• 제목/요약/키워드: DNA parts

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분자표지를 이용한 마(Dioscorea spp.)의 다양성 분석 (Genetic Diversity among Dioscorea, spp. Using Molecular Markers)

  • 장광진;최익영;박주현;박종인;윤병성;김남수
    • 현장농수산연구지
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    • 제4권1호
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    • pp.45-54
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    • 2002
  • 마(Dioscorea spp.) 계통 중 품질이 우수하고 이용 가치가 기대되는 51개 계통에 대한 특성을 조사하고 도입재배 가능성을 시험했다. 또한 종간, 계통 간을 AFLP 분석하였고 생육 패턴을 시험하였다. 1. AFLP분석의 분자마커를 이용한 도입마의 유사성 분석에서 62% 수준에서 도입마는 다른 종간에 유의성이 나타났고 주성분 분석에서도 구분이 가능하였다. 그 중 D. alata는 일부 수집 지역별로 그룹이 형성되었다. 2. 일본의 쿠마모도(Kumamoto)지방에서 수집된 D. alata의 계통들의 유사성이 높은 것으로 보아, 그 지역의 마 유전자원의 이동이 적은 것으로 보인다. 반면, Indonesia, palau Is., 파푸아뉴기니아에서의 수집종들의 유연성이 높은 것은 한 지역의 계통이 여러지역으로 이동된 것으로 사료되다. 3. D. nipponica에 속하는 부채마는 다른 종과 변이가 많은 것으로 조사되어 유전적 가치가 높은 것으로 인정된다.

Morphometric and genetic diversity of Rasbora several species from farmed and wild stocks

  • Bambang Retnoaji;Boby Muslimin;Arif Wibowo;Ike Trismawanti
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제26권9호
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    • pp.569-581
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    • 2023
  • The morphology and genetic identification of Rasbora lateristriata and Rasbora argyrotaenia between cultivated and wild populations has never been reported. This study compares morphology and cytochrome c oxidase (COI) genes between farmed and wild stock Rasbora spp. in Java and Sumatra island, Indonesia. We analyzed the truss network measurement (TNM) characters of 80 fish using discriminant function analysis statistical tests. DNA was extracted from muscle tissue of 24 fish specimens, which was then followed by polymerase chain reaction, sequencing, phylogenetic analysis, fixation index analysis, and statistical analysis of haplotype networks. Basic Local Alignment Search Tool analysis validated the following species: R. lateristriata and R. argyrotaenia from farming (Jogjakarta); Rasbora agryotaenia (Purworejo), R. lateristriata (Purworejo and Malang), Rasbora dusonensis (Palembang), and Rasbora einthovenii (Riau) from natural resources. Based on TNM characters, Rasbora spp. were divided into four groups, referring to four distinct characters in the middle of the body. The phylogenetic tree is divided into five clades. The genetic distance between R. argyrotaenia (Jogjakarta) and R. lateristriata (Malang) populations (0.66) was significantly different (p < 0.05). R. lateristriata (Purworejo) has the highest nucleotide diversity (0.43). R. argyrotaenia from Jogjakarta and Purworejo shared the same haplotype. The pattern of gene flow among them results from the two populations' close geographic proximity and environmental effects. R. argyrotaenia had low genetic diversity, therefore, increasing heterozygosity in cultivated populations is necessary to avoid inbreeding. Otherwise, R. lateristriata (Purworejo) had a greater gene variety that could be used to develop breeding. In conclusion, the middle body parts are a distinguishing morphometric character of Rasbora spp., and the COI gene is more heterozygous in the wild population than in farmed fish, therefore, enrichment of genetic variation is required for sustainable Rasbora fish farming.

Benzo[a]pyrene의 변이원성에대한 인진쑥 물 추출물의 항돌연변이 효과 (Desmutagenic Effect of Water Extract from Artemisia capillaris THUNB on the Mutagenicity of Benzo[a]pyrene)

