• ALGAE
• /
• 제35권4호
• /
• pp.337-347
• /
• 2020

Haraldiophyllum hawaiiense sp. nov. is described as a new mesophotic alga and a new genus record for the Hawaiian Islands. Six specimens were collected at a depth range of 81-93 m from Papahānaumokuākea Marine National Monument, and their morphology investigated, as well as molecular phylogenetic analyses of the plastidial ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase large-subunit (rbcL) gene and a concatenated alignment of rbcL and nuclear large-subunit rRNA gene (LSU) sequences. Phylogenetic analyses supported H. hawaiiense sp. nov. as a distinct lineage within the genus Haraldiophyllum, and sister to a large clade containing the type species, H. bonnemaisonii, as well as H. crispatum and an undescribed European specimen. The six Hawaiian specimens were shown to be identical, but unique among other species of the genus as well as the recently segregated genus Neoharaldiophyllum, which comprises half of the species previously included in Haraldiophyllum. The vegetative morphology of H. hawaiiense sp. nov. resembles Neoharaldiophyllum udoense (formerly H. udoensis); however, no female or post-fertilization structures were found in the Hawaiian specimens to allow a more comprehensive comparison. The molecular phylogenies demonstrate that Haraldiophyllum is paraphyletic, suggesting either that the Myriogrammeae tribe includes undescribed genera, including Haraldiophyllum sensu stricto, or that Neoharaldiophyllum species should be transferred into the genus Haraldiophyllum. However, based on vegetative morphology and molecular analyses, and pending resolution of this taxonomic issue, the Hawaiian specimens are placed within the genus Haraldiophyllum. This new record for the Hawaiian Islands highlights the novel biodiversity from mesophotic depths, reaffirming the need for further investigation into the biodiversity of Mesophotic Coral Ecosystems.

• 생명과학회지
• /
• 제26권9호
• /
• pp.1007-1014
• /
• 2016

본 연구에서는 국산 참서대과 어류 5종(개서대, 참서대, 칠서대, 박대, 용서대) 및 수입산 참서대과(Cynoglossidae) 어류 5종(기니개서대, 긴개서대, 큰비늘개서대, 큰입개서대, 세네갈 개서대)을 대상으로 분자생물학적 방법을 이용한 신속하고 정확한 종판별법을 검토하였다. 참서대과 어류 10종에 대한 최적의 종 특이 프라이머를 선정하기 위하여 약 1,500 bp의 COI 유전자를 분석하였으며, 종간 특이적인 단일염기다형성 유전자가 3’ 말단에 위치하도록 프라이머를 제작하였다. 제작된 10종에 대한 종특이 정방향 프라이머는 동일한 PCR조건과 전기영동을 통해 육안으로 식별이 가능할 정도의 PCR 산물의 상대적인 크기를 고려하였다. 다중 PCR 분석을 위해 종특이 정방향 프라이머는 모두 혼합되어 사용되었으며, 그 결과 세네갈개서대(208 bp), 용서대(322 bp), 큰입개서대(493 bp), 큰 비늘개서대(754 bp), 박대(874 bp), 칠서대(952 bp), 참서대(1,084 bp), 긴개서대(1,198 bp), 개서대(1,307 bp), 기니개서대(1,483 bp)에 해당하는 종 특이적인 증폭을 확인하였다. 또한 이들의 PCR 민감도를 측정한 결과 0.1~1.0 ng/μ l의 농도까지 검출이 가능한 것을 확인 하였다. 본 연구에서 확인된 참서대과 어류 10종에 대한 종특이 프라이머는 특이도 및 민감도가 우수하며 향후 수산물의 수출입 및 유통 관리에 사용이 이루어진다면 정확한 종명 표기가 가능하여 국민 먹거리 안전을 위한 효과적인 방법이 될 것이다.

