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Development of an efficient genotyping-by-sequencing (GBS) library construction method for genomic analysis of grapevine

  • Jang, Hyun A;Oh, Sang-Keun
    • 농업과학연구
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    • 제44권4호
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    • pp.495-503
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    • 2017
  • Genotyping-by-sequencing (GBS) is an outstanding technology for genotyping and single nucleotide polymorphism (SNP) discovery compared to next generation sequencing (NGS) because it can save time when analyzing large-scale samples and carries a low cost per sample. Recently, studies using GBS have been conducted on major crops and, to a greater extent, on fruit crops. However, many researchers have some problems due to low GBS efficiency resulting from low quality GBS libraries. To overcome this limitation, we developed an efficient GBS library construction method that regulates important conditions such as restriction enzymes (RE) digestion and a PCR procedure for grapevine. For RE digestion, DNA samples are digested with ApeKI (3.6U) at $75^{\circ}C$ for 5 hours and adapters are ligated to the ends of gDNA products. To produce suitable PCR fragments for sequencing, we modified the PCR amplification conditions; temperature cycling consisted of $72^{\circ}C$ (5 min), $98^{\circ}C$ (30 s), followed by 16 cycles of $98^{\circ}C$ (30 s), $65^{\circ}C$ (30 s), $72^{\circ}C$ (20 s) with a final extension step. As a result, we had obtained optimal library construct sizes (200 to 400 bp) for GBS analysis. Furthermore, it not only increased the mapping efficiency by approximately 10.17% compared to the previous method, but also produced mapped reads which were distributed equally on the19 chromosomes in the grape genome. Therefore, we suggest that this system can be used for various fruit crops and is expected to increase the efficiency of various genomic analysis performed.

국립대학 교수와 사서의 대학도서관 전문사서 교수지위부여에 대한 인식분석 (A Recognition Analysis on Faculty Status for Academic Librarians of the National University professors and librarians)

  • 육상옥;강진백
    • 정보관리연구
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    • 제39권1호
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    • pp.131-149
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    • 2008
  • 이 연구의 목적은 대학도서관에 유능한 인적자원을 확보하기 위한 방안의 하나로 대학도서관 전문사서의 교수지위를 제안하는 데 있으며, 이를 위해 국 내외의 연구들을 문헌조사를 통해 살펴보고, 교수지위 부여에 대한 이론적인 근거를 살펴보았다. 또한 교수임용요건을 갖춘 대학도서관의 전문사서에게 교수지위를 부여하는 문제에 관해 교수집단과 사서집단에게 설문조사를 실시하여 두 집단의 견해를 비교 분석하였다. 모든 분석결과에서 동의수준에는 차이가 있지만, 두 집단이 모두 긍정적인 것으로 나타났다. 대학도서관 전문사서의 교수지위 부여는 대학도서관의 사서들에게 자격요건을 갖추게 하는 동기부여의 수단으로 작용됨에 따라 사서들의 자질이 향상되고, 전문사서의 자질향상은 서비스의 질적 향상으로 이어져 대학교육과 연구에 도움을 주는 결과를 가져옴으로써 결과적으로 대학도서관 발전에 기여할 것이다.

Genomic Organization of Penicillium chrysogenum chs4, a Class III Chitin Synthase Gene

  • Park, Yoon-Dong;Lee, Myung-Sook;Kim, Ji-Hoon;Jun Namgung;Park, Bum-Chan;Bae, Kyung-Sook;Park, Hee-Moon
    • Journal of Microbiology
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    • 제38권4호
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    • pp.230-238
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    • 2000
  • Class III chitin synthases in filamentous fungi are important for hyphal growth and differentiation of several filamentous fungi. A genomic clone containing the full gene encoding Chs4, a class III chitin synthase in Penicillium chrysogenum, was cloned by PCR screening and colony hybridization from the genomic library. Nucleotide sequence analysis and transcript mapping of chs4 revealed an open reading frame (ORF) that consisted of 5 exons and 4 introns and encoded a putative protein of 915 amino acids. Nucleotide sequence analysis of the 5'flanking region of the ORF revealed a potential TATA box and several binding sites for transcription activators. The putative transcription initiation site at -716 position was identified by primer extension and the expression of the chs4 during the vegetative growth was confirmed by Northern blot analysis. Amino acid sequence analysis of the Chs4 revealed at least 5 transmembrane helices and several sites for past-transnational modifications. Comparison of the amino acid sequence of Chs4 with those of other fungi showed a close relationship between P chrysogenum and genus Aspergillus.