  • 안병용
    • KSBB Journal
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    • 제15권4호
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    • pp.331-336
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    • 2000
  • 여름과 가을에 수확한 연진쑥을 열수 빛 에탄올로 추출하 여 B(a)P의 변이원성에 대한 억제효과를 SOS Chromotest로 시험한 결과 여름에 수확한 시료의 물 추출물에서 강한 억제 효과를 나타내었다. 따라서 에탄올 가용성 분획과 불용성 분 획으로 분리하였으며 분획별 돌연변이 억제효과는 불용성 분 획에서 더 높게 나타났다. 불용성 분획은 SOS Chromotest외 A Ames test에서 정확한 용량의존성 억제효과를 나타내었고, 50% 돌연변이 억제농도 $(IC_{50}$는 E. coli PQ37에 대하여는 $200{\mu}g/assay$, S. typhimurium TA98에 대하여는 $800{\mu}b/plate$ TAIOO에서는 $600{\mu}g/plate$이었다. 그러나 세포내.외 항돌연변이 효과를 비교한 결과 세포내 항돌연변이 효과는 나타내지 않았다 따라서 인진쑥 물 추출물의 돌연변이 억제효과는 d desmutagenic effect에 의한 것으로 확인되었다 HPLC를 사용 하여, B(a)P의 변이원성에 주된 효소인 cytochrome P-4S0 1A1에 의해 대사되어지는 aflatoxin Mj 농도를 측정한 결 과 AFM1의 형성이 크게 감소되었다. B(a)P의 변이원성에 대 한 인진쑥 불추출물의 항돌연변이 효과는 아마도 B(a)P를 ultimate mutagen으로 대사시키는 cytochrome P-4S0 1A1 효소계를 저해하여 나타나는 것으로 해석된다.

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땅콩나물 추출물의 신경세포 보호 효과 (Neuroprotective Effects of Methanolic Extracts from Peanut Sprouts)

  • 김현정;강점순;박해룡;황용일
    • 생명과학회지
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    • 제20권2호
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    • pp.253-259
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    • 2010
  • 본 연구는 땅콩나물 추출물이 glutamate가 유도하는 세포독성으로부터 신경세포를 보호하는 효과를 확인하였다. 땅콩나물을 부위별로 전체, 머리, 줄기 부분으로 나누어 methanol로 처리하여 얻어진 각각의 추출물 WME, HME 그리고 SME를 이용하여 glutamate에 의하여 유도된 세포독성에 대한 신경세포보호효과를 관찰하였다. 기지의 신경세포 N18-RE-105 세포주를 이용하여 MTT reduction assay, LDH release assay, 형태학적인 변화 및 apoptosis를 관찰한 결과로부터 HME에서 효율적인 신경세포보호효과를 보였다. 다음으로 HME를 이용하여 hexane, diethyl ether, ethyl acetate, water 층으로 분획하여 신경세포 보호 효과를 확인한 결과, diethyl ether 층에서 가장 높은 활성을 확인할 수 있었다. 그리고 HME의 apoptosis 억제 효과를 확인하기 위하여 flow cytometric analysis를 실시한 결과에서 glutamate 만을 처리하였을 경우 sub-G1기 세포가 58.5%의 확인되었으나 HME를 100 mg/ml 동시 처리하였을 때에는 sub-G1 세포가 9.1%로 감소하여 높은 apoptosis 억제 효과를 확인할 수 있었다. 이상의 결과로부터 땅콩나물 머리 부분 methanol 추출물에는 glutamate에 의한 세포독성으로부터 신경세포를 보호하는 효과가 있다는 것을 알 수 있었다.

흰쥐 난소에서의 Luteinizing Hormone (LH) Subunit 유전자 발현 (Expression of Luteinizing Hormone (LH) Subunit Genes in the Rat Ovary)

  • 이성호
    • Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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    • 제25권2호
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    • pp.199-205
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    • 1998
  • 흰쥐 난소에서의 Luteinizing hormonoe (LH) subunit 유전자 발현과 LH polypeptide의 존재를 조사하였다. 이를 위해 LH subunit들에 대한 역전사 중합효소연쇄반응 (RT-PCR)을 시행하고, 난소내 LH 함량을 방사면역측정법으로 정량하였다. 뇌하수체와 정소에서 공통적으로 존재하는 LH-$\beta$ subunit$(LH-\beta})$의 exon에 해당되는 primer를 사용하여 RT-PCR을 시행한 결과 흰쥐 난소에서도 뇌하수체, 정소와 같이 306 bp band가 확인되었고, 정소특이적인 exon에 해당되는 primer를 사용한 결과 정소와 난소에서 예상대로 428 bp band가 검출되었다. 또한 LH, FSH, TSH 그리고 hCG에서 공통적으로 발현되는 common $\alpha$-subunit $(C_\alpha)$의 전사물질도 PCRdml 의해 증폭되었다. 방사면역측정법에서는 LH standard curve와 난소추출물을 사용한 curve가 동일하게 sigmoid 형태를 보임으로서 흰쥐 난소내에 immunoreactive LH가 존재함이 증명되었다. 인위적으로 성적인 성숙을 유도한 PMSG 주사 동물에서 혈중 LH 수준은 주사 후 48시간에 preovulatory LH surge와 유사한 최고 수준을 나타냈으나, 난소내 LH 함량의 경우 주사 24시간 후부터 급격히 감소하여 주사 48, 72시간군까지도 낮은 수준이 유지되었다. 이 결과는 흰쥐 난소의 LH가 생리적으로 조절되고 그 조절방식이 뇌하수체에서와는 다를 가능성을 시사하는 것이다. 본 연구는 흰쥐의 난소에서 LH가 유전자가 발현됨을 최초로 보고한 것이며, LH의 경우 내분비적 경로 (endocrine; 뇌하수체로 부터의 LH)외에도 국부적 경로 (autocrine이나 paracrine; 난소내에서 합성되는 LH)를 통해 난소의 생리와 기능 조절을 담당함을 시사한다.

