• 제목/요약/키워드: COG

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COG 알고리즘으로 파악한 Proteobacteria의 보존적 유전자

  • 이동근;이진옥;이재화
    • 한국생물공학회:학술대회논문집
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    • 한국생물공학회 2003년도 생물공학의 동향(XII)
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    • pp.715-718
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    • 2003
  • Clusters of orthologous groups of proteins (COG) 알고리즘을 이용하여 42 종의 원핵생물, 33종의 진정세균, 16종의 단백세균 수준에서의 보존적 유전자 (conserved gene)를 파악하였다. 분석대상 원핵생물 모두 75종의 COG 즉 보존적 유전자가 관찰되었다. COG0195, COG0358 그리고 COG0528은 원핵생물에서만 관찰되었고 64종류의 보존적 유전자가 33종의 Bacteria에서 관찰되었다. 각 분류단계를 특징짓는 새로운 COG의 추가를 확인하였고 각 단백세균 그룹은 독자적인 COG 레퍼토리를 소유하였으며 물질대사에 관련된 보존적 유전자는 beta 그룹이 다른 그룹에 비해 다양한 것을 확인하였다. 본 연구는 Proteobacteria의 기원과 진화적 유연관계를 파악하는데 도움을 줄 뿐만 아니라 향후 세균분류학과 생명공학에 필수적인 유용유전자 탐색 등에서도 충분한 연구가치가 있는 것으로 사료되었다.

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COG 알고리즘을 통한 Proteobacteria의 보존적 유전자 파악 (Detection of Conserved Genes in Proteobacteria by using a COG Algorithm)

  • 이동근;강호영;이재화;김철민
    • KSBB Journal
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    • 제17권6호
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    • pp.560-565
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    • 2002
  • 생태계에서 중요한 역할을 담당하는 단백세균(Proteobacteria)의 보존적유전자(conserved gene)를 파악하고 서로간의 유연 관계를 밝히고자 clusters of orthologous groups of proteins(COG) 알고리즘을 이용한 접근법을 시도하였다. 42종의 원핵생물과 33종의 진정세균, 16종의 단백세균으로 가면서 보존적유전자가 증가하는 것을 확인하였다. 분석대상 원핵생물 모두에서 75종의 COG 즉 보존적 유전자가 관찰되었다. COG0195, COG0358 그리고 COG0528은 원핵생물에서만 관찰되어 새로운 분류의 parameter로 이용될 가능성이 있는 것으로 추측되었다. 64종류의 보존적 유전자가 33종의 진정세균(eubacteria)에서 관찰되었다. 이는 각 분류단계를 특징짓는 새로운 COG의 추가에 의한 결과로 사료되었다. 각 단백세균 그룹은 독자적인 COG 레퍼토리를 소유하였으며 물질대사에 관련된 보존적 유전자는 beta 그룹이 다른 그룹에 비해 다양한 것을 확인하였다. 본 연구는 단백세균의 기원과 진화적 유연관계를 파악하는데 도움을 줄뿐만 아니라 향후 세균분류학과 생명공학에 필수적인 유용유전자 탐색 등에서도 충분한 연구가치가 있는 것으로 사료되었다.

라마키안 상호 적응에 의한 최적 COG 비퍼지화기 설계 (An Optimal COG Defuzzifier Design Using Lamarckian Co-adaptation)

  • 김대진;이한별
    • 한국지능시스템학회:학술대회논문집
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    • 한국퍼지및지능시스템학회 1998년도 추계학술대회 학술발표 논문집
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    • pp.390-396
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    • 1998
  • 본 논문은 퍼지 논리 제어기(FLC)의 근사화 능력과 제어 성능을 동시에 향상시키는 정확한 무게 중심(Center Of Gravity; COG) 비퍼지화기를 제안한다. 본 논문은 비퍼지화 과정이 최적 선택의 한 과정이며 비퍼지화 방법의 적절한 선택이다. 제안한 COG 비퍼지화기의 정확성은 출력 소속 함수를 여러 개의 설계 파라메터(중신, 폭, 변경자(modifier))로 나타내고 이들 설계 파라메터들을 학습과 진화의 Lamarckian 상호 적응에 의하여 갱신함으로써 얻어진다. 이러한 학습과 진화의 상호 적응은 학습하지 않는 경우 보다 빠르게 최적 COG 비퍼지화기를 얻도록 하며, 보다 넓은 범위의 탐색으로최적해를 찾을 가능성을 높여 준다. 제안한 설계 방법은 목적 함수의 가중치를 조절하여 높은 근사화 능력, 높은 제어 성능, 또는 이들간의 균형된 성능을 갖는 다양한 특정 응용형(Application-specific)COG 비퍼지화기를 제공한다. 제안한 상호적응 COG 비퍼지화기의 설계방법을 트럭 후진 주차 제어 문제에 적용하여, 각각 시스템 오차와 평균 추적 거리로 나타내어진 근사화 능력과 제어 성능을 기존의 COG 비퍼지화기와 비교한다.

