급속한 과학 기술의 발달로 인해 상호간의 정보교환의 요구는 증가하게 되었으나 서로 다른 시스템 환경으로 인해 정보 교환에 많은 문제점이 발생하였다. XML 기반의 정보 교환은 이를 위한 해결하기 위한 방안이며 여러 연구자들이 공동으로 의견을 교환하여 작성해야 하는 표준 문서의 관리에 XML을 적용하면 매우 효과적이다. 본 논문에서는 표준 문서 제정 과정에서 이루어지는 문서의 공유 및 상호 교환을 보다 생산적이며 효율적으로 제공하기 위해 기존 시스템 환경의 변화 없이 차세대 인터넷 문서의 표준인 XML을 기반으로 문서를 교환하며 이를 효과적으로 저장, 검색, 관리 할 수 있는 시스템 모델을 설계 및 구현하였다.
XML 기술의 발전에 따라 확장성 있는 ebXML(Electronic Business eXtensible Markup Language) 기반의 스키마 사용이 확장되면서 점차 기존 EDI 전자문서나 DTD(Document Type Definition) 구조로 되어 있는 전자문서를 XML 스키마 형태로 변환하거나 새롭게 개발해고 있는 추세이다. 한국전자거래진흥원에서는 XML 전자운세 개발 지침과 함께 XML 라이브러리를 개발하여 제시함으로써 표준 XML 전자문서의 개발을 지원하고 있다. XML 전자문서 개발 지침은 ebXML CCTS 기술규격에서 제시하고 있는 방법론을 준용하고, UN/CEFACT ATG 그룹에서 개발한 XML Naming & Design Rule 규격을 국내에 맞게 수정하여 적용하고 있다. 또한 XML 라이브러리는 전자문서 개발지침에 따라 사전에 정의하고 개발해 놓은 핵심 컴포넌트와 비즈니스 정보 개체들로 구성되어 있다. 하지만 전자문서개발 지침상의 일부 규칙들이 의미상 명확하지 않은 상태에서 개발자의 임의적 선택의 폭을 허용하거나 개체의 명명에 대한 뚜렷한 기준을 제시하지 못함으로써 핵심 컴포넌트와 비즈니스 정보 개체의 검색 및 재사용을 제한하고 라이브러리 유지보수를 어렵게 하고 있는 실정이다. 본 연구에서는 XML 전자문서 개발지침 상의 일부 규칙에 대한 문제점을 분석, 규칙을 구제화함으로써 개발자 중립적인 핵심 컴포넌트와 비즈니스 정보 개체의 개발을 지원하고 라이브러리 관리를 효율적으로 수행할 수 있는 방안을 제시하고자 한다.
한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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pp.30-36
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2006
Tissue microarray (TMA) is an array-based technology allowing the examination of hundreds of tissue samples on a single slide. To handle, exchange, and disseminate TMA data, we need standard representations of the methods used, of the data generated, and of the clinical and histopathological information related to TMA data analysis. This study aims to create a comprehensive data model with flexibility that supports diverse experimental designs and with expressivity and extensibility that enables an adequate and comprehensive description of new clinical and histopathological data elements. We designed a Tissue Microarray Object Model (TMA-OM). Both the Array Information and the Experimental Procedure models are created by referring to Microarray Gene Expression Object Model, Minimum Information Specification For In Situ Hybridization and Immunohistochemistry Experiments (MISFISHIE), and the TMA Data Exchange Specifications (TMA DES). The Clinical and Histopathological Information model is created by using CAP Cancer Protocols and National Cancer Institute Common Data Elements (NCI CDEs). MGED Ontology, UMLS and the terms extracted from CAP Cancer Protocols and NCI CDEs are used to create a controlled vocabulary for unambiguous annotation. We implemented a web-based application for TMA-OM, supporting data export in XML format conforming to the TMA DES or the DTD derived from TMA-OM. TMA-OM provides a comprehensive data model for storage, analysis and exchange of TMA data and facilitates model-level integration of other biological models.
