• Title/Summary/Keyword: Centromere

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Nucleotide Analysis of Phaffia rhodozyma DNA Fragment That Functions as ARS in Saccharomyces cerevisiae

  • Chung, Hee-Young;Hong, Min-Hee;Chun, Young-Hyun;Bai, Suk;Im, Suhn-Young;Lee, Hwanghee-Blaise;Park, Jong-Chun;Kim, Dong-Ho;Chun, Soon-Bai
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제8권6호
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    • pp.650-655
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    • 1998
  • The chromosomal DNA fragment from Phaffia rhodozyma CBS 6938 which is able to autonomously replicate in the yeast Saccharomyces cerevisiae was cloned on an integrative URA3 plasmid. Its minimal fragment exhibiting autonomously replicating activiy in the S. cerevisiae gave a higher frequency transformation efficiency than that found for centromere-based plasmid, and enabled extrachromosoma1ly stable transmission of the plasmids in one copy per yeast cell under non-selective culture condition. The 836-bp DNA element lacked an ORF and did not contain any acceptable match to an ARS core consensus. Sequence analysis, however, displayed a cluster of three hairpin-Ioop-sequences with individual $\triangle {G_{25}}^{\circ}C$ free energy value of -10.0, -17.5, and -17.0 kcal. $mor^{-l}$as well as a 9-bp sequence with two base pair mismatches to the S. cerevisiae/E. coli gyrase-binding site. This 836-bp sequence also included one 7-bp sequence analogous to the core consensus of centromeric DNA element III (CDEIII) of S. cerevisiae, but CDEIII-like 7 bp sequence alone did not give a replicative function in this yeast.

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Genetical and Pathological Studies on the Mutant Mice as an Animal Model for Deafness Disease

  • Lee, Jeong-Woong;Lee, Eun-Ju;Lee, Hoon-Taek;Chung, Kil-Saeng;Ryoo, Zae-Young
    • 한국동물번식학회:학술대회논문집
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    • 한국동물번식학회 2001년도 춘계학술발표대회
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    • pp.48-48
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    • 2001
  • A new neurological mutant has been found in the ICR outbred strain mouse. Affected mice display profound deafness and a head-tossing and bidirectional circling behavior, showing an autosomal recessive mode of inheritance. It was, therefore, named cir/Kr with the gene symbol cir. The auditory tests identified clearly the hearing loss of the cir mice when compared to wild type mice. Pathological studies confirmed the developmental defects in the middle ear, cochlea, cochlear nerve, and semicircular canal areas, which were correlated to the abnormal behavior observed in the cir mice. Thus, cir mice may be useful as a model for studying inner ear abnormalities and deafness. We have constructed a genetic linkage map by positioning 14 microsatellite markers across the (cir) region and intraspecific backcross between cir and C57BL/6J mice. The cir mouse harbors an autosomal recessive mutation on mouse chromosome 9. The cir gene was mapped to a region between D9Mit116 and D9Mit38 Estimated distances between cir and D9Mit116, and between cir and D9Mit38 are 0.7 and 0.2 cM, respectively. The gene in order was defines : centromere-D9Mit182-D9Mit51/D9Mit79/D9Mit310-D9Mit212/D9Mit184-D9Mit116-cir-D9Mit38-D9Mit20-D9Mit243-D9Mit16-D9Mit55/D9Mit125-D9Mit281. The mouse map location of the cir locus appears to be in a region homologous to human 3q21. Our present date suggest that the nearest flanking marker D9Mit38 provides a useful anchor for the isolation of the cir gene in a yeast artificial chromosome contig.

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Saccharomyces cerevisiae에서 합성된 Human Lysozyme 유전자의 발현증대 (Increased Expression of a Chemically Synthesized Human Lysozyme Gene in Saccharomyces cerevisiae)

  • 김기운;최선욱;이승철;백현동;황용일
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제26권1호
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    • pp.34-39
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    • 1998
  • 본 연구에서는 안정성이 보장된 효모를 숙주로 하여 이미 lysozyme 생산능이 확인된 저 copy수의 YCp type인 pHK101의 생산능을 높이기 위해 고발현 벡터인 다 copy 수의 YEp type인 pHK501을 구축하였다. pHK501과 pHK101형질전환체의 M. luteus를 기질로 한 lysoplate assay 비교에서 확실한 생산량의 증가를 생육저지환을 통해 확인하였다. 또한 E. coli에서 peptidoglycan만을 추출하여 기질로 사용한 lysoplate assay에서도 pHK501형질전환체의 배양액 중에는 정상적 인 HLY의 생산을 직접 확인할 수 있었다. 플라스크 배양에서 배양시간에 따른 HLY의 최대 생산량은 81시간만에 pHK501형질전환체가 55 units/$m\ell$에 도달됨으로써 pHK101(7 units/$m\ell$)에 비해 약 8배 증가됐다. 발효조규모에서의 HLY 생산은 24시간만에 26.8 units/$m\ell$(1.12 units/$m\ell$/h)에 도달하였고 전체 생산성은 플라스크배양(0.625 units/$m\ell$/h)에 비해 약 1.8배 정도 증가되었다.

