• 제목/요약/키워드: DNA typing

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다중구슬 폐구균 혈청형 분석법의 국내 확립과 적용 연구 (Establishment and Application of a Multibead Serotyping Assay for Pneumococci in Korea)

  • 김한울;이소영;이미애;김경효
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제22권2호
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    • pp.97-105
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    • 2015
  • 목적: 폐구균의 혈청형 분석은 백신의 효능을 평가하고 감시하는데 매우 중요하다. 그러나 폐구균의 혈청형 분석이 힘들기 때문에 최근 라텍스 구슬과 흐름세포측정기를 이용한 다중구슬 혈청형 분석법이 소개되었다. 이 연구에서는 새로운 혈청형 분석법을 이화백신연구센터에서 구축하고 실제 임상 검체들에 적용해보았다. 방법: 라텍스 구슬 3종과 폐구균 피막다당 특이 단클론항체 1가지, 시동체 2종을 Univerisity of Alabama at Birmingham에서 제공 받았다. 이 시료들을 이용하여 단클론항체와 wzy 다중 PCR을 이용한 다중구슬 혈청형 분석법을 확립하였다. 그리고 75개의 혈청형이 알려져 있는 검체를 이용하여 이화백신효능연구센터에 확립된 다중구슬 혈청형 분석법의 정확도를 보았고 이를 토대로 528개의 임상 검체를 분석해 보았다. 결과: 다중구슬 혈청형 분석법은 이화백신효능연구센터에 안정적으로 확립되었다. 75종의 이미 혈청형이 알려져 있는 검체를 암호화하여 분석한 결과 전부 일치하여 정확도가 높음을 보여 주었고 실제 임상 검체에도 적용한 결과 94.3% (498/528)에서 혈청형을 확인할 수 있었다. 결론: 다중구슬 분석법은 다수의 혈청형을 쉽고 빠르게 한번에 많은 수의 검체를 확인할 수 있는 객관적인 검사 방법으로 향후 임상적 진단과 역학연구 등의 폐구균의 혈청형 분석에 유용하게 사용될 수 있을 것이다.

소아과 의원을 방문한 급성인두염 환자의 인후배양과 emm 유전자형을 이용한 A군 연쇄구균의 역학조사 (Epidemiological Characterization of Group A Streptococci Using emm Genotyping from Throat Cultures in Patients with Acute Pharyngitis in Children)

  • 정현주;이남용;권오영;맹국영;김선주
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제10권2호
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    • pp.178-185
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    • 2003
  • 목 적 : 소아과 의원을 방문한 인두염 환자에서 A군 연쇄구균 분리율을 살펴보고자 하였다. T 항원형과 emm 유전자형을 동정하여 역학적 특성을 살펴보고, 같은 지역의 보균자 결과와 비교하고자 하였다. 방 법 : 2001년 11월부터 2002년 5월까지 경남 진주시에 위치한 한 소아과 의원에서 인두염 환자 246명(남자 123명, 여자 123명)을 대상으로 인후배양을 시행하였다. 슬라이드 응집법으로 T 항원형을 결정하였고, emm 유전자 증폭 후 염기서열 분석을 시행하여 emm 유전자형을 동정하였다. 결 과 : 인두염 환자 246명 중 130명(52.8%)에서 베타용혈성 연쇄구균이 분리되었으며, 그 중 96.1%가 A군이었다. 연령별로는 4세에서 7세가 70.4%로 가장 많았다. T12가 35.2%로 가장 흔하였고, T non-typeable 30.4%, T28 14.4% 순이었다. emm12(28.5%)가 가장 많이 동정되었고, emm75(18.7%), emm22(13.0%), emm2(12.2%) 및 emm8(8.1%) 순이었다. 결 론 : A군 연쇄구균 인두염은 약 50%에서 분리될 정도로 흔하므로, 개인 소아과 의원에서 급성인두염 환자에 대해 항생제 처방 전에 인후배양이 필요할 것으로 사료된다. T항원 및 emm 유전자형은 급성 인두염 환자와 보균자에서 비슷한 분포를 보였다.

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미성어 양식 넙치, Paralichthys olivaceus에서 분리한 Vibrio icthyoenteri의 표현형 및 유전형적 특성 (Phenotypic and genetic characteristics of Vibrio ichthyoenteri isolated from the olive flounder, Paralichthys olivaceus of culturing size)

