• 제목/요약/키워드: DNA diagnostic test

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Polymerase chain reaction을 이용한 독소생산성 Pasteurella multocida의 검출 (PCR technique for detection of toxigenic Pasteurella multocida in mixed bacterial cultures from pigs)

  • 지영철;이동석;한정희;한경수;한태욱
    • 대한수의학회지
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    • 제40권1호
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    • pp.56-62
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    • 2000
  • Pasteurella multocida is kind of commensal bacteria in the upper respiratory tract of pigs. It is classified toxigenic and nontoxigenic strains based on the production of dermonecrotic toxin. Toxigenic strain is most associated with atrophic rhinitis which brings great economical loss in swine industry. However, toxigenic and nontoxigenic strains do not differ by diagnostic biochemical reaction or morphology. One of recently developed techniques, PCR detects the toxigenic P multocida. Amplification of an 846-nucleotide fragment of toxA gene was developed. The fragment amplified by PCR was detected in P multocida type D not type A. The PCR amplification was as sensitive as it could detect 1 pg of P multocida DNA. We compared the result of the PCR with the enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) in a test for 40 swine nasal swabs. All of these isolates were toxin negative based on the ELISA while 2 isolates were detected in the PCR technique. in addition to accuracy, as required for rapid detection from contaminated nasal swabs, toxigenic P multocida was recovered efficiently from contaminated culture without inhibition of the PCR. The results show that the PCR detection of toxigenic P multocida directly form nasal swabs are feasible.

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RpoB 유전자 PCR-SSCP법에 의한 임상검체내 Rifampicin 내성 결핵균의 신속진단 (Rapid Detection of Rifampicin Resistant M. tuberculosis by PCR-SSCP of rpoB Gene in Clinical Specimens)

  • 심태선;김영환;임채만;이상도;고윤석;김우성;김동순;김원동
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제44권6호
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    • pp.1245-1255
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    • 1997
  • 연구배경 : 결핵균의 rpoB 유전자는 Rifampicim이 결합하여 약리작용을 나타내는 RNA polymerase의 $\beta$-subunit을 encoding하는 유전자이다. 최근 PCR-SSCP 등의 다양한 방법을 이용하여 rpoB 유전자의 돌연변이를 발견함으로써 결핵균 다제약제내성의 지표인 Rifampicin 내성을 조기에 진단할 수 있는 방법에 대한 여러 보고가 있다. 그러나 대부분 배양된 검체를 대상으로 하였고 객담등의 임상검체를 직접 대상으로 한 연구는 별로 없었다. 본 연구는 직접 임상검체를 대상으로 결균의 rpoB유전자 PCR-SSCP를 시행함으로써 rifampicin 내성을 신속히 진단할 수 있는지 알아보았다. 대상 및 방법 : 1996년 6월부터 8월까지 아산재단 서울중앙병원에서 항산성도말검사 양성인 75검체를 대상으로 하였다. 이종 결핵균의 IS6110분절을 이용한 중합효소 연쇄반웅이 양성이고 RFP 감수성검사 결과가 확인된 43검체를 대상으로 하였다. Bead beater법으로 DNA를 추출하여 heminested PCR을 시행하였고 MDE gel을 이용하여 SSCP를 시행하였다. 이 검체즐은 배양 즉시 대한결핵협회에 감수성검사를 의뢰하여 PCR-SSCP 결과와 rifampicin 감수성검사 결과를 비교하였다. 결 과 : 75검체중 55예(73%)에서 IS6110분절에 대한 PCR 양성이었다. 이중에서 RFP에 대한 강수성결과가 확인된 43예를 대상으로 하였다. 29예는 표준균주인 H37Rv와 동일한 전기영동상의 이동성을 보였고, 14예는 다른 이동성을 보여 주었다. 동일한 이동성을 보인 29예 모두 감수성검사상 RFP감수성으로 판명되었고, 다른 이동성을 보인 14예 모두 RFP 내성으로 판명되었다. 즉 기존의 전통적인 RFP 감수성검사 결과와 직접임상검체에서 rpoB 유전자를 이용한 PCR-SSCP분석은 100% 일치하였다. 결 론 : 임상검체에서 직접 rpoB 유전자의 heminested PCR을 이용한 SSCP 법은 Rifampicin내성을 신속히 진단할 수 있는 방법으로 기대된다.

