• 한국축산식품학회지
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• 제30권3호
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• pp.410-418
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• 2010

황색포도상구균은 사람과 동물에서 화농성 질환과 위장관계 질환을 일으키는 세균으로 자연계에 널리 상재하며 식품으로의 감염이 일어날 수 있어 식중독의 원인이 된다. 이에 신속하고 정확한 황색포도상구균의 검출이 요구되는 실정이다. 본 연구에서는 상재균의 오염도가 다른 다양한 축산 가공식품과 비가공식품에서 황색포도상구균의 검출을 위해 표준 시험법인 배지법과 자체 개발한 real-time PCR법의 검출도를 비교하였고 황색포도상구균 coagulase 확인시험과 real-time PCR법을 활용한 colony PCR 확인 시험을 비교하여 균 동정 능력을 비교하였다. 상재균 수가 적은 식품인 우유와 소시지 그리고 상대적으로 상재균수가 많은 생 돼지고기와 야채 샐러드를 샘플로 선정하여 인위적으로 500 g 혹은 mL의 샘플을 25 g씩 20개의 시료샘플로 나누어 실험하였을 때에 최소한 한 개 이상 양성 결과가 나오도록 황색포도상구균을 접종하여 배지법과 realtime PCR법을 시행하여 검출능력을 비교하였다. 배지법에서 획득한 의심 집락의 확인 동정은 coagulase 시험과 realtime PCR법을 활용한 colony PCR 확인시험을 병행하여 비교하였으며 각각의 결과를 real-time PCR법으로 신속 검출한 결과와 비교하였다. 식품 내 상재균 수가 적은 축산 가공식품인 우유나 소시지 등에서 황색포도상구균을 검출할 경우에는 배지법의 coagulase 확인시험과 colony PCR 확인시험과의 유의차가 없었으며 colony PCR 확인시험을 이용한 확인동정 결과와 real-time PCR법을 사용한 24시간 신속 검출 결과 사이에도 역시 유의차가 없었다. 반면에 상대적으로 상재균수가 많은 비가공식품인 생 돼지고기나 야채 샘플에서는 coagulase 시험법을 사용한 황색포도상구균의 확인동정은 유효성이 매우 떨어졌으며 colony PCR 확인시험 결과와 유의적인 차이를 보였다. Real-time PCR법을 사용한 24시간 신속 검출법은 배지법의 coagulase 시험법의 양성 수보다 낮은 검출률을 보였으나 colony PCR 확인시험보다 높은 검출률을 보여 상재균 수가 높은 샘플에서도 배지법을 대체해서 사용할 수 있는 효율적인 방법임을 보여주었다. 이러한 결과를 종합해 볼 때 본 연구에서 개발한 realtime PCR법은 기존 배지법을 대체하여 24시간 이내에 신속하게 황색포도상구균을 검출할 수 있고 coagulase 확인 시험을 대체할 수 있는 방법으로 여겨진다.

• 한국치위생학회지
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• 제17권1호
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• pp.13-25
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• 2017

Objectives: The purpose of this study was to compare colony forming unit (CFU) method and multiplex real-time polymerase chain reaction (MRT-PCR) method for accurate quantitative analysis of bacteria. Methods: We compared the CFU method and the MRT-PCR method, which are still used in Korea, for Prevotella intermedius (P. intermedius), a periodontal disease pathogen selected by MRT-PCR, and Streptococcus mutans (S. mutans), a dental caries causative organism. The subjects of this study were 30 patients who visited the C dental hospital. Results: Total microorganisms in MRT-PCR method were significantly higher in both types of bacteria (p<0.05), since DNA of dead bacteria was also analyzed. This was because the periodontal dise(-) anaerobes, and even dead bacteria contain large amounts of toxic substances called LPS in the extracellular membrane, and fimbriae and pili, which are motility structures, still remain as a strong toxic substance in periodontal tissue. Conclusions: Therefore, in terms of the total amount of bacteria found, the MRT-PCR method will be a useful technique for searching all the bacteria in the oral cavity including live bacteria, as well as sterilization.