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동국대학교 옥상녹화 지역의 식생 및 토양특성 변화 (Change of Vegetation and Soil Characteristics of Green Roofs in Dongguk University)

  • 이상진;박관수;김동일;이동근;길승호;장성완;박범환;윤준영;장관우;이호영;권오정
    • 한국환경복원기술학회지
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    • 제16권1호
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    • pp.193-206
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    • 2013
  • This study was to provide the base data on the status of vegetations and soils in green roofs by analyzing the soil and vegetation characteristics of 4 green roofs in Dongguk University in September 2012. Sanglokwon(SW), Dongguk Hall(DH), University Library(UL), and Information and Culture Hall P(IC) were established in 2005, 2008, 2009, and 2010, respectively. The areas of green roofs were $700m^2$, $2,300m^2$, $1,240m^2$, and $640m^2$ in SW, DH, UL, and IC respectively. The investigated floras of vascular plants were 26 families, 55 genera, 65 species in Sanglokwon(SW), 53 families, 99 genera, 112 species in Dongguk Hall(DH), 43 families, 77 genera, 84 species in University Library(UL), and 41 families, 71 genera, 75 species in Information and Culture Hall P(IC), respectively. A positive correlation is shown between the number of plant species and planting area. Total nitrogen, organic matter, and potassium in soil have positive correlation with the number of plant species. The number of plant species was proportional to area and increased more than twice after planting. About a quarter of the invaded plants (including native and naturalized species) were naturalized plants. The total soil depths including vegetation soil and drainage soil at SW, DH, UL, and IC were 20cm, 10cm, 10cm, and 8cm, respectively. The depths of vegetation soil at SW, DH, UL, and IC were <7cm, <3cm, <2cm, and <2cm respectively. The soil pH in vegetation soil ranged from 5.22 to 5.36, and from 6.13 to 6.39 in drainage soil. Available-P concentration ranged from 10.17 to 189.77mg/kg in vegetation soil and from 6.70 to 81.17mg/kg in drainage soil. Carbon concentration in vegetation soil ranged from 2.93 to 9.70%, and 2.93 to 9.70% in drainage soil. Carbon contents in 20cm, 10cm, 10cm, and 8cm soil depths were $2.62kg/m^2$, $1.89kg/m^2$, $0.50kg/m^2$, and $0.53kg/m^2$ at SW, DH, UL, and IC, respectively.

NDSL 웹사이트 분석 및 서비스 품질평가 (Analysis and Service Quality Evaluation on NDSL Website)

  • 이주현;이응봉;김환민
    • 정보관리연구
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    • 제37권4호
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    • pp.69-91
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    • 2006
  • 본 연구는 NDSL 웹사이트 전반에 대한 이용자 입장에서의 전문가 서비스 품질평가와 측정도구를 이용한 웹사이트 품질평가를 통해 문제점을 분석하고 개선방안을 제시함으로써 웹서비스의 효율성과 품질향상을 도모하고자 한다. 웹사이트 분석의 경우 NDSL 웹사이트의 완성도 분석과 사용자가 직관적으로 판단할 수 있는 이용상의 문제점을 파악하였고, 웹기반 서비스 품질평가는 데이터베이스 품질평가 항목 중 서비스 품질을 중심으로 검색성 및 사용성 평가를 진행하였다. 분석결과 전반적으로 이용에 큰 문제가 없는 것으로 나타났으나 검색 후 로딩 속도, 웹사이트 완성도, 사용자 체감, 개인정보보호, 메타데이터의 완성도, 웹사이트 접근성 등에서 여러 가지 문제점들이 발견되었다. 또한 웹사이트 서비스 품질평가 결과, 검색성 및 사용성 부분에서 검색방법과 검색결과 출력기능, 마크 리스트, Full-text 관련 항목에서 모두 만족하는 결과를 보이고 있지는 않지만 타 정보제공 기관과 비교하여 비슷한 수준의 품질을 보이고 있다.