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결핵항원에 대한 혈청학적 검사와 진단적 유용성 (Diagnostic Significance of the Serologic Test Using Antigen of Mycobacterium Tuberculosis for Antibody Detection by ELISA)

  • 박재민;박윤수;장윤수;김영삼;안강현;김세규;장준;김성규;이원영;조상래
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제45권2호
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    • pp.271-279
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    • 1998
  • 연구배경: 결핵의 유병률은 감소하는 추세이나 노인, 항암약물요법, HIV 감염 풍에 의해 면역기능이 약화된 환자에 있어서 결핵의 발생이 문제가 되고 있으며, 특히 다제내성균주의 출현은 큰 문제이다. 결핵진단법 중 체액에서 도말검사나 배양검사를 통해서 Myco-bacterium tuberculosis를 검출하는 것이 표준진단법이나, 도말검사는 상대적으로 민감도가 낮고 배양검사는 오랜시간이 소요된다. 중함연쇄반응을 이용하여 결핵균의 DNA를 검출하는 방법은 매우 민감하나 비용이 많이 소요된다. ELISA(enzyme linked immunosorbent assay)를 이용하여 혈청에서 결핵균 특이항원에 대한 항체를 검출하는 방법이 객담도말음성인 활동성 폐결핵환자를 다른 비결핵성 폐질환으로부터 감별하는데 유용한지를 확인하고자 하였다. 방 법: 연세대학교 세브란스 병원에 입원한 183명의 객담도 말음성인 폐질환환자에서 항산균에 대한 객담도말 및 배양검사와 결핵균 특이 항원인 recombinant 38 kilo-dalton 항원과 culture filtrate항원을 이용한 ELISA 검사를 시행하였다. 결 과: 35명의 활동성 폐결핵환자 중 18명에서 배양검사상 Mycobacterium tuberculosis를 검출할 수 있었다. 38 kDa와 culture filtrate에 대한 흡광도는 활동성 폐결핵환자들에서 비결핵성 폐질환자들보다 유의하게 높았다 (p<0.05). 활동성 폐결핵환자 중 객담배양양성과 음성군사이에 38 kDa와 culture filtrate에 대한 홉광도의 유의한 차이는 없었다 (p>0.05) 객담도말음성인 환자에 있어서 38 kDa과 culture filtrate의 민감도는 각각 20.0%와 31.4%였고 특이도는 각각 95.3%와 93.9%였다. 결 론: 객답도말검사 음성인 활동성 폐결핵환자에 있어서 ELISA를 이용한 38 kDa과 culture filtrate 항원에 대한 혈청항체검사법은 기존진단방법보다 낮은 민감도를 보여, 비결핵성 폐질환으로부터 활동성 폐결핵을 감별진단하는데 크게 도움이 되지 않을 것으로 여겨진다.

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오제스키병의 생체 조기진단을 위한 면역세포화학, In situ hybridization 및 전자현미경적 연구 (Immunocytochemistry, In situ hybridization and electron microscopy for early diagnosis of Aujeszky's in living pigs)

