• Journal of Life Science
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• v.3 no.4
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• pp.194-208
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• 1993

DNA 복제시 중추적 단백질은 DNA 합성을 수행하는 DNA polymerase이다. 따라서 DNA polymerase의 구조 및 기능에 대한 연구는 DNA polymerase의 중합반응에 대한 기작을 비롯하여 교정 및 수선기능에 대한 정보를 얻게 함으로써 복잡한 DNA 복제 기적을 이해하는 첩경이 된다. Bacteriophage T7의 Gene 5 단백질은 T7 DNA polymerase로 Richardson group에 의해 처음으로 발견되었으며, E. coli의 12 KDa thioredoxin과 tight complex를 형성한다. T7 DNA polymerase의 클로닝은 분자생물학의 새로운 장을 열어준 중요한 의미를 지닌다 . 본 연구에서는 T7 DNA polymerase의 구조적, 기능적 특성을 파악하고 DNA 염기서열 분석에의 응용 및 DNA 염기서열 결정을 위한 새로운 전략 및 최근연구 동향에 대해 기술하였다.

• 건강소식
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• v.35 no.1
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• pp.38-39
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• 2011

유전자(DNA, RNA)복제 등은 이제 낯선 말이 아니다. 범죄 수사를 할 때도 'DNA 검사'를 통해 지문보다 더 정확한 증거를 찾아낸다. 하지만 이 DNA에 대한 연구가 우리 일상과 가까워지기까지는 정말 많은 과학자들의 노고를 거쳤다. 20세기 생물학의 최대 발견이라 인정받는 이 'DNA구조의 발견'의 종착역에 바로 왓슨과 크릭, 윌킨스가 있었다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.10b
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• pp.838-840
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• 2003

특정 단백질과 특이적으로 결합하는 핵산인 앱타머 (aptamer) 의 존재는, DNA 기반 컴퓨팅과 단백질 기반 컴퓨팅 사이에서 가교 역할을 할 수 있다는 가능성을 고려할 때 주목할 만하다. 본고에서는 전통적인 DNA 기반 컴퓨팅 방법론의 확장으로서, 앱타머 구조 변환의 활용 방안을 제안하였다.

• Journal of KIISE:Computer Systems and Theory
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• v.34 no.8
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• pp.319-326
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• 2007

To perform fast searching in massive data such as DNA strings, the most efficient method is to construct full-text index data structures of given strings. The widely used full-text index structures are suffix trees and suffix arrays. Since the suffix may uses less space than the suffix tree, the suffix array is proper for DNA strings. Previously developed construction algorithms of suffix arrays are not suitable for DNA strings since those are designed for integer alphabets. We propose a fast algorithm to construct suffix arrays on DNA strings whose alphabet sizes are fixed by 4. We reduce the construction time by improving encoding and merging steps on Kim et al.[1]'s algorithm. Experimental results show that our algorithm constructs suffix arrays on DNA strings 1.3-1.6 times faster than Kim et al.'s algorithm, and also for other algorithms in most cases.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2002.10d
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• pp.367-369
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• 2002

DNA 칩에서 사용되는 프로브를 가장 효과적으로 설계하기 위해서는 상보결합을 위한 1차구조뿐만이 아니라 열역학적인 움직임과 함께 2차구조가 고려되어야만 한다. 그러나 핵산의 기능에 큰 영향을 미치는 2차구조에 대한 연구는 일찍부터 진행되어 왔지만, 상대적으로 DNA에 대한 연구는 크게 미흡한 것이 현실이다. 이에 우리는 유전자 알고리즘을 이용한 핵산의 이차구조 예측을 통해서 보다 효과적인 프로브의 설계를 위한 방법을 고안했다.

