• 제목/요약/키워드: Cluster Tree

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Simple Assessment of Taxonomic Status and Genetic Diversity of Korean Long-Tailed Goral (Naemorhedus caudatus) Based on Partial Mitochondrial Cytochrome b Gene Using Non-Invasive Fecal Samples

  • Kim, Baek-Jun
    • Proceedings of the National Institute of Ecology of the Republic of Korea
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    • 제2권1호
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    • pp.32-41
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    • 2021
  • South Korea presently harbors less than 800 long-tailed gorals (Naemorhedus caudatus), an endangered species. I report for the first time on the taxonomic status and genetic diversity of the Korean species using non-invasive fecal sampling based on mitochondrial cytochrome b gene sequence analyses. To determine the taxonomic status of this species, I reconstructed a consensus neighbor-joining tree and generated a minimum spanning network combining haplotype sequences obtained from feces with a new goral-specific primer set developed using known sequences of the Korean goral and related species (e.g., Russian goral, Chinese goral, Himalayan goral, Japanese serow, etc.). I also examined the genetic diversity of this species. The Korean goral showed only three different haplotypes. The phylogenetic tree and parsimony haplotype network revealed a single cluster of Korean and Russian gorals, separate from related species. Generally, the Korean goral has a relatively low genetic diversity compared with that of other ungulate species (e.g., moose and red deer). I preliminarily showcased the application of non-invasive fecal sampling to the study of genetic characteristics, including the taxonomic status and genetic diversity of gorals, based on mitochondrial DNA. More phylogenetic studies are necessary to ensure the conservation of goral populations throughout South Korea.

오대산 국립공원지역 계곡부의 해발고와 사면부위에 따른 산림구조 (Forest Structure in Relation to Altitude and Part of Slope in a Valley Forest at Odaesan National Park)

  • 박인협;류석봉;김례화
    • 한국환경생태학회지
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    • 제9권2호
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    • pp.126-132
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    • 1996
  • 오대산 국립공원지역 구곡동-호령봉 계곡부(해발 800~1,500m)의 해발고와 사면부위에 따른 산림구조를 조사하기 위하여 해발고와 사면부위에 따라 48개 조사구를 설치조사하였다. 해발고가 높아짐에 따라 중요치가 증가하는 경향을 보이는 수종은 신갈나무, 철쭉꽃 등이었으며 감소하는 수종은 젓나무, 느릅나무, 생각나무 등이었다. 사면하부에서 상부로 갈수록 중요치가 증가하는 수종은 신갈나무, 철쭉꽃 등이었으며 감소하는 수종은 고로쇠나무, 난티나무 등이었다. 해발고가 높아질수록 종다양도는 감소하는 경향을 보였다. 계곡정부를 제외한 해발고대간 유사도지수는 56.3~73.4%, 사면부위별 유사도지수는 61.9~71.8%로써 사면부위보다 해발고에 따른 종구성 상태의 차이가 심한 것으로 나타났다. 수종별 중요치에 의하여 cluster 분석한 결과 계곡 중,하부의 사면 중,하부에 위치하는 젓나무-활엽수군집, 계곡 중,하부의 사면상부와 계곡상부의 사면 중,하부에 위치하는 신갈나무-침엽수군집, 계곡상부의 사면상부와 계곡정부의 신갈나무군집으로 구분되었다.

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덕유산지역 계곡부의 해발고와 사면부위에 따른 삼림구조 (Forest Structure in Relation to Altitude and Part of Slope in a Valley Forest at T$\v{o}$kyusan Area)

