• 제목/요약/키워드: Coefficient Selection

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Genome-wide analysis of Hanwoo and Chikso populations using the BovineSNP50 genotyping array

  • Song, Jun?Seok;Seong, Ha?Seung;Choi, Bong?Hwan;Lee, Chang?Woo;Hwang, Nam?Hyun;Lim, Dajeong;Lee, Joon?Hee;Kim, Jin Soo;Kim, Jeong?Dae;Park, Yeon?Soo;Choi, Jung?Woo;Kim, Jong?Bok
    • Genes and Genomics
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    • 제40권12호
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    • pp.1373-1382
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    • 2018
  • Hanwoo and Chikso are classified as Korean native cattle breeds that are currently registered with the Food and Agriculture Organization. However, there is still a lack of genomic studies to compare Hanwoo to Chikso populations. The objective of this study was to perform genome-wide analysis of Hanwoo and Chikso populations, investigating the genetic relationships between these two populations. We genotyped a total of 319 cattle including 214 Hanwoo and 105 Chikso sampled from Gangwon Province Livestock Technology Research Institute, using the Illumina Bovine SNP50K Beadchip. After performing quality control on the initially generated datasets, we assessed linkage disequilibrium patterns for all the possible SNP pairs within 1 Mb apart. Overall, average $r^2$ values in Hanwoo (0.048) were lower than Chikso (0.074) population. The genetic relationship between the populations was further assured by the principal component analysis, exhibiting clear clusters in each of the Hanwoo and Chikso populations, respectively. Overall heterozygosity for Hanwoo (0.359) was slightly higher than Chikso (0.345) and inbreeding coefficient was also a bit higher in Hanwoo (-0.015) than Chikso (-0.035). The average $F_{ST}$ value was 0.036 between Hanwoo and Chikso, indicating little genetic differentiation between those two breeds. Furthermore, we found potential selection signatures including LRP1B and NTRK2 genes that might be implicated with meat and reproductive traits in cattle. In this study, the results showed that both Hanwoo and Chikso populations were not under severe level of inbreeding. Although the principal component analysis exhibited clear clusters in each of the populations, we did not see any clear evidence that those two populations are highly differentiated each other.

질소/인 회수를 위한 Struvite 생성 메커니즘 (Mechanisms on Struvite Production for Nitrogen and Phosphorus Recovery)

  • 이상훈
    • 자원리싸이클링
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    • 제28권3호
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    • pp.15-20
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    • 2019
  • 폐수내 질소와 인을 이용한 struvite 회수는 수계 부영양화 방지 및 비료자원화에 효과적인 기술이나, 해결해야 할 이론 및 기술적 문제점이 있다. 본 연구에서는, 기존 문헌의 상세한 검토를 통하여, 이론적 측면에서 적절한 반응식 선정 및 이론적 고찰을 이용한 struvite 생성 반응예측 가능성을 논의하고, 기술적 측면에서는 struvite 생성의 대표적인 저해물질인 Ca의 배제를 통해 struvite 결정의 순도를 높일 수 있는 효과적인 방법을 소개하려 한다. 반응예측 측면에서는 중성~염기성 pH 영역에서 효과적인 struvite 반응식 및 반응계수를 이용, 정량적 모델을 구축할 수 있다. 이러한 모델은 실제 회분식 실험결과와 잘 일치하며 특히 이온들의 charge balance도 함께 고려하여 struvite 생성시 희석된 수용액에서 흔히 동반되는 pH 저하를 합리적으로 예측할 수 있다. 한편, Ca의 배제를 통한 struvite 순도 향상은 ${HPO_4}^{2-}-P$ 대비 고농도의 ${NH_4}^+-N$을 조성하여 해결할 수 있는데, 이는 고농도 암모늄 이온의 존재가 struvite 생성 관련 열역학적 구동력을 강화시켜 인산염이 Ca 대신 고농도 암모니아와 용이하게 반응하여 struvite 생성에 유리한 이온환경을 조성하기 때문이다. 즉 인산염이 $Ca^{2+}$과 빠르게 반응하여 이미 침전물이 형성하였을지라도, 고동도 암모늄으로 인한 열역학적 구동력으로 인산-칼슘 침전물이 재용해 되어 struvite를 생성시킬 수 있다.

