• 한국한의학연구원논문집
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• 제13권1호통권19호
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• pp.147-152
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• 2007

As a result to amplifying 12 samples of 'Sok-dan' through an random amplified polymorphic DNA (RAPD) method using eighteen DEC and URP primers, distinct band forms enabling discrimination of Phlomus umbrosa and Dipsacus asperoides were observable in the UBC 320 primer, UBC 367 primer, UBC 385 primer, UBC 414 primer, UBC 423 primer, URP 3 primer, URP 5 primer and URP 9 primer. The polymorph result amplified with a random primer was evaluated through Gelcompar II, showing a result dividable into two groups. The divided groups were the dried sample group of Dipsacus asperoides and the group of Phlomis umbrosa. In order to recognize the distinction between Dipsaci Radix types, the genetic variation of 'Sok-dan' produced domestically and imported was evaluated through RAPD, and the potential to distinguish these in forms of dried medicine was identified, presenting a method to authentification of Phlomis umbrosa and Dispacus asperoides.

• 한국양식학회:학술대회논문집
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• 한국양식학회 2003년도 추계학술발표대회 논문요약집
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• pp.34-34
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• 2003

한국산 선발계통 및 일본산 양식계통과 이들 두 계통간 잡종 참돔 집단의 유전적 특성을 분석하기 위하여, RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) marker를 탐색하였다. 10개의 염기로 이루어진 200개의 random primer 분석을 통하여 polymorphic pattern을 나타내는 23개의 random primer를 선발하였으며, 각 primer의 재현성을 확인하였다. 이들 중 OPA-11 primer는 크기가 각각 600 bp, 650 bp 및 750 bp 인 3개의 DNA 단편에 의하여 4개의 genotype을 나타냈으며, 각 genotype의 빈도는 집단간차이를 보였고, 한국산 선발계통 집단에서는 4개의 genotype이 모두 발견되는 반면, 일본산 양식계통 및 일본산 양식계통을 포함한 교배집단에서는 특정 genotype만 발견되었다. OPA-11 primer 유래의 polymorphic DNA 단편을 cloning하고 염기서열을 결정하였으며, SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) primer를 제작하고 분석하였다. 본 연구는 참돔집단의 유전적 특성 파악 및 집단 구별에 RAPD marker를 활용하였으며, 참돔 육종시 형질 및 기능관련 DNA marker 탐색에 적용하기 위하여, 이후의 연구에서는 SCAR과 RFLP 분석에 RAPD marker를 이용하여 100% 정확도를 갖는 RFLP maker를 찾고, MAS (Marker-Assisted Selection)에 적용하고자 한다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제24권6호
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• pp.812-822
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• 2014

Metagenomic analysis of the human intestinal microbiota has extended our understanding of the role of these bacteria in improving human intestinal health; however, a number of reports have shown that current total fecal DNA extraction methods and 16S rRNA universal primer sets could affect the species coverage and resolution of these analyses. Here, we improved the extraction method for total DNA from human fecal samples by optimization of the lysis buffer, boiling time (10 min), and bead-beating time (0 min). In addition, we developed a new long-range 16S rRNA universal PCR primer set targeting the V6 to V9 regions with a 580 bp DNA product length. This new 16S rRNA primer set was evaluated by comparison with two previously developed 16S rRNA universal primer sets and showed high species coverage and resolution. The optimized total fecal DNA extraction method and newly designed long-range 16S rRNA universal primer set will be useful for the highly accurate metagenomic analysis of adult and infant intestinal microbiota with minimization of any bias.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제45권4호
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• pp.358-364
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• 2017