  • 문운경;김순복;서정향;송근석;노환국
    • 대한수의학회지
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    • 제36권4호
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    • pp.845-858
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    • 1996
  • The purpose of this study was to establish early diagnostic methods for the detection of Aujeszky's disease viral antigens and nucleic acid in nasal cells, and buffy coats from experimentally infected living pigs by a combination of immunocytochemistry, in situ hybridization with digoxigenin(DIG)-labled probe and electron microscopy. Forty days old piglets were inoculated intranasally with $10^{7.0}TCID_{50}$ of Aujeszky's disease virus (ADV, NYJ-1-87 strain). The viral antigens and nucleic acid of ADV were detected in nasal cells, and buffy coat for 20 days after inoculation by immunocytochemistry, in situ hybridization with DIG-labeled probe and electron microscopical method. The results were compared with conventional methods such as a porcine Aujeszky's disease serodiagnostic(PAD) kit, neutralization test(NT) and virus isolation. 1. The viral antigens, nucleic acids and capsids of ADV were detected in nasal cells, buffy coats from 3 days to 20 days after inoculation by immunocytochemistry, in situ hybridization with DIG-labeled probe and electron microscopy, respectively. 2. When viral antigens were detected by the immunocytochemical technique, a diffuse brown deposit was observed in the nucleus and cytoplasm of nasal cells, buffy coats and PK-15 cells under a microscope. 3. DIG-labeled DNA probe was prepared by amplification of conserved sequence of recombinant ADV-gp50 clone with polymerase chain reacction. When ADV-DNA was detected by ISH with DIG-labeled probe, purplish blue pigmentation were observed in the nuclei and cytoplasms of ADV-infected cells under a microscope. Positive signals were observed in nasal cells and in the buffy coat and PK-15 cells at the first day after inoculation. 4. Where ADV-capsids were detected by transmission electron microscopical method, aggregation of capsids was observed in the nuclei and cytoplasms of nasal cells, buffy coats and PK-15 cells. The results suggested that these methods were considered as the highly sensitive and reliable tools for rapid and confirmative diagnosis of Aujeszky's disease in living pigs.

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동물 분자 진단 시장의 동향 (Investigation of the Molecular Diagnostic Market in Animals)

  • 박창은;박성하
    • 대한임상검사과학회지
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    • 제51권1호
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    • pp.26-33
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    • 2019
  • 최근 반려동물 시장의 급격한 성장으로 인해 동물용 질병 진단키트의 개발이 이루어지고 있다. 이에 동물 분자진단 개발을 위한 바이오마커의 도입으로 효용성을 재평가하고 있다. 좋은 바이오 마커는 정확하고 신뢰할 수 있어야 하고, 정상 상태와 질병 상태를 구별하고, 다른 질병을 구별해야 한다. 최근 보고된 유전마커나 세포유리 DNA, 순환종양세포, granzyme, 피부종양에 관한 종양마커의 개발이 활발히 이루어지고 있으며, 기타로는 브루셀라증, programmed death receptor-1, symmetric dimethylarginine, periostin, cysteinyl leukotrien이 활발히 도입되고 있다. 따라서 바이오마커는 위험 예측에 사용되거나 질병 진행의 스크리닝, 진단 및 모니터링에 사용된다. 관련 바이오 마커에 대한 가장 중요한 기준은 질병 특이성이며 많은 잠재적 바이오 마커가 실험실 및 시험 연구에서 출현했지만, 독립적인 실험이나 대규모 임상 연구에서 검증이 부족하다. 후보 바이오 마커는 질병과 연관성을 평가하고, 조기 발견, 질병 진행에 대한 바이오 마커의 유효성을 검증하여서 인간 및 동물에게 접목하게 된다. 향후 잘 구조화 된 바이오마커 기반 연구의 효용성을 재평가하고 동물 질병 진단에 도입되는 추세에 맞춰 현장검사에서 활용될 수 있는 키트의 개발에 대한 연구가 요구돼야 할 것으로 사료된다.