라돈 우선관리 대상 지역 선정에 적합한 공간분석모형의 선정 및 활용에 관한 연구 (Study on the Selection and Application of a Spatial Analysis Model Appropriate for Selecting the Radon Priority Management Target Area)

  • 남궁선주;최길용;홍형진;윤단기;김윤신;박시현;김윤관;이철민
    • 한국환경보건학회지
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    • 제45권1호
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    • pp.82-96
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    • 2019
  • Objective: The aims of this study were to provide the basic data for establishing a precautionary management policy and to develop a methodology for selecting a radon management priority target area suitable for the Korean domestic environment. Methods: A suitable mapping method for the domestic environment was derived by conducting a quantitative comparison of predicted values and measured values that were calculated through implementation of two models such as IDW and RBF methods. And a qualitative comparison including the clarity of information transmission of the written radon map was carried out. Results: The predicted and measured values were obtained through the implementation of the spatial analysis models. The IDW method showed the lowest in the calculated mean square error and had a higher correlation coefficient than the other methods. As results of comparing the uncertainty using the jackknife concept and the concept of error distance for comparison of the differences according to the model interpolation method, the sum of the error distances showed a modest increase compared with the RBF method. As a result of qualitatively comparing the information transfer clarity between the radon maps prepared with the predicted values through the model implementation, it was found that the maps plotted using the predicted values by the implementation of the IDW method had greater clarity in terms of highness and lowness of radon concentration per area compared with the maps plotted by other methods. Conclusions: The radon management priority area suggests selecting a metropolitan city including an area with a high radon concentration.

Nonlinear mixed models for characterization of growth trajectory of New Zealand rabbits raised in tropical climate

  • de Sousa, Vanusa Castro;Biagiotti, Daniel;Sarmento, Jose Lindenberg Rocha;Sena, Luciano Silva;Barroso, Priscila Alves;Barjud, Sued Felipe Lacerda;de Sousa Almeida, Marisa Karen;da Silva Santos, Natanael Pereira
    • Animal Bioscience
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    • 제35권5호
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    • pp.648-658
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    • 2022
  • Objective: The identification of nonlinear mixed models that describe the growth trajectory of New Zealand rabbits was performed based on weight records and carcass measures obtained using ultrasonography. Methods: Phenotypic records of body weight (BW) and loin eye area (LEA) were collected from 66 animals raised in a didactic-productive module of cuniculture located in the southern Piaui state, Brazil. The following nonlinear models were tested considering fixed parameters: Brody, Gompertz, Logistic, Richards, Meloun 1, modified Michaelis-Menten, Santana, and von Bertalanffy. The coefficient of determination (R2), mean squared error, percentage of convergence of each model (%C), mean absolute deviation of residuals, Akaike information criterion (AIC), and Bayesian information criterion (BIC) were used to determine the best model. The model that best described the growth trajectory for each trait was also used under the context of mixed models, considering two parameters that admit biological interpretation (A and k) with random effects. Results: The von Bertalanffy model was the best fitting model for BW according to the highest value of R2 (0.98) and lowest values of AIC (6,675.30) and BIC (6,691.90). For LEA, the Logistic model was the most appropriate due to the results of R2 (0.52), AIC (783.90), and BIC (798.40) obtained using this model. The absolute growth rates estimated using the von Bertalanffy and Logistic models for BW and LEA were 21.51g/d and 3.16 cm2, respectively. The relative growth rates at the inflection point were 0.028 for BW (von Bertalanffy) and 0.014 for LEA (Logistic). Conclusion: The von Bertalanffy and Logistic models with random effect at the asymptotic weight are recommended for analysis of ponderal and carcass growth trajectories in New Zealand rabbits. The inclusion of random effects in the asymptotic weight and maturity rate improves the quality of fit in comparison to fixed models.

농업용저수지의 실시간 수위 보정을 위한 Hampel Filter의 최적 Window Size 분석 (Analysis of the Optimal Window Size of Hampel Filter for Calibration of Real-time Water Level in Agricultural Reservoirs)