• Mycobiology
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• 제47권3호
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• pp.350-354
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• 2019

In the post-genomic era, gene function analysis has attracted much attention. Transformation is often needed to investigate gene function. In this study, an easy, rapid, reliable, and cost-effective colony polymerase chain reaction (PCR) method for screening mushroom transformants was developed: picking up a suitable amount of transformant's tissue ($1-10{\mu}g$) to $20{\mu}l$ 0.25% Lywallzyme solution, and vortexing for 10 s followed by incubation at $34^{\circ}C$ for 15 min. Finally, $2{\mu}l$ of the suspension was used as templates to perform PCR and single target bands were successfully amplified from respective transformants of Tremella fuciformis, Pleurotus ostreatus, and Pleurotus tuber-regium. This procedure could be widely employed for screening transformants in mushroom transformation experiments.

• 한국균학회지
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• 제26권4호통권87호
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• pp.466-477
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• 1998

진흙버섯류 22개 균주를 균총의 형태와 PCR 기법을 사용하여 종간의 구분 방법을 찾고자 하였다. PDA등 4가지 배지에서 균사생장 및 배지의 변색여부 등을 기준으로 특성을 구분할 때 목질진흙버섯의 균총 색깔은 진한 황색으로 균사생장이 늦고 배지를 푸르게 변색시켰다. rDNA 분석 결과 $ITSI{\sim}II$ 부위는 목질진흙버섯이 약 800 bp, 말똥진흙버섯은 약 700 bp였고, IGRI 부위는 목질진흙버섯은 약 700 bp, 말똥진흙버섯은 균주에 따라 약 500, 600, 700, 800 bp에서 4가지 각기 다른 밴드를 보였다. $ITSI{\sim}II$와 IGRI부위의 증폭된 DNA를 6개의 제한효소로 절단하여 다형성을 비교해 본 결과 $ITSI{\sim}II$의 HaeIII 절단으로 목질진흙버섯과 말똥진흙버섯을 구분할 수 있었으며 이들 밴드를 이용하여 유연관계를 조사한 결과 목질진흙버섯은 95%의 유사도를 보였으며, 말똥진흙버섯은 89%의 유사도로 complex를 형성하였다. 목질 진흙버섯은 RAPD 분석과 AP-PCR에 의한 밴드양상으로도 확실한 구분이 가능하였으며, $ITSI{\sim}II$ 부위의 HaeIII 제한효소 처리로 나타난 벤드는 이종의 특이적인 marker로 사용할 수 있을 것으로 본다.

• 식물병연구
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• 제22권4호
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• pp.269-275
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• 2016

E. pyrifoliae에 의한 과수 가지검은마름병은 국내에서 1995년 최초 발생이래 2016년까지 꾸준히 발생하여 과수농가에 피해를 주고 있는 세균병해이다. 가지검은마름병 발생 농가의 폐원조치 및 공적방제로 인한 경제적 피해 감소를 위하여, 병징이 관찰되는 이병조직 및 건전조직 내의 병원 세균을 검출하여 효율적 관리방안을 마련하고자 본 연구를 수행하였다. 가지검은마름병원세균의 검출은 genomic DNA 추출과정을 생략한 순수 균총만을 이용하는 colony-PCR을 이용하였으며, 이를 위해 ERIC 지역에서 제작된 가지검은마름병원세균 특이 프라이머 EpSPF/EpSPR 프라이머쌍을 선발하였다. 특이 프라이머를 활용한 colony-PCR 방법으로 2014-2015년 4-10월까지 사과나무 생육기간 동안 가지검은마름병 발생상황을 모니터링한 결과, $25^{\circ}C$ 일 평균 온도 기간인 5월 중순부터 7월 초순까지 발병이 가장 빈번하였다. 발병가지 내 병원세균의 존재유무 검정 결과 병징 부위와 이로부터 20 cm 내 건전조직에서만 병원세균이 지속적으로 검출되었다. 따라서 이미 발생한 가지검은마름병을 효율적으로 관리하기 위해 이병조직과 건전조직 경계 부위로부터 20 cm 이상에서 가지치기를 하는 것이 매우 적절할 것으로 판단된다.