As the research work about XML based on the development of Internet and according to the information exchange standard is being carried out, the need of discovering new methods to store XML documents and manage them efficiently according to the frequency of large-capacity XML documents increases. Consequently, as a kind of back-end database system, XML storage systems such as RDBMS, OODBMS and Native XML DBMS etc. are coming forth in order to save XML documents. It is an urgent task to make comparisons among usage expense, function comparison storage, inquiry, and manage dimension for each DBMS. This paper makes an analysis and comparison of DTD-independent XML document access methods in RDBMS, OODBMS and Native XML DBMS for XML storage and management. After analyzing the advantages and disadvantages of each access method and comparing the function of typical commerce DBMS such as Oracle 8i, eXcelon and Tamino for finding the possibility of military applications, an another appropriate method to save XML documents is proposed as to find an implementation approach to save structural XML documents.
XML(eXtensible Markup Language, XML)은 인터넷에서의 자료 교환을 위해 고안된 언어이다. 본 논문에서는 XML의 개념을 발전시킨 확장형 규칙 표식 언어(extensible Rule Markup Language, XRML)를 제안하고 있다. XRML은 웹 페이지에 내재된 암묵적 규칙의 식별, 구조적인 규칙으로의 변환, 사람과 소프트웨어 에이전트간의 지식 공유를 가능하게 하며, 이를 통해 지식기반시스템(Knowledge Based System)과 지식관리시스템(Knowledge Management System)의 통합을 실현할 수 있는 새로운 언어가 될 것이다. 본 고에서는 XRML이 이상과 같은 능력을 갖기 위해 반드시 갖춰야 할 6가지 설계 기준과, 이들 기준을 반영한 XRML 구성 요소로서 RIML(Rule Identification Markup Language), RSML(Rule Structure Markup Language)과 RTML(Rule Triggering Markup Language)을 설계하였으며, 개별 요소들의 기능 및 특성과 함께 태그와 DTD(Document Type Definition)도 식별하였다. 나아가 전술한 구조를 기반으로 하여 XRML을 워크플로우 시스템상의 폼처리에 적용한 Form/XRML이라는 프로토타입 시스템을 설계하고 구현하였다. 본 프로토타입의 개발을 통해, 지식기반시스템의 지식을 활용하는 RTML이 폼을 비롯한 다양한 응용시스템에 내재될 수 있으며, 웹 페이지의 암묵적 규칙과 지식기반시스템의 규칙이 일관성 있게 유지될 수 있음을 보여 주었다. 요컨대 본 연구는 XRML이 지능형 웹으로 발전하기 위한 새로운 도구이며, KBS와 US의 통합을 위한 중요한 도구임을 입증하였다는 점에서 큰 의의를 갖는다고 하겠다.
XML 문서를 저장할 때 XML 데이터의 구조적인 검증을 위해서 DTD나 XML Schema를 같이 저장하는 방식이 사용된다. 그러나 스키마의 갱신이 발생할 경우는 기존 저장방식에서는 그 자체에 유효성을 검증하기 위한 메커니즘을 가지고 있지 않기에 파일로 추출하여 수정 후 XML Parser로 검증하고 다시 저장하는 비효율적인 과정을 거쳐야 하였다. 또한 스키마의 변경에 따라 이와 연계된 XML 데이터도 유효성을 보장할 수 없는 문제점이 발생하였다. 본 논문에서는 DBMS에 저장되어 있는 XML Schema를 갱신 할때 파일로 추출할 필요없이 SQL문에 의해 갱신이 되는 그 자체로 유효성을 보장할 수 있고, 이와 연결된 XML 데이터의 유효성 검증이 같이 이루어질 수 있는 효율적인 갱신기법을 설계한다. XML Schema 검증은 관계형 데이터베이스의 여러 제약 조건들에 의해서 이루어지고, XML 데이터는 스키마 갱신 내용에 따라 검증작업 필요성을 먼저 확인 후에 각 스키마 타입에 따라 유효성을 확인하는 갱신이 이루어지도록 설계되어 불필요한 작업에 의한 오버헤드를 사전에 방지하였다.