• 생태와환경
• /
• 제56권3호
• /
• pp.250-258
• /
• 2023

담수해파리는 담수에서만 발견되는 해파리로써 다양성은 낮지만 전 세계적으로 보고 되고있다. 하지만 이들의 생태 및 발생 원인에 대해서는 정확하게 밝혀진 바가 없다. 따라서 모니터링을 통해 유생에서 폴립(polyp)단계를 통해 성장하는 담수해파리의 분포를 파악하는 것은 이들의 생태를 이해하는 데 중요하다. 본 연구는 미호강 수계 생물막(biofilm)의 환경유전자(eDNA)를 이용하여 담수해파리의 COI 유전자를 탐색하고 환경유전자를 이용한 담수해파리 탐색 가능성을 확인하고자 하였다. 미호강 수계 내 12개 지점 중 8개 지점에서 담수해파리 유전자가 확인되었으며, 대부분 상류에 저수지가 위치한 특성을 보였다. 이들 유전자는 대표적인 담수해파리로 알려진 소워비꽃모자해파리(Craspedacusta sowerbii)의 유전자로 확인되었으며 미호강 조사 지점에서 발견된 C. sowerbii는 이탈리아에서 발견된 종과 같은 계통이었다. 결과적으로 생물막의 환경유전자를 이용한 담수해파리 유전자 탐색방법은 담수해파리 출현 가능성이 높은 지역을 선택적으로 빠르게 선별(screening)할 수 있으며 이는 국내 담수해파리의 분포와 발생기작을 이해하는 데 중요한 단서를 제공할 수 있을 것으로 판단된다.

• 한국환경생태학회지
• /
• 제31권5호
• /
• pp.461-471
• /
• 2017

북방종개(Iksookimia pacifica)의 유전적 다양성과 구조적 특징을 밝히기 위해 동해 독립하천들에 서식하는 10개의 집단들을 대상으로 핵유전자와 미토콘드리아 유전자에 기반한 집단유전학적 분석을 실시하였다. 일부 예외적인 경우를 제외하고, 미토콘드리아와 핵유전자 모두 통계적으로 유의미한 집단 간 유전적 분화가 관찰되었다. 핵유전자들의 DNA 서열자료에서 추출한 유전자형 자료를 Bayesian 방법으로 분석한 결과 북방종개는 천진천과 양양남대천을 기준으로 북쪽과 남쪽의 두 개의 그룹으로 나뉘는 구조를 보였다. 현재 동해 하천들이 지리적으로 단절되어 온 독립 수계라는 것을 감안했을 때, 남북으로 구별되는 집단유전적 구조는 북방종개가 한반도에 정착했던 초기 조상 집단이 남북으로 갈라지는 지리적인 분리 사건과 관련되었을 것으로 해석되며, 이러한 초기 조상집단의 지리적 분리 이후, 두 조상그룹들은 남북의 지리적인 범위 내에서 하천 별 고립에 따른 추가적인 분화 과정을 거쳤을 것으로 추정된다. 주목할 점으론, 자산천 집단의 많은 개체들이 지리적 거리가 먼 양양남대천 및 강릉남대천 집단과 하나의 유전적 cluster를 형성하고 있는 것이다. 이와 함께 미토콘드리아 유전자의 경우 몇몇 이웃하는 집단들 사이에 현저히 낮은 유전적 분화도 그리고 일부 집단들에서 매우 낮은 유전적 다양성이 관찰되었다. 본 집단유전학적 결과는 향후 북방종개의 보존 및 관리를 위한 기초자료로 제시될 것이다.