Asymmetric PCR preferentially amplifies one DNA strand for use in DNA hybridization studies. Linear-After-The-Exponential-PCR (LATE-PCR) is an advanced asymmetric PCR method which uses innovatively designed primers at different concentrations. This study aimed to optimise LATE-PCR parameters to produce single-stranded DNA of Candida spp. and Aspergillus spp. for detection via probe hybridisation. The internal transcribed spacer (ITS) region was used to design limiting primer and excess primer for LATE-PCR. Primer annealing and melting temperature, difference of melting temperature between limiting and excess primer and concentration of primers were optimized. In order to confirm the presence of single-stranded DNA, the LATE-PCR product was hybridised with digoxigenin labeled complementary oligonucleotide probe specific for each fungal genus and detected using anti-digoxigenin antibody by dot blotting. Important parameters that determine the production of single-stranded DNA in a LATE-PCR reaction are difference of melting temperature between the limiting and excess primer of at least $5^{\circ}C$ and primer concentration ratio of excess primer to limiting primer at 20:1. LATE-PCR products of Candida albicans, Candida parapsilosis, Candida tropicalis and Aspergillus terreus at up to 1:100 dilution and after 1 h hybridization time, successfully hybridised to respective oligonucleotide probes with no cross reactivity observed between each fungal genus probe and non-target products. For Aspergillus fumigatus, LATE-PCR products were detected at 1:10 dilution and after overnight hybridisation. These results indicate high detection sensitivity for single-stranded DNA produced by LATE-PCR. In conclusion, this advancement of PCR may be utilised to detect fungal pathogens which can aid the diagnosis of invasive fungal disease.

• 한국버섯학회지
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• 제11권3호
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• pp.171-176
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• 2013

큰느타리버섯의 저온성적응성 형질에 관련된 SCAR marker를 개발하기 위하여 저온성 계통의 8균주와 대조구 8균주의 genomic DNA를 30 ug/ml의 농도로 bulking한 것을 주형 DNA로 사용하고 operon 사의 OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개), OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 random primer(10 mer)로 사용하여 RAPD를 수행하였으며 이중에서 OP-S3 primer를 사용한 PCR 산물들이 대조구와 가장 뚜렷한 차이를 나타내었다. OP-S3 primer를 이용한 RAPD 결과, 약 480 bp 부근에서 저온성 계통에 특이적인 DNA band가 관찰되었으며 이 DNA band의 염기서열을 근거로 SCAR marker로 사용할 specific primer인 OP-S3-1-F와 OP-S3-1-R를 디자인하였다. SCAR marker OP-S3-1 primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서는 저온성 계통에서만 480 bp 부근에서 대조구와 구별되는 DNA band를 확인할 수 있었으며 random primer인 OP-S3 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA band를 확인할 수 있었다.

• BMB Reports
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• 제36권6호
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• pp.525-528
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• 2003

The role of 3' exonuclease excision in DNA polymerization was evaluated in primer extensions using 3' allele-specific primers that had exonuclease-digestible and exonuclease-resistant 3' termini. With exonuclease-digestible unmodified 3' mismatched primers, the exo+ polymerase yielded template-dependent products. Using exonuclease-resistant 3' mismatched primers, no primer-extended product resulted from exo+ polymerase. As a control, polymerase without proofreading activity yielded primer-dependent products from 3' mismatched primers. These data indicated that a successful removal of the mismatch is required for DNA polymerization from the 3' mismatched primers by exo+ polymerase. In addition to the well-known proofreading from this mismatch removal, the premature termination in DNA polymerization, due to the failure of the efficient removal of the mismatched nucleotides, worked as an off-switch in maintaining the high fidelity in DNA replication from exo+ polymerase.

• 분석과학
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• 제18권3호
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• pp.257-262
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• 2005

미토콘드리아 DNA(mtDNA) 상의 조절부위(control region)에는 HV1과 HV2와 같은 과변이부위(hypervariable region)가 있으며, 이 부위에서 사람마다 차이가 나는 많은 SNPs(single nucleotide polymorphism)을 발견할 수 있다. mtDNA 염기서열 분석은 개인식별 및 백골화된 시신등의 신원확인에 유용하게 사용되어왔다. mtDNA상의 cytochrome b(cytb) 유전자는 분자계통학(molecular phylogenetics) 분야에 널리 이용되고 있으며, 법과학 분야에서의 동물 종식별은 다양한 사건 현장 증거물의 인수식별 뿐 아니라 불법 유통되고 있는 각종 동물성 건강식품, 의약품의 원료 규명 및 보호 종의 밀렵 증명 등에 유용하게 적용될 수 있다. 본 연구에서는 광범위한 동물의 cytochrome b 유전자를 증폭할 수 있는 primer sets (H14724/L15149)와 사람에 특이적인 HV1 부위 primer set (H15997/L16236)를 이용한 동시 증폭을 통해 먼저 사람과 동물을 구별하였고, cytb 증폭산물의 직접 DNA 염기서열 분석을 통해 종식별을 수행하였다. H14724/L15149 primer pair는 닭과 오리를 제외하고 사람, 소, 돼지, 개, 고양이, 생쥐, 쥐의 cytb를 증폭할 수 있었으며, H14841/L15149 primer pair는 닭과 오리도 증폭할 수 있었다. 효모, 곤충 및 세균은 모두 증폭산물이 생산되지 않았으며, H15997/L16236의 경우 사람의 HV1만이 선택적으로 증폭되었다. 또한 실제 사건의 예에서와 같이 본 연구가 혈흔의 종식별에 매우 유용함을 보여주었다.

