• 생명과학회지
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• 제14권3호
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• pp.521-524
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• 2004

본 연구는 short oligonucleotide primer를 이용하여 마 품종간 유전 분석을 실시 하고자 PCR증폭 기법을 확립하고, 확립된 기술을 이용하여 제주도에 사육중인 천념기념물 347호로 등록된 제주말과 경주마로 잘 알려진 더러브렛간의 유전적인 다양성을 분석한 결과 마 품종간 차이를 보이는 DNA marker는 9개의 primer에서 확인되었으며, 이중 6개의 primer에서 더러브렛 특이 밴드와 나머지 3개에서 제주 마 특이 RAPD 밴드가 확인되어 cloning과 sequencing후에 SCAR primer를 제작하여 마 품종 식별에 활용할 수 있을 것으로 사료되며, 본 연구결과 RAPD표지인자는 마 품종간의 유전 분석에 매우 유용한 것으로 판단되었다.

• 한국축산식품학회지
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• 제24권4호
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• pp.355-360
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• 2004

본 연구는 축우의 모색발현에 관여하는 MC1R, MGF 및 TYRP1 3종류의 모색 유전자의 PCR-RFLP marker를 이용하여 쇠고기 품종 판별기술을 개발하고자 수행하였다. MC1R 유전자의 104번째 아미노산을 지정하는 codon에 GGT 염기를 갖고 있는 Holstein 젖소와 Angus 육우는 제한효소 인지부위가 존재하여 537 bp증폭산물이 절단되어 329와 208bp 두개의 band가 검출되었으나 한우에서는 GTG로 G 염기가 T염기로 치환됨으로써 제한효소 인식부위가 소실되어 537 bp의 단일 bind 만이 검출되었다. 따라서, 이처럼 MC1R 모색유전자의 품종 간 특정 염기서열의 차이가 곧 특정 제한효소의 염기 서열상의 인지 부위 차이를 가져와 한우와 Holstein 젖소 및 Angus 육우 품종간의 RFLP 유전자형 출현에 확실한 차이가 인정되어 한우 품종에 특이적인 MC1R 유전자의 RFLP marker를 이용한 한우육 판별이 가능하였다. 또한, MGF 유전자의 RFLP 유전자형 출현빈도에서 한우는 r/r형이 75％로 출현율이 매우 높은 유전자형으로 분석된 반면 Hereford종은 R/R 형이 80％로 출현율이 매우 높았고 Holstein종과 Angus종은 R/r형이 100％ 출현함으로써 한우와 Holstein 및 수입육우 품종간의 MGF 유전자형 출현빈도에 뚜렷한 차이가 인정되었다. 한편, TYRP1 유전자의 RFLP유전자형을 분석한 결과 모든 품종에서 동일한 RFLP type이 검출되어 TYRP1 모색 유전자를 이용한 쇠고기 품종 구별은 불가능한 것으로 나타났다. 따라서, 소 모색 관련 MC1R과 MGF 두 유전자의 품종 특이적 PCR-RFLP 유전자형은 한우육과 국내산 Holstein젖소고기 및 Angus 수입육간의 품종을 식별하는데 매우 유용한 DNA marker로 이용될 수 있음이 확인되었다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제12권2호
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• pp.100-108
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• 2015

Purpose: Conventional methods for the prenatal detection of fetal RhD status involve invasive procedures such as fetal blood sampling and amniocentesis. The identification of cell-free fetal DNA (cffDNA) in maternal plasma creates the possibility of determining fetal RhD status by analyzing maternal plasma DNA. However, some technical problems still exist, especially the lack of a positive control marker for the presence of fetal DNA. Therefore, we assessed the feasibility and accuracy of fetal RHD genotyping incorporating the RASSF1A epigenetic fetal DNA marker from cffDNA in the maternal plasma of RhD-negative pregnant women in Korea. Materials and Methods: We analyzed maternal plasma from 41 pregnant women identified as RhD-negative by serological testing. Multiplex real-time PCR was performed by amplifying RHD exons 5 and 7 and the SRY gene, with RASSF1A being used as a gender-independent fetal epigenetic marker. The results were compared with those obtained by postnatal serological analysis of cord blood and gender identification. Results: Among the 41 fetuses, 37 were RhD-positive and 4 were RhD-negative according to the serological analysis of cord blood. There was 100% concordance between fetal RHD genotyping and serological cord blood results. Detection of the RASSF1A gene verified the presence of cffDNA, and the fetal SRY status was correctly detected in all 41 cases. Conclusion: Noninvasive fetal RHD genotyping with cffDNA incorporating RASSF1A is a feasible, reliable, and accurate method of determining fetal RhD status. It is an alternative to amniocentesis for the management of RhD-negative women and reduces the need for unnecessary RhIG prophylaxis.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제36권4호
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• pp.347-353
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• 2020