정보검색 테스트 컬렉션 구축 및 유효성 평가 (Construction of an Information Retrieval Test Collection and its Validation)

  • 맹성현;장동현;송사광;김지영;이석훈;이준호;이응봉;서정현
    • 한국정보과학회 언어공학연구회:학술대회논문집(한글 및 한국어 정보처리)
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    • 한국정보과학회언어공학연구회 1999년도 제11회 한글 및 한국어 정보처리 학술대회
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    • pp.20-27
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    • 1999
  • 본 논문은 정보검색 시스템 평가에 필요한 한국어 문서집합 구축과 적합 문서리스트(relevance file) 생성에 관한 기법을 문서 수집과정부터 평가작업까지 상세히 기술한다. 문서집합은 일반, 사회과학, 과학기술 분야에서 각각 4만 건으로 영역별로 균등히 구축하였으며, 질의 집합도 각 분야에 대해 10개씩 할당하여 총 30개의 질의 집합을 생성하였다. 또한 질의집합은 사용자의 수준을 고려하여 일반인, 영역 전문가, 중고등학생에 해당하는 질의를 생성함으로써 특정 영역, 특정 사용자에 독립적인 문서집합 및 질의집합을 구축하고자 하였다. 생성된 질의를 사용하여 여러 검색기에서 총 38가지의 방법으로 검색을 실시하였으며, 검색결과를 바탕으로 각 질의당 500개의 문서로 이루어진 후보 결과집합을 만든 후 이들을 대상으로 각 질의에 대한 문서의 적합성 평가를 실시하였다. 이 과정을 통해 생성된 적합문서 집합의 유효성을 보이기 위해 후보 문서 리스트 이외의 문서집합에서 적합문서가 존재할 가능성을 확인하였는데 그 방법으로 후보 리스트의 개수 증가에 따른 적합문서 개수의 변동 추세를 알아보았다. 현재 질의 개수를 50개로 확장하는 방향으로 테스트 컬렉션 구축에 대한 연구를 진행 중에 있으며, 일본 NACSIS와의 질의 교환을 통해 질의 개수를 확장할 뿐만 아니라 일본어 질의 또는 한국어 질의에 대해서 한국어 문서, 일본어 문서를 각각 검색할 수 있는 한일 교차언어 문서검색 환경을 구축하고 있다.

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RGISS: Rice (Oryza sativa L. ssp. japonica) Genome Information Service System

  • Lee, Dae-Sang;Seo, Hwa-Jung;Hahn, Jang-Ho;Kong, Eun-Bae;Park, Kie-Jung
    • Genomics & Informatics
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    • 제5권4호
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    • pp.194-195
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    • 2007
  • We have constructed the Rice Genome Information Service System (RGISS), which is an information service system of the Oryza sativa L. ssp. japonica (rice) genome, using the released version of rice Build 3.0 pseudomolecules based on the Ensembl architecture. The nonredundant library, composed of 3,360 clones of BACs, PACs, and fosmids, was used to construct supercontigs. RGISS contains 50,717 annotated genes from GenBank, 56,161 predicted genes from FgeneSH, and information on 9,587 markers, which includes STS, SSR, and EST-based RFLP. The 20,180 ESTs sequenced by the Korea National Institute of Agricultural Biotechnology (NIAB) were aligned and mapped into 168,792 exons. By gene ontology analysis, the classified protein numbers in the rice genome were 6158, 4531, and 12,364 proteins, which were mapped to molecular function, cellular component, and biological process, respectively.

국내 학술지 논문의 저작권 귀속 현황 연구 (A Study on Copyright of Scholarly Journal Paper in Korea)

  • 최윤형;김성원
    • 한국정보관리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보관리학회 2012년도 제19회 학술대회 논문집
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    • pp.29-32
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    • 2012
  • 정보통신기술의 발달로 학술정보가 디지털화되고 온라인으로 유통이 이뤄지면서 영리 출판사를 통한 신속하고 광범위한 배포가 활발해졌다. 그러나 이 과정에서 불명확한 저작권 귀속 규정으로 인한 저작권 침해 문제가 부각되었다. 이 연구에서는 국내 학술지의 저작권 귀속 규정과 저작권 양도 동의서의 현황에 대해 살펴보고, 학술정보 유통 채널의 유형 간 원문 제공 빈도를 비교하고 분석하였다. 본 고는 분석 결과를 통해 현행 저작권 귀속 규정의 문제점을 도출하고, 향후 진행될 저작권 동의서 표준안 개발의 연구 방향을 설정하는 것으로 제한한다.

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