  • 주동혁;나라;김하영;최규훈;권재환;유승환
    • 한국농공학회논문집
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    • 제64권3호
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    • pp.9-24
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    • 2022
  • Currently, a vast amount of hydrologic data is accumulated in real-time through automatic water level measuring instruments in agricultural reservoirs. At the same time, false and missing data points are also increasing. The applicability and reliability of quality control of hydrological data must be secured for efficient agricultural water management through calculation of water supply and disaster management. Considering the characteristics of irregularities in hydrological data caused by irrigation water usage and rainfall pattern, the Korea Rural Community Corporation is currently applying the Hampel filter as a water level data quality management method. This method uses window size as a key parameter, and if window size is large, distortion of data may occur and if window size is small, many outliers are not removed which reduces the reliability of the corrected data. Thus, selection of the optimal window size for individual reservoir is required. To ensure reliability, we compared and analyzed the RMSE (Root Mean Square Error) and NSE (Nash-Sutcliffe model efficiency coefficient) of the corrected data and the daily water level of the RIMS (Rural Infrastructure Management System) data, and the automatic outlier detection standards used by the Ministry of Environment. To select the optimal window size, we used the classification performance evaluation index of the error matrix and the rainfall data of the irrigation period, showing the optimal values at 3 h. The efficient reservoir automatic calibration technique can reduce manpower and time required for manual calibration, and is expected to improve the reliability of water level data and the value of water resources.

시간표 데이터를 이용한 엘리베이터 알고리즘 설계 (Elevator Algorithm Design Using Time Table Data)

  • 박준혁;경민준
    • 한국정보통신학회:학술대회논문집
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    • 한국정보통신학회 2022년도 춘계학술대회
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    • pp.122-124
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    • 2022
  • 다중 엘리베이터의 트래픽(Traffic)은 엘리베이터 알고리즘의 설계의 가장 핵심적인 과제이다. 국내 대기업 엘리베이터의 DSS 알고리즘 패널과 같이 행선층을 직접 입력하는 시스템에 많은 비용을 투자하면 효율적인 엘리베이터 시스템 설계가 가능하다. 하지만 비용문제가 해결되지 않으면 NC 알고리즘과 같이 비효율적인 시스템을 사용할 수 밖에 없다. 본 연구에서는 시간 비효율 문제를 해결하기 위해 회사 건물이나 학교 건물과 같이 승객 대부분의 시간표(Timetable)이 알려져 있는 특정한 경우에 대하여 엘리베이터 알고리즘을 개선하였다. 엘리베이터 알고리즘은 배정 함수(FS)와 대기 함수(WF), 두 개의 식으로 나누어 설계하였다. 엘리베이터 시뮬레이션을 설계하였고, 실제 시간표 데이터를 바탕으로 시뮬레이션 상황에 맞는 10개의 서로 다른 시간표 데이터를 생성하였다. 유전 알고리즘(Genetic Algorithm)과 시뮬레이션을 이용하여 효율적인 배정 및 대기 함수의 가중치 및 상수를 결정하였다. 결과적으로 기존 엘리베이터의 NC 알고리즘에 비해 줄어들고 DSS 엘리베이터와 근접한 수준의 평균 대기 시간 효율을 얻었다. 추가적으로 유전 알고리즘을 통해 설계된 엘리베이터 알고리즘의 분석을 진행하였다.

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자연성기반 홍수완충공간 조성에 따른 홍수위 변화 분석 (Analysis of Flood Level Changes by Creating Nature-based Flood Buffering Section)

  • 류지원;지운;김상혁;장은경
    • 대한토목학회논문집
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    • 제43권6호
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    • pp.735-747
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    • 2023
  • 최근 기후변화로 인한 극한홍수 피해가 급증하고 있어 기존의 홍수관리시설만으로는 홍수피해에 제대로 대응하기 어려운 상황에 직면하고 있다. 이에 본 연구는 이러한 문제에 대처하기 위해 홍수 관리의 자연성 기반 접근 방법 중 하나인 제방 후퇴 및 이설의 효과를 분석하였다. 이를 위해 1차원 수치모델 HEC-RAS를 사용하여 100년 빈도 홍수에 대한 홍수위 및 유속 변화 그리고 최대 홍수위 발생 시점에 대해 분석하였다. 식생 조성 등의 자연성기반 홍수완충공간의 조성 환경 특성을 고려한 조도계수의 선택은 홍수위 변화 분석 결과에 민감하기 때문에 엄격한 기준과 과학적 근거를 기반으로 하였다. 분석결과, 자연기반해법의 홍수완충공간 조성에 따른 홍수위 저감 효과는 상류 구간에서 더 크게 나타났으며, 최대 30 cm의 홍수위가 저감되었다. 일부 홍수터 확장구간에서는 국부적으로 홍수위가 상승하는 현상이 나타나며, 유속 변화는 확장된 통수단면적의 비율에 따라 다양하게 나타났다. 이를 통해 제방 후퇴와 홍수터 확장은 홍수 관리의 효과적인 대안으로 고려될 수 있을 것으로 기대되며, 홍수위 변화, 유속 변화 및 최고 수위 발생 시점에 대한 종합적인 설계가 필요할 것으로 판단된다.

