• 미생물학회지
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• 제53권4호
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• pp.337-339
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• 2017

본 연구에서 남극 킹 조지 섬 인근에서 채집한 지의류 Psoroma 종에서 분리한 Caballeronia sordidicola 균주 PAMC 26633의 초벌 유전체를 분석하였다. 이전의 연구를 통한 극지방의 지의류에 공생하는 Caballeronia 속 세균의 유전체와 마찬가지로 생물공학 및 생태학적으로 활용가능성 있는 다양한 유전자를 발견할 수 있었다. 이는 다양한 대사 관련 유전자를 포함하며, 탄수화물, 아미노산, 질소/황 대사, 스트레스, 세포막 수송체, 항생제 및 중금속 내성에 관련이 있었다. 파아지와 트랜스포존 유전자가 소수 있었으며, CRISPR 관련 유전자 및 서열은 발견되지 않았다.

• 미생물학회지
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• 제53권2호
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• pp.137-140
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• 2017

Caballeronia sordidicola 균주 PAMC 26510은 남극 킹조지섬의 바톤반도에서 채집된 지의류인 Psoroma sp.에서 분리되었다. 균주 PAMC 26510의 초안 유전체 서열은 224개의 콘티그로 이루어졌으며, 총 7,872,143 염기쌍은 59.7% G+C 함량을 나타냈다. 유전체는 7,580개의 단백질 유전자, 6개의 rRNA 유전자와 46개의 tRNA 유전자를 포함하였다. 균주 PAMC 26510는 이전에 연구한 Caballeronia sordidicola에 속하는 북극 균주와 마찬가지로 대사능력에 있어서 광범위한 능력을 가지고 있는 것으로 여겨진다. PAMC 26510의 초안 유전체는 6개의 CRISPR arrays를 각각의 콘티그 상에 가지고 있으며, 이중 두 개의 콘티그 상에 CRISPR-관련 유전자가 연결되어 있었다.

• 미생물학회지
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• 제53권1호
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• pp.64-66
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• 2017

Caballeronia sordidicola strain PAMC 26592 was isolated from Umbilicaria sp., a lichen material collected from Svalbard Archipelago in the Arctic Ocean. We report the draft genome sequence of the strain PAMC 26592, a metabolic generalist. As we have observed in previous genomic studies in the genus Caballeronia draft genomic sequences of PAMC 26592 had an assortment of genes of ecological importance and of bio-technical potentials, which include diverse metabolic genes for carbohydrates, aromatic compounds, amino acids, and vitamins, and genes for nitrogen / sulfur metabolisms, stress responses, membrane transporters, antibiotic resistance, and heavy metal resistance.

• 미생물학회지
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• 제53권2호
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• pp.141-143
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• 2017

Caballeronia sordidicola 균주 PAMC 26577은 다산 기지 근처에서 채집된 지의류인 Cladonia 종에서 분리되었다. Illumina 방식으로 분석한 균주 PAMC 26577의 초안 유전체 서열은 182개의 콘티그로 이루어졌으며, N50값은 159,226 염기쌍 길이에 해당하였다. 초안 유전체로 총 8,334,211 염기쌍을 확인하였으며, 59.4% G+C 함량을 나타냈다. 유전체는 단백질을 코드하지 않는 8개의 rRNA 유전자와 51개의 tRNA 유전자를 포함하였다. 8,065개의 단백질 유전자는 기본 대사 과정뿐 아니라 부탄올/부티르산 생합성, 폴리하이드록시부티르산 대사, serine cycle methylotrophy 및 글라이코겐 대사 유전자들을 가지고 있었다. 2백개 이상의 막 전달 단백질은, 인산화 전달 시스템과 TRAP 전달시스템이 부재하였다. PAMC 26577은 CRISPR 관련 서열 및 단백질이 없었으며, 파아지 유전자의 감염흔적으로 인한 11개의 파아지 관련 유전자를 찾아낼 수 있었다.