• 한국환경보건학회지
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• 제42권3호
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• pp.189-195
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• 2016

Objectives: To ensure the microbiological safety of groundwater, it was confirmed whether waterborne pathogenic bacteria in groundwater samples tested positive for total coliforms in the Chungcheongnam-do Province region. Methods: Total colony counts, total coliforms and fecal coliforms were tested according to the process mandated by the drinking water quality testing standards of Korea. DNA was extracted from the samples, tested positive for total coliforms, and then subjected to real-time PCR to detect waterborne pathogenic bacteria. Results: A total of 115 samples were inadequate for drinking water. Thirty-one cases (27%) showed positive for fecal coliforms and nine cases (7.8%) showed total colony counts exceeding drinking water standards. Twenty-seven cases (23.5%) showed three items (total colony counts, total coliforms and fecal coliforms). Using the real-time PCR method, waterborne pathogens were detected in 57 cases (49.6%) in 115 samples. Seventy-eight cases of waterborne pathogenic bacteria were detected (including duplications): 27 cases of pathogenic E. coli (EPEC (19), ETEC (5), EHEC (1), EAEC (1) and EIEC (1)); 45 of Bacillus cereus; two of Yersinia spp.; two of Salmonella spp.; one of Staphylococcus aureus; one of Clostridium perfringens. Conclusion: The real-time PCR method can offer rapid and accurate detection of waterborne pathogenic bacteria. Therefore, this assay could be an alternative to conventional culture methods and can further ensure the microbiological safety of groundwater.

• 미생물학회지
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• 제41권4호
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• pp.269-274
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• 2005

동물용 생 바이러스 백신 내에 mycoplasma를 검출하기 위해 polymerase chain reaction (PCR)기법과 2가지의 상품화된 PCR 검출킷트를 평가하였다. PCR기법은 시험에 사용된 모든 mycoplasma를 특이적으로 검출할 수 있었으나, 2가지의 상품화된 PCR 검출킷트는 일부의 mycoplasma를 검출하지 못하였다. 또한, PCR기법의 검출 특이도는 조류 유래 mycoplasma에 속한 4주의 표준주 및 7주의 야외분리주를 모두 검출할 수 있었다. PCR기법의 민감도는 9 CFR Mycoplasma액체배지에서 배양한 Mycoplasma 속균 및 Acholeplasma속균에 대해 $1\~100$ colony forming units/ml까지 검출할 수 있었다. 동물용생 바이러스 백신에 대해 PCR기법의 적용가능성을 평가하기 위해, 돼지 전염성위장염 및 로타바이러스 흔합백신과 개 파보바이러스 백신내에 A. laidlawii를 인공적으로 접종한 후, PCR기법의 민감도를 조사하였을 때 배양액을 이용한 검출한계와 유사하였다. 본 연구에서 사용된 PCR 기법은 동물용 생 바이러스 백신내의 mycoplasma를 신속하고 민감하게 검출할 수 있을 것으로 판단되었다.

• 한국육종학회지
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• 제43권5호
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• pp.448-456
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• 2011

적색 과육 '홍양' 품종에서 차등발현하는 유전자를 찾기 위하여 mirror orientation selection (MOS)과 결합된 suppression subtractive hybridization (SSH) 실험을 수행하였다. 그 결과, 288개의 cDNA clone을 확보하였으며, colony PCR을 통해 192개의 positive clone을 선발하였고, 이들을 sequencing하였다. NCBI/Genbank 데이터베이스의 BLAST 검색를 이용하여 염기서열을 분석한 결과, 30개의 clone에서 기존에 알려진 유전자기능과의 유사성을 확인할 수 있었으며, 10개의 clone이 특이유전자였다. 그 중 3개의 clone(AcF21, AcF42, AcF106)은 과실 후숙과 관련된 ACC-oxidase와 상동성이 있었다. SSH의 결과를 통해 얻어진 이 유전자들의 차등발현양상을 확인하기 위하여 reverse transcription PCR(RT-PCR)과 quantitative real-time PCR(qReal-time PCR) 분석을 실시하였다. qReal-time PCR분석과 RT-PCR분석에서 모두 동일한 결과를 확인할 수 있었으며, 3개 clone 모두 '홍양'에서의 유전자발현수준이 '헤이워드'보다 더 높았다. AcF21은 다른 유전자들보다 가장 높은 발현수준을 나타내었는데, 만개 후 120일과 160일 모두 '홍양'에서의 발현수준이 높았다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제37권1호
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• pp.9-14
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• 2022