• 한국양봉학회지
• /
• 제34권1호
• /
• pp.15-26
• /
• 2019

기문응애는 1919년 최초 발견 이래 세계적으로 다양한 나라 및 지역에서 발견되고 있다. 2015년 국내 기문응애 관련 보고에 따르면, 99개 시료를 이용한 실험 중 1개 시료에서 기문응애 특이 유전자가 검출되었으나 그 실체는 발견되지 않았었다. 그 이후로 기문응애와 관련된 문헌이 지속적으로 발표되지 않아, 기문응애의 존재 및 피해에 대한 인식이 부족한 현황이다. 이와 더불어, 꿀벌의 내부기생충인 기문응애의 육안관찰에 큰 어려움이 있어, 분자적 기법을 이용한 기문응애 특이 nested PCR법을 개발하고자 하였다. Nested PCR법은 100분자 이하의 주형도 증폭 가능하게 함으로써, 시료 내 극미량 존재할 수 있는 기문응애의 유전자를 검출할 수 있었다. 1회의 초고속 PCR(detection PCR)은 23개 시료 중 4개의 시료만이 양성결과를 보였으나, 연속으로 진행한 nested 초고속 PCR에서는 11개의 시료가 추가로 양성 결과를 보였다. 이처럼 우리는 nested PCR법을 적용시킴으로써 총 15개의 시료에서 기문응애의 특이 유전자가 검출된 것을 확인함으로써, 보다 정확하고 민감한 유전자 검사법이 되도록 개발할 수 있었다. 우리는 분자 진단 결과를 근거로 특이 유전자가 검출된 시료로부터 기문응애의 실체를 확인하기 위한 실험도 함께 진행하였으나, 채집된 개체들에서는 확인할 수 없었다. 그러나 기문응애 특이 유전자 진단을 통한 국내 기문응애의 존재 가능성을 제시하였으며, 이를 근거로 실체 확인을 비롯한 기문응애의 지속적인 연구가 필요하다고 사료된다.

• Genomics & Informatics
• /
• 제21권3호
• /
• pp.39.1-39.15
• /
• 2023

DNA barcoding without assessing reliability and validity causes taxonomic errors of species identification, which is responsible for disruptions of their conservation and aquaculture industry. Although DNA barcoding facilitates molecular identification and phylogenetic analysis of species, its availability in clariid catfish lineage remains uncertain. In this study, DNA barcoding was developed and validated for clariid catfish. 2,970 barcode sequences from mitochondrial cytochrome c oxidase I (COI) and cytochrome b (Cytb) genes and D-loop sequences were analyzed for 37 clariid catfish species. The highest intraspecific nearest neighbor distances were 85.47%, 98.03%, and 89.10% for COI, Cytb, and D-loop sequences, respectively. This suggests that the Cytb gene is the most appropriate for identifying clariid catfish and can serve as a standard region for DNA barcoding. A positive barcoding gap between interspecific and intraspecific sequence divergence was observed in the Cytb dataset but not in the COI and D-loop datasets. Intraspecific variation was typically less than 4.4%, whereas interspecific variation was generally more than 66.9%. However, a species complex was detected in walking catfish and significant intraspecific sequence divergence was observed in North African catfish. These findings suggest the need to focus on developing a DNA barcoding system for classifying clariid catfish properly and to validate its efficacy for a wider range of clariid catfish. With an enriched database of multiple sequences from a target species and its genus, species identification can be more accurate and biodiversity assessment of the species can be facilitated.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
• /
• 제34권3호
• /
• pp.127-142
• /
• 2018

A new species of Eudactylopus Scott A., 1909 is described from the southern coast of Korea. The specimens were collected using a light trap set overnight at the entrance near a pier. Eudactylopus yokjidoensis n. sp. is similar to E. andrewi Sewell, 1940 and E. spectabilis (Brian, 1923) in two key respects: similar length of proximal and distal inner setae on female P2 enp-2, and modification of two subapical setae on male P2 endopod. However, E. yokjidoensis can be differentiated from the two species by following morphological characteristics: in females, the length ratio of cephalothorax/2nd-4th thoracic somites combined is smaller in E. yokjidoensis than other two species (1 : 0.8 vs. 1 : 1); antennule has nine segments (vs. 7-segmented in E. andrewi); P2 to P4 each bears a process in medial distal margin of basis, while it is just smooth in E. spectabilis; in males; the length ratio of cephalothorax to 2nd-4th thoracic somites combined is smaller in E. yokjidoensis than other two species (1 : 0.6 vs. 1 : 1 in E. andrewi and 1 : 0.8 in E. spectabilis); and P5 exopod has a comb-like innermost seta, while it is bipinnate seta in E. spectabilis. To prove the Korean species of Eudactylopus to be new, full descriptions of both sexes are given here, and the claim is supported by distinct genetic differences between E. yokjidoensis and E. spectabilis (22.3-22.7%) in the mitochondrial gene cytochrome oxidase subunit I(mtCOI) sequence.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
• /
• 제18권1호
• /
• pp.41-48
• /
• 2009