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원핵생물 711종의 보존적 유전자 탐색 (Investigation of Conservative Genes in 711 Prokaryotes)

  • 이동근;이상현
    • 생명과학회지
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    • 제25권9호
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    • pp.1007-1013
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    • 2015
  • 원핵생물체의 생명유지에 중요한 역할을 담당하는 유전자들을 밝히기 위해 미생물 유전체들 사이의 공통적 유전자를 파악하는 COG 알고리즘을 이용하였다. 원핵생물 711종 모두에 보존적인 것은 COG0080 (Ribosomal protein L11) 1개였다. 708종 이상의 원핵생물에 보존적인 22개의 ortholog 중 전사관련 2개, tRNA synthetase 관련4개, ribosamal large subunit 8개, ribosomal small subunit 7개였다. 700종 이상의 원핵생물에 보존적인 COG는 58개였다. 이중 리보좀을 구성하는 소단위체 등 번역 관련 COG가 50개(86.2%), 전사관련 COG가 4개(6.9%)로 나타나 생명현상에서의 단백질의 중요성을 알 수 있었다. 58개의 COG 중 보존성은 COG0060 (Isoleucyl tRNA synthetase)이 가장 높았고 COG0143 (Methionyl tRNA synthetase)이 가장 낮았다. 문(phylum)과 강(class) 수준에서 보존적 유전자들의 평균과 분산으로 유전체 분석을 수행한 결과 변이가 큰 고세균은 진정세균과 구분되었으며 편차는 일부 진정세균이 고세균보다 컸다. 보존적 유전자를 탐색하는 본 연구의 기법은 기초과학 연구와 함께 항균제 개발과 항암요법 개발 등에도 유용할 것이다.

COG 본딩의 접합 특성에 관한 연구 (A Study on the Bonding Performance of COG Bonding Process)

  • 최영재;남성호;김경태;양근혁;이석우
    • 한국정밀공학회지
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    • 제27권7호
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    • pp.28-35
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    • 2010
  • In the display industry, COG bonding method is being applied to production of LCD panels that are used for mobile phones and monitors, and is one of the mounting methods optimized to compete with the trend of ultra small, ultra thin and low cost of display. In COG bonding process, electrical characteristics such as contact resistance, insulation property, etc and mechanical characteristics such as bonding strength, etc depend on properties of conductive particles and epoxy resin along with ACF materials used for COG by manufacturers. As the properties of such materials have close relation to optimization of bonding conditions such as temperature, pressure, time, etc in COG bonding process, it is requested to carry out an in-depth study on characteristics of COG bonding, based on which development of bonding process equipment shall be processed. In this study were analyzed the characteristics of COG bonding process, performed the analysis and reliability evaluation on electrical and mechanical characteristics of COG bonding using ACF to find optimum bonding conditions for ACF, and performed the experiment on bonding characteristics regarding fine pitch to understand the affection on finer pitch in COG bonding. It was found that it is difficult to find optimum conditions because it is more difficult to perform alignment as the pitch becomes finer, but only if alignment has been made, it becomes similar to optimum conditions in general COG bonding regardless of pitch intervals.

원핵생물 1,309종의 보존적 유전자 (Conservative Genes among 1,309 Species of Prokaryotes)

  • 이동근
    • 생명과학회지
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    • 제32권6호
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    • pp.463-467
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    • 2022
  • 원핵생물 1,309종(species)에 보존적인 유전자(ortholog)를 파악하기 위해 1,309종을 대상으로 COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins) 기법을 적용하였으며, 그 결과 ribosome protein S11 (COG0100)을 확인하였다. 1,308, 1,307, 1,306 및 1,305종에서 보존된 ortholog의 수는 각각 2, 5, 5 및 6개였다. 1,303종 이상에서 보존된 유전자는 29개였고, 이들은 23개의 리보솜 단백질, 3개의 tRNA 합성효소, 2개의 번역 인자 및 1개의 RNA 중합효소 소단위체 유전자였다. 대부분이 단백질 합성과 연관되어 원핵생물에서 단백질 발현이 중요한 것으로 판단되었다. 29개의 COG 중에서 ribosome protein S12 (COG0048)가 보존성이 가장 높았다. 29개의 보존된 COG는 대개 하나의 원핵생물에 하나의 단백질이 분포하였다. COG0090은 보존성이 가장 낮았으며 phylogenetic distance value의 표준편차도 가장 컸다. COG0090은 리보솜의 구성원 기능 외에 복제와 전사의 조절자 역할을 하기에, 각 원핵생물이 다양한 환경에서 생존하기 위해 변이가 큰 것으로 추론되었다. 이 연구는 기초 과학과 종양 조절 및 항균제 개발에 필요한 데이터를 제공할 수 있을 것이다.