소나무천연집단(天然集團)의 변이(變異)에 관(關)한 연구(硏究)(II) -명주(溟州), 울진(蔚珍), 수원집단(水原集團)의 침엽(針葉) 및 재질형질(材質形質)- (The Variation of Natural Population of Pinus densiflora S. et Z. in Korea(II) -Characteristics of Needle and Wood of Myong-Ju, Ul-Jin, and Suweon Populations-)

  • 임경빈;권기원
    • 한국산림과학회지
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    • 제31권1호
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    • pp.8-20
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    • 1976
  • 소나무 천연임분(天然林分)의 변이(變異)를 연구하기 위해 1974년도(年度)의 3개집단선발(個集團選拔)에 이어서 소나무 3개집단(個集團)이 강원도(江原道) 명주군(溟州群) 연곡면(連谷面) 삼산리(三山里)(4), 경북(慶北) 울진군(蔚珍郡) 서면(西面) 하원리(下院里)(5), 경기도(京畿道) 수원시(水原市) 이목동(梨木洞)(6)에서 선발(選拔)되었다. 각(各) 집단별(集團別)로 20개체(個體)의 임목(林木)이 선정되어 외부형태학적(外部形態學的) 특성(特性) 그리고 침엽(針葉) 및 재질(材質)의 특성(特性)이 조사되었다. 이 결과는 다음과 같이 요약(要約)된다. 1. 침엽(針葉)의 특성중(特性中)에서 거치밀도(鋸齒密度), 수지도수(樹脂道數)는 통계학적(統計學的)으로 집단간(集團間)에 차이(差異)를 갖지 않았지만 엽(葉) 양면(兩面)의 기공열(氣孔列)은 통계학적(統計學的)으로 집단간(集團間)에 차이(差異)가 인정(認定)되었다. 그러나 개체간(個體間)에는 모든 침엽(針葉)의 특성(特性)에서 유의(有意)한 차이(差異)가 지적(指摘)될 수 있었다. 2. 어느 집단(集團)을 막론하고 기공열(氣孔列)에 있어서는 잎의 복면(腹面)과 배면간(背面間)에 높은 상관(相關)을 지니고 있었다. 3. 연주군(溟州郡) 집단(集團)이 수지도(樹脂道) 지수(指數)에서 높은 값을 보였는데 이것은 그 집단(集團)이 잡종성(雜種性)을 지녔다는 것을 뜻한다. 4. 재질(材質)의 특성(特性)에서 연륜폭(年輪幅)과 추재율(秋材率)은 집단간(集團間)에 통계학상(統計學上) 차이(差異)를 보였지만 비중(比重)과 가도관장(假導管長)은 집단간차이(集團間差異)가 없었다. 그러나 한 집단내(集團內)에 있어서는 모든 값이 연륜구분간(年輪區分間)에 통계학적(統計學的) 차이(差異)가 인정(認定)되었다. 5. 연륜폭(年輪幅)은 수령증가(樹令增加)에 따라 급(急)히 감소(減少)했지만 추재율(秋材率), 비중(比重), 가도관장(假導管長)은 장령기(壯令期)까지는 서서(徐徐)히 증가(增加)하고 그 후(後)에 점차로 감소(減少)하였다. 그렇지만 감소(減少)하는 증가(增加)하는 양상(樣相)은 집단(集團)에 따라 다소(多少) 차이(差異)가 있었다. 6. 모든 침엽특성(針葉特性)에 의(義)한 변이계수(變異係數)에서 울진집단(蔚珍集團)의 값이 대체로 높았다. 그리고 모든 재질(材質)의 특성(特性)에 의(義)한 변이계수(變異係數)에서 수원집단(水原集團)의 값이 언제나 가장 높았고 명주군집단(溟洲郡集團)의 값은 가장 낮았다.

