• 정보처리학회논문지B
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• 제10B권6호
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• pp.687-694
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• 2003

최근 멀티미디어 정보의 양이 매우 빠른 속도로 증가함에 따라 비디오 데이터에 대한 다양한 검색은 더욱 중요한 의미를 가지게 되었다. 비디오 데이터를 효율적으로 처리하기 위해서는 비디오 데이터가 가지고 있는 내용에 대한 정보를 데이터베이스에 저장하고 사용자들의 다양한 질의를 처리할 수 있는 의미기반 검색 기법이 요구된다. 기존의 내용기반 비디오 검색 시스템들은 주석기반 검색 또는 특징기반 검색과 같은 단일 방식으로만 검색을 하므로 검색 효율이 낮을 뿐 아니라 완전한 자동 처리가 되지 않아 시스템 관리자나 주석자의 많은 노력을 요구한다. 본 논문에서는 주석기반 검색과 특징기반 검색을 이용하여 대용량의 비디오 데이터에 대한 사용자의 다양한 의미검색을 지원하는 에이전트 기반에서의 자동화되고 통합된 비디오 의미기반 검색 시스템을 제안한다. 사용자의 기본적인 질의와 질의에 의해 추출된 키 프레임의 이미지를 선택함으로써 에이전트는 추출된 키 프레임의 주석에 대한 의미를 더욱 구체화시킨다. 또한, 사용자에 의해 선택된 키 프레임은 질의 이미지가 되어 제안하는 특징기반 검색기법을 통해 가장 유사한 키 프레임을 검색한다. 따라서 의미기반 검색을 통해 비디오 데이터의 검색의 효율을 높일 수 있도록 시스템을 설계한다.

• 정보처리학회논문지B
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• 제11B권6호
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• pp.701-708
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• 2004

기존의 내용기반 비디오 검색 시스템들은 주석기반 검색 또는 특징기반 검색과 같은 단일 방식으로만 검색을 하므로 검색 효율이 낮을 뿐 아니라 완전한 자동 처리가 되지 않아 시스템 관리자나 주석자의 많은 노력을 요구한다. 본 논문에서는 주석기반 검색과 특징기반 검색을 이용하여 대용량의 비디오 데이터에 대한 사용자의 다양한 의미검색을 지원하는 에이전트 기반에서의 자동화되고 통합된 비디오 의미기반 검색 시스템을 제안한다. 사용자의 기본적인 질의를 분석하고 질의에 의해 추출된 키 프레임의 이미지를 사용자가 선택함으로써 인덱싱 에이전트는 추출된 키 프레임의 주석에 대한 의미를 더욱 구체화시킨다. 또한, 사용자에 의해 선택된 키 프레임은 특징기반 검색의 질의 이미지가 되고 인덱싱 에이전트는 제안하는 다중 분할 칼라 히스토그램 기법을 통해 질의 이미지와 데이터베이스의 키 프레임들을 비교한 후 가장 유사한 키 프레임 이미지를 검색하여 사용자에게 디스플레이 한다. 제안하여 구현된 시스템은 현저히 향상된 성능을 보였다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제13권5호
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• pp.11-18
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• 2008

세컨드라이프와 같은 3D 가상공간에서 가상객체를 생성하고 생성된 객체를 탐색하는 일은 시스템의 활용성을 높여주는 중요한 기능이다. 기존 가상공간은 개발자에 의해 구성된 이후에는 일반사용자에 의한 객체정보 변경이나 추가가 불가능하여 인터넷 상에서 사용자가 직접 콘텐츠를 만들어 참여하는 웹2.0의 목표에 부합하고 있지 않다. 이러한 가상공간 내에서 사용자의 콘텐츠 생성 욕구를 만족시키고 기존 가상공간의 한계를 개선하기 위하여 본 논문에서는 2D웹 상에서의 사용자에 의한 컨텐츠 생성 및 검색 기능을 3D 가상공간에 적용하는 시멘틱 어노테이션 객체의 개념을 제안하고자 한다. 제안 연구는 3D 가상공간에 웹의 정보공유 기능을 통합함으로써 가상공간에 대한 사용자 만족도를 높이는 효과가 있으며, 기존 가상공간과 제안시스템과의 공간 탐색시간 비교실험을 통하여 성능 개선 효과가 있음을 확인하였다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제36권4호
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• pp.336-346
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• 2020