The large bumblebee, Bombus terrestris, indigenous to Europe and used extensively for high-value crop pollination, has been artificially introduced in several parts of the world. Here we show the interspecific hybridization between bumblebee species, B. terrestris and B. ignitus, under laboratory conditions. The mating and oviposition percentages of the interspecific hybridization of a B. terrestris queen with a B. ignitus male were higher than those of the intraspecific mating of B. ignitus. Furthermore, the competitive copulation experiment indicated that the mating of B. ignitus males with B. terrestris queens was 1.8-fold more frequent than with B. ignitus queens. The interspecific hybridization of a B. ignitus queen with a B. terrestris male produced either B. ignitus workers or the B. ignitus male phenotype, and the hybridization of a B. terrestris queen with a B. ignitus male produced B. terrestris males. Genetic tests using a portion of the mitochondrial COI gene for the parent and hybrid phenotypes indicated that mitochondrial DNA in the interspecific hybridization was maternally inherited. Our results indicated that interspecific hybridization occurred between B. ignitus and B. terrestris, which suggests that the hybridization will have a negative impact of competition and genetic pollution of native bumblebees.

• Journal of Species Research
• /
• 제3권2호
• /
• pp.127-166
• /
• 2014

Moniligastrids are an important yet often ignored earthworm group commonly found in cultivated soils, especially paddy, in the tropical East. Seven new taxa are: Drawida koreana austri, D. koreana nanjiro, D. koreana shindo, D. odaesan, D. jeombongsan, D. companio and D. csuzdii Blakemore spp. or sub-spp. nov. from Korea. Drawida csuzdii is the first new species from North Korea since Lumbricidae Eisenia koreana (Zicsi, 1972). Historical East Asian moniligastrids are reviewed chronologically and Drawida barwelli (Beddard, 1886), D. japonica (Michaelsen, 1892) and D. siemsseni Michaelsen, 1910 are compared on their museum types. These three taxa were thought similar and related to D. nepalensis Michaelsen, 1907 and its possible synonym D. burchardi Michaelsen, 1903 (priority!) and both of these to prior D. uniqua (Bourne, 1887). Indian Drawida calebi Gates, 1945 is compared to new material of D. japonica from Japan, and D. willsi Michaelsen, 1907 to the new sub-species of D. koreana Kobayashi, 1938 from Korea. Where available, mtDNA COI gene barcodes are provided to help objective determinations and a phylogram is provided with outgroup Ocnerodrilidae Eukerria saltensis (Beddard, 1895) itself found in rice paddy/irrigation. The challenge now is comparison of all early taxa in their various homelands in order to assess the genetic variability and taxonomic boundaries acceptable, especially for unpigmented D. barwelli and also for pink/grey D. japonica and blue/grey D. koreana. A checklist of moniligastrids is appended showing 22 species from China (including Hainan and Taiwan), 21 from Korea, nine from Japan and the Drawida ghilarovi Gates, 1969 species-complex from far eastern Russian (Siberia). Recent Drawida dandongensis Zhang & Sun, 2014 from Sino-Korean border is misdescribed and cannot be meaningfully compared to any other Drawidas.

• 한국어류학회지
• /
• 제29권4호
• /
• pp.244-251
• /
• 2017

본 연구는 2016년에 한국 남해에서 채집된 둥글넙치과 자어를 분자방법으로 동정하였으며, 자어의 크기별 외부 형태를 상세히 기술하였다. 채집된 자어 15개체 (3.53~19.49 mm 체장)의 mitochondrial DNA (mtDNA) cytochrome c oxidase subunit I gene (COI) 434 bp의 염기서열을 비교한 결과, 모두 사량넙치로 확인되었다. 사량넙치의 자어는 2개의 길게 연장된 등지느러미 기조를 가지며, 등지느러미와 뒷지느러미 기저에 흑색소포가 일렬로 나 있는 반면 체측에는 흑색소포가 없었다. 성장하면서 체장에 대한 두장 및 두고의 비율이 증가 추세에서 감소 추세로 바뀌는 변곡점이 체장 9.93 mm~10.73mm에서 확인되었다. 사량넙치 자어는 형태적으로 가장 유사한 동백가자미(Psettina iijimae)와 달리 등지느러미와 뒷지느러미의 기저 근처에 흑색소포군을 가지지 않는 점에서 잘 구분된다.