고세균 122종의 보존적 COG pathways와 유전자 (Conserved COG Pathways and Genes of 122 Species of Archaea)

  • 이동근;이상현
    • 생명과학회지
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    • 제33권11호
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    • pp.944-949
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    • 2023
  • 이 연구의 목적은 122종의 고세균 종에 보존된 대사 경로와 보존된 유전자를 확인하는 것이었다. 각각의 122개 고세균이 63개의 COG 대사 경로, 이를 구성하는 822개의 COG, 총 4,877개의 COG를 보유하고 있는지 분석했다. 대사경로에서는 archaeal ribosomal proteins만이 가장 보존적이었다. 122종의 고세균 모두에 공통적인 COG는 7개의 COG pathways에서 46개, 그리고 그 외가 20개였다. COG pathways에서는 ribosome을 구성하는 29개, tRNA synthetase와 전사인자가 각각 5개, RNA polymerase를 구성하는 3개, 그리고 tRNA modification에 관련된 2개의 COG가 공통적이었다. COG pathways에 속하지 않고 122종의 고세균에 공통적인 보존적 유전자까지 고려하면 외부와 세포질을 구분 짓는 세포벽과 세포외기질의 합성, 복제, 전사, 번역, 단백질 대사에 관련된 유전자들 중에서 일부가 공통적이었다. 계통수에서 구한 각 고세균의 distance value를 분류단위로 보면 Euryarchaeota 문의 Halobacteria강의 평균이 가장 낮았고 표준편차는 Thaumarchaeota 문의 Nitosospharia강, 강을 알 수 없는 Thaumarchaeota문의 고세균, Euryarchaeota 문의 Halobacteria 강, Crenarchaeota 문의 Thermoprotei 강, 기타 고세균(OA)이 높았다. 계통수 분석으로 6가지의 공통점을 찾았다. 본 연구결과는 보존된 유전자에 관한 자료 외에도 의약품 개발, 균주 개선을 위한 유전자의 선택 등에 활용될 수 있을 것이다.

유도 허벅다리걸기 기술발휘 시 받기의 자세와 저항수준에 따른 중심변인 분석 사례연구[II] (A Case Study on Center of Gravity Analysis when Performing Uchimata by Posture and Voluntary Resistance Levels of Uke in Judo[ll])

  • 김의환;김성섭;정재욱
    • 한국운동역학회지
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    • 제15권1호
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    • pp.237-257
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    • 2005
  • It was to study as a following-research of "A Case Study on Center of Gravity(COG) Analysis when Performing Uchimata(inner thigh reaping throw) by Posture and Voluntary Resistance Levels(VRL) of Uke in Judo[I]". The purpose of this study was to analyze the COG variables when performing uchimata(inner thigh reaping throw) by two postures and voluntary resistance levels(VRL) of uke(reciver) in Judo. The subjects, who were one male judoka(YH) for 1992 Barcelona Olympic Games Olympian(silver medalist), and one male trainee; Y.I.University representative member (SDK), and were filmed on two S-VHS 16mm video cameras(60fields/sec.) through 3-dimensional motion analysis methods, that postures of uke were shizenhontai (straight natural posture) and jigohontai(straight defensive posture), VRL of uke were 0% and 100%, respectively. The kinematical variable was COG variable, distance of COG, and distance of resultant COG between uke and tori(the thrower), velocity and acceleration of COG. The data of this study collection were digitized by SIMI Motion Program computed the mean values and the standard deviation calculated for each variables. When performing uchinmata according to each posture and VRL of uke and classifying. From the data analysis and discussion, the conclusions were as follows : 1. Displacement of COG Subject YH, COG was the highest in kuzushi(balance -breaking), vertical COG was low when following in tsukuri(positioning; set-up), kake(application; execution), and COG was pattern of same character each postures and resistance, respectively. Subject SDK, COG was low from kumikata(engagement positioning) to kake, and COG was that each postures and resistance were same patterns, respectively. Subject YH, SDK, each individual, postures and resistance, vertical COG was the lowest in kake phase, when performing. 2. Distance of COG between uke and tori The distance of COG between uke and tori when performing, subject YH was $0.64{\sim}0.70cm$ in kumikata, $0.19{\sim}0.28cm$ in kake, and SDK was $0.68{\sim}0.72cm$ in kumikata, $0.30{\sim}0.42\;cm$ in kake. SDK was wider than YH. 3. Distance of resultant COG between uke and tori The distance of resultant COG between uke and tori when performing, subject YH was $0.27{\sim}0.73cm$ from kumikata to kake. and SDK was $0.14{\sim}0.34cm$ in kumikata, $0.28{\sim}0.65cm$ in kake. Jigohontai(YH:$0.43{\sim}0.73cm$,SDK:$0.59{\sim}0.65cm$) was more moved than shizenhontai(YH:$0.27{\sim}0.53cm$, SDK: $0.28{\sim}\;0.34cm$). 4. Velocity of COG The velocity of COG when performing uchimata, subject YH was fast anterior-posterior direction in kuzushi, ant.-post. and vertical direction fast in tsukuri and kake. SDK was lateral, ant.-post. and vertical direction in kuzushi, ant.-post. and vertical direction in tsukuri and ant.-post. direction in take, respectively. 5. Acceleration of COG The acceleration of COG when performing uchimata, The trend of subject YH was showed fast vertical direction in kuzushi and tsukuri, ant.-post. and vertical direction fast in kake. The trends of SDK showed lateral direction in kuzushi, lateral and ant.-post. direction in tsukuri and ant.-post. direction in kake, respectively.