  • 박수일;이화;김수미
    • 한국어병학회지
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    • 제19권2호
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    • pp.127-139
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    • 2006
  • 2002년에서 2004년에 걸쳐, 우리 나라의 넙치 양식장에서 질병의 증상이 보이는 중간 육성 단계의 넙치를 대상으로 다수의 Vibrio속 세균을 분리 동정하였으며 그 중에서 V. ichthyoenteri균이 높은 비율을 차지하고 있었다. 일반적으로 V. ichthyoenteri는 넙치의 자어기 장관백탁증의 원인균으로 잘 알려져 있으며, 미성어의 병어로부터 분리되었다는 점에서 여러 크기의 넙치 및 종묘 생산에 미치는 영향을 알고자 하였다. 본 연구는 미성어 넙치에서 분리된 균주그룹과 장관백탁증에 걸린 넙치 자어에서 분리한 V. ichthyoenteri 참조 균주 두 그룹간의 생화학적 및 생리학적 성상, 유전학적 특성을 비교 분석함으로서 분리 균주를 V. ichthyoenteri로 동정하고, 이들의 어병학적 특성을 조사하였다.실험 결과 시험 균주와 참조 균주간의 생화학적 특성과 생리학적 성상이 거의 동일한 것으로 나타났다.본 연구에서 분리 균주와 참조 균주의 16S-23S rRNA intergenic space (IGS) region을 cloning하여 염기 서열을 분석한결과 3개의 참조 균주와 19개의 분리 균주들은 V. ichthyoenteri 참조 균주와 99.1 ~ 100% 동일하였으며 V. ichthyoenteri는 3개 이상의 PCR products를 보였다. 이들 각각에 대한 tRNA type을 분석한 결과, no-tRNA, tRNAGlu(TTC) type 그리고 tRNAIle(GAT)와 tRNAAla(TGC) 를 coding하는 3 가지 tRNA type을 밝혔다.

발효 온도에 따른 김치의 산도 변화와 Vancomycin 내성 젖산균의 분포 (Changes in Acidity and Distributions of the Vancomycin-Resistant Lactic Acid Bacteria in the Kimchi Fermented at Different Temperatures)

  • 정의숙;김기환;신원철;송광영;윤성식
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제32권3호
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    • pp.249-255
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    • 2004
  • 배추김치를 담근 직후 $4^{\circ}C$, $10^{\circ}C$, 그리고 $20^{\circ}C$에서 최고 50일까지 발효시키면서 매일 시료를 취하여 pH 및 적정산도의 변화를 경시적으로 관찰하였다. pH 와 산도는 발효온도에 따라서 크게 영향을 받은 것으로 나타났으며 이러한 결과는 발효 김치중의 미생물학적 성상이 발효 온도에 따라서 상당하게 달라진다는 점을 암시하였다. 각 발효 온도별로 숙성 김치의 상미범위로 알려진 적정산도 0.6~0.8%(pH 4.2)에 도달하여 유지되는 시간을 보면 $4^{\circ}C$에서는 20~30일, 1$0^{\circ}C$에서는 3~5일 그리고 $20^{\circ}C$에서는 1~2일이 소요되었다. 각 김치 시료로부터 vancomycin(300$\mu$g/m1)이 함유된 modified Lactobacilli MRS agar를 이용하여 vancomycin에 대한 내성을 나타내는 127주를 분리하였다. 이 중에서 저온에서 분리한 균주를 중심으로 13개를 선택하여 생화학적 동정(API 50 CHL kit)을 실시함으로서 분리균 중 Leuconostoc 속 균주가 차지하는 비율을 검토한 결과 Leuconostoc 속과 Lactobacillus 속은 각각 6 균주로 나타났으며, 한 균주는 생화학적 동정이 불가능하여 아직 보고되지 않은 새로운 균종으로 추정되었다. 생화학적 방법의 재현성이 문제가 되어 다시 ITS-PCR법을 사용하여 동정하였다. 그 결과 8 균주는 크기가 564 bp인 1개의 DNA 밴드를 형성하였으며, Leuconostoc mesenteroides ssp. mesenteroides/dextraniucm로 동정되었다. 또 3개의 DNA밴드를 나타낸 4개의 균주는 L. brevis로 동정 되었으나 1 균주는 ITS-PCR법으로도 동정할 수 없었다. 본 연구의 결과로 미루어 볼 때 4~$10^{\circ}C$ 발효초기에는 Leuconostoc 속이 우점 세균으로 지목되었고 발효기간이 경과 할수록 L. brevis도 김치의 균총에서 상당한 부분을 차지할 것으로 추정된다. 이에 반해서 $20^{\circ}C$에서는 Leuconostoc속 균주가 우세하게 출현할 것이라는 예상과는 달리 발효 초기부터 L. brevis와 같은 세균이 발효를 주도하는 균종으로 생각되었다.

중합효소 연쇄반응에 의한 수포액, 혈액과 관절액에서 단순포진 바이러스 1, 2와 대상포진 바이러스의 검출과 감별 (Detection and Differentiation of Herpes Simplex Virus 1 and 2, and Varicella-Zoster Virus in Vesicle Fluid, Joint Fluid and Serum using PCR Method)