• 원예과학기술지
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• 제16권4호
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• pp.503-507
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• 1998

본 연구는 RAPD표지를 이용하여 국내외에서 수집된 고추 유전자원들간의 유전적관계를 평가하고자 수행되었다. Random primer를 이용한 고추의 PCR반응은 $MgCl_2$ 3mM, Taq. DNA polymerase 1.5U, 주형 DNA 10ng, dNTPs $200{\mu}M$, random primer 200nM 그리고 $42^{\circ}C$의 annealing 온도조건으로 최적화하였다. 80개의 random primer로부터 높은 밴드선명도와 재현성을 보이는 16개가 선발되었으며 70%의 GC함량을 갖는 primer들이 GC함량이 60%인 것보다 DNA증폭에 있어 효과적이었다. 31개의 고추품종및 계통들에 대해 71개의 polymorphic밴드와 22개의 monomorphic밴드를 포함하는 총 93개의 DNA밴드가 선발된 16개의 random primer들로부터 형성되었다. Primer당 약 4.4개의 polymorphic밴드가 형성되었다. 이들 71개의 polymorphic밴드를 이용하여 유사도지수가 구해졌으며 이를 근거로 31고추 계통 또는 품종들을 뚜렷이 구분하는 dendrogram이 작성되었다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제21권1호
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• pp.55-58
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• 2005

In order to diagnose and differentiate jujube witches' broom (JWB) phytoplasma rapidly, oligonucleotide primer pair, 16Sr(V) F/R, for polymerase chain reactions (PCRs) was designed on the basis of 16S rRNA sequences of JWB phytoplasma. The PCR employing phytoplasma universal primer pair P1/P7 consistently amplified DNA in all tested phytoplasma isolates. But no phytoplasma DNA was detected from healthy jujube seedlings. The nested PCR, the primer pair 16S(V) F/R, about 460 bp fragment, amplified DNA in all tested JWB and related phytoplasmas including ligustrum witches' broom phytoplasma of the 16S rRNA group V, but no DNA amplification was detected from other phytoplasma strains such as groups 16SrI (Aster yellows) and 16SrXII (Stolbur group) in which mulberry dwarf phytoplasma and chrysanthemum witches' broom phytoplasma belong to, respectively. The same results were obtained from both Korean and Chinese isolates of JWB phytoplasma. Nested-PCR using phytoplasma universal primer pair P1/P7 and 16SrV group-specific primer pair 16S(V) F/R could detect group V phytoplasmas rapidly and easily, in particular JWB phytoplasma.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제32권1호
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• pp.91-95
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• 2004

원유로 오염된 토양의 생물학적 복원과정 동안 접종된 Nocardia sp. Hl7-1 균주를 확인하기 위해 165 rDNA sequence에 기초하여 균주에 특이적인 primer를 제작하였다 14균주의 16S rDNA sequence비교를 통해 제작된 4개의 primer set는 Hl7-1 균주를 특이적으로 검출할 수 있었다. 특히 NH169F-NH972R과 NH575F-NH972R의 primer set는 50 fg의 DNA와 $1.2${\times}$10^4$ cfu/g-soil의 균체농도까지 민감하게 검출할 수 있었다. 이 두 primer set는 원유로 오염된 토양의 bioremediation과정 동안 접종된 Hl7-1 균주의 특이적 검출을 가능케 하였으며, 이는 사용된 primer set에 의해 증폭된 PCR산물을 제한효소(EcoRI)로 절단한 결과와 DGGE를 통한 Hl7-1 균주의 확인을 통해 본 연구에서 제작된 primer set의 특이성을 검증하였다.