  • 박인협;문광선;최영철
    • 한국환경생태학회지
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    • 제7권2호
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    • pp.181-186
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    • 1994
  • 덕유산지역 신대휴게소-지봉 계곡부(해발 750~1,247m)의 해발고와 사면부위에 따른 삼림구조를 조사하기 위하여 해발고와 사면부위에 따라 48개 조사구를 설치ㆍ조사하였다. 해발고가 높아질수록 교목층 밀도는 감소하는 반면 평균흉고직경은 증가하는 경향을 보였다. 해발고가 높아짐에 따라 중요치가 증가하는 경향을 보이는 수종은 신갈나무, 고로쇠나무, 들메나무 등이었으며 감소하는 수종은 졸참나무, 박달나무 등이었고, 사면하부에서 상부로 갈수록 중요치가 증가하는 수종은 신갈나무, 노린재나무 등이었으며 감소하는 수종은 층층나무, 들메나무 등이었다. 해발고가 높아질수록 종수, 종다양도, 균재도는 모두 감소하는 경향을 보였다. 정부를 제외한 해발고대간 유사도지수는 55.3~67.1%, 사면부위별 유사도지수는 36.8~71.7%로써 해발고보다 사면부위에 따른 종구성 상태의 차이가 심한 것으로 나타났다. 수종별 중요치에 의하여 cluster 분석한 결과 계곡하부 사면하부의 졸참나무군집, 계곡하부 사면중ㆍ상부의 신갈나무-졸참나무군집. 계곡중ㆍ상부의 신갈나무-활엽수군집, 계곡정부의 신갈나무-철쭉꽃군집으로 구분되었다.

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An Energy Effective Protocol for Clustering Ad Hoc Network

  • Lee, Kang-Whan;Chen, Yun
    • Journal of information and communication convergence engineering
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    • 제6권2호
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    • pp.117-121
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    • 2008
  • In ad hoc network, the scarce energy management of the mobile devices has become a critical issue in order to extend the network lifetime. Therefore, the energy consumption is important in the routing design, otherwise cluster schemes are efficient in energy conserving. For the above reasons, an Energy conserving Context aware Clustering algorithm (ECC) is proposed to establish the network clustering structure, and a routing algorithm is introduced to choose the Optimal Energy Routing Protocol (OERP) path in this paper. Because in ad hoc network, the topology, nodes residual energy and energy consuming rate are dynamic changing. The network system should react continuously and rapidly to the changing conditions, and make corresponding action according different conditions. So we use the context aware computing to actualize the cluster head node, the routing path choosing. In this paper, we consider a novel routing protocol using the cluster schemes to find the optimal energy routing path based on a special topology structure of Resilient Ontology Multicasting Routing Protocol (RODMRP). The RODMRP is one of the hierarchical ad hoc network structure which combines the advantage of the tree based and the mesh based network. This scheme divides the nodes in different level found on the node energy condition, and the clustering is established based on the levels. This protocol considered the residual energy of the nodes and the total consuming energy ratio on the routing path to get the energy efficiently routing. The proposed networks scheme could get better improve the awareness for data to achieve and performance on their clustering establishment and messages transmission. Also, by using the context aware computing, according to the condition and the rules defined, the sensor nodes could adjust their behaviors correspondingly to improve the network routing.

효율적인 문서검색을 위한 레벨별 불용어 제거에 기반한 문서 클러스터링 (Document Clustering based on Level-wise Stop-word Removing for an Efficient Document Searching)

  • 주길홍;이원석
    • 컴퓨터교육학회논문지
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    • 제11권3호
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    • pp.67-80
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    • 2008
  • 오늘날 여러 문서 범주화 방법들은 문서 클러스터링 알고리즘을 통하여 의미적으로 비슷한 내용의 문서들을 클러스터로 표현한 후 클러스터링 과정에서의 결합관계를 통해 범주화하는 자동화된 방법과 미리 정의된 분류 기준에 의해 수작업으로 문서를 분류하는 방법으로 구분되어 진다. 자동화된 방법은 속도는 빠르나 의미적으로 낮은 정확성을 가지며, 수작업에 의한 분류 방법은 처리 시간과 비용이 크게 증가하는 단점이 있다. 이러한 단점들을 극복하기 위하여 본 논문에서는 각 문서가 속하는 도메인의 불용어 제거를 기반으로 하여 문서 클러스터링을 수행하여 의미적으로 명확한 클러스터를 빠르게 생성한다. 클러스터의 정확성을 높이기 위하여 생성된 클러스터에 대해 레벨 순서에 따른 불용어 제거와 문서 클러스터링 과정을 반복적으로 적용하여 카테고리 트리를 생성하고, 이를 통해 문서집합간의 상하위 관계를 표현하는 자동화된 문서 범주화 방법을 제안한다.

