• 한국미생물·생명공학회지
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• 제14권2호
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• pp.133-137
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• 1986

원생동물인 Tetrahymena thermophila의 17S-rDNA구조 및 hygromycin 내성 기구에 대한 연구의 일부로서 hygromycin 내성변이주 hmr3의 17S-rDNA를 대장균의 vector pBR 322에 cloning하였다. 우선 rDNA는 hot phenol-cresol 용액으로 추출하여 제한효소 Hind III 처리로서 약 2.2kbp의 17S-rDNA를 agarose 전기영동상에서 분리하였다. 이를 pBR 322에 cloning하여 wild type의 17S-rDNA probe와 colony hybridization시켜 선별하였다. 그중 5-19 균주의 recombinant plasmid로부터 17S-rDNA 의 전사 orientation위치가 pBR322의 tetracyline내성 유전자 쪽으로 삽입되어 있는 것을 확인하였다.

• 대한의생명과학회지
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• 제2권2호
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• pp.257-265
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• 1996

토끼 바이러스성 출혈증의 원인체를 실험 토끼에 접종하여 증식을 유도하고 간장에서 hematoxylin & eosin 염 색 에서 조직학적 진단과 세포내 viral RNA의 소재를 결정하기 위해 post-unicryl 포매한 block의 절편을 사용하여 단 염색과 전자현미경적 in situ hybridization을 시도하였다. 토끼 출혈증 viral RNA의 보합 결합에 이용하는 probe는 4717에서 4800(84bases)까지 oligonucleotide를 5'말단에 biotin-CE phosphoramidite로 표지하여 사용하였다. 보합결합물의 증명은 신호 표지로서 antibiotin antibody-l0nm gold를 사용하였으며, hybridization이나 증명은 기존 protocol에서 약간의 변법을 사용하였다. 0.02% glutaraldehyde에서 고정하고 unicryl resin 포매한 표본, biotinylated oligonucleotide probe, antibiotin antibody-l0nm gold로 실험한 결과 증강된 신호를 얻을 수 있었다. 특히 전처리를 생략하므로써 실험 과정을 간단하게 하여 신속한 결과를 얻을 수가 있었다. 전자현미경 in situ hybridization을 통하여 토끼 출혈증 바이러스의 주요 표적은 간세포로 감염 세포의 세포질 내 미토콘드리아와 핵 사이에서 immune gold입자가 뚜렷하게 표지 됨으로서 viral RNA를 증명할 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권6호
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• pp.945-951
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• 2007

DNA-DNA hybridization has been established as an important technology in bacterial species taxonomy and phylogenetic analysis. In this study, we analyzed how the efficiency with which the genomic DNA from one species hybridizes to the genomic DNA of another species (DNA-DNA hybridization) in microarray analysis relates to the similarity between two genomes. We found that the predicted DNA-DNA hybridization based on genome sequence similarity correlated well with the experimentally determined microarray hybridization. Between closely related strains, significant numbers of highly divergent genes (>55% identity) and/or the accumulation of mismatches between conserved genes lowered the DNA-DNA hybridization signal, and this reduced the hybridization signals to below 70% for even bacterial strains with over 97% 16S rRNA gene identity. In addition, our results also suggest that a DNA-DNA hybridization signal intensity of over 40% indicates that two genomes at least shared 30% conserved genes (>60% gene identity). This study may expand our knowledge of DNA-DNA hybridization based on genomic sequence similarity comparison and further provide insights for bacterial phylogeny analyses.

