• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제51권3호
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• pp.363-367
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• 2013

The prevalence of Toxoplasma gondii infection in birds has epidemiological significance because birds are indeed considered as a good indicator of environmental contamination by T. gondii oocysts. In this study, the prevalence of T. gondii in 313 house sparrows in Lanzhou, northwestern China was assayed by the modified agglutination test (MAT). Antibodies to T. gondii were positive in 39 (12.46%) of 313 samples (MAT titer ${\geq}$ 1:5). Tissues of heart, brain, and lung from the 39 seropositive house sparrows were tested for T. gondii DNA, 11 of which were found to be positive for the T. gondii B1 gene by PCR amplification. These positive DNA samples were typed at 9 genetic markers, including 8 nuclear loci, i.e., SAG1, 5'- and 3'-SAG2, alternative SAG2, SAG3, GRA6, L358, PK1, c22-8 and an apicoplast locus Apico. Of them, 4 isolates were genotyped with complete data for all loci, and 2 genotypes (Type II variants; ToxoDB #3 and a new genotype) were identified. These results showed that there is a potential risk for human infection with T. gondii in this region. To our knowledge, this is the first report of T. gondii seroprevalence in house sparrows in China.

• The Plant Pathology Journal
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• 제18권5호
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• pp.251-258
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• 2002

A potyvirus was isolated from cultivated Iris plants showing leaf streak mosaic symptom. Reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) product of 1 kb long which encoded partial nuclear inclusion B and N-terminal region of viral coat protein (CP) genes for potyviruses was successfully amplified with a set of potyvirus-specific degenerate primers with viral RNA samples from the infected leaves: The RT-PCR product was cloned into the plasmid vector and its nucleotide sequences were determined. The nucleotide sequence of a CDNA clone revealed that the virus was an isolate of Ornithogalum moseic virus (OrMV) based on BLAST search analysis and was denoted as OrMV Korean isolate (OrMV-Ky). To further characterize the CP gene of the virus, a pair of OrMV-specific primers was designed and used for amplification of the entire CP gene of OrMV-Kr, The virus was easily and reliably detected from virus-infected Iris leaves by using the RT-PCR with the set of virus-specific primers. The RT-PCR product of the CP gene of the virus was cloned and its sequences were determined from selected recombinant CDNA clones. Sequence analysis revealed that the CP of OrMV-Kr consisted of 762 nucleotides, which encoded 253 amino acid residues. The CP of OrMV-Ky has 94.1-98.0% amino acid sequence identities (20 amino acid alterations) with that of other three isolates of OrMV, Two NT rich potential N-glycosylation motif sequences, NCTS and NWTM, and a DAC triple box responsible for aphid transmission were conserved in CPs of all the strains of OrMV. The virus has 58.5-86.2% amino acid sequence identities with that of other 16 potyviruses, indicating OrMV to be a distinct species of the genus. OrMV-Ky was the most related with Pterostylia virus Yin the phylogenetic tree analysis of CP at the amino acid level. This is the first report on the occurrence of OrMV in Iris plants in Korea. Data in this study indicate that OrMV is found in cultivated Iris plants, and may have mixed infection of OrMV and Iris severe mosaic virus in Korea.

• Molecules and Cells
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• 제26권3호
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• pp.314-318
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• 2008

Korean long-tailed goral (Nemorhaedus caudatus) is one of the most endangered species in South Korea. However, detailed species distribution and sex ratio data on the elusive goral are still lacking due to difficulty of identification of the species and sex in the field. The primary aim of this study was to develop an economical PCR-RFLP method to identify species using invasive or non-invasive samples from five Korean ungulates: goral (N. caudatus), roe deer (Capreolus pygargus), feral goat (Capra hircus), water deer (Hydropotes inermis) and musk deer (Moschus moschiferus). The secondary aim was to find more efficient molecular sexing techniques that may be applied to invasive or non-invasive samples of ungulate species. We successfully utilized PCR-RFLP of partial mitochondrial cytochrome b gene (376 bp) for species identification, and sex-specific amplification of ZFX/Y and AMELX/Y genes for sexing. Three species (goral, goat and water deer) showed distinctive band patterns by using three restriction enzymes (Xbal, Stul or Sspl). Three different sexing primer sets (LGL331/335 for ZFX/Y gene; SE47/48 or SE47/53 for AMELX/Y gene) produced sex-specific band patterns in goral, goat and roe deer. Our results suggest that the molecular analyses of non-invasive samples might provide us with potential tools for the further genetic and ecological study of Korean goral and related species.