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바람권역 구분을 통한 부산지역 국지바람 분석 - Part I : 기상관측 자료를 이용한 바람권역 대분류 - (Analysis of Local Wind in Busan Metropolitan area According to Wind Sector Division - Part I : Coarse Division of Wind Sector using Meteorological Observation Data -)

  • 이화운;정우식;임헌호;이귀옥;최현정;지효은;이현주;성경희;도우곤
    • 한국환경과학회지
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    • 제15권9호
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    • pp.835-846
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    • 2006
  • In this study, climate analysis and wind sector division were conducted for a propriety assessment to determine the location of air quality monitoring sites in the Busan metropolitan area. The results based on the meteorological data$(2000{\sim}2004)$ indicated hat air temperature is strongly correlated between 9 atmospheric monitoring sites, while wind speed and direction are not. This is because wind is strongly affected by the surrounding terrain and the obstacles such as building and tree. in the next stage, we performed cluster analysis to divide wind sector over the Busan metropolitan area. The cluster analysis showed that the Busan metropolitan area is divided into 6 wind sectors. However 1 downtown and 2 suburbs an area covering significantly broad region in Busan are not divided into independent sectors, because of the absence of atmospheric monitoring site. As such, the Busan metropolitan area is finally divided into 9 sectors.

정보공시 자료를 이용한 교육/연구성과 영향요인 추출 및 대학의 군집 분석 (Data Mining Analysis of Educational and Research Achievements of Korean Universities Using Public Open Data Services)

  • 신선미;김현철
    • 컴퓨터교육학회논문지
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    • 제17권1호
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    • pp.117-130
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    • 2014
  • 본 연구의 목적은 통계 분석과 데이터마이닝 기법을 이용하여 대학정보공시 자료 속의 새로운 패턴이나 의미 있는 결과를 도출함으로써 대학의 교육역량 및 경쟁력을 나타내는 지표 개선에 유용한 지식을 제공하는 것이다. 이를 위해 교육/연구성과를 나타내는 취업률, 기술이전건수, 전임교원 1인당 논문수 지표의 영향요인 탐색 및 의사결정나무 모형 도출과 대학평가 관련지표를 이용한 대학의 군집분석을 실시하였다. 연구 결과, 대학 교육/연구성과 지표의 공통 영향요인은 신입생충원율, 재학생충원율, 전임교원 1인당 학생수로 나타났다. 군집분석에서는 전체 대학, 대학규모별, 소재지별로 각각 실시하였을 때 유명대학, 예체능 비이공계 종교지도자양성 대학, 그 외 대학으로 군집이 형성되는 양상을 보였고, 그 주요 영향요인으로는 대학 교육/연구성과 지표인 취업률, 기술이전건수 등으로 나타났다.

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Identification of the Hybrid Cluster Protein, HCP, from Amitochondriate Eukaryotes and Its Phylogenetic Implications

  • Han, Kyu-Lee;Yong, Tai-Soon;Ryu, Jae-Sook;Hwang, Ui-Wook;Park, Soon-Jung
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제14권1호
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    • pp.134-139
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    • 2004
  • Hybrid cluster protein (HCP) was investigated because of its unique iron-sulfur clusters, which have been found in bacteria and archaea. Here, HCP homologous proteins from the third domain, 'eukarya'(3 amitochondriate protozoans, Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, and Trichomonas vaginalis), were identified. All three amitochondriate protozoan HCPs (GlHCP, EhHCP, and TvHCP) belonged to Class I on the basis of two key characters, the cysteine spacing, Cys-(Xaa)₂Cys(Xaa)/sub 7-8/-Cys(Xaa)/sub 5/-Cys, and the absence of N-terminal deletion characteristic to the Class III. In phylogenetic analysis performed with amino acid sequences of 3 eukaryal, 5 bacterial, and 4 archaeal HCPs, the maximum likelihood (ML) tree indicated that TvHCP was clustered with Class I HCPs, whereas the other two HCPs (GlHCP and EhHCP) formed an independent clade with a high bootstrapping value (96%) not belonging to any previously recognized HCP class. In spite of the relatively lower bootstrapping value (61%), the position of the new eukaryal GlHCP-EhHCP clade was close to Class I, including the TvHCP, and Classes II and III were closely related with each other. The finding of eukaryal HCPs would help to understand the evolutionary history of HCP.

