methods: Histological analysis of backfat tissue was firstly performed between DWZ and lean-type Yorkshire pigs, and then RNA sequencing technology was utilized to explore miRNAs, lncRNAs and mRNAs profiles in backfat tissue. 18 differentially expressed (DE) transcripts were randomly selected for quantitative real-time polymerase chain reaction (QPCR) to validate the reliability of the sequencing results. Finally, gene ontology (GO) and Kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG) enrichment analysis were conducted to investigate the potential pathways influence adipocyte differentiation, adipogenesis and lipid metabolism, and a schematic model was further proposed. Results: A total of 1,625 differentially expressed transcripts were identified in DWZ pigs, including 27 upregulated and 45 downregulated miRNAs, 64 upregulated and 119 down-regulated lncRNA, 814 upregulated and 556 downregulated mRNAs. QPCR analysis exhibited strong consistency with the sequencing data. GO and KEGG analysis elucidated that the differentially expressed transcripts were mainly associated with cell growth and death, signal transduction, peroxisome proliferator-activated receptors (PPAR), AMP-activated protein kinase (AMPK), PI3K-Akt, adipocytokine and foxo signaling pathways, all of which are strongly involved in cell development, lipid metabolism and adipogenesis. Further analysis indicated that the BGIR9823_87926/miR-194a-5p/AQP7 network may be effective in the process of adipocyte differentiation or adipogenesis. Conclusion: Our study provides comprehensive insights into the regulatory network of backfat deposition and lipid metabolism in pigs from the point of view of miRNAs, lncRNAs and mRNAs.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제31권6호
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• pp.791-797
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• 2018

Objective: Trimethylation of histone 3 (H3) at 4th lysine N-termini (H3K4me3) in gene promoter region was the universal marker of active genes specific to cell lineage. On the contrary, coexistence of trimethylation at 27th lysine (H3K27me3) in the same loci-the bivalent H3K4m3/H3K27me3 was known to suspend the gene transcription in germ cells, and could also be inherited to the developed stem cell. In galline species, throughout example of H3K4m3 and H3K27me3 ChIP-seq analysis was still not provided. We therefore designed and demonstrated such procedures using ChIP-seq and mRNA-seq data of chicken follicular mesenchymal cells and male germ cells. Methods: Analytical workflow was designed and provided in this study. ChIP-seq and RNA-seq datasets of follicular mesenchymal cells and male germ cells were acquired and properly preprocessed. Peak calling by Model-based analysis of ChIP-seq 2 was performed to identify H3K4m3 or H3K27me3 enriched regions ($Fold-change{\geq}2$, $FDR{\leq}0.01$) in gene promoter regions. Integrative genomics viewer was utilized for cellular retinoic acid binding protein 1 (CRABP1), growth differentiation factor 10 (GDF10), and gremlin 1 (GREM1) gene explorations. Results: The acquired results indicated that follicular mesenchymal cells and germ cells shared several unique gene promoter regions enriched with H3K4me3 (5,704 peaks) and also unique regions of bivalent H3K4m3/H3K27me3 shared between all cell types and germ cells (1,909 peaks). Subsequent observation of follicular mesenchyme-specific genes-CRABP1, GDF10, and GREM1 correctly revealed vigorous transcriptions of these genes in follicular mesenchymal cells. As expected, bivalent H3K4m3/H3K27me3 pattern was manifested in gene promoter regions of germ cells, and thus suspended their transcriptions. Conclusion: According the results, an example of chicken H3K4m3/H3K27me3 ChIP-seq data analysis was successfully demonstrated in this study. Hopefully, the provided methodology should hereby be useful for galline ChIP-seq data analysis in the future.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제32권1호
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• pp.33-38
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• 2008

DNA 메틸화는 조직특이적인 유전자 조절에 관여하고, 정상적인 배 발달에 필수적이다. POU5F1은 octamer-binding transcription factor 4 (Oct-4)를 encode하며, 초기 분화에 중요한 전사인자이다. 본 실험에서 소의 Oct-4가 조직특이적이고 발달의존적인 epigenetic 표지 인지를 검토하고자, 착상 전 수정란에서 Oct-4 전사산물과 상류 promoter 영역의 CpGs의 메틸화를 조사하였다. Oct-4 전사산물은 정자 그리고 2-cell에서 8-cell 수정란까지 낮은 수준으로 존재하지만, 상실배와 배반포에서 높게 검출되었다. 이러한 결과는 배 발달 과정의 상실배 단계에서 Oct-4의 de novo 발현이 시작됨을 의미한다. Oct-4 상류 promoter 영역에는 메틸화 가변 영역 (tissue-dependent differentially methylated region, T-DMR)이 존재한다. Oct-4 메틸화 가변 영역의 메틸화 상태는 정자, 성체 체조직과 난자에서 서로 다르고, 수정란으로부터 배반포 단계까지 변화하였는데, 이는 착상 전 초기 배 발달 과정에 active 메틸화와 탈메틸화가 일어남을 의미한다. 이상의 결과, Oct-4 유전자 상류 promoter 영역은 DNA 메틸화의 타깃이고, 그 메틸화 상태는 소 수정란 발달 동안에 다양하게 변화한다.

• 한국지역지리학회지
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• 제22권1호
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• pp.1-24
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• 2016

이 논문은 2000년대 이후 한국의 신지역지리학의 발달 배경 및 종합적 연구 동향에 관한 앞선 논문에 이어서, 인문지리학의 주요 전공분야들에서 이루어진 경험적 지역 연구의 동향과 과제를 고찰하고자 한다. 특히 장소와 경관에 관한 역사문화지리학, 산업지구(또는 클러스터)에 관한 경제지리학, 도시 네트워크와 분화에 관한 도시(사회)지리학에서 지역이 어떻게 연구되고 있는가를 살펴보았다. 각 전공분야들에서 연구자들은 지역을 지칭하기 위해 각기 다른 용어들을 사용하고 있지만, 지역의 특수성을 보편적 과정과 관련시키고, 본질적 실체이지만 또한 담론적 구성물로 이 해하며, 영역성보다는 네트워크나 관계성에 더 많은 관심을 두고 있음이 확인된다. 이러한 공통점들은 기존의 전통적 지역연구에서 벗어나 신지역지리학의 경향을 반영한 것으로 평가된다. 앞으로 지역 연구에서 지역의 개념화를 위한 주요 과제로, 특수성/보편성, 실체성/구성물, 그리고 영역성/관계성의 이분법을 극복할 필요가 있으며, 또한 지역에 관한 경험적 연구의 주요 이슈로 새로운 관점에서의 지역적 종합, 지역 내 외적 관계로서 지역불균등발전, 그리고 대안적 지역 만들기 등이 제시된다.