• 제목/요약/키워드: Biological information

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사철쑥의 항산화성과 항균성 (Antioxidant and Antimicrobial Activities of Artemisia capillaris Thunberg)

  • 최소라;유동현;김종엽;박춘봉;류정;김대향;은종선
    • 한국약용작물학회지
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    • 제16권2호
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    • pp.112-117
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    • 2008
  • 사철쑥의 수확시기와 부위에 따른 항산화성을 조사한 결과 총 페놀과 프라보노이드 함량은 잎>종실>줄기 순으로 낮아졌다. 6월 30일 잎에는 78.8 mg/g DW의 페놀과 78.2 mg/g DW의 플라보노이드가 함유되어 있었다. DDPH에 의한 radical소거능이 50%로 감소되는 시료 농도인 $RC_{50}$이 6월 30일 잎에서 $5.42\;{\mu}g$으로 낮게 나타나 항산화성이 가장 높았다. 이 때 BHA, BHT와 ${\alpha}-tocopherol$$RC_{50}$은 각각 $3.09\;{\mu}g,\;24.30\;{\mu}g\;and\;2.87\;{\mu}g$이었다. 또한 종실에서 Bacillus subtilis, Staphylococcus aureus, Enterobacter aerogenes, Citrobacter freundii, Vibrio vulnificus, Pseudomonas aeruginosa, Saccharomyces cerevisiae 등 7종에 대해 항균성이 나타난 반면 잎과 줄기에서는 항균성이 거의 없었다. 수확시기에 따른 종실의 Bacillus subtilis, Staphylococcus aureus, Vibrio vulnificus, Saccharomyces cerevisiae에 대한 향균성은 8월 30일에 높았으며 Enterobacter aerogenes, Citrobacter freundii, Pseudomonas aeruginosa에 대한 항균성은 7월 30일에 높았다.

Meta- and Gene Set Analysis of Stomach Cancer Gene Expression Data

  • Kim, Seon-Young;Kim, Jeong-Hwan;Lee, Heun-Sik;Noh, Seung-Moo;Song, Kyu-Sang;Cho, June-Sik;Jeong, Hyun-Yong;Kim, Woo Ho;Yeom, Young-Il;Kim, Nam-Soon;Kim, Sangsoo;Yoo, Hyang-Sook;Kim, Yong Sung
    • Molecules and Cells
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    • 제24권2호
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    • pp.200-209
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    • 2007
  • We generated gene expression data from the tissues of 50 gastric cancer patients, and applied meta-analysis and gene set analysis to this data and three other stomach cancer gene expression data sets to define the gene expression changes in gastric tumors. By meta-analysis we identified genes consistently changed in gastric carcinomas, while gene set analysis revealed consistently changed biological themes. Genes and gene sets involved in digestion, fatty acid metabolism, and ion transport were consistently down-regulated in gastric carcinomas, while those involved in cellular proliferation, cell cycle, and DNA replication were consistently up-regulated. We also found significant differences between the genes and gene sets expressed in diffuse and intestinal type gastric carcinoma. By gene set analysis of cytogenetic bands, we identified many chromosomal regions with possible gross chromosomal changes (amplifications or deletions). Similar analysis of transcription factor binding sites (TFBSs), revealed transcription factors that may have caused the observed gene expression changes in gastric carcinomas, and we confirmed the overexpression of one of these, E2F1, in many gastric carcinomas by tissue array and immunohistochemistry. We have incorporated the results of our meta- and gene set analyses into a web accessible database (http://human-genome.kribb.re.kr/stomach/).

난청인의 통화 청취도 향상을 위한 전화기 개발 (A Development of Telephone for the Hearing Impaired to Improve Listening Ability of Telephone Speech)

  • 이상민;송철규;이영묵;김원기
    • 대한의용생체공학회:의공학회지
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    • 제18권4호
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    • pp.457-466
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    • 1997
  • 청력장애인이 전화상의 말에 대한 청취력을 향상시킬수 있는 보청기능이 있는 전화기를 개발하였다. 최근 청력장애인이 늘어나고 있으며 생산자로서의 사회참여 욕구 또한 늘어나고 있는데 이들은 자신의 핸디캡을 메워줄 보조기기를 강력히 원하고 있다. 보청기능 전화기는 음성으로써 외부 정보를 획득할 수 있는 기본적인 통신 보조기기의 한 형태이다. 본 연구팀은 청력장애인의 청력특성을 분석하고 전화기에 청력 보상법을 적용함으로써 보청기능이 있는 새로운 모델의 전화기를 개발하였고 3가지 분야의 시험(전기적 시험, 단어 인지도 시험, 사용자 시험)을 수행하여 이 전화기의 유용성을 평가하였다. 새 전화기는 4개의 대역통과필터를 가지고 있으며 각 밴드의 중심주파수는 전화라인의 특성과 심리음향학적인 특성을 고려하여 500, 1000, 2000, 3000 Hz로 설정하였다. 청력장애인은 전화기의 증폭특성을 자신의 청력에 맞도록 피팅(fitting)할 수 있다. 즉 자신의 손실된 청력을 잘 보상하도록 4개 필터밴드에 대한 볼륨조절을 개별적으로 조정할 수 있다. 전화기의 전체 이득은 250~32000Hz 대역내에서 20㏈ 이상이다. 시험결과 새 모델의 전화기가 기존의 전화기보다 청력장애인의 전화음성 이해도를 향상 시킨다고 증명되었다. 향후 측음 및 잡음 억제, 주파수 대역분리, 청력패턴 보상과 심리음향적 라우드니스(loudness)보상에 대한 연구가 필요하며 공학과 임상 분야에서의 청력장애인의 언어 이지특성 연구를 통하여 더욱 발전된 전화기가 개발될 수 있다고 판단된다.