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시설재배 참외 수확 로봇용 엔드이펙터의 설계 요인 분석 (Design Factor Analysis of End-Effector for Oriental Melon Harvesting Robot in Greenhouse Cultivation)

  • 하유신;김태욱
    • 생물환경조절학회지
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    • 제22권3호
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    • pp.284-290
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    • 2013
  • 본 연구는 시설재배에서 참외를 수확할 수 있는 로봇의 엔드이펙터를 개발하기 위한 전단계로서, 참외의 엔드이펙트 중에서 소프트 핸드링이 가능한 그립퍼와 참외줄기를 절단하는 커터를 설계하기 위해 참외의 기하학, 압축, 절단, 마찰 특성 등을 분석하였다. 그 결과 참외의 길이는 평균 108mm, 직경은 중간지점에서 평균 70mm, 중량은 평균 188g, 부피는 평균 333mL, 진원도는 평균 3.8mm로 나타났다. 참외의 중량(W)에 대하여 길이(L)와 직경(D2)을 변수로 하는 식 $W=L^a{\times}D_2^b$로부터 비선형 회귀분석을 실시한 결과 a는 2.0279, b는 -0.9998의 상수값을 가지는 상관관계가 있는 것으로 나타났다. 참외줄기의 지름은 평균 3.8mm이며, 참외 줄기는 중심으로부터 반경 5mm 범위 내에서 대부분 분포하였다. 참외의 항복치와 압축강도, 경도의 평균값은 각각 $36.5N/cm^2$, $185.7N/cm^2$, $636.7N/cm^2$이며, 참외 줄기의 절단력과 절단강도는 각각 $2.87{\times}10^{-2}N$$5.60N/cm^2$로 나타났다. 참외의 마찰계수는 고무가 0.609으로 가장 높게 나타났고, 그 다음으로 알루미늄이 0.393, 스테인레스강이 0.177, 테프론이 0.079로 나타났다. 분석된 자료를 토대로 엔드이펙터 설계시 동작에 따른 위치 오차와 안전율을 감안하여, 그립퍼의 및 커터의 크기, 선회반경, 설치위치, 구동모터의 동력, 재료 및 재질의 선정 등에 적용할 수 있을 것으로 판단되었다.

간 이식편의 체적 예측을 위한 2점 이용 간 분리 (Liver Splitting Using 2 Points for Liver Graft Volumetry)

  • 서정주;박종원
    • 정보처리학회논문지B
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    • 제19B권2호
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    • pp.123-126
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    • 2012
  • 본 논문은 생체간이식 전에 복부 MDCT(Multi-Detector Computed Tomography) 영상에서 간 이식편의 체적을 간단하고 정확하게 계산하기 위하여 좌간과 우간을 나누는 방법을 제안하였다. 본 알고리즘은 기증자와 수혜자의 안전을 보장하기 위하여 시스템과 의료진의 상호작업을 최소화 하여 의료진이 수술 전 이식편의 판단을 정확하게 처리할 수 있도록 하였다. 간이 추출된 영상에 좌간과 우간을 나눌 수 있는 2점(중간 정맥(MHV: Middle Hepatic Vein) 내부의 한 점과 좌우문맥(PV: Portal Vein) 분지부에서 한 점)을 선택한다. 선택된 중간정맥 내부의 점을 이용하여 중간정맥을 자동 인식한 후 중간정맥을 기준으로 절개선을 결정하여 문맥 분지부의 한 점을 연결하는 절개면을 형성한다. 좌간과 우간의 체적과 간 전체에 대한 좌우간의 비율을 계산한다. 계산된 체적의 정확성을 입증하기 위해 진단 방사선과 의사가 수동으로 처리하여 계산한 체적과 함께 수술 중 획득한 실측무게와 비교하였다. 실측무게와 수동으로 예측된 체적 사이의 오차에 대한 평균${\pm}$표준편차는 $162.38cm^3{\pm}124.39$이고, 실측무게와 2점을 이용하여 예측된 체적과의 오차에 대한 평균${\pm}$표준편차는 $107.69cm^3{\pm}97.24$이다. 실측무게와 수동으로 예측된 체적의 상관관계는 0.79이고, 실측무게와 2점을 이용하여 예측된 체적의 상관관계는 0.87이다. 그리고 2점을 선택한 후 좌우간을 분할하여 체적을 계산하는 시간을 측정하여 수술실에서 실시간으로 처리 가능한지의 여부를 확인하였다. 한 데이터세트($149.17pages{\pm}55.92$) 당 처리 시간의 평균${\pm}$표준편차는 $57.28sec{\pm}32.81$이다.