CIS 응용에서 공간 객체들이 여러 사이트에 걸쳐 중복 저장되어 있다면, 이 객체들의 수정 시 일관성 제어를 위한 중복 제어 기법이 필요하다. 그러나, 일반적인 비즈니스 데이터를 위한 정통적인 중복 제어기법은 공간 데이터에는 그대로 사용될 수 없다. 공간 데이터의 수정은 긴 트랜 션을 필요로 하며, 또한 일반 데이터와 달리 데이터간의 공간 종속성을 지니기 때문이다. 본 논문은 기존의 Primary Copy 중복 제어 기법을 확장하며, time-stamp에 기반하여 Primary Copy 사이트가 변경되는 Floating Primary Copy 기법을 제안한다. 본 논문에서 제안하는 중복 제어 기법은 Primary Copy 사이트를 동적으로 변경함으로써, 긴 트랜 션의 중복 일관성 제어를 지원할 수 있다.
Zero-copy는 메모리 무복사로도 불리는 기술로서 이에 대한 사용을 통해 사용자 영역과 커널 영역 간 컨텍스트 스위칭을 줄여 CPU의 부하를 최소화할 수 있다. 하지만 이 기술은 소규모의 랜덤한 파일을 전송하는 용도에 그치고, 대용량 파일 전송에는 아직 널리 활용되지 못하고 있다. 본 논문은 네트워크를 경유한 대용량 파일 처리에 있어서 Zero-copy의 실질적인 적용 방안에 대해 논의하고자 한다. 이를 위해 먼저 Zero-copy 기반으로 데이터를 전송, 저장할 수 있는 소규모 테스트베드 구축 및 프로그램을 개발하였다. 이후 세부 성능 평가를 통해 적용된 기술의 유용성을 세부 검증하고자 한다.
RAN-aCGH is an R GUI tool for the analysis and visualization of array comparative genomic hybridization (array-CGH) experiments. The tool consists of data-loading, preprocessing for missing data, several methods for statistical identification of DNA copy number aberration, and visualization of the copy number change. RAN-aCGH requires a single input format, provides various visualizations, and allows the addition of a new statistical method, all in a user-friendly graphic user interface (GUI).
The purpose of statistical analyses of array-CGH experiment data is to divide the whole genome into regions of equal copy number, to quantify the copy number in each region and finally to evaluate its significance of being different from two. Several statistical procedures have been proposed which include the circular binary segmentation, and a Gaussian based local regression for detecting break points (GLAD) by estimating a piecewise constant function. We propose in this note a penalized spline regression and its simultaneous confidence band(SCB) approach to evaluate the statistical significance of regions of genetic gain/loss. The region of which the simultaneous confidence band stays above 0 or below 0 can be considered as a region of genetic gain or loss. We compare the performance of the SCB procedure with GLAD and hidden Markov model approaches through a simulation study in which the data were generated from AR(1) and AR(2) models to reflect spatial dependence of the array-CGH data in addition to the independence model. We found that the SCB method is more sensitive in detecting the low level copy number alterations.
The robust identification and comprehensive profiling of copy number alterations (CNAs) is highly challenging. The amount of data obtained from high-throughput technologies such as array-based comparative genomic hybridization is often too large and it is required to develop a comprehensive and versatile tool for the detection and visualization of CNAs in a genome-wide scale. With this respective, we introduce a software framework, CGHscape that was originally developed to explore the CNAs for the study of copy number variation (CNV) or tumor biology. As a standalone program, CGHscape can be easily installed and run in Microsoft Windows platform. With a user-friendly interface, CGHscape provides a method for data smoothing to cope with the intrinsic noise of array data and CNA detection based on SW-ARRAY algorithm. The analysis results can be demonstrated as log2 plots for individual chromosomes or genomic distribution of identified CNAs. With extended applicability, CGHscape can be used for the initial screening and visualization of CNAs facilitating the cataloguing and characterizing chromosomal alterations of a cohort of samples.
