• 한국지능시스템학회:학술대회논문집
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• 한국퍼지및지능시스템학회 2002년도 춘계학술대회 및 임시총회
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• pp.183-187
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• 2002

DNA microarray는 분자생물학 및 DNA 컴퓨팅 분야에 널리 사용되고 있는 실험 도구이다. DNA microarray를 이용하는 한 예는 알려진 유전자 집합을 바탕으로 하여 hybridization을 통해 새로운 DNA 서열을 분석하는 것이다. 이를 위한 가장 간단한 방법은 알려진 유전자의 모든 서열을 DNA microarray 상에 올려놓는 것이지만 이는 결과의 정확도 및 칩 제작비용 면에서 비효율적이다. 따라서 일반적으로는 유전자 서열 정보를 파악한 후 일련의 DNA 서열을 선택하는 probe 디자인 과정을 거친다. 그러나 현재 유전자 서열을 바탕으로 최적의 probe 집합을 찾는 결정적인 방법이 존재하고 있지 않다. 이에 본 논문은 oligo DNA microarray을 이용한 DNA 서열 분석 문제에 있어서 가능한 많은 유전자를 인식하면서 최소의 probe 개수를 갖는 집합을 찾는 방법을 제안한다. 제시된 방법은 가능한 probe 집합들로 해집합을 구성한 후, 유전알고리즘을 이용한 진화 과정을 통해 목적하는 probe 집합을 찾는다. 본 논문에서는 GenBank로부터 얻은 일련의 유전자 집합을 대상으로 실험하였으며 그 결과를 분석하였다.

• 미생물학회지
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• 제26권3호
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• pp.149-154
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• 1988

Japanese Encephalitis Virus(JEV) can be detected conveniently by the use of biotinylated cDNA probe. To prepare biotinylated probe aminoallyl dUTP was first synthesized chemically to reverse transcribe the virial RNA. The allylamine-labeled cDNA was then converted to the biotin-cDNA by the reaction with an activated biotin ester, NHS-ACA-biotin. The JEV genomic RNA was hybridized to the biotinylated cDNA probe on nitrocellulose filter and visualized colorimetrically by streptavidin complexes with alkaline phosphatase polymer. Sensitivity of the detection system was determined by estimating the amount of the JEV genomic RNA through comparison with signals generated from the biotinylated and $^{32/P}$ -labeled probes. It was found that the biotin probe was as sensitive as $^{32/P}$ -cDNA probe which can detect 50pgs of the target RNA.

• 한국진공학회:학술대회논문집
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• 한국진공학회 2016년도 제50회 동계 정기학술대회 초록집
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• pp.140.1-140.1
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• 2016

We have measured DNA translocation through a nanocapillary functionalized with probe DNA. These DNA-functionalized nanocapillaries selectively facilitate the translocation of target ssDNAs that are complementary to the probe ssDNAs. In addition, translocation of the complementary target ssDNA exhibits two tendencies to translocation speed, such as fast and slow translocation, whereas that of non-complementary target ssDNA yields only one tendency, fast translocation. These observations suggest that the complementary and non-complementary target ssDNAs may be discriminated due to different interaction strengths between target and probe ssDNAs. The temperature dependence measurements of DNA translocation show that slow translocation events are ascribed to the complementary interaction between probe and target ssDNA. This confirms that their dwell time is dependent on the base-pair binding strength. These results demonstrate that mere single-base different target DNA can be selectively detectable by using the probe DNA-functionalized nanocapillaries.

• Applied Biological Chemistry
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• 제39권5호
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• pp.403-408
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• 1996