원핵생물 1,309종에 분포된 COGs (Clusters of Orthologous Groups of proteins) 연구 (Investigation of COGs (Clusters of Orthologous Groups of proteins) in 1,309 Species of Prokaryotes)

  • 이동근;이상현
    • 생명과학회지
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    • 제31권9호
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    • pp.834-839
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    • 2021
  • 저자들은 이전에 711개의 원핵생물에서 COG (Clusters of Orthologous Groups of proteins)를 분석한 결과를 보고하였다. COG 데이터베이스는 2020년에 1,309개의 원핵생물 게놈들을 사용하여 대폭 업데이트되었다. 이에 COG와 원핵생물 측면에서 업데이트된 4,877개의 COG를 구성하는 3,455,853개의 단백질들에 대한 분석 결과를 보고한다. 각 원핵생물이 보유한 COG 종류의 수는 97에서 2,281개의 사이였으며, 평균은 1,430.0개이고 표준편차는 414.2개였다. 문(phylum) 수준에서 보유 COG의 평균 수는 Mollicutes가 497.86개로 최소였고, Cyanobacteria가 1,642.90개로 최대였다. 가장 높은 보유 COG 개수를 가진 상위 10개 종은 모두 Proteobacteria였으며, 하위 10개 중 9개는 시험관 내에서 배양할 수 없는 Candidatus 구성원이었다. 각 COG에 속하는 단백질의 수는 2개에서 22,048개 사이였으며, 상위 11위 COG들은 12,000개 이상의 단백질을 포함하였다. 상위 11개 중 5개는 DNA에 결합하고 유전자 발현에 관여하는 COG로, 원핵생물에서 유전자 발현 조절의 중요성을 알 수 있었다. COG 데이터 베이스는 게놈에 포함된 유전자를 식별하고 균주 개선을 위한 유전자를 선택하는 데 사용할 수 있어 많은 활용이 기대된다.

Real-Time Generation of Humanoid Motion with the Motion-Embedded COG Jacobian

  • Kim, Do-Ik;Choi, Young-Jin;Oh, Yong-Hwan;You, Bum-Jae
    • 제어로봇시스템학회:학술대회논문집
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    • 제어로봇시스템학회 2005년도 ICCAS
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    • pp.2148-2153
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    • 2005
  • For a legged robot such as a humanoid, balancing its body during a given motion is natural but the most important problem. Recently, a motion given to a humanoid is more and more complicated, and thus the balancing problem becomes much more critical. This paper suggests a real-time motion generation algorithm that guarantees a humanoid to be balanced during the motion. A desired motion of each arm and/or leg is planned by the conventional motion planning method without considering the balancing problem. In order to balance a humanoid, all the given motions are embedded into the COG Jacobian. The COG Jacobian is modified to include the desired motions and, in consequence, dimension of the COG Jacobian is drastically reduced. With the motion-embedded COG Jacobian, balancing and performing a task is completed simultaneously, without changing any other parameters related to the control or planning. Validity and efficiency of the proposed motion-embedded COG Jacobian is simulated in the paper.

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