• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권5호
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• pp.683-688
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• 2006

We have developed a program for generating shotgun data sets from known genome sequences. Generation of synthetic data sets by computer program is a useful alternative to real data to which students and researchers have limited access. Uniformly-distributed-sampling clones that were adopted by previous programs cannot account for the real situation where sampled reads tend to come from particular regions of the target genome. To reflect such situation, a probabilistic model for biased sampling distribution was developed by using an experimental data set derived from a microbial genome project. Among the experimental parameters tested (varied fragment or read lengths, chimerism, and sequencing error), the extent of sequencing error was the most critical factor that hampered sequence assembly. We propose that an optimum sequencing strategy employing different insert lengths and redundancy can be established by performing a variety of simulations.

• Archives of Reconstructive Microsurgery
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• 제18권1호
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• pp.9-15
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• 2009

Whether a seven days course of anti-${\alpha}{\beta}$-T cell receptor-antibody (${\alpha}{\beta}$-TCRmAb) combined with FK506 therapy promotes survival of limb allografts in fully MHC-mismatched combination (Brown Norway $\rightarrow$ Lewis) was examined. Eight animals received 250 ${\mu}g$/kg/day of ${\alpha}{\beta}$-TCRmAb for 7 days and 2 mg/kg/day of FK506 postoperatively (Combination therapy group). Eight animals had FK506 only (Mono-therapy group) and five animals did not have treatment (Control group). Clinical signs of early rejection with edema or erythema in the skin occurred at an average of 8.6${\pm}$1.5 days postoperatively in Control group and 59.0${\pm}$8.3 days in Mono-therapy group, both of which proceeded to irreversible rejection with necrosis of the epidermis and finally mummification. In Combination therapy group, all animals showed evidence of early rejection at an average of 56.8${\pm}$12.6 days postoperatively, however, in 4 of 8 limbs, early rejection resolved without any treatment and limbs survived >1 year. At 9 months postoperatively, donor skin grafts were accepted and third-party skin grafts were rejected by all four survivors, demonstrating donor-specific tolerance. Little or no detectable chimerism was observed in any of the 4 surviving animals at one-year postoperatively. Combination therapy of ${\alpha}{\beta}$-TCRmAb and FK506 resulted in long-term survival in fully MHC-mismatched limb transplants.

• Journal of Interdisciplinary Genomics
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• 제6권1호
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• pp.6-13
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• 2024

Background: ABO typing is crucial for ensuring safe blood transfusion and is commonly performed by examining antigen-antibody interactions. Determining ABO blood group can be difficult when dealing with ABO discrepancy and ABO subgroups. ABO genotyping may be necessary to resolve ABO discrepancy. ABO genotyping primarily involves direct sequencing, with the possibility of using other molecular methods. Methods: PCR and direct sequencing of exons 6 and 7 were performed for total 108 samples from June 2010 to December 2019. Also, other molecular methods including cloning sequencing and short tandem repeat analysis were carried out just in case. Sequencing data were compared with allele information of blood group antigen mutation databases. Results: The predominant causal allele among 108 ABO discrepant cases was cis-AB01, with 28 cases. This was followed by rare ABO alleles (B309, B306, A204, Bw29, and Ax01) with 14 cases, and blood chimera with 5 cases. Five new alleles were identified during the investigation. Conclusion: This study reaffirms that cis-AB is the most common cause of inherited ABO discrepancies, and cis-AB01 is the most prevalent cis-AB allele in the Korean population, also in the southeastern region. In addition, we discovered five new alleles and five blood chimeras by adopting sequencing analysis and additional molecular techniques to resolve ABO discrepancies, which provide regional data on rare alleles. This study presents rare and new ABO alleles and blood chimeras identified over a ten-year period at two major university hospitals in Southeastern Korea.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제48권2호
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• pp.178-185
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• 2005

목 적 : JMML은 소아에서 발생하는 매우 드문 종류의 백혈병으로서 통상적인 항암화학요법만으로는 완치가 어려워 동종 조혈 모세포 이식을 시행하여야 한다. 아직 국내에서는 본 질환의 조혈 모세포 이식 성적에 대한 보고가 없어 저자들은 단일기관에서 경험한 JMML 환자의 동종 조혈 모세포 이식 성적을 보고하고자 하였다. 방 법 : 8개월에서 39개월 된 11명의 JMML 환자를 대상으로 동종 조혈 모세포 이식을 시행하였다. 조혈 모세포의 공급원으로 비혈연 골수 혹은 제대혈 7례, HLA 일치 형제 공여자 3례, HLA 1 항원 불일치 가족 공여자 1례 등을 이용하였다. 모든 환자들은 이식 전 항암화학요법을 시행 받았고 일부 환자에게는 13-cis-retinoic acid(CRA)를 사용하였다. 결 과 : 총 11례 중 3례만이 이식 전 치료로 혈액학적 및 임상적 완전관해에 도달하였다. 이식 후 1개월째 첫 키메리즘 평가 결과 완전 공여자 키메리즘 5례, 혼합 키메리즘 5례, 자가회복 1례였다. 혼합 키메리즘 상태에서 비장종대가 해소되지 않았던 1례에서 면역억제제의 급속 감량과 함께 CRA를 지속적으로 투여한 결과 완전 공여자 키메리즘으로의 전환과 함께 완전관해가 유도되었다. 자가회복 되었던 1례는 이식 후 조기 재발하였으나 복합 항암화학요법과 CRA의 투여로 이차 완전관해가 유도되었다. 결과적으로 11례 중 6례가 이식 후 정중 추적기간 15.5개월간 무사건 생존 중이다. 사망한 3례는 모두 완전 공여자 키메리즘에 실패하였던 경우들로서 질병의 재발 혹은 진행이 사망의 원인이었다. 결 론 : 본 연구 결과 JMML의 근치에는 동종 조혈 모세포 이식 후 이식편대 백혈병 효과가 중요한 역할을 담당하며 CRA도 긍정적 역할을 가지는 것으로 사료된다. 이식 후에도 완전관해에 도달하지 못하고 혼합 키메리즘 양상을 보이는 경우, 면역 억제제를 조기 감량하는 정책과 함께 CRA를 도입함으로써 완치의 가능성을 높일 수 있을 것으로 기대된다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제32권1호
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• pp.1-7
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• 2008

본 연구는 돼지 골수에서 존재하는 조혈 줄기 세포 및 전구 세포를 이용해 이종 동물 모델인 태아 마우스 복강 생체 이식을 통하여 돼지 조혈 세포의 이종 조혈 조직에서의 증식과 분화 특성을 규명하였다. 선천성 면역 부전 마우스인 NOD/SCID 마우스 태아 조혈 환경에 돼지 골수 유래 조혈 줄기 세포 및 전구 세포를 이식하고, 이식 후 5주령에 마우스 조혈기관에서의 돼지 조혈 세포의 증식과 분화 특성을 돼지 특이적 항체 면역 염색으로 유세포 분석을 실시한 결과, 마우스 조혈 조직인 골수, 흉선, 간장, 비장 및 림파절에서 돼지 조혈 세포의 분화 및 증식이 관찰되었다. 특히 돼지의 T 면역세포가 골수계 세포에 비해서 높은 chimerism이 관찰되어 태생 초기의 NOD/SCID 조혈 환경에 의한 특이적 T 면역세포의 증식에 적합한 조혈 환경을 제공하고 있다는 사실이 밝혀졌다. 본 마우스 신생 NOSD/SCID 복강 이식 동물 모델을 이용해 돼지 T 면역세포의 분화 발달 연구 및 이종 장기 이식 기전 연구에 좋은 모델로서 활용이 기대된다.