토양에서 세균군집의 DNA를 추출하여 이사디 분해세균의 밀도와 군집변화를 tdfA 유전자와 Spa Probe를 이용하여 조사하였다. 이사디 분해균주인 Pseudomonas cepacia/pJP4을 토양에 여러 가지 밀도로 접종한 후 추출된 토양세균군집의 DNA를 Southern blot에서 분석한 결과, 본 실험에 사용된 DNA probe method에 의해 이 세균을 $10^5\;cells/g$ soil 수준까지 검출할 수 있는 것으로 나타났다. 이사디를 가해준 microcosm 토양에서 추출된 세균군집의 DNA를 분석한 실험에서는 Pseudemonas pickettii와 Sphingomonas Paucimobilis가 우점종으로 검출되었고, 사용된 두 가지의 DNA probes는 토양의 이사디 분해미생물에 대해 매우 높은 특이성을 가지고 있는 것으로 나타났다. 밭에 이사디를 장기 적으로 가해준 후 추출된 토양세균군집의 DNA를 분석 한 실험에서는 이사디를 최소한 10 ppm 이상 가해주어야 토양의 이사디 분해세균을 DNA probe method에 의해 검출할 수 있었고, tfdA 유전자는 실제의 밭토양에서도 높은 특이성을 나타냈으나 Spa probe는 일부의 토착세균에 비특이적으로 반응하는 것으로 나타났다. 토양에서 추출된 세균군집의 DNA를 분석하는 DNA probe method는 Southern blot과 함께 사용되었을 때 토양에 존재하는 이사디 분해미생물을 실험실 배지에 배양하지 않고 검출할 수 있었고,이 미생물들의 밀도, 군집변화, 유전적 변화 등을 효과적으로 분석할 수 있는 것으로 나타났다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2003년도 봄 학술발표논문집 Vol.30 No.1 (B)
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• pp.455-457
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• 2003

DNA microarray는 분자생물학에서 널리 사용되고 있는 실험 도구로써 크게 cDNA와 oligonucleotide microarray로 나뉘어진다. DNA microarray는 일련의 DNA 서열로 이루어진 probe들의 집합으로 구성되며 알려지지 않은 서열과의 hybridization 과정을 통해 특정 서열을 인식할 수 있게 된다. O1igonucieotide microarray는 cDNA 방법과는 다르게 probe를 구성하는 서열을 제작자가 임의로 구성할 수 있기 때문에 목표 서열이 가지는 고유한 부분만을 probe 서열로 사용함으로써 비용절감과 실험의 정확도를 높일 수 있다는 장점이 있다. 그러나 현재 목표 유전자 서열에 대해 probe 집합을 생성하는 결정적인 방법은 존재하지 않으며, 따라서 넓은 해 공간에서 효과적으로 최적 해를 찾아 주는 진화 연산이 probe 선택을 위한 좋은 대안으로 사용될 수 있다［1.2］. 그러나 진화연산을 이용한 probe 선택방법에 있어서 인식하고자 하는 목표 서열의 개수가 많아질 경우, 해 공간의 크기가 커짐으로 인해 문제점이 발생할 수 있다. 따라서 본 논문에서는 다수의 목표 유전자 서열을 대상으로 한 probe 선택 방법에 일어서 보다 효율적인 진화연산 접근 방법을 소개한다. 제시된 방법은 인식하고자 하는 목표 서얼의 일부를 선택해 이를 probe 집합의 후보로 사용하며. 유전 연산자를 이용한 진화과정을 통해 최적에 가까운 probe 집합을 찾는다. 본 논문은 GenBank로부터 유전자 서열을 대상으로 제안된 방법을 실험하였으며, 축소된 목표 서열만을 이용해 probe 집합을 선택하더라도 적합한 probe 집합을 찾을 수 있었다.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제37권1호
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• pp.16-26
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• 1995

RFLP법에 의한 누에품종의 계통분류를 목적으로 유용 probe의 선발 실험을 행하여, 얻어진 2개의 probe SP1-13, SP1-28과 외부에서 분양 받은 probe10-42를 사용하여 22개 현 장려 누에품종과 멧누에 대한 DNA 다형성을 조사하였다. 조사결과 이들 probe들 중 SP1-28에서 품종간의 다형성을 나타내는 수종의 band가 검출되었고, SP1-13 에서도 다형성을 보이는 소수의 band가 인정되었으나, 10-42으로부터는 모든 품종에서 monomorphic한 한개의 band만이 검출되었다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2006년도 한국컴퓨터종합학술대회 논문집 Vol.33 No.1 (A)
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• pp.82-84
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• 2006

최근의 생물학적인 연구에 DNA microarray가 널리 쓰이고 있기 때문에, 이러한 DNA microarray를 구성하는데 필요한 probe design 작업의 중요성이 점차 커져가고 있다. 이 논문에서는 probe design 문제를 thermodynamic fitness function이 2개인 multi-objective optimization 작업으로 변환한 뒤, ${\epsilon}$-multiobjective evolutionary algorithm을 이용하여 probe set을 찾는다. 또한, probe 탐색공간의 크기를 줄이기 위하여 각 DNA sequence의 primer 영역을 찾는 작업을 진행하며, 사용자가 직접 프로그램을 테스트할 수 있는 웹사이트를 제공한다. 실험 대상으로는 mycoides를 선택하였으며, 이 논문에서 제안된 방법을 사용하여 성공적으로 probe set을 발견할 수 있었다.