아드리아마이신으로 유도된 심근증에서 Metalloproteinase, Metalloproteinase 조직억제자, Cytokine 유전자 발현에 대한 연구 (Gene Expression of Metalloproteinases, Tissue Inhibitors of Metalloproteinases and Cytokines in Adriamycin-induced Cardiomyopathy)

  • 홍영미
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제48권2호
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    • pp.197-203
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    • 2005
  • 목 적 : MMP 활동의 변화는 류마치스 관절염과 암 전위를 비롯한 여러 질환에서 보고되고 있다. 최근에 확장성 심근증에서 MMP 활동의 증가가 발표되었다. 아드리아마이신으로 유도된 심근증에서 MMP에 대한 보고는 없는 실정이다. 아드리아마이신으로 유도된 심근증에서 MMP, TIMP 유전자 발현을 연구하고 cytokine과의 관련성을 알아보고자 본 연구를 실시하였다. 방 법 : Sprague Dawley 쥐에 아드리아마이신 5 mg/kg을 1주일에 2번씩 2주간(누적 용량 : 20 mg/kg) 복강내 주사하였고, 정상쥐를 대조군으로 하였다. 2주 후에 쥐를 희생시켜서 혈청과 심장조직을 얻었다. 혈청에서 ELISA 원리로 MMP-2, TIMP-3, IL-6, TNF-${\alpha}$를 측정하였다. 심장에서 total RNA를 추출하였고, MMP-2, TIMP-3 IL-6, TNF-${\alpha}$ primer를 이용하여 PCR로 증폭하였다. 증폭된 DNA는 1% agarose gel에서 전기 영동하였고 UV light 아래에서 필름으로 촬영하였다. 결 과 : 혈청 MMP-2와 TIMP-3는 두 군 간에 유의한 차이가 없었다. 아드리아마이신군에서 IL-6은 $36.8{\pm}2.8pg/mL$, TNF-${\alpha}$$2.2{\pm}2.7pg/mL$로 정상군에 비해 유의한 증가를 보였다. 혈청 MMP-2와 TNF-${\alpha}$와는 r=0.41로 유의한 상관관계가 있었다. 심근 조직에서 MMP-2, IL-6, TNF-${\alpha}$는 발현되지 않았고, TIMP-3는 아드리아마이신군에서 대조군에 비해 유전자 발현이 감소되었다. 결 론 : 아드리아마이신으로 유도된 급성 심근증 모델에서는 심근에서 MMP, IL-6, TNF-${\alpha}$가 발현되지 않았고, TIMP 발현이 감소함을 알 수 있었다. 혈청 MMP와 TNF-${\alpha}$와의 상관성이 유의하게 높았으므로 TNF-${\alpha}$가 MMP 발현을 조절함을 시사해 준다. 앞으로 만성 심근증 모델에서 MMP, TIMP 발현에 대하여 연구할 예정이다.

객담 결핵균 도말검사가 음성일때 중합효소연쇄반응검사와 진단적 신뢰도에 관한 연구 (How Reliable is Sputum PCR Test in the Diagnosis of Pulmonary Tuberculosis When Sputum Smear is Negative?)