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선형적 위상배열 코일구조의 시뮬레이션을 통한 민감도지도의 공간 해상도 및 필터링 변화에 따른 MR-SENSE 영상재구성 평가 (Evaluation of MR-SENSE Reconstruction by Filtering Effect and Spatial Resolution of the Sensitivity Map for the Simulation-Based Linear Coil Array)

  • 이동훈;홍철표;한봉수;김형진;서재준;김소현;이춘형;이만우
    • 대한의용생체공학회:의공학회지
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    • 제32권3호
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    • pp.245-250
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    • 2011
  • Parallel imaging technique can provide several advantages for a multitude of MRI applications. Especially, in SENSE technique, sensitivity maps were always required in order to determine the reconstruction matrix, therefore, a number of difference approaches using sensitivity information from coils have been demonstrated to improve of image quality. Moreover, many filtering methods were proposed such as adaptive matched filter and nonlinear diffusion technique to optimize the suppression of background noise and to improve of image quality. In this study, we performed SENSE reconstruction using computer simulations to confirm the most suitable method for the feasibility of filtering effect and according to changing order of polynomial fit that were applied on variation of spatial resolution of sensitivity map. The image was obtained at 0.32T(Magfinder II, Genpia, Korea) MRI system using spin-echo pulse sequence(TR/TE = 500/20 ms, FOV = 300 mm, matrix = $128{\times}128$, thickness = 8 mm). For the simulation, obtained image was multiplied with four linear-array coil sensitivities which were formed of 2D-gaussian distribution and the image was complex white gaussian noise was added. Image processing was separated to apply two methods which were polynomial fitting and filtering according to spatial resolution of sensitivity map and each coil image was subsampled corresponding to reduction factor(r-factor) of 2 and 4. The results were compared to mean value of geomety factor(g-factor) and artifact power(AP) according to r-factor 2 and 4. Our results were represented while changing of spatial resolution of sensitivity map and r-factor, polynomial fit methods were represented the better results compared with general filtering methods. Although our result had limitation of computer simulation study instead of applying to experiment and coil geometric array such as linear, our method may be useful for determination of optimal sensitivity map in a linear coil array.

희귀·특산식물 매미꽃의 분포와 자생지 식생특성 및 보전 지위 평가 (Distribution, vegetation characteristics and assessment of the conservation status of a rare and endemic plant, Coreanomecon hylomeconoides Nakai)

  • 손성원;정재민;신재권;이병천;박광우;박선주
    • 식물분류학회지
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    • 제42권2호
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    • pp.116-125
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    • 2012
  • 한반도 특산식물인 매미꽃 자생 집단의 보전대책 수립을 위한 기초자료로 활용하고자 자생 집단의 분포와 식생환경 및 보전지위 평가를 수행하였다. 문헌자료 및 표본정보 수집과 현지조사를 통해 분포도를 작성한 결과 매미꽃은 지리산과 백운산 등 경상남도와 전라남도를 중심으로 주로 한반도 남부지방에 집중 분포하는 것으로 확인되었다. 또한 자생 집단은 주로 해발 227~744 m의 범위에 분포하였으며, 경사는 $5{\sim}11^{\circ}$ 계곡의 중 하부 지역에 많이 분포하였다. 8개 자생 집단에 대한 식생조사 결과 29개 조사구에서 총 238분류군이 출현하였으며, 각 조사구 내 초본층의 피도와 빈도를 기초로 매미꽃의 중요치를 산출한 결과 평균 25.34%로 나타났다. 8개 집단 내에 출현 종의 다양도는 평균 1.52였으며, 균등도와 우점도의 평균은 각각 0.83과 0.17로 산출되었다. 수집된 생물학적 자료를 바탕으로 IUCN 적색목록 기준에 의한 보전 지위를 평가한 결과 매미꽃은 Near Threatened(준위협종)에 포함되는 것으로 나타났으며, 이에 따라 매미꽃 자생 집단의 지속가능한 보존을 위한 전략수립과 필수적인 기초연구의 내용 및 방법이 논의 되었다.