• 생명과학회지
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• 제21권11호
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• pp.1549-1557
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• 2011

TRAIL은 다양한 암세포에서 apoptosis를 유발하는 것으로 알려져 있으나 간암세포를 포함한 일부 암세포에서 TRAIL 저항성이 획득된 것으로 보고되어지고 있다. 대두의 대표적인 생리활성 물질인 isoflavonoid계열 genistein은 이미 많은 암세포에서 apoptotic 효능을 가진 것으로 알려져 있으나 TRAIL에 의한 apoptosis 유도에 미치는 영향과 기전에 대한 연구는 여전히 미비한 실정이다. 본 연구에서는 TRAIL 저항성을 가진 Hep3B 간암세포에서 TRAIL에 의한 apoptosis 유도를 genistein이 더욱 상승시킬 수 있음을 보고하고자 한다. 본 연구의 결과에 의하면, Hep3B 세포에 세포독성을 보이지 않는 범위의 genistein에 의한 TRAIL 유도 apoptosis 상승효과는 미토콘드리아의 기능 손상과 연관성이 있었다. 또한 genistein과 TRAIL 복합처리에 의한 apoptosis 유도는 p38 MAPK 활성 저하로 더욱 상승하였으며, 이는 Bid의 truncation 증가, pro-apoptotic 단백질인 Bax의 발현 증가와 anti-apoptotic Bcl-2의 발현 감소 및 미토콘드리아에서 세포질로의 cytochrome c 유출의 증가와 연관성이 있었다. 또한 p38 MAPK 억제제는 genistein 및 TRAIL 복합처리에 의한 caspase의 활성 증가와 PARP 단백질의 단편화를 촉진시켰으며, 이는 미토콘드리아의 기능적 손상 증가에 의한 것임을 알 수 있었다. 따라서 본 연구의 결과는 genistein이 TRAIL에 의한 apoptosis 유도를 효과적으로 증가시킬 수 있으며, 이러한 과정이 p38 MAPK 의존적으로 이루어짐을 알 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제24권1호
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• pp.1-7
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• 2014

진핵세포의 유전자 발현은 genomic DNA 부위의 프로모터라고 불리우는 지역에 전사인자와 RNA 중합효소가 자리하면서 시작되는 기작이다. 유전자 내의 프로모터를 동정하는 여러종류의 실험 방법들이 있지만, 많은 시간과 노동력이 요구되어진다. 본 연구에서는 Ensembl, NCBI, CpG plot 등과 같은 생물정보학 관련 프로그램들을 활용하여 SETDB1 유전자의 프로모터를 동정하여 클로닝하고자 하였다. PCR 증폭을 수행한 후 얻은 약 2 kb DNA 조각을 SETDB1-P1이라 명명하였으며, PCR 산물은 TA 벡터로 클로닝 후 확인하였으며, 이를 다시 제한 효소 절단을 통하여 pGL3-luc 벡터로 클로닝하였다. 클로닝된 pGL3-SETDB1-P1-luc 플라스미드를 H1299 폐암세포주에 transfection 시킨 후 여러 가지 항암제를 처리하였을 때, taxol, 5-FU, doxorubicin 처리군에서 SETDB1 프로모터 활성이 감소하는 것을 확인하였다. 이러한 결과는 웨스턴 블롯 및 RT-PCR 실험을 통해 항암제 처리 후 SETDB1 유전자 발현이 조절됨을 확인하였다. 그러므로 bioinformatics 프로그램을 통한 프로모터 동정 및 클로닝 방법을 다른 유전자들에도 적용시킨다면, 유전자 발현 연구에 매우 유용할 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제38권2호
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• pp.127-132
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• 2002