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한국산 다람쥐 핵형의 비교연구 I.일반염색과 C-Banding방법에 의한 한국산 청서(Sciurus vulgaris corea) 와 다람쥐(Tamias sibiricus asiaticus)의 핵형 분석 (A Comparative Karyotype Study in Korean Squirrels. I Karyotype Analysis of Sciunis vulgaris coreae and Tamlas sibiricus asiaticus by Conventional Giemsa Staining and C-Banding Method)

  • 김종봉;이희영
    • 한국동물학회지
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    • 제33권2호
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    • pp.222-230
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    • 1990
  • 한국산 청서(Sciunis vulgaris corea)와 다람쥐(Tamias sibiricus asiaticu)의 핵형을 일반 Giemsa- stain과 C-banding stain방법으로 분석하였다. 청서의 염색체 수는 2n=40이였으며 이 중 6쌍은 중부, 8쌍은 차중부, 3쌍은 차단부 그리고 2쌍은 단부 염색체이었고 X 염색체는 차중부,Y염색체는 acro또는 차단부 염색체로서 NF(arm number)=72(성염색체 제외)를 나타내었다. 다람쥐의 염색체 수는 2n=38이었으며 이 중 3쌍은 중부, 4쌍은 차중부, 5쌍은 차단부, 그리고 6쌍은 단부 염색체이었고 X염색체는 차중부, Y염색체는 중부염색체로서 NF=60을 나타내었다. C-banding분석결과, 청서의 염색체에서는 각 경우 대부분 동원체 (centromere)부위와 말단부(telomere)에 주로 구조적이질염색질이 분포하였고 다람쥐에서는 몇몇 염색체상(제2,3,9번)을 제외하고는 주로 동원체 부위에 구조적이직염색질이 분포하였다. 이러한 결과들로 보아 핵형상의 분화에 non-Robensonian 재배열과 구조적 이질염색질의 분포가 중요한 작용을 한 것으로 생각된다.

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Positional cloning in mice: a new mutant mouse, Sims (Sexual Immaturity, Megaencephaly, and Seizure)

  • Koo, S.K.;Jin, S.J.;Lee, K.S.;Oh, B.S.
    • 한국동물학회:학술대회논문집
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    • 한국동물학회 1999년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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    • pp.31-31
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    • 1999
  • Characterization of mutant mice has been utilized as an animal model for the study of human inherited diseases. In addition to the pathogenesis stduy using the mutant mice, the mice have been used for the identification of the genes causing the phenotypes. Functional cloning and positional cloning are two approaches, depending on the phenotypes of the mutant mice. Though it takes a long time positional cloning has been well used to identify the gene of which function can not be presumed from the mouse phenotype. Recently by the advance of the molecular tools and the human genome project close to 10,000 genetic markers are developed to make the procedure faster. We obtained a new mutant mouse, sims, spontaneously arose and the affected mouse has a mild tremor and seizure was observed. Homozygote in either sex is sterile since uterus growth in female and seminal vesicle in male are not induced for the growth in puberty, implying the abnormal hormonal regulation during puberty. Supporting this, there is no detectable testosterone in the serum of the mutant male and the brain of the mutant is 30% heavier than littermate. To identify the location of the mutated gene, intraspecies cross to CAST/Ei was carried out and the 37 affected mice was analyzed for the linkage. The gene was mapped on chromosome 18, 20 cM from the centromere. More than 500 F2 progenies have been analyzed for the linkage and the locus becomes narrow within 3cM between Egrl and Fgf gene.f gene.