  • 백승훈;이재명;강민종;손지웅;이승준;김동규;이명구;현인규;정기석;이경화;조현찬
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제50권2호
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    • pp.222-228
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    • 2001
  • 목 적 : 객담 항산균 도말 양성환자에서 direct amplification test (DAT) 양성이면 폐결핵으로 확진이 가능하다. 그러나 객담 항산균 도말음성이고 DAT는 양성인 경우에는 DAT 결과가 얼마나 신뢰성이 있는지 의문이었다. 따라서 저자들은 폐결핵이 의심되는 환자에서 객담 항산균 도말 음성이고 DAT 양성일 때 폐결핵진단에 있어서 DAT의 유용성올 살펴보고자 하였다. 방 법 : 1998년 6월1일부터 1999년 5월30일 까지 한림대학교 의료원에서 폐결핵이 의심되어 결핵균 항산균 도말, 배양검사 및 DAT를 시행한 909명을 대상으로 하였다. 활동성 폐결핵의 확진은 결핵균 배양 양성이거나 조직학적으로 건락성 육아종이 증명된 경우로 정의하였다. 임상적 폐결핵의 진단 조건은 방사선 소견상 결핵성 폐침윤이 의심되고 폐렴, 폐암 등이 배제된 환자로 결핵균 배양은 음성이나, 항결핵제 3개월 이상 투여 후 증상 및 방사선 소견상 호전이 있는 경우로 정의하였다. DAT는 Mycobacterium tuberculosis complex에 특징적으로 존재 하는 insertion sequence (IS6110)의 특정 부위만을 특이적으로 증폭시킬 수 있는 TB-$CRkit^{TM}$(한국생공, 대전)를 이용하였으며, 특이도를 높이기 위해 nested PCR검사를 시행하였다. 결 과 : 대상 환자 909 명 중 객담 항산균 도말검사는 335명에서 양성(36.6%)이었으며, 객담 결핵균 PCR이 374명에서 양성(41.1%)으로 판명되었다. 객담 항산균 도말 음성이면서 객담 결핵 PCR 양성인 환자는 39명(4.3%)으로 남자 22명, 여자 17명 이었다. 객담 결핵 PCR 양성인 환자 39 명중 32명에서 폐결핵으로 진단되었다. DAT는 확진된 결핵환자만을 대상으로 할 때 61.5%의 양성 예측율을, 확진된 폐결핵 환자와 임상적으로 진단된 결핵환자를 대상으로 할 때 82.1% 양성 예측율을 나타냈었고 위양성율은 18.0%였다. 결 론 : 이상의 결과로 임상적으로 폐결핵이 의심되는 객담 항산균 도말 음성인 환자에서 객담 DAT 양성일 때 폐결핵의 조기 진단에 중요한 수단으로 이용 될 수 있을 것으로 사료되었다.

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Expression Levels of Vascular Endothelial Growth Factors A and C in Patients with Peptic Ulcers and Gastric Cancer

  • Taghizadeh, Shirin;Sankian, Mojtaba;Ajami, Abolghasem;Tehrani, Mohsen;Hafezi, Nasim;Mohammadian, Rajeeh;Farazmandfar, Touraj;Hosseini, Vahid;Abbasi, Ali;Ajami, Maryam
    • Journal of Gastric Cancer
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    • 제14권3호
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    • pp.196-203
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    • 2014
  • Purpose: Vascular endothelial growth factor (VEGF) is one of the most important growth factors for metastatic tumors. To clarify the role of VEGF-A and C in patients with peptic ulcer disease (PUD) or gastric cancer (GC), we evaluated the expression levels of these two molecules. We also analyzed the effect of Helicobacter pylori infection on VEGF-A and C expression levels. Materials and Methods: Patients with dyspepsia who needed diagnostic endoscopy were selected and divided into three groups: nonulcer dyspepsia (NUD), PUD, and GC, according to their endoscopic and histopathological results. Fifty-two patients with NUD, 50 with PUD, and 38 with GC were enrolled in this study. H. pylori infection was diagnosed by the rapid urease test. After RNA extraction and synthesis of cDNA, the expression levels of VEGF-A and C were determined by quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction. Results: The VEGF-C expression level in the PUD and GC groups was significantly higher than that in the NUD group. Moreover, the VEGF-A expression level in the PUD and GC groups was higher than in the NUD group, although the differences were not statistically significant. Significant positive correlations were also observed between the expression levels of these two molecules in the PUD and GC groups. In addition, the expression levels of these two molecules were higher in H. pylori positive patients with PUD or GC than in H. pylori negative patients of the same groups; however, these differences did not reach statistical significance. Conclusions: Up-regulation of VEGF-C expression during gastric mucosal inflammation may play a role in the development of peptic ulcers or GC.