PVM(Parallel Virtual Machine)은 네트워크 상에 분산되어 있는 여러 시스템들을 투명하게 활용하여 사용자에 고성능 병렬 컴퓨팅을 지원하는 단일 가상 시스템(single virtual system)으로 인식되게 하는 middle-ware 소프트웨어이다. 초고속 통신망을 기반으로 하는 PVM에서는 임의의 태스크로부터 하나의 메시지를 전송하기 위해 세 번의 메시지 복사가 필요하며, 이는 PVM의 성능 저하를 가져오는 주요 원인이 된다. 이러한 문제점을 개선하기 위해 이 논문에서는 zero-copy PVM 통신 모델을 제안한다. 제안된 모델은 PVM 태스크, PVM 데몬, 네트워크 인터페이스 보드 등에 의해 동시 접근이 가능한 전역 공유 메모리(global shared memory)를 이용하며, 초고속 통신망을 기반으로 하고 있다. 이 모델에서 PVM 태스크는 전송하고자 하는 메시지를 전역 공유 메모리에 저장하고, 메시지를 보낼 준비가 되었음을 PVM 데몬에게 알리며, 데몬은 해당 메시지를 커널을 통하지 않고 바로 초고속 통신망으로 전송함으로써, 메시지의 메모리 복사 횟수를 감소 시킨다. 실험 결과 두 시스템간의 메시지 왕복 시간은 제안된 모델을 사용함으로써 현저히 줄어 들었음을 확인하였다.
MPEG(Motion Picture Expert Group)과 같은 멀티미디어 스트림은 연속적 재생으로 인해 데이터의 지속적인 디스크 검색을 요구한다. 따라서, 커널의 효율적인 지원이 필요한데, 유닉스 계열의 리눅스 버퍼 캐시 시스템은 비정기적이고 비실시간 데이터인 텍스트 데이터용으로 설계되었다. 대용량의 연속 미디어의 경우 커널 주소공간에서 사용자 주소공간으로의 대량의 복사가 이루어지므로 이 과정에서 CPU의 과중한 오버헤드가 발생한다. 이것은 시스템 처리율을 저하시킬 뿐만 아니라 QOS(Quality of Service)도 보장할 수 없다. 본 논문에서 이 메모리 복사 오버헤드를 감소시키기 위한 direct I/O와 one copy 기법을 리눅스 커널에서 설계 및 구현하였다. direct I/O는 디스크의 데이터를 커널 버퍼로 복사하지 않고 사용자 버퍼로 직접 복사하므로 CPU 오버헤드를 획기적으로 감소시킬 수 있다. 그리고, one-copy는 사용자 버퍼로 데이터를 복사하지 않고 직접 네트워크로 전송하는 기법이다. 구현 결과, CPU 오버헤드의 상당한 감소와 시스템의 처리율이 향상됨을 확인하였다.
Following results about Y, M, C mask are obtained by the Indirect-Screen Color Separation Method. We mark use of experimental system which are in use for the student education. In the All-Projection Method of transparency Copy, the results are summerized as follows; (omitted)
단순 모니터에서 CPU, 메모리, 그리고 하드디스크를 갖춘 셋탑박스에 이르기까지 내장형 시스템은 다양한 응용에 사용되고 있다. 특히 휴대용 또는 소형기기에 멀티미디어를 서비스하는 경우가 증가하고 있고 이들 시스템에는 내장형 운영체제가 탑재되고 있다. 본 논문에서는 멀티미디어 서비스를 위한 내장형 리눅스가 탑재된 임베디드 시스템에서 응용 프로그램과 운영체제 커널사이의 메모리 복사 요구를 감소시키는 Null copy기법을 제안한다. 저성능의 컴퓨팅 파워 및 저용량의 메모리를 가진 내장형 시스템에서 연속 미디어를 네트워크를 통해 실시간으로 전송하고자 할 때 Null copy 기법은 시스템의 QoS를 만족시킬 수 있다. 웹 카메라를 내장형 리눅스 개발 보드에 장착하여 영상 전송 환경을 구축한 결과 Null copy 기법은 CPU 이용률 및 마감시간 실패측면에서 기존 커널에 비해 우수한 성능을 나타내었다.
인터넷 네트워크를 통한 상호연결망에서 전체시스템의 성능향상을 위해서는 메시지 전송 지연시간을 줄이는 방법으로 수행된 연구는 정보와 데이터 유통경로로서 통신망이 네트워크로 구축된 접속 장치들로 중계기, 브리지, 라우터, 게이트웨이, TCP/IP(Transmission Control Protocol/Internet Protocol)프로토콜에 이르게 되었다. 여기서 TCP/IP 프로토콜 제 3계층인 사용자 데이터 프로그램 프로토콜(UDP)과 전송 제어 프로토콜(TCP)의 전송제어 계층에서 버퍼 캐시를 사용하지 않으므로 통신 속도를 줄일 수 있는 무 복사(zero-copy)로부터 소프트웨어 통신 지연시간을 다루어 통신 성능을 개선하려는 것이다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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