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Genetic diversity analysis in Chinese miniature pigs using swine leukocyte antigen complex microsatellites

  • Wu, Jinhua;Liu, Ronghui;Li, Hua;Yu, Hui;Yang, Yalan
    • Animal Bioscience
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    • 제34권11호
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    • pp.1757-1765
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    • 2021
  • Objective: The swine leukocyte antigen (SLA) gene group, which is closely linked and highly polymorphic, has important biomedical significance in the protection and utilization of germplasm resources. However, genetic polymorphism analyses of SLA microsatellite markers in Chinese miniature pigs are limited. Methods: Eighteen pairs of microsatellite primers were used to amplify the SLA regions of seven miniature pig breeds and three wild boar breeds (n = 346) from different regions of China. The indexes of genetic polymorphism, including expected heterozygosity (He), polymorphic information content (PIC), and haplotype, were analyzed. The genetic differentiation coefficient (Fst) and neighbor-joining methods were used for cluster analysis of the breeds. Results: In miniature pigs, the SLA I region had the highest numbers of polymorphisms, followed by the SLA II and SLA III regions; the region near the centromere had the lowest number of polymorphisms. Among the seven miniature pig breeds, Diannan small-ear pigs had the highest genetic diversity (PIC value = 0.6396), whereas the genetic diversity of the Hebao pig was the lowest (PIC value = 0.4330). The Fst values in the Mingguang small-ear, Diannan small-ear, and Yunnan wild boars were less than 0.05. According to phylogenetic cluster analysis, the South-China-type miniature pigs clustered into one group, among which Mingguang small-ear pigs clustered with Diannan small-ear pigs. Haplotype analysis revealed that the SLA I, II, and III regions could be constructed into 13, 7, and 11 common haplotypes, respectively. Conclusion: This study validates the high genetic diversity of the Chinese miniature pig. Mingguang small-ear pigs have close kinship with Diannan small-ear pigs, implying that they may have similar genetic backgrounds and originate from the same population. This study also provides a foundation for genetic breeding, genetic resource protection, and classification of Chinese miniature pigs.

Observation of Mitotic Chromosome behavior according to Different Treatment Methods of DNA Methylation Inhibitor

  • Seong-Wook Kang;Ji-Yoon Han;Seong-Woo Cho
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
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    • pp.221-221
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    • 2022
  • Chromosome breakage occurred by DNA methylation inhibitor. Zebularine is known as DNA methylation inhibitor and suitable for water solubility among different DNA methylation inhibitors as 5-Azacytidine and 5-aza-2'-deoxycytidine. We used zebularine as mutagen according to different methods by roots absorption and seed imbibition. After zebularine treatment, DNA methylation inhibitor, we observed mitotic chromosome behavior what is different according to two different treatment methods. First, seed imbibition treatment in 1,000 μM of zebularine solution for 72 hours in dark conditions. The second treatment to seedlings of Keumkang was also treated in 1,000 μM of zebularine solution for 72 hours after germination. Root and shoot showed different elongations in each treatment. Root absorption treatment(3.01±0.48, 2.00±0.26) showed the shortest elongation in root and shoot than control(8.16±0.61, 4.03±0.48) and seed imbibition treatment(4.33±0.80, 2.48±0.36). It can be explained root tip meristematic cell activity was damaged by DNA methylation inhibitor. Primary root tips were collected in DW for 24 hours at low temperature(0℃) and fixed in fixation solution for 3 days to chromosome observation in mitosis. Mitotic index, chromosome structure and chromosome aberration were observed by phase-contrast microscope. Mitotic index of the control(0.29) showed twice mitotic cells as the treated groups(imbibition 0.15, absorption 0.14). Observation of chromosomes showed some short chromosomes and loosen chromosomes affected by zebularine. It is considered because of zebularine damage DNA in mitosis. We observed "gap by chromosome breakage" in chromosomes that have loose parts between centromere and telomere. It seems demethylation of zebularine occurs chromosome breakage.

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야생 초파리 수종의 염색체에 관한 연구 (Chromosome Studies on Several Wild Sepcies of Drosophilidae)