• 한국동물번식학회:학술대회논문집
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• 한국동물번식학회 2003년도 학술발표대회 발표논문초록집
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• pp.24-24
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• 2003

Fluorescence in situ Hybridization(FISH)는 특정 염기서열을 이용하여 염색체나 염색체상의 DNA위치를 확인하는 기술로서, 면역세포화학 기술과 결합되어져 현미경으로 이들의 유전적 활성도를 직접 확인할 수 있는 방법으로 지금까지의 radioisotopes 대신 non-radioactive labeling 방법으로서 fluorescence을 이용한 분자세포유전학적 검정 방법이다. 따라서 특정 염색체의 FISH probe의 개발은 FISH 기법을 이용하여 조직 또는 세포내 특정 염색체나 DNA의 존재나 이상 유무를 신속하고 정확하게 파악할 수 있다. 본 연구는 소와 사람을 대상으로 Y-염색체 특이 DNA probe를 개발하고 이를 이용하여 FISH를 시행함으로서 본 probe의 신뢰성을 확인하고 임상적 적용 가능성을 제시 하고자 하였다.

• 대한의생명과학회지
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• 제10권2호
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• pp.75-84
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• 2004

Massive identification of differentially expressed patterns has been used as a tool to detect genes that are involved in disease related process. We employed circular single stranded sense molecules as probe DNA for a DNA chip. The circular single stranded DNAs derived from 1,152 unigene cDNA clones were purified in a high throughput mode from the culture supernatant of bacterial transformants containing recombinant phagemids and arrayed onto silanized slide glasses. The DNA chip was examined for its utility in detection of differential expression profile by using cDNA hybridization. Hybridization of the single stranded probe DNA were performed with Cy3- or Cy5-labeled target cDNA preparations at $60^\circ$C. Dot scanning performed with the hybridized slide showed 29 up-regulated and 6 down-regulated genes in a cancerous liver tissue when compared to those of adjacent noncancerous liver tissue. These results indicate that the circular single stranded sense molecules can be employed as probe DNA of arrays in order to obtain a precious panel of differentially expressed genes.

• 한국균학회지
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• 제30권1호
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• pp.66-72
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• 2002

Phytophthora capsici 집단의 유전적 특성 분석용 DNA marker를 선발하고자 HindIII로 처리된 P. capsici 95CY3119 균주의 genomic DNA library를 임의로 cloning 시킨 후 southern blot 분석을 실시하여 선발된 clone들의 특성을 조사하였다. Probe로 사용하기 위해 선발된 clone 내에 삽입된 DNA 단편들은 HindIII로 처리된 P. capsici 95CY3119의 genomic DNA와 특이적으로 강하게 반응했다. 조사된 probe 중 PC9은 HindIII로 처리된 국내 P. capsici 균주들의 genomic DNA와 Southern 분석시 많은 밴드를 형성하였으며, 분리포장 단위별 균주들 간에는 물론 동일 포장 분리균주들 간에도 그 차이를 나타냈다. 그 밴드 양상을 기초로 집괴분석을 실시한 결과, 각 균주의 유전적 다양성이 잘 나타났다. Prove PC22는 다른 Phytophthora속과 Pythium속 균주들의 genomic DNA들과의 Southern hybridization에서는 반응을 나타내지 않았지만 특이적으로 P. capsici 균주들과는 다수의 밴드를 형성하였다. 이들 P. capsici 종특이적 DNA probe들은 추후 국내 및 전세계에 분포하는 P. capsici 집단의 유전적 다양성 분석 및 종동정에 유용한 marker로서 활용될 수 있을 것이다.