  • 박혜경;우소연;김현진;이정화
    • 대한미생물학회지
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    • 제35권2호
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    • pp.191-201
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    • 2000
  • The viruses of Herpes Simplex Virus 1 (HSV-1), Herpes Simplex Virus 2 (HSV-2) and Varicella-Zoster virus (VZV) which belong to the alpha herpes subfamily are important human pathogens. When eruptions were not fully developed from these viral infections, clinical diagnosis was not always easy and required virological confirmation test. The above viruses were reactivated in individuals who were compromised in immune competence for one reason or another. Polymerase chain reaction (PCR) enables rapid and sensitive detection of HSV and VZV DNAs. Its sensitivity was largely influenced by choice of primers. Authors conducted a study to detect of those three viruses in human specimens including vesicle fluid and joint fluid and serum using PCR methods. Primers used for this study were the general primer pair GPHV-RU which was known to amplify within the genes enjoying the highest degree of homology between UL15 of HSV and UL42 of VZV. PCR with primers hybridized pair GPHV-RU amplifies a 396 bp with THP-1 and HSV-2 standard strain DNA and 405 bp with VZV standard strain DNA. Restriction enzyme cleavage with HpaII and DdeI were used to detect and distinguish DNAs of THP-1 and HSV-2 and VZV. The purpose of this study was a rapid and easy detection of VZV and THP-1 or HSV-2 from various clinical specimens (vesicle fluid, serum and joint fluid) by PCR method. Used methods were: HSV PCR with primer 1, 2 and HpaII RE digestion; VZV nested PCR; HSV PCR with primer A, Band BssHII RE digestion. 1) In 33 cases (33/42, 78.6%) VZV was detected single or mixed infection from 42 clinical specimens which included vesicle fluid (5), serum form respiratory infected children (10), serum from immune suppressed adult cancer patients (7) and joint fluid from arthritis patients (20). 2) In 20 cases (20/42, 47.6%) HSV was detected singly or mixed infection and 19 of those cases were HSV-2 and 1 case was THP-1. 3) In 19 cases (19/42, 45.2%) VZV was singly detected which included serum from respiratory infected children (6 cases), joint fluid from arthritis patients (9 cases), vesicle fluid (2 cases) and serum form immunosuppressed cancer patients (2 cases). 4) HSV was singly detected in 6 cases (6/42, 14.3%) which included joint fluid from arthritis patients (5 cases) and serum form respiratory infected children (1 cases). 5) 14 cases of VZV and HSV mixed infection (14/42, 33.3%) were detected. They included vesicle fluid (3 cases), serum form immunosuppressed cancer patients (4 cases), serum from respiratory infected children (2 cases) and joint fluid from arthritis patients (5 cases). 6) HSV-1 and HSV-2 detection and typing by HSV PCR with primer A, Band BssHII RE digestion method was more sensitive and the results were easier to detect than on other method.

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신생아 중환자실에서 Serratia marcescens에 의한 집단 감염 발생에 대한 고찰 (Clinical aspects of an outbreak of Serratia marcescens infections in neonates)

  • 성민정;장철훈;윤연경;박수은
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제49권5호
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    • pp.500-506
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    • 2006
  • 목 적 : 신생아 중환자실에서 일어났던 S. marcescens의 대유행의 임상적 양상과 위험 요소에 대해 알아보고자 하였다. 방 법 : 2004년 1월부터 8월까지 8개월간 부산대학교병원 신생아 중환자실에 입원해 있던 환아 중 S. marcescens이 분리되었던 24명을 환아군으로 하고, 같은 기간에 신생아 중환자실에 입원해 있었지만 균이 배양되지 않았던 21명을 대조군으로 하며, 균이 배양되었던 24명 중 감염을 일으킨 19명을 감염군으로 감염의 증거가 없던 5명을 보균군으로 나누어 각 군의 임상적 양상, 위험 요소의 비교 및 분리된 균주에 대한 항생제 감수성을 검사하였다. 동시에 환경 배양 검사를 하여 유행의 원인을 조사하였다. 결 과 : 환아군과 대조군, 감염군과 보균군 사이에 성별, 제태 연령, 출생시 체중, 분만 방법, 산모의 감염 여부, 입원 기간에는 유의한 차이점이 없었다. 환아들이 가진 기저질환으로는 신생아 호흡 곤란 증후군, 선천성 심질환, 괴사성 장염의 순으로 나타났다. 환자군이 대조군에 비해 카테터의 사용, 수술의 과거력, 항생제 사용, 인공 호흡기 사용, 비위관 삽입의 빈도가 많았다. 감염군에서 균이 배양되었던 검체는 혈액이 7명, 기도내에서 검출된 환아는 4명, 결막 삼출물은 4명, 소변에서 균이 검출된 환아는 2명, 뇌척수액에서 검출된 환아는 1명이었고, 이 중 S. marcescens의 감염으로 인해 사망한 환아는 3명으로 15.8%의 사망률을 나타내었다. 감염군 19명에서 배출된 균의 항생제 감수성은 ampicillin, cefotaxime, ceftazidime, gentamicin에 저항성을 imipenem, bactrim, amikacin에 감수성을 나타내었다. 분자학적 방법으로 분석한 결과 6월의 유행 당시 모두 같은 균종으로 나왔다. 철저한 소독과 격리를 한 뒤 더 이상 균이 발견되지 않고 있다. 결 론 : S. marcescens는 신생아와 같이 면역이 저하된 환자에게 빠르게 전파하여 폭발적인 유행을 일으킬 수 있으며 사망률도 높다. 임상 검체에서 S. marcescens가 분리되면 유행적 발생의 위험성을 빨리 인지하여 처음부터 적절한 감염 관리를 실시하여야 한다.