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Bisphenol A 분해균주 Acinetobacter calcoaceticus BP-2의 분리 및 bisphenol A 분해 특성 (Isolation of Acinetobacter calcoaceticus BP-2 Capable of Degradation of Bisphenol A)

  • 권기석;김동걸;이중복;신기선;금은주;손호용
    • 생명과학회지
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    • 제16권7호
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    • pp.1158-1163
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    • 2006
  • BPA는 에폭시 수지 및 플라스틱 생산의 단량체로서 사용되어 왔으며, 접착제, 페인트, 광학렌즈, 건축자재, 전자제품 소재 등 다양한 제품을 생산하는 데 사용되고 있다. 그러나 BPA의 급성세포독성 및 내분비교란활성이 보고되면서 BPA의 분해에 대한 연구가 집중되고 있다. 본 연구에서는 BPA의 광분해 및 화학적 분해의 문제점을 극복하고, 실제적 BPA의 생물학적 분해를 목표로 BPA분해균을 플라스틱 공장의 토양으로부터 분리하였다. 분리균주 중 가장 활성이 우수한 BP-2는 5mM의 BPA처리에서 성장할 수 있었으며, pH 7, $30^{\circ}C$의 최적 배양조건에서 $53.3{\mu}g\;ml^{-1}\;day^{-1}$의 분해속도를 나타내었다. 균주 동정결과 BP-2는 Acinetobacter calcoaceticus로 확인되었으며, 3.5g-건조중량$1^{-1}$의 고농도 휴식 세포 반응 결과 $89.7{\mu}g\;ml^{-1}\;h^{-1}$의 BPA분해속도를 나타내었다. 이러한 결과는 고농도 세포농도를 유지하는 경우, BP-2균주가 실제적 BPA분해를 위한 생물촉매로 사용될 수 있음을 제시하고 있다.

어미 쥐의 $\omega$3계 및 $\omega$6계 지방산 식이가 제2세대 쥐의 뇌조직 지방산 성분에 미치는 영향 (Effect of Maternal Dietary $\omega$3 and $\omega$6 Polyunsaturated Fatty Acids on the Fatty Acid Composition of the Second Generation Rat Brain)

  • 김미경
    • Journal of Nutrition and Health
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    • 제26권6호
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    • pp.661-671
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    • 1993
  • The change in fatty acid composition in brain tissue of the second generation rats(Sprague-Dawley strain) was studied using four different fat diets(Corn oil=CO, Soybean oil=SO, Perilla oil=PO, Fish oil=FO, 10% by Wt). The experimental diets were started from pregnancy in four different groups, each consisting of 9 rats. The seound generation rats were fed the same diet as their mothers. Animals were anesthetized with ether at 0, 3, 9 & 16 weeks of age. Whole brains were dissected out, brain tissues were, then, homogenized and lipids were extracted from brain tissues. The fatty acid compositions were measured after methylation by gas-liquid chromatography at 0, 3, 9 and 16 weeks of age of offspring. The changes in the relative concentrations of polyunsaturated fatty acids(PUFA) or more specifically docosahexaenoic acid(22 : 6, $\omega$3, DHA), the major $\omega$3 fatty acid component in rat brain at different age were similar to changes in the amount of DNA in brain tissue showing the maximum value during the lactation. The changes in saturated fatty acid(SFA) content showed a contrasting patten to those of PUFA, while monounsaturated fatty acid(MUFA) increased steadily throughout the experimental period. At birth, the relative concentrations of $\omega$3 series fatty acids the relative concentrations of PUFA, MUFA and SFA converged to very similar values respectively regardless of the dietary fatty acid compositions. In brain tissue, it is of value to note that while changes in relative concentrations of linoleic acid (18 : 2, $\omega$6, LA) and arachidonic acid(20 : 4, $\omega$6, AA) showed a precursor-product-like relationship, $\alpha$-linolenic acid(18 : 3, $\omega$3, $\alpha$-LnA) and DHA showed a different pattern. Even when the $\omega$3 fatty acid content in very low in maternal diet(CO), the second generation rat brain tissues appeared to secure DHA content, suggesting an essential role of this fatty acid in the brain. The fact that a large amount of $\alpha$-LnA in the maternal diet did not have a significant effect on the second generation rat brain $\alpha$-LnA content, indicated that DHA seemed essential component for the brain development in our experimental condition. In all groups, the relative content of $\alpha$-LnA in the brain tissues remained relatively constant throughout the experimental period at the very low level. The study of the specific concentrations and essential role(s) of DHA in each parts of brain tissue is needed in more details.