• 미생물학회지
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• 제30권6호
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• pp.456-459
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• 1992

Halobacteria 의 gvpD. gvpE 유전자는 가스포 형성에 관여하는 유전자로, 이들은 그 transcripts 의 분석에 있어 특유의 연약성 때문에 많은 실험상의 문제를 야기시키고 있다. 본 실험은 연약한 mRNA 를 reverse transcriptase 를 사용, DNA 로 바꾸고 이를 다시 PCR(Polymerase Chain Reaction) 방법으로 증폭시킴으로써, 유전자의 연약한 mRNA 를 다시 상보적인 안정한 DNA 로 대치케 하여 RNA 상의 cloning, RNA sequencing 을 용이하게 하였다. 결과는 유전자 gvpD 에서 거의 전 ORF(Open Reading Frame) 의 범위에서 northern hybridization 에서 발견치 못한 transcipts 를 확인할 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제26권4호
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• pp.312-317
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• 1988

The genes for ribosomal RNA in Rhizobium meliloti and Bradyrhizobium japonicum were analyzed by southern hybridization of BamHI, EcoRI, HindIII digested chromosomal DNA with purified 5' $^{32}P$-labeled 16S and 23S rRNA. The big differences in the hybridization pattern of both rhizobia were found. The comparative results were discussed in relation to the copy number and conservativity of restriction sites in the rRNA genes of both rhizobia.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제31권3호
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• pp.285-292
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• 1993

간흡충 total RNk에는 많은 량의 185 rRNA가 함유되어 있었지만 285 rRNA는 그 양이 매우 적었다. 약 $8{\;}{\mu\textrm{g}}의{\;}poly{\;}(A)^{+}$ mRNAS부터 합성된 double-stranded CDNA는 대부분이 0.4-4.2 kb 크기이었으며 9.5 kb에 달하는 것도 있었다. 이미 보고되어 있는 tropomyosin의 amino산 서열을 기준하여 5개의 degenerated oligonucleotide (sense primer 2개와 antisense primer 3개)를 합성하였다. TotalcDNA를 template로 하고 sense primer와 antisense primer를 조합하여 실시한 PCR 산물 중에서 580 bp 크기의 특이 유전자가 나타났다. 만손주혈흡충의 tropomyosin CDNA를 탐색자로 써서 Southern hybridization했을 때 이 유전자만이 검출되어서. 이 유전자는 간횹충 tropomyosin (CSTM) CDNA의 일부분일 가능성이 높다고 생각되어 sequencing vector인 POEM-3Zf(-)에 cloning한 다음 염기서열을 결정하였다. nRf 증폭된 CSTM CDNA는 크기가 575 bp이었으며 191개의 predicted amino산 서열은 한 개의 open reading frame을 갖고 있었다 CSTM CDNA의 amino산 서열은 만손주혈흡충 tropomyosln과 86.3%. Trichosoonvk: colhnfornis tropomyosin과 51.1% 의 유사성을 갖고 있었다. 이 CSTM cDNA fragment는 앞으로 간흡충 cDNA library를 screening하여 완전한 CnM CDNA를 cloning하기에 좋은 probe로 쓰일 것으로 예상된다.

• Molecules and Cells
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• 제20권2호
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• pp.247-255
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• 2005

Three different catalase cDNA clones (CaCat1, CaCat2, and CaCat3) were isolated from hot pepper (Capsicum annuum L.), and their expression patterns were analyzed at the levels of mRNA and enzyme activity. Northern hybridization showed that the three catalase genes were differentially expressed in various organs, and that expression of CaCat1 and CaCat2 was regulated differently by the circadian rhythm. In situ hybridization revealed different spatial distributions of CaCat1 and CaCat2 transcripts in leaf and stem. In response to wounding and paraquat treatment, CaCat1 mRNA increased at 4-12 h in both paraquat-treated and systemic leaves. In contrast, wounding had no significant effect on expression of the catalase genes. The increase of catalase activity in the paraquat-treated and systemic leaves paralleled that of CaCat1 mRNA, but did not match that of CaCat1 mRNA in paraquat-treated stems. Our results suggest that CaCat1 may play a role in responses to environmental stresses.