Although sea slaters Ligia have a significant role in rocky shore habitats, their taxonomic entities have not been clearly understood. In this study, we investigated whether genetic variation inferred from a nuclear genetic marker, namely amplified fragment length polymorphism (AFLP), would conform to that of a mitochondrial DNA marker. Using both the mitochondrial DNA marker and the AFLP marker amplified by the six selective primer sets, we analyzed 95 Ligia individuals from eight locations from East Asia. The direct sequencing of mitochondrial 16S rRNA gene revealed three distinct genetic lineages, with 9.8-11.7 Kimura 2-parameter genetic distance. However, the results of AFLP genotyping analysis with 691 loci did not support those of mitochondrial DNA, and revealed an unexpectedly high proportion of shared polymorphisms among lineages. The inconsistency between the two different genetic markers may be explained by difference in DNA evolutionary history, for example inheritance patterns, effective population size, and mutation rate. The other factor is a possible genomic island of speciation, in that most of the genomic parts are shared among lineages, and only a few genomic regions have diverged.

• 대한본초학회지
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• 제31권5호
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• pp.15-23
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• 2016

Objectives : Araliae Continentalis Radix and Angelicae Pubescentis Radix have been used as the same medicinal name Korean and Chinese traditional medicines, respectively. The authentic Araliae Continentalis Radix is described only the root of Aralia continentalis in the Korean Pharmarcopoeia. However, the dried root of Angelica biserrata, Levisticum officinale, or Heracleum moellendorffii also has been distributed adulterants of Araliae Continentalis Radix. To develop a reliable method for identifying Araliae Continentalis Radix from adulterants, we carried out the analyses of universal DNA barcode sequences.Methods : Four plants species were collected from different habitate and nucleotide sequences of matK and rbcL were analyzed. The species-specific sequences and phylogenetic relationship were estimated using entire sequences of two DNA barcodes, respectively.Results : In comparative analysis of matK sequences, we were identified 104 positions of marker nucleotide for Ar. continentalis, 3 for An. biserrata, 4 for L. officinale and 8 for H. moellendorffii enough to distinguish individual species, respectively. Furthermore, we obtained marker nucleotides in rbcL at 42 positions for Ar. continentalis, 5 for An. biserrata and 2 for H. moellendorffii, but not for L. officinale. The phylogenetic tree of matK and rbcL were showed that all samples were clustered into four groups constituting homogeneous clades within the species.Conclusions : We confirmed that species-specific marker nucleotides of matK sequence provides distinct genetic information enough to identify four species. Therefore, we suggest that matK gene is useful DNA barcode for discriminating authentic Araliae Continentalis Radix from inauthentic adulterants.

• 미생물학회지
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• 제39권1호
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• pp.40-44
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• 2003

탄저균은 그람양성 아포형성세균으로 탄저를 일으키는 원인균이다. Bacillus cereus그룹에 속하는 22종을 포함하여 Bacillus 속의 29종에서 탄저균을 검증할 수 있는 DNA 마커를 개발하고 이를 이용하여 B. cereus 그룹에서 탄저균만을 구분하였다. 한국산 탄저균 경주로부터 709 bp마커(KHTS)를 확보하였다. KHTS분절로부터 얻어진 internal primer set의 PCR 산물은 B. cereus 그룹의 다른 종으로부터 탄저균만을 구별하였다.

• 한국가금학회:학술대회논문집
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• 한국가금학회 2004년도 제21차 정기총회 및 학술발표회
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• pp.13-15
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• 2004