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옥수수 종피의 안토시아닌 합성을 조절하는 R 유전자 구성요소의 구명 (Identification of the Maize R Gene Component Responsible for the Anthocyanin Biosynthesis of Kernel Pericarp)

  • 김화영
    • 한국육종학회지
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    • 제42권1호
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    • pp.50-55
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    • 2010
  • 옥수수 R 유전자의 대립인자 중 하나인 R-r:standard (R-r:std)는 종자 호분층의 안토시아닌 합성을 조절하는 S subcomplex와 종자 이외 식물체부위의 안토시아닌 합성을 조절하는 P component로 구성되어 있으며, S subcomplex는 S1 및 S2 component로 구성되어 있다. R 유전자의 대립인자 중 일부는 Pl 유전자가 존재할 경우 종피의 안토시아닌 합성을 유도한다. 따라서 Pl 유전자가 존재할 경우 옥수수 종피의 안토시아닌 합성을 유도하는 R 유전자의 구성요소를 구명하고자 종피의 안토시아닌 합성에 미치는 서로 다른 R 인자들의 효과를 분석하였다. R-ch와 r-ch 인자는 유사한 정도의 착색 효과를 보였으며, R-r:Ecuador (R-r:Ec)는 이들보다 짙은 착색효과를 나타내었다. S subcomplex의 기능은 상실하였으나 정상적인 P component를 보유하고 있는 것으로 추정되는 r-ch는 Pl 유전자가 존재할 경우 종피의 색소합성 기능을 유지하고 있으나, S subcomplex의 기능은 정상이나 P component의 기능은 잃어버린 것으로 추정되는 R-r:Ec 유래 인자 R-g:g1111는 Pl 유전자가 존재할 경우에도 종피가 착색되지 않았다. 더욱이 R-ch와 r-ch 인자의 PCR 분석 결과, R-ch는 P와 S1 component를 보유하고 있으나, r-ch는 S1을 보유하고 있지 않는 것으로 나타났다. 따라서 R 유전자의 구성요소 중 P component가 종피의 안토시아닌 합성에 관여하는 구성요소로 추정되었다.

Amelioration of colitis progression by ginseng-derived exosome-like nanoparticles through suppression of inflammatory cytokines