• 식물조직배양학회지
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• 제21권2호
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• pp.111-115
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• 1994

벼(Oryza sativa L. cv Nipponbaie)배양세포에 중력 450,000 x g를 처리하여 cDNA library를 만들고, 무처리 및 고중력을 처리한 cDNA 프로브로 스크리닝을 실시하여 고중력에 특이적으로 양성반응을 나타내는 GSC 13 및 GSC124 cDNA를 선발하였다. 선발된 두 유전자 GSC 13 및 GSC 124의 길이는 각각 1.34 및 0.67 kilobase pairs였으며, 배양세포내에서 관련된 transcript의 크기는 각각 2.0 및 1.9 kilobase pairs인 것으로 나타났다. 두 유전자를 프로브로한 Northern hybridization을 실시한 결과 GSC 13, GSC 124 공히 배양세포내에 고중력처리에 의해 특이적으로 축적되는 mRNA가 나타났으며, 중력강도 300,000 x g 에 비해 450,000 x g 처리에서 더욱 강한 축적을 보였고 450,000 x g 4시간 처리에서 최대의 수준을 보였다.

• 한국동물학회지
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• 제37권2호
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• pp.240-248
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• 1994

골격근 세포는 미분화 단핵 근원세포로부터 신장과 융합을 거쳐 다핵 횡문근섬유로 분화되어 가며 동시에 근특이 유전자의 발현이 선택적으로 일어난다. 본 연구에서는 계배 배양 근원세포의 분화동안 유전자 발현 조절 양상에 대한 연구를 위해, 계배 근원세포를 72시간 배양한 근섬유로부터 CDNA 라이브러리를 제작하였다. 이 cDNA 라이브러리를 미분화 단핵 근원세포(배양 36시간)와 분화된 다핵 근섬유(배양 72시간)의 poly(A)+ RNA 주형에서 합성된 [32P〕cDNA를 Probe로 사용한 differential plaque hybridization 방법으로 스크리닝하였다 분화된 다핵 근섬유 CDNA probe에 강한게 흔성화되는 CDNA clone을 선별하여 클로닝하였다. 선별한 CDNA clone 들 중 하나는 약 1.3 Kb 크기의 삽입절편을 갖고 있는 것으로 나타났고, 이 CDNA를 probe로 사용하여 northern blotting 한 결과, 이 CDNA엑 대한 유전자는 미분화 단핵 근원세포에서 분화된 다핵 근섬유로 분화가 진행됨에 따라 유전자 산물인 RNA 양이 증가되는 것으로 나타났다 또한 이 1.3 Kb CDNA에 대한 RNA의 크기는 약 2 7 Kb로 확인되었다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제31권3호
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• pp.181-186
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• 2007

DNA 결합 단백질 억제(Inhibitor of DNA binding protein) 또는 분화억제(Inhibitor of differentiation) 인자인 Id는 네 종류(Id1-4)가 있으며, 세포의 증식과 분화, 혈관 형성 및 세포자가사멸 등에 정 또는 부의 조절인자로서 널리 알려져 있다. 하지만 아직까지 번식생리 분야에서 이들 유전자들의 발현이나 기능에 관해 알려진 것은 거의 없다. 따라서 본 연구에서는 쥐 난소에서 난포의 발달에 따른 Id3 mRNA의 발현 양상을 살펴보고자 실시하였다. 쥐에게 PMSG주사 후, 3, 6, 12, 24, 36 및 48시간째에 난소를 회수하여 고정, 탈수 및 파라핀 포매를 실시하였다. In situ hybridization 실험을 위하여 anti-sense와 sense Id3 cRNA 탐침자를 제작한 다음 난소 절편에 반응시켰다. 반응이 끝난 난소 절편은 NTB-2 유광제에 노출시킨 후 현상액에 반응시켰다. 모든 처리가 끝난 슬라이드는 H&E 염색을 실시한 다음 현미경하에서 hybridization 감도를 1+에서 4+로 구분하여 평가하였다. 난자에서는 Id3 mRNA 감도가 원시와 제1차 난포에서 ${\geq}2+$으로 확인되었으나, 제2차, 우성 및 배란전 난포에서는 1+ 이하로 관찰되었다. 한편, 과립막세포에서는 우성과 배란 전 난포에서 Id3 mRNA가 3+ 또는 4+로 강하게 발현되는 것을 확인하였다. 이상의 결과를 종합하여 보면, Id3 mRNA는 난포의 발단 단계 또는 난포세포에 따라 특이적으로 발현하는 것으로 보아 난포의 발달과 밀접한 연관이 있을 것으로 사료된다.