• Electronics and Telecommunications Trends
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• v.32 no.2
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• pp.29-36
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• 2017

본고에서는 바이오 기술(BT: Bio Technology)의 주요 소재인 DNA(DeoxyriboNucleic Acid, 디옥시리보핵산)를 정보기술(IT: Information Technology)과 나노 기술(NT: Nano Technology)에 적용한 세 가지 DNA 응용 기술 동향에 대해 소개하였다. 먼저 1958년 프랜시스 크릭(Francis Crick)이 주장한 센트럴 도그마(Central Dogma)의 출발점인 DNA의 구조와 기능에 대해 최대한 자세히 소개하였고, DNA의 염기 서열 방식을 이용한 DNA 저장장치에 관해 설명하였다. 그다음 장에서는 DNA의 자기 조립(Self-Assembly) 능력과 자기 복제 능력 및 다른 분자를 인식하여 결합하는 특성을 정보기술에 적용한 DNA 컴퓨터에 대해 설명하였다. 마지막으로, 나노 단위의 DNA 구조를 응용한 나노 기술 중에서 다양한 나노구조물을 만드는 기술인 DNA 오리가미 기술에 대해 설명하였다.

• Journal of Life Science
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• v.16 no.7 s.80
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• pp.1225-1228
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• 2006

Cyclic AMP receptor protein (CRP) complexed with cAMP binds to DNA and induces sharp DNA bending around ${\sim}90$ degree. Previous publication (5), however, reported that mutant CRP:cGMP complex showed high migration rate relative to mutant CRP:cAMP complex on native polyacrylamide gel. To confirm DNA structural change in the presence of CRP and cyclic nucleotide, molar cyclization factor $(j_M)$ [13] was measured with 6 constructed DNA fragments. Nonlinear regression analysis of $j_M$ data indicated that mutant CRP did not induce DNA bending in the presence of cGMP but bent DNA in the presence of cAMP without any helical twist change in DNA.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2006.10c
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• pp.118-123
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• 2006

DNA 시퀀스 데이터베이스 규모의 급격한 증가 추세를 고려할 때, DNA 시퀀스 검색 연산을 보다 효과적으로 지원할 수 있는 인덱싱 및 질의 처리 기술이 요구 된다. 접미어 트리는 DNA 시퀀스 검색을 위한 좋은 인덱스 구조로 알려져 왔다. 그러나 접미어 트리는 그 구조적 특성으로 인하여 저장공간, 검색 성능, DBMS와의 통합 등의 문제점을 갖는다. 본 논문에서는 이와 같은 접미어 트리의 문제점들을 해결하는 DNA 시퀀스 검색을 위한 새로운 인덱스 구조를 제안하고, 이를 기반으로 하는 효율적인 질의 처리 방식을 제안한다. 제안된 인덱스 기법은 이진 트라이를 기본 구조로 채택하며 DNA 시퀀스의 윈도우 서브 시퀀스를 인덱싱 대상으로 한다. 유사 서브 시퀀스 검색을 위한 질의 처리 알고리즘은 기본적으로 다이나믹 프로그래밍 기법에 근거하여 이진 트라이를 루트로부터 너비 우선(breadth-first) 방식으로 운행하며, 경로 상에 존재하는 모든 유사 서브 시퀀스를 검색해 낸다. 제안된 기법의 우수성을 검증하기 위하여, 기존의 접미어 트리와의 비교 실험을 통한 성능 평가를 수행하였다. 실험 결과에 의하면, 제안된 인덱스 기법은 접미어 트리에 비하여 약 30%의 작은 저장 공간을 가지고도 수배에서 수십배의 검색 성능의 개선 효과를 나타낸다.

• Journal of Korea Society of Industrial Information Systems
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• v.15 no.1
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• pp.37-46
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• 2010

A Suffix Tree is an efficient data structure that exposes the internal structure of a string and allows efficient solutions to a wide range of complex string problems, in particular, in the area of computational biology. However, as the biological information explodes, it is impossible to construct the suffix trees in main memory. We should find an efficient technique to construct the trees in a secondary storage. In this paper, we present a method for constructing a suffix tree in a disk for large set of DNA strings using new index scheme. We also show a typical application example with a suffix tree in the disk.

• Journal of the KSME
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• v.56 no.5
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• pp.43-45
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• 2016

이 글에서는 DNA 염기서열의 자가조립 현상을 활용한 다양한 나노구조물의 설계 및 합성 사례를 소개하고 합성된 나노구조물의 동특성을 탄성네트워크모델(Elastic Network Model, 이하 ENM) 기법을 통해 해석해 봄으로써 향후 DNA 기반 나노구조물 합성 및 응용연구의 기반 기술을 제시하고자 한다.