Genetic Distances of Three Mollusk Species Investigated by PCR Analysis

  • Oh, Hyun;Yoon, Jong-Man
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제18권1호
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    • pp.43-49
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    • 2014
  • Three species of Nortamea concinua (NC) and Haliotis discus hannai (HDH) from Tongyeong and Sulculus diversicolor supertexta (SDS) are widely distributed on the coast of the Yellow Sea, southern sea and Jeju Island in the Korean Peninsula under the innate ecosystem. There is a need to understand the genetic traits and composition of three mollusk species in order to evaluate exactly the patent genetic effect. PCR analysis was performed on DNA samples extracted from a total of 21 individuals using seven decamer oligonucleotides primers. Seven primers were shown to generate the unique shared loci to each species and shared loci by the three species which could be clearly scored. A hierarchical clustering tree was constructed using similarity matrices to generate a dendrogram, which was facilitated by the Systat version 10. 236 specific loci, with an average of 56.3 per primer, were identified in the NC species. 142 specific loci, with an average of 44.7 per primer, were identified in the HDH species. Especially, 126 numbers of shared loci by the three species, with an average of 18 per primer, were observed among the three species. Especially, the decamer primer BION-75 generated 7 unique loci to each species, which were identifying each species, in 700 bp NC species. Interestingly, the primer BION-50detected 42 shared loci by the three species, major and/or minor fragments of sizes 100 bp and 150 bp, respectively, which were identical in all samples. As regards average bandsharing value (BS) results, individuals from HDH species (0.772) exhibited higher bandsharing values than did individuals from NC species (0.655). In this study, the dendrogram obtained by the seven decamer primers indicates three genetic clusters: cluster 1 (CONCINNA 01~CONCINNA 07), cluster 2 (HANNAI 08~HANNAI 14), cluster 3 (SUPERTEXTA 15~SUPERTEXTA 21). Comparatively, individuals of HDH species were fairly closely related to that of SDS species, as shown in the hierarchical dendrogram of genetic distances.

무선 센서 네트워크에서 클러스터 기반의 Top-k 질의 처리 (A Cluster-Based Top-k Query Processing Algorithm in Wireless Sensor Networks)

  • 여명호;성동욱;유재수
    • 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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    • 제36권4호
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    • pp.306-313
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    • 2009
  • 센서 네트워크 응용 분야에서 Top-k 질의는 가장 높은 혹은 가장 낮은 k개의 센서에 대한 유용한 정보를 제공한다. Top-k 질의 처리 시 에너지 소모를 줄이기 위한 많은 연구들이 진행되었다. FILA의 경우, 필터를 이용하여 불필요한 결과의 갱신을 제거하였으며, PRIM의 경우, 센싱된 데이타의 우선 순위를 부여하여 센서 데이타의 전송을 최소화하는 방법을 제안한다. 하지만, 같은 데이타 범위(프레임)에 속한 모든 데이타를 수집하기 때문에 데이타의 집중이 발생하면 많은 False Positive 데이타를 전송하는 문제가 발생한다. 본 논문에서는 Top-k 결과의 False Positive 데이타를 효과적으로 제거하기 위한 클러스터 기반의 새로운 Top-k 질의 처리 기법을 제안한다. 질의 처리 과정은 클러스터 레벨과 트리 레벨로 나누어지며, 각 레벨의 네트워크 토폴로지의 특성을 활용하여 False Positive 데이타를 효과적으로 필터링 한다. 성능 평가 결과, 기존 Top-k 질의 처리 기법에 비해 False Positive 데이타의 수가 70% 감소하고, 네트워크 수명이 약 105% 연장된다.