  • Jisu Kim;Shuya Zhang ;Ying Zhu;Ruirui Wang;Jianxin Wang
    • Journal of Ginseng Research
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    • 제47권5호
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    • pp.627-637
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    • 2023
  • Background: Damage to the healthy intestinal epithelial layer and regulation of the intestinal immune system, closely interrelated, are considered pivotal parts of the curative treatment for inflammatory bowel disease (IBD). Plant-based diets and phytochemicals can support the immune microenvironment in the intestinal epithelial barrier for a balanced immune system by improving the intestinal microecological balance and may have therapeutic potential in colitis. However, there have been only a few reports on the therapeutic potential of plant-derived exosome-like nanoparticles (PENs) and the underlying mechanism in colitis. This study aimed to assess the therapeutic effect of PENs from Panax ginseng, ginseng-derived exosome-like nanoparticles (GENs), in a mouse model of IBD, with a focus on the intestinal immune microenvironment. Method: To evaluate the anti-inflammatory effect of GENs on acute colitis, we treated GENs in Caco2 and lipopolysaccharide (LPS) -induced RAW 264.7 macrophages and analyzed the gene expression of proinflammatory cytokines and anti-inflammatory cytokines such as TNF-α, IL-6, and IL-10 by real-time PCR (RT-PCR). Furthermore, we further examined bacterial DNA from feces and determined the alteration of gut microbiota composition in DSS-induced colitis mice after administration of GENs through 16S rRNA gene sequencing analysis. Result: GENs with low toxicity showed a long-lasting intestinal retention effect for 48 h, which could lead to effective suppression of pro-inflammatory cytokines such as TNF-α and IL-6 production through inhibition of NF-κB in DSS-induced colitis. As a result, it showed longer colon length and suppressed thickening of the colon wall in the mice treated with GENs. Due to the amelioration of the progression of DSS-induced colitis with GENs treatment, the prolonged survival rate was observed for 17 days compared to 9 days in the PBS-treated group. In the gut microbiota analysis, the ratio of Firmicutes/Bacteroidota was decreased, which means GENs have therapeutic effectiveness against IBD. Ingesting GENs would be expected to slow colitis progression, strengthen the gut microbiota, and maintain gut homeostasis by preventing bacterial dysbiosis. Conclusion: GENs have a therapeutic effect on colitis through modulation of the intestinal microbiota and immune microenvironment. GENs not only ameliorate the inflammation in the damaged intestine by downregulating pro-inflammatory cytokines but also help balance the microbiota on the intestinal barrier and thereby improve the digestive system.

최근 한국에서 유행하는 장염비브리오균의 분자 역학적 특성 (Molecular Epidemiological Characteristics of Vibrio Parahaemolyticus as Recently wilde-spreaded in Korea)

  • 김상숙;이희무;이중복
    • KSBB Journal
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    • 제18권6호
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    • pp.522-528
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    • 2003
  • 본 연구는 식중독 환자로부터 분리한 장염비브리오균 120 균주를 세균학적 특성시험, 항균제 감수성 여부, 독소 유전자와 독소조절유전자의 검출 및 보유 여부를 PCR, RPLA 로 시험하였으며, 각 지역간의 분리 세균을 GS-PCR, PFGE 시험으로 병원체 상관 관계를 분석한 결과 다음과 같은 결론을 얻었다. 장염비브리오균은 0%의 NaCl 농도에서는 성장을 보이지 않았고, 8% NaCl이 첨가된 농도에서는 성장을 보였다. 국내 설사환자의 장염비브리오균의 O, K 혈청형은 17가지로 나타났으며, 이 중 O3:K6형이 68.3%로 가장 많았다. Ampicillin 등 18가지 항균제 시험에서 Ampicillin, Ticacillin에 높은 내성을 보였으며, Ampicillin, Ticacillin, Vancomycin에 동시 내성을 나타낸 경우가 52.5%로 나타났다. 독소조절 유전자 toxR은 PCR시험에서 시험균주 모두 368bp 크기의 유전자를 가지고 있었으며 장염 비브리오균의 조기진단에 유용한 것으로 확인되었고, 독소유전자 tdh는 120균주 중 109 균주만이 199bp 크기의 유전자를 보유하고 11균주가 음성이었다. trh 독소 유전자를 보유한 균주는 시험균주 중 3 균주만이 250bp 크기의 유전자를 보유하고 있었으며, tdh, trh 유전자를 동시에 가지고 있는 균주는 3균주로 이 균주의 TDH 독소 생성능은 x16 정도로 독소 생성능이 미약했다. 독소생성 Kanagawa 시험에서 120균주 중 107균주가 양성반응 을 나타내었으며, Kanagawa 양성반응을 보인 균주은 모두 tdh 유전자를 보유하고 있었다. Group Specific-PCR에서 최근에 유행을 일으키는 O3:K6 혈청형의 유연관계를 찾는데 유용한 것으로 나타났다. 조절유전자 toxRS 염기서열을 분석한 결과 같은 혈청형이라도 3균주는 7개의 염기서열 차이를 나타내었으며, 이는 현재 유행을 일으키는 균주와는 다른 균주임을 확인하였다. PFGE로 보다 더 세분화하여 혈청관계를 분류할 수 있었으며, 식중독 환자 유래 장염비브리오균은 3가지 type으로 나타났으며, 이들 균주 사이에는 상호 밀접한 상관관계를 나타내었다. 따라서 PFGE 기법으로 얻어진 결과는 분자 역학적으로 유용한 도구로 사용될 수 있음을 확인하였다.