본 연구에서는 가래떡에 오염된 곰팡이를 분리 동정한 후 곰팡이독소 생산 가능성을 조사하여 식품 이물 중 곰팡이에 대한 위험성을 분석하였다. 실험에 사용된 가래떡은 전라남도 소재 떡 제조업체에 곰팡이로 추정되는 이물이 발견되어 반품된 제품을 사용하였다. 곰팡이 이물을 채취한 후 Potato dextrose agar, Malt extract agar, Czapek yeast extract agar에 접종하고 25℃에서 7일간 배양하여 순수 분리 결과를 판단하였다. 순수 분리가 확인된 집락에 대해 광학현미경으로 포자의 미세구조를 관찰하여 형태학적으로 동정하였다. 유전학적 동정은 ITS primer를 이용하여 증폭된 PCR 산물의 유전자 염기서열을 분석하였다. Colony-1과 2는 각각 배지에서 동일한 성상을 나타내어 순수분리 되었음을 확인하였다. Colony-1은 출아세포가 관찰되어 효모로 판정하였다. Colony-2는 방추형의 분생자가 관찰되어 Fusarium 속 곰팡이로 판정하였다. 유전자 염기서열 분석 결과 Fusarium 속 곰팡이가 총 76건으로 나타났으며, 그중 Fusarium solani가 53건으로 가장 높게 나타났다. 형태학적 동정 결과와 유전학적 동정 결과를 바탕으로 Colony-2는 Fusarium spp.로 동정되었고 그 중 Fusarium solani로 추정되었다. Fusarium 속 곰팡이는 Nivalenol, Zearalenone, Fumonisin 등의 곰팡이독소를 생산하여 구토, 설사, 암 등을 유발한다. 이러한 결과를 종합해 볼 때 가래떡에서 분리된 Fusarium 속 곰팡이에 의한 곰팡이독소 생산 가능성은 상존하는 것으로 판단되었다. 따라서 곰팡이 이물이 보고되면 곰팡이를 분리 동정하여 곰팡이독소를 생산할 수 있는 균종인지 판단하고, 그 결과에 따라 행정조치를 강화하여야 할 것으로 판단된다.

• 한국식품과학회지
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• 제45권6호
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• pp.791-795
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• 2013

본 연구에서는 유제품 및 육제품에서 Staphylococcus aureus를 검출하기 위한 PCR과 배지배양법을 비교검증 하였다. 우유, 분유, 소시지, 소고기 분쇄육에 S. aureus를 인위적으로 접종시킨 후, 축산물 가공기준 및 성분규격에 따라 10% NaCl이 첨가된 tryptic soy broth(TSB)에서 증균배양 하였으며, Baird Parker agar에 선택배양 하였다. PCR은 TSB에서 1 mL를 채취한 후 DNA를 추출하여 시행하였으며, S. aureus의 23s rRNA를 표적으로 하는 primer를 사용하였다. 의심집락에 대해 coagulase test와 colony PCR을 통한 확인시험을 실시하였다. 실험결과 우유와 분유에서는 배지배양법과 PCR간에 통계학적 유의차가 존재하지 않았다. 소시지와 소고기 분쇄육의 경우에는 PCR이 배지법에 비해 더 많은 양성을 검출하여 높은 통계학적 유의차를 보였다(p<0.05). 연구결과를 종합하면, 유제품 및 육제품에서 PCR을 통한 S. aureus의 검출은 기존 배지배지배양법에 비해 시간과 노동력을 절감할 수 있는 효과적인 방법으로 나타났다.