Telomere는 진핵세포염색체 말단부에 TTAGGG 반복 염기서열을 가지는 DNA-protein 복합체로 세포 분열시마다 짧아지며, 발생 및 노화와 밀접한 관련이 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구는 닭에 있어 telomere의 양적 분포양상을 구명함으로써 이를 이용한 개체의 생명표지 (bio-marker)의 가능성을 탐색코자 하였다. 본 분석에 이용된 계종으로는 한국재래계와 단관 백색화이트 레그혼종을 대상으로 하였고, 주령간, 품종간 및 성간 백혈구내 telomere 함량을 비교 분석하였으며, 또한 분석개체들의 생산능력과 이들의 telomere 함유율 간의 상관관계를 조사하였다. Telomere의 양적 분석은 chicken telomeric DNA probe를 이용한 양적 형광접합보인법(Quantitative fluorescence in situ hybridization : Q-FISH)을 이용하였다. Telomere 양적 분석결과. 주령이 증가함에 따라 telomere 함량이 유의적으로 감소됨을 확인하였고, 품종간 및 성간에도 유의적인 차이가 나타났다. 또한 생산능력과 각 개체의 telomere 함량간의 상관분석에 있어 성성숙 일령 및 체중과는 정(+)의 상관을, 산란수 및 난중과는 약한 부(-)의 상관관계를 나타내었다. 이러한 결과는 telomere 함유율이 닭의 생명표지 및 생산능력의 표지로서의 개발 가능성을 시사한다 하겠다.

• 한국가축번식학회지
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• 제23권4호
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• pp.303-311
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• 1999

본 연구는 정자세포로부터 분리된 genome 내 DNA를 PCR 기법으로 증폭시킨 후 random amplified polymorphic DNA(RAPD) 분석을 통해 무지개송어의 품종 내 유전적 특성과 변이성을 해석하고 품종의 특이 유전적 표지를 개발하기 위해서 수행되었다. 20 종류의 primer를 사용하여 RAPD 양상을 검색한 후 다형현상의 출현빈도와 band 수에 기초하여 이들 중 6개의 primer를 선정하여 이용하였다. 그 중에 4개의 primer는 17개의 RAPD marker를 나타내었고, 그중 primer 당 8개인 48개 (28%)의 band 가 다형성을 보여주었다. 6개의 primer 중 4개는 개체들 사이에 다형성을 나타내는 band를 나타내었다. Bandsharing 의 경우 연어와 비교될 만큼 무지개송어는 3개의 특이적인 DNA marker를 가지고 있었다 (2.3. 2.0 및 1.3kb). 같은 무작위 primer를 이용해서 나타난 개별적인 band는 단일 primer 가 무지개송어의 정자핵 DNA의 경우 적어도 3개의 독립적인 genome 내 다형성을 탐지해 낼 수 있다는 것을 제시하고 있다. 이러한 primer에 의해서 나타난 RAPD 다형성은 개체식별을 위한 유전적 표지인자로서 사용될 수 있는 가능성을 제시하였으며, RAPD-PCR은 많은 어종에서 다형현상을 밝혀내는 기술이라 할 수 있다. 본 연구는 RAPD marker가 풍부하고 재현성이 있으며 RAPD 다형성을 지닌 marker를 사용하여 이러한 중요한 양식대상어종에서 미래의 gene mapping과 MAS 를 위한 기초를 제공해 줄 수 있다. RAPD 다형성은 어류의 품종 분화를 위한 유전적 표지로서 유용한 것으로 결론지을 수 있을 것이다.

• 한국데이터정보과학회:학술대회논문집
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• 한국데이터정보과학회 2003년도 춘계학술대회
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• pp.41-47
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• 2003

한우 6번 염색체 유전자 지도에서 한우의 질을 높이기 위한 QTL(quantitative trait loci)분석을 실시하여 선별된 Loci 값을 Permutation Test를 이용하여 계산하였다. 한편, 경제적으로 주요한 한우의 특성부위(질적부위와 육량등)에 따른, 우수 경제형질 DNA marker를 K-평균 군집법을 실시 파악하였다. 이들 QTL과 K-평균법에 의해 한우의 염색체 6번, ILST035의 주요 경제 형질별 DNA marker들을 선별하여, Bootstrap BCa방법을 이용하여 각 DNA marker들의 신뢰구간을 구했다.

• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.56-60
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• 2001

탄저균의 분자적 다양성 분석은 다양한 DNA표지의 부족으로 쉬운 일이 아니어서, 본 연구에서는 random amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR을 이용하여 Bacillus 속으로부터 탄저균을 구별할 수 있는 새로운 DNA 표지를 개발하고자 하였다. RAPD-PCR을 이용한 분석은 다양한 Bacillus 종으로부터 탄저균을 동정할 수 있었으며, 아울러 Bacillus 종 사이에서 확실한 유전적인 변이를 확인할 수 있었다. 이러한 분석은 간단, 신속하고, 그리고 정확하게 탄저균을 진단하는데 활용할 수 있다고 본다.