Mitochondrial genome is an important molecule for systematic and evolutionary studies in metazoans. The development of next-generation sequencing (NGS) technique has rapidly increased the number of mitogenome sequences. The process of generating mitochondrial genome based on NGS includes different steps, from DNA preparation, sequencing, assembly, and annotation. Despite the effort to improve sequencing, assembly, and annotation methods of mitogenome, the low quality and/or quantity sequence in the final map can still be generated through the work. Therefore, it is necessary to check and curate mitochondrial genome sequence after annotation for proofreading and feedback. In this study, we introduce the pipeline for sequencing and curation for mitogenome based on NGS. For this purpose, two mitogenome sequences of Dermatobranchus otome were sequenced by Illumina Miseq system with different amount of raw read data. Generated reads were targeted for assembly and annotation with commonly used programs. As abnormal repeat regions present in the mitogenomes after annotation, primers covering these regions were designed and conventional PCR followed by Sanger sequencing were performed to curate the mitogenome sequences. The obtained sequences were used to replace the abnormal region. Following the replacement, each mitochondrial genome was compared with the other as well as the sequences of close species available on the Genbank for confirmation. After curation, two mitogenomes of D. otome showed a typically circular molecule with 14,559 bp in size and contained 13 protein-coding genes, 22 tRNA genes, two rRNA genes. The phylogenetic tree revealed a close relationship between D. otome and Tritonia diomea. The finding of this study indicated the importance of caution and curation for the generation of mitogenome from NGS.

• 생명과학회지
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• 제16권3호
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• pp.472-476
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• 2006

공개된 데이터베이스들에서 말에 대한 생물학적인 데이터와 지놈 데이터를 분석하여 말 데이터베이스를 구축하였다. 말 데이터베이스는 말의 생물학적인 데이터와 지놈 데이터를 생물정보학적인 분석방법으로 분석하고 이들 데이터를 통합하여 제공하는데 목적을 두고 있다. 본 데이터베이스는 말의 생물학적 데이터와 지놈 분석 데이터 그리고 생물정보학적인 분석프로그램을 제공하는 인터페이스로 구성하였다. 또한 사용자의 편의를 돕기 위해서 쉽게 이용할 수 있도록 웹 메뉴를 구성 하였으며 말에 대한 다양한 정보를 제공할 수 있게 하였다. 말 데이터베이스를 이용할 수 있는 웹 주소는 http://www.primate.or.kr/horse이다.

• 한국멀티미디어학회논문지
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• 제9권1호
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• pp.127-137
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• 2006

비디오 데이터를 효율적으로 처리하기 위해서는 비디오 데이터가 가지고 있는 내용에 대한 정보를 데이터 베이스에 저장하고 사용자들의 다양한 질의를 처리할 수 있는 의미기반 검색 기법이 요구된다. 기존의 내용기반 비디오 검색 시스템들은 주석기반 검색 또는 특징기반 검색과 같은 단일 방식으로만 검색을 하므로 검색 효율이 낮을 뿐 아니라 완전한 자동 처리가 되지 않아 시스템 관리자나 주석자의 많은 노력을 요구한다. 본 논문에서는 주석기반 검색과 특징기반 검색을 이용하여 대용량의 비디오 데이터에 대한 사용자의 다양한 의미검색을 지원하는 에이전트 기반에서의 자동화되고 통합된 비디오 의미기반 검색 시스템을 제안한다. 사용자의 기본적인 질의와 질의에 의해 추출된 키 프레임의 이미지를 선택함으로써 자동 인덱싱 에이전트는 추출된 키 프레임의 주석에 대한 의미를 더욱 구체화시킨다. 또한, 사용자에 의해 선택된 키 프레임은 질의 이미지가 되어 제안하는 특징기반 검색기법을 통해 가장 유사한 키 프레임을 검색한다. 따라서 의미기반 검색을 통해 비디오 데이터의 검색의 효율을 높일 수 있도록 시스템을 제안한다.