본 연구에서는 갯녹음(백화)현상이 세균생태계와 어떤 관련 이 있는 지에 대한 기초자료 및 정보를 얻기 위하여 갯녹음 현상이 일어난 제주도 성산과 강정지역 연안의 해수에 존재하는 세균군을 16S rRNA중폭기법을 이용하여 조사하였다. 강정지 역에서는 Alcanivorax, Paracoccus, Damselae, Pseudomonas, Rhodovulum, Silicibacter, Sulfitobacter, Roseobacter등 다양한 종류의 세균이 분포되어 있었으며, Alcanivorax가 20%의 빈도로 가장 많이 나타났다. 반면, 성산 지역에서는 Pseudomonas속 균주가 우점종으로서 존재하였으며, Pseudomonas tolaasii (혹은 Pseudomonas corrugata)와 유연관계가 가까운 세균은 44%, Pseudamonas mandeli와 가까운 세균이 24%, Verrucomicrobiales와 가까운 세균은 4%,기타 동정되지 알은 세균은 세 group으로 구분되었으며, 각각 8%,8%, 12%를 차지하여, 두곳에 분포되어 있는 세균군상이 상당한 차이점 이 있음을 확인하였다. 갯녹음 지역인 강정과 성산 해수의 8월(표품 채집시기)의 수온은 $27^{\circ}C$~$27.4^{\circ}C$, 염분의 농도는 30.24-30.60%, pH는 8.23~8.36,용존산소량(DO)은 각각 7.20~7.28로, 두지역에서 매우 비슷한 것으로 조사된 바 있는 데, 이는 수온이나 염분의 농도, 또는 pH보다는 다른 원인에 의하여 두 갯녹음 지역에 분포하는 세균군의 차이를 가져왔음을 제시해 주었다.

• 한국해안·해양공학회논문집
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• 제23권4호
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• pp.313-325
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• 2011

황해 조석모의를 위한 유한요소 격자체계가 h-상세화에 의해 구축되어 이전연구(서, 1999b) 14 K 절점에 비해 210 K로 연안지역 해상이 특별하게 고려되었다. 격자생성시 인접절점간 수심변화, 무차원 조석파장비가 고려되어 전체절점의 약 1/4이 수심 5 m 내외 연안역에 집중적으로 분포되었다. 수심에 ETOPO1 및 30초 정밀자료가 적용되었고 개방경계에 FES2004로부터 자동추출된 8대분조가 정의되었다. 조석모의에는 비선형 3차원 조화모형이 수립되었으며, 연직난류와 바닥마찰계수의 변화에 따른 서해연안의 조석확폭이 모의되었고, 8대분조 및 $M_4,$ $MS_4$ 등 비선형 천해조석과 $M_f$ 및 $M_{sf}$의 장주기 등이 재현되었다. 천문조뿐만 아니라 비선형 항의 반복에 의해 계산되는 천해조 해석결과에 마찰계수의 공간적변화가 미치는 영향이 지대하여, 조석 주기별로 다른 값을 적용하는 것이 제시되었다. 조석 비대칭성 분포를 파악하고자 진폭비 $M_4/M_2$와 위상차 $2g(M_2)-g(M_4)$를 계산하였는데, 우리나라 서해연안에 조석왜곡 비율이 0.2에 다다르는 등 천해역 특성이 뚜렷하며 목포해역 전면에 폭넓은 낙조우세가 재현되었다.