  • 강영선;김영진;방규환
    • 한국동물학회지
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    • 제7권2호
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    • pp.13-18
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    • 1964
  • 저자(著者)들은 경기도(京畿道) 광릉(光陵)에서 채집(採集)한 야생(野生)인 초파리 13종(種)을 aceto-lactic orcein squash 방법(方法)으로 염색체수(染色體數)와 형태(形態)를 관찰(觀察)하여 다음과 같은 결과(結果)를 얻었다. 염색체(染色體)의 형태(形態)는 centromere의 위치(位置)를 기준(基準)으로 하여 V 형(型)(median or submedian), R 형(型)(terminal), D 형(型)(do-like)의 3종류로 분류(分類)했다. 염색체수(染色體數)는 diploid로, 핵형표시(核型表示)는 haploid로 나타냈다. 1) Leucophengo maculata의 염색체수(染色體數)는 12이고 핵형(核型)은 5V's+1D's이고 X염색체(染色體)는 V 형(型), Y도 같은 모양을 한다. 2) Scaplomyza pallida의 염색체수(染色體數)는 8이며 핵형(核型)은 2V's+1R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 R 형(型), Y도 R형(型)이다. 3) Mycodrosophila poecilogastra의 염색체수(染色體數)는 12이며 핵형(核型)은 5R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 R형(型), Y도 R(型)이다. 4) Mycodrosophila sp.의 염색체수(染色體數)는 8이며 핵형(核型)은 2V's+1R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 V형(型), Y도 V형(型)이다. 5) Drosophila coracina의 염색체수(染色體數)는 8이며 핵형(核型)은 2V's+1R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 R형(型), Y염색체(染色體)도 같은 모양을 한다. 6) Drosophila histrioides의 염색체수(染色體數)는 10이며 핵형(核型)은 1V's+3R's+1D's이고 성염색체(性染色體)는 밝히지 못하였다. 7) Drosophila malanogaster의 염색체수(染色體數)는 8이고 핵형(核型)은 2V's+1R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 R형(型), Y는 J형(型)이다. 8) Drosophila auraria의 염색체수(染色體數)는 8이며 핵형(核型)은 2V's+1R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 R형(型), Y도 R형(型)이다. 저자(著者)들은 경기도(京畿道) 광릉(光陵)에서 채집(採集)한 야생(野生)인 초파리 13종(種)을 aceto-lactic orcein squash 방법(方法)으로 염색체수(染色體數)와 형태(形態)를 관찰(觀察)하여 다음과 같은 결과(結果)를 얻었다. 염색체(染色體)의 형태(形態)는 centromere의 위치(位置)를 기준(基準)으로 하여 V 형(型)(median or submedian), R 형(型)(terminal), D 형(型)(do-like)의 3종류로 분류(分類)했다. 염색체수(染色體數)는 diploid로, 核型表示(핵형표시)는 haploid로 나타 냈다. 1) Leucophengo maculata의 염색체수(染色體數)는 12이고 핵형(核型)은 5V's+1D's이고 X염색체(染色體)는 V 형(型), Y도 같은 모양을 한다. 2) Scaplomyza pallida의 염색체수(染色體數)는 8이며 핵형(核型)은 2V's+1R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 R 형(型), Y도 R형(型)이다. 3) Mycodrosophila poecilogastra의 염색체수(染色體數)는 12이며 핵형(核型)은 5R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 R형(型), Y도 R(型)이다. 4) Mycodrosophila sp.의 염색체수(染色體數)는 8이며 핵형(核型)은 2V's+1R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 V형(型), Y도 V형(型)이다. 5) Drosophila coracina의 염색체수(染色體數)는 8이며 핵형(核型)은 2V's+1R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 R형(型), Y염색체(染色體)도 같은 모양을 한다. 6) Drosophila histrioides의 염색체수(染色體數)는 10이며 핵형(核型)은 1V's+3R's+1D's이고 성염색체(性染色體)는 밝히지 못하였다. 7) Drosophila malanogaster의 염색체수(染色體數)는 8이고 핵형(核型)은 2V's+1R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 R형(型), Y는 J형(型)이다. 8) Drosophila auraria의 염색체수(染色體數)는 8이며 핵형(核型)은 2V's+1R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 R형(型), Y도 R형(型)이다. 9) Drosophila unispina의 염색체수(染色體數)는 12이며 핵형(核型)은 5R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 R형(型), Y도 R형(型)이다. 10) Drosophila bizonata의 염색체수(染色體數)는 8이며 핵형(核型)은 3V's+1D's이고 X염색체(染色體)는 V형(型), Y는 보다 크기가 작은 V형(型)이다. 11) Drosophila virilis의 염색체수(染色體數)는 12이며 핵형(核型)은 5R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 R형(型), Y도 R형(型)이다. 12) Drosophila sordidula의 염색체수(染色體數)는 10이고 핵형(核型)은 2V's+2R's+1D's이고 X염색체(染色體)는 V형(型), Y도 V형(型)이다. 13) Drosophila tenuicanda의 염색체수(染色體數)는 12이며 핵형(核型)은 1V's+4R's+1D's이고 성염색체(性染色體)는 밝히지 못하였다.