• 한국정보처리학회논문지
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• 제6권8호
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• pp.2031-2041
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• 1999

본 논문에서는 비정형, 대용량의 비디오데이터의 특징기반 검색과 주석기반 검색을 통합하여 다양한 사용자의 의미검색을 지원하고, 유사성 질의를 지원하는 통합비디오정보시스템(Hybrid Video Information System : HVIS)을 제안한다. HVIS는 메타데이터 모델링을 위해 한편의 비디오를 비디오 다큐먼트, 시퀸스, 장면, 객체로 나누고 물리적인 비디오스트림을 위한 원시데이터계층(raw_data layer)과 주석기반 검색, 특징기반 검색, 유사성 검색을 지원하기 위한 메타데이터계층(meta_data layer)의 두 개의 계층을 가진 통합 계층지향 메타데이터모델(Two layered Hybrid Object-oriented Metadata Model : THOMM)과 이 모델을 기반으로 주석기반 질의, 특징기반 질의, 유사질의가 가능한 비디오질의언어 (Video Query Language)와 질의를 처리하기 위한 비디오질의처리기 (Video Query Processor : VQP)와 질의처리알고리즘을 제안한다. 특히 유사한 장면, 객체를 찾는 유사질의시 사용자의 관심을 고려한 유사성 정도를 나타내는 식을 제시한다. 제안된 시스템은 Visual C++, ActiveX와 ORACLE를 이용하여 구현되었다.

• 한국지능시스템학회:학술대회논문집
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• 한국퍼지및지능시스템학회 2007년도 춘계학술대회 학술발표 논문집 제17권 제1호
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• pp.85-88
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• 2007

본 연구에서는 베이지안 망 구조 학습에서, 학습 데이터의 특정 부분집합이 학습된 망의 각연결 구조(edge)의 형성에 기여하는 정도를 정량화하는 방법을 제안한다. 생물학 정보의 분석 등에 베이지안 망 학습을 이용하는 경우, 제안된 방법은 망의 각 연결 구조의 형성에 특정 군집 데이터가 기여하는 정도의 정량화가 가능하다. 제안된 방법의 유효성을 보이기 위해, 벤치마크 베이지안 망을 이용하여 제안된 방법이 망 연결 구조에 대한 데이터 군집별 기여도를 효과적으로 정량화 할 수 있음을 보인다.

• International Journal of Internet, Broadcasting and Communication
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• 제16권1호
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• pp.124-131
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• 2024

Breast cancer classification using ultrasound, while widely employed, faces challenges due to its relatively low predictive value arising from significant overlap in characteristics between benign and malignant lesions, as well as operator-dependency. To alleviate these challenges and reduce dependency on radiologist interpretation, the implementation of automatic breast cancer classification in ultrasound image can be helpful. To deal with this problem, we propose a semi-supervised deep learning framework for breast cancer classification. In the proposed method, we could achieve reasonable performance utilizing less than 50% of the training data for supervised learning in comparison to when we utilized a 100% labeled dataset for training. Though it requires more modification, this methodology may be able to alleviate the time-consuming annotation burden on radiologists by reducing the number of annotation, contributing to a more efficient and effective breast cancer detection process in ultrasound images.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제54권6호
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• pp.751-758
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• 2016

This study aimed at constructing a draft genome of the adult female worm Toxocara canis using next-generation sequencing (NGS) and de novo assembly, as well as to find new genes after annotation using functional genomics tools. Using an NGS machine, we produced DNA read data of T. canis. The de novo assembly of the read data was performed using SOAPdenovo. RNA read data were assembled using Trinity. Structural annotation, homology search, functional annotation, classification of protein domains, and KEGG pathway analysis were carried out. Besides them, recently developed tools such as MAKER, PASA, Evidence Modeler, and Blast2GO were used. The scaffold DNA was obtained, the N50 was 108,950 bp, and the overall length was 341,776,187 bp. The N50 of the transcriptome was 940 bp, and its length was 53,046,952 bp. The GC content of the entire genome was 39.3%. The total number of genes was 20,178, and the total number of protein sequences was 22,358. Of the 22,358 protein sequences, 4,992 were newly observed in T. canis. Following proteins previously unknown were found: E3 ubiquitin-protein ligase cbl-b and antigen T-cell receptor, zeta chain for T-cell and B-cell regulation; endoprotease bli-4 for cuticle metabolism; mucin 12Ea and polymorphic mucin variant C6/1/40r2.1 for mucin production; tropomodulin-family protein and ryanodine receptor calcium release channels for muscle movement. We were able to find new hypothetical polypeptides sequences unique to T. canis, and the findings of this study are capable of serving as a basis for extending our biological understanding of T. canis.