• 생명과학회지
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• 제21권2호
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• pp.235-241
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• 2011

본 연구의 목적은 두유 curd를 형성하는 미생물을 분리하는 것이다. 두유 curd를 형성하는 미생물은 채소를 젖산균으로 발효시킨 전통적인 한국의 음식, 김치로부터 분리하였다. 분리 균주 196개 중 10개의 균주(strain No. 2-2-2, 2-15-2, 2-18-1, 2-19-2, 3-4-1, 3-4-2, 3-8-1, 3-8-3, 3-17-1, 4-39-5)가 단단한 두유 curd를 형성하였고 분자생물학적 생화학적 분석법에 의해 동정되었다. 분리균주로부터 추출한 genomic DNA는 16S rDNA 지역의 PCR 증폭을 위한 주형으로 사용하였다. GenBank 데이터로 16S rDNA 염기서열을 비교한 결과, 분리 균주들은 Leuconostoc mesenteroides group과 Lactobacillus sakei group으로 동정되었다. 두유 curd를 형성하는 균주들의 계통 발생학적 위치와 분류군은 neighbor-joining 방법을 이용하여 확인하였다. 또한, L. mesenteroides group은 생화학적 특성에 의해 L. mesenteroides subsp. dextranicum으로 동정되었다. 하지만 L. sakei group은 생화학적 특성 비교시 다양성을 보여 Lactobacillus sp.로 명명하였다.

• 한국항행학회논문지
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• 제25권1호
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• pp.68-77
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• 2021

본 논문에서는 높은 동특성 환경에서 동작이 가능한 GPS/MEMS IMU 통합항법 수신모듈을 설계 및 제작하고, 그 결과를 확인하였다. 설계한 모듈은 RF 수신부, 관성측정부, 신호처리부, 상관기, 항법 S/W로 구성된다. RF 수신부는 저잡음증폭, 주파수 변환, 필터링, 자동이득조절 기능을 수행하고, 관성측정부는 3축 자이로스코프, 가속도계, 지자기센서가 적용된 MEMS급 IMU로부터 측정 데이터를 수집하여 항법S/W로 전달하는 인터페이스를 제공한다. 신호처리부 및 상관기는 FPGA 로직으로 구현하여 필터링 및 상관 값 계산을 수행하고, FPGA 내부 CPU를 사용하여 위성항법, 통합항법 S/W를 구현하였다. 제작된 모듈의 크기는 95.0 × 85.0 × 12.5 mm 이고, 무게는 110g을 확인하였으며, 동적성능 1200m/s, 가속도 10g의 환경에서 규격 이내의 항법정확도 성능을 확인하였다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제53권2호
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• pp.143-150
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• 2021

최근 SARS-CoV-2를 포함한 신종 및 변종 고병원성 바이러스의 확산과 이를 확진하기 위한 진단검사의 수요가 증가함에 따라 분자유전검사실 구축 시 필요한 공간별 기능을 조사하고 임상병리사의 안전성 확보를 위한 시설 지침을 마련하고자 하였다. 검사과정 중 검체 전처리 및 핵산 증폭 전실 및 후실 분리와 함께 음압설비가 필요하며, 핵산 증폭 전 공간을 분리해 단방향 작업 흐름을 고려해 공간 구성을 하여야 한다. 검사 진행과정 중 검체 전처리, 핵산 증폭 전 단계에서 실 분리와 함께 음압시설이 필요하며, 공간구성은 핵산증폭 전실 및 후실 공간을 분리하고 검사진행 방향을 단방향 검사흐름(unidirectional work flow)을 고려하여 계획하여야 한다. 안전관리 시설은 생물학적 안전 기준 2등급으로 지정하고 그에 따른 안전보호구를 배치하고, 위험물을 취급하는 경우 생물학적 안전상자 내부에서 진행해야 하며, 전염성 오염물의 폐기를 위한 멸균기가 필요하다. 국내 분자유전검사실 사례의 공통점은 검체 전처리공간을 -2.5 Pa 이하의 음압으로 유지하고 있으며, 검사과정상 전처리와 시약준비 공간에 대해서는 다른 공간에서 진행하고 있었다. 본 연구는 검사과정의 세부흐름과 공간별 기능을 분리하고 안전관리 기준 적용한 검사실 구축 방향을 제시하였고, 임시시설과 결핵검사실을 변경하여 사용하는 사례를 소개함으로써 더욱 효율적인 방향을 모색할 수 있는 자료로 의의가 있다고 하겠다.