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소나무 및 곰솔의 염색체(染色體) C-분염(分染)에 의한 유전변이(遺傳變異) (The Genetic Variation of Pinus densiflora and Pinus thunbergii by Giemsa C-banding)

  • 박상준;손두식
    • 한국산림과학회지
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    • 제80권4호
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    • pp.383-392
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    • 1991
  • 경북지방(慶北地方)의 소나무와 곰솔에 대한 Giemsa C-분염(分染)에 의한 유전변이(遺傳變異)를 조사(調査)한 바 다음과 같다. 1. Giemsa C-분염(分染)에 의한 핵형분석(核型分析)에서 소나무와 곰솔의 체세포(體細胞) 염색체수(染色體數)는 2n=24이고 2. 소나무는 arm ratio가 비슷한 M형(型)으로 개체간(個體間)에는 큰 차이가 없었으나 이차협착(二次狹窄)의 수(數)와 위치(位置)가 개체간(個體間)에 다소(多少) 차이(差異)가 있었으며 3. 곰솔은 염색체(染色體) 길이와 arm ratio가 M형(型)으로 소나무와 비슷하고 이차협착(二次狹窄)의 수(數)와 위치가 비슷하여 개체간(個體間)의 변이(變異)는 거의 없었다. 4. 염색체(染色體) C-분염(分染)에 의한 유전변이(遺傳變異)에서 소나무와 곰솔은 12쌍(雙)의 염색체(染色體)에 동원체(動原體) 부분(部分)과 이차협착(二次狹窄) 부위(部位)에 band가 나타났고 5. 소나무는 3번, 4번, 7번 염색체(染色體)에서는 개체(個體)에 관계(關係)없이 모두 이차협착(二次狹窄)에 band가 나타나고 1번, 2번, 5번 염색체(染色體)의 이차협착(二次狹窄)의 band는 개체간(個體間)에 변이(變異)가 있었다. 8번, 9번, 10번, 11번 염색체(染色體)에서는 telomere에 band가 나타나고 개체간(個體間)에 변이(變異)가 있었으며 6. 곰솔은 2번, 3번, 5번, 7번 8번 염색체(染色體)의 이차협착(二次狹窄)에 band가 모두 나타나고 개체간(個體間)에 변이(變異)가 없었으며 telomere에는 band가 나타나지 않았다. 7. C-분염(分染)에 의한 변이(變異)는 소나무에서는 개체간(個體間)에 변이(變異)가 있으나 곰솔에서는 변이(變異)가 없었고 소나무는 4번 염색체(染色體)에서, 곰솔은 8번 염색체(染色體)에서 이차협착(二次狹窄)에 band가 나타나고 있다. 이러한 것이 소나무와 곰솔의 C-분염(分染)에 의한 차이점(差異點)이라고 생각된다.

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은어 2종류의 자성발생 2배체의 유도와 Isozyme 유전자에 의한 배수성의 확인 (Induction of Two Types of Gynogenetic Diploid of Sweet Fish, Plecoglossus altivelis and Verification by Isozyme Marker)

  • 손진기
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제4권1호
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    • pp.79-85
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    • 2000
  • 은어의 자성발생 2배체를 유도하기 위해 자외선에 의한 정자의 유전적 불활성화 및 수정 난의 제 2감수분열과 제 1난할을 저지하기 위한 조건을 검토했다. 정자에 3,000~14,000 erg의 자외선을 조사하였는데 그 결과 3,000 erg를 조사한 시험구에서 89.3%의 높은 생존율을 보였으나 선량이 증가될수록 생존율이 저하했으며 7,000 erg의 자외선을 조사했을 때 생존율이 다시 회복되었다. 따라서 은어의 자성발생 2배체 유도시 정자를 유전적으로 불활성화시키기 위해서는 7,000 erg가 최적 선량인 것으로 나타났다. 제 2극체 방출 저지형 자성발생 2배체를 유도하기 위해서는 자외선을 조사한 정자와 정상 난을 수정 시켜 수정 5~8분 후에 15~30분간 1~2$^{\circ}C$의 저수온 처리를 한 결과 수정 5~5.5분 후에 15~17.5분간 처리한 실험구의 생존율이 비교적 높고 안정적이어서 제 2감수분열 저지를 위한 유효 조건으로 판명되었다. 제 1난할 저지형 자성발생 2배체의 유도를 위해서는 수정 70~95분 후에 수정 난을 30분간 저수온에 처리한 결과 모든 실험구의 생존율이 현저하게 낮아 생존율의 개선을 위해서는 처리방법과 강도에 대한 재검토가 필요하며 또 난 질을 유지시킬 수 있는 방안도 강구되어야 할 것이다.

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