소아의 치면세균막에 존재하는 mutans streptococci의 분포 (DISTRIBUTION OF MUTANS STREPTOCOCCI IN DENTAL PLAQUE OF CHILDREN)

  • 국중기;박종휘;유소영;김화숙;이난영
    • 대한소아치과학회지
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    • 제31권3호
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    • pp.439-447
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    • 2004
  • 한국인 소아의 치면세균막에 존재하는 mutans streptococci종 및 생물형의 발현빈도와 치아우식경험지수와 상관관계를 알아보기 위하여, 조선대학교 치과병원에 내원한 12세 미만 113명의 소아 환자의 치아우식경험지수를 구하고, 이들의 상하 악 유전치 및 유구치의 협면 및 설면의 치면세균막 샘플을 채취하여 mutans streptococci를 mitis-salivarius bacitracin 배지에서 선택적으로 분리하였다. 이들의 biotype을 알아보기 위해 생화학적 검사를 실하였고, 이들의 종 수준에서의 동정을 위해 dextranase 유전자를 표적으로 하는 중합효소연쇄반응을 시행하여 하였다. 113명의 환자 중에서 40명의 치면세균막에서 40 균주의 mutans streptococci이 검출되었다. 이들 중 생물형 제 I 형(45%)이 가장 많이 검출되었으며, 그 다음으로 제 IV 형(32.5%), 제 II 형(15%), 제 V 형(5%) 제 III 형(2.5%) 순으로 검출되었다. 또한, 종 수준에서의 발현빈도를 알아본 결과 S. mutaus가 69%, S. sobrinus는 31%였다. Mutans streptococci 종 또는 생물형에 따른 환자의 치아우식경험지수간의 차이는 없는 것으로 조사되었다(p>0.05). 이상의 결과를 종합할 때, 한국인의 소아의 구강 내에 존재하는 mutans streptococci중 생물형 제 I 형인 S. mutans가 가장 높은 빈도로 존재하며, 치아우식증이 세균학적 요소만이 아닌 기타 여러 원인요소에 의해 발병되는 다른 여러 연구 결과와 일치함을 알 수 있었다.

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Southern Analysis after Long-range PCR: Clinical Application in Korean Patients with Myotonic Dystrophy 1

  • Yum, Mi-Sun;Lee, Beom Hee;Kim, Gu-Hwan;Lee, Jin-Joo;Choi, Seung Hoon;Lee, Joo Yeon;Kim, Jae-Min;Kim, Yoo-Mi;Ko, Tae-Sung;Yoo, Han-Wook
    • Journal of Genetic Medicine
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    • 제10권1호
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    • pp.33-37
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    • 2013
  • Purpose: Myotonic dystrophy 1 (DM1, OMIM 160900) is an autosomal-dominant muscular disorder caused by an expansion of CTG repeats in the 3' UTR of the DMPK gene. Variable expansions of CTG repeats preclude the accurate determination of repeat size. We tried to show the clinical and analytical validity of the application of Southern blotting after long-range PCR was demonstrated in Korean DM1 patients. Materials and Methods: The Southern blotting of long-range PCR was applied to 1,231 cases with clinical suspicion of DM1, between 2000 and 2011. PCR was performed using genomic DNA with forward 5'-CAGTTCACAACCGCTCCGAGC-3' and reverse 5'-CGTGGAGGATGGAACACGGAC-3' primers. Subsequently, the PCR fragments were subjected to gel electrophoresis, capillary transfer to a nylon membrane, hybridization with a labeled (CAG)10 probe. The correlation between clinical manifestations and the CTG repeat expansions were analyzed. Results: Among a total of 1,231 tested cases, 642 individuals were diagnosed with DM1 and the range of the detected expansion was 50 to 2,500 repeats; fourteen cases with mild DM1 ($75{\pm}14$ repeats), 602 cases with classical DM1 ($314{\pm}143$ repeats), and 26 cases with congenital DM1 ($1,219{\pm}402$ repeats). The positive and negative predictive values were 100%. The age at test requested and the CTG repeat numbers were inversely correlated (R=-0.444, P<0.01). Conclusion: This study indicates that Southern blotting after long-range PCR is a reliable diagnostic method DM1.