하이퍼미디어 응용에 나타나는 다양한 형태의 멀티미디어 데이타와 이들 사이의 동기화 등을 지원하기 위해 하이퍼미디어 전자 문서의 기술 표준인 HyTime(Hypermedia/Time-based Structuring Language)이 사용되고 있다. 그런데 이러한 HyTime 문서를 효과적으로 관리하기 위해서는 HyTime문서의 논리적 구조 정보를 체계적으로 데이타베이스에 저장하여 여러 사용자가 공유할 수 있도록 관리할 필요가 있다. 본 논문에서는 하이퍼미디어 문서의 논리적인 구조를 정의하는 HyTime DTD(Document Type Definition)를 객체 지향 데이타베이스에서 체계적으로 관리하기 위해 메타 데이타베이스 스키마를 설계하고 이를 관리하는 방법을 기술한다.
XML이 웹상에서 정보 교환의 표준으로 채택되면서 XML을 데이타베이스의 데이타로 보고 정보를 추출하는 분야가 주목받고 있다. XML은 그래프 기반의 비정형 데이타(semistructured data) 모델 과 매우 비슷하기 때문에 XML 데이타를 그래프 기반의 비정형 데이타 모델로 매핑한 후, 이에 대하여 질의를 처리할 수 있다. 본 논문에서는 XML 데이타에 대하여 스키마 정보를 가지는 DTB(Document Type Definition)를 이용한 질의 최적화 기법을 제안한다. 제안하는 기법은 인덱싱 효과를 내면서도 기존 방법에 비하여 부가의 메모리를 적게 필요로하고, 입력 데이타의 구조를 그대로 유지하기 때문에 다양한 형태의 질의를 효율적으로 처리할 수 있다. 간단한 예제 데이타베이스에 대하여 제안하는 기법의 실험 결 과를 보였다.
XML이 인터넷에서 정보전송을 위한 메타언어의 표현방법으로 급속하게 이용되고 있다. 아울러 XML 스키마는 XML 데이터의 다양한 유형을 표현하는데 사용하는 빈도수가 늘고 있다. 본 논문에서는 UML을 이용한 XML 스키마의 simpleType형 메타모델에 대한 설계를 하였다. 그러나 XML 스키마의 구조가 복잡하고 다양한 데이터의 유형을 지원하기 때문에 UML에서 나타내고 있는 모델의 속성에 대한 사용자의 이해와 적용에 어려운 부분이 많이 발생하는 것을 알 수 있다. 이를 해결하는 방법으로 본 연구에서는 OCL의 기능을 적용하여 XML 스키마 메타모델에서 구조적인 표현을 명확하게 명시할 수 있도록 하였으며, 아울러 이를 바탕으로 컴파일단계에서 어휘분석과 구문분석을 위한 파스트리와 토큰생성에 대한 구체적인 설계방법을 제시하였다.
인터넷의 빠른 발전과 하드웨어 속도의 향상에 의해 가상현실이 점차 일반 사용자에게도 가깝게 다가서고 있다. 인터넷 가상현실 언어의 표준인 VRML이 XML의 개발과 발전에 의해 차기 버전을 XML의 장점인 용이한 확장성을 수용하는 X3D라 명명하고 표준화를 진행 중이다. VRML의 경우 전송 시 파일 크기의 문제를 안고 있고, X3D로 진보하면서 역시 같은 문제를 해결하기 위하여 보다 효율적인 전송 포맷에 대한 연구가 진행되고 있다. X3D의 효율적 전송을 위한 바이너리 스트림 개발의 일환으로 바이트코드를 제안하고, 강력한 Java 3D API와 플랫폼 독립적인 바이트코드의 장점을 살려 표준화 단계인 X3D를 별도의 브라우저 없이도 Java 애플릿을 이용하여 재생할 수 있도록 하고자 한다. 이를 위한 방법으로 X3D를 Java 3D로 변환하는 번역기가 필요하다. 따라서 본 논문에서는 X3D-Java 3D 번역기의 구조를 설계하고 구현 방법을 제시하고자 한다. XML 파서를 이용하여 X3D를 파싱하고 그의 출력인 AST를 순회하면서 Java 3D 파일을 생성한다. X3D DTD와 Java 3D 클래스의 구조, 계층 관계 정보를 독립된 자료로 작성하여 계속 변하게 될 두 언어의 변화에 유동적으로 대처하면서 소스 코드의 큰 변화 없이 이용할 수 있게 설계하고자 한다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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