멸종위기어류 부안종개 Iksookimia pumila의 난 발생 및 초기 생활사 (Egg Development and Early Life History of the Endangered Korean Spine Loach, Iksookimia pumila (Pisces: Cobitidae))

  • 고명훈;박상용;방인철
    • 한국어류학회지
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    • 제25권2호
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    • pp.65-73
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    • 2013
  • 우리나라 고유종이며 멸종위기어류인 부안종개 Iksookimia pumila의 발생생물학적 특성을 밝히고 복원의 기초자료를 확보하기 위하여 난발생 및 초기생활사 연구를 수행하였다. 성숙한 친어는 2010년 7월 7일 전라북도 부안군 상서면에서 족대를 이용하여 채집하였으며, 이후 친어의 복강에 Ovaprim (0.5 mL/kg)을 주사하여 12시간 경과 후 복부압박법으로 채란하여 건식법으로 인공수정시켰다. 산란된 난은 1,107 (352~1,440)개로 약간의 점착성을 띤 엷은 노란색의 분리침성난이었으며, 난경은 $1.3{\pm}0.04$ mm였다. 수온 $23^{\circ}C$에서 수정 후 52 (47~55) 시간에 부화하였으며, 크기는 전장 $4.7{\pm}0.14$ mm였다. 부화 후 5일에는 전장 $7.1{\pm}0.25$ mm로 난황을 모두 흡수하여 후기자어로 넘어갔으며, 부화 후 17일에는 전장 $12.2{\pm}1.10$ mm로 지느러미 기조가 모두 정수로 되어 치어기로 이행하였다. 부화 후 100일에는 전장 $31.0{\pm}3.98$ mm로 성장하고 외부형태 및 체측반문이 성어와 비교적 유사하였다.

산림성 조류의 번식기 음성녹음을 이용한 조류군집 평가 (Evaluation of the Forest Bird Community in the Breeding Season by using the Sound Recording System)

  • 유승화;한현진;김동원;주우영
    • 한국환경생태학회지
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    • 제32권1호
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    • pp.39-46
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    • 2018
  • 번식기 조류 조사(Breeding Bird surveys)는 생태계 내 군집 구조와 기능 그리고 생물다양성 보전을 위한 중요한 기초 자료를 제공한다. 최근 기후변화 등에 따른 생물다양성이 급변함에 따라 산림성 조류조사 데이터의 정확성 및 공간적인 확대와 시계열적 모니터링을 위해 음향 센서 등의 활용이 요구되고 있다. 본 연구의 목적은 조류 음성을 녹음한 데이터와 현장 조류조사 자료를 비교 분석하여 번식시기 산림성 조류의 군집 다양성 평가에 음향 녹음 센서의 활용 가능성을 파악하는 것이다. 2013년 5월 2일부터 16일까지 현장조사 및 녹음을 실시하였으며, 조사 대상지는 점봉산지역의 곰배령과 조침령, 그리고 소백산지역의 죽령과 고치령 구간으로 총 4개 권역 48개 지역, 186개 지점이었다. 녹음결과를 이용하여 현장조사에 의한 조류군집지수와의 상관관계를 분석한 결과, 녹음에 의한 조류 종의 수와 개체수, 울음소리 횟수는 현장조사에 의한 조류의 종의 수, 개체수와 유의미한 상관관계가 있었지만, 녹음에 의한 조류 종의 수와 음성의 횟수는 현장조사(관측과 청음 병행)에서의 종다양도, 종풍부도와 유의미한 상관관계가 있었지만 종균등도와는 약한 상관관계 혹은 관계가 없음으로 나타났다. 결과적으로 현장에서의 음성녹음 자료를 분석할 경우 조류군집의 종조성과 함께 종다양성을 확인할 수 있었다. 비번식기의 음성녹음에 비하여 번식기의 음성녹음은 녹음결과와 종다양성과의 상관관계에서 보다 신뢰도가 높게 나타났으며 활용가능성이 더 높은 것으로 사료된다.

도시(都市) 내(內) 고립(孤立) 림지(林地)의 소나무림(林)에 대(對)한 생태학적(生態學的) 진단(診斷) (Ecological Diagnosis on Korean Red Pine (Pinus densiflora Seibold & Zucc) Stands in Isolated Urban Forest)

  • 조현제
    • 한국산림과학회지
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    • 제96권4호
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    • pp.419-424
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    • 2007
  • 도시림은 도시생태계의 생물종다양성 유지와 증진에 많은 기회를 제공한다. 본 연구는 군락 및 경관생태학적 방법으로 서울, 인천, 대구, 울산, 그리고 청주 등 5개 도시역의 고립 임지 내 소나무림의 현존 상태를 진단하여 효율적인 보전방안을 모색하기 위한 기초정보를 제공하는데 있다. 5개 조사지역은 각각 나름대로의 지역적 특성을 나타내고 있었는데, 소나무림의 임분 동태에서 보면 모든 지역에서 소나무 유식물의 발생이 오래전 단절된 상태로 나타났다. 종다양성 지수에 있어서는 청주가 평균 1.86으로 가장 높게 나타났으며, 대구는 1.35로 가장 낮게 나타났다. 외래종 비율은 대구가 15.8%로 가장 높은 반면, 청주가 4.9%로 가장 낮게 나타나 종다양성과는 상반된 경향을 보였다. 식생 경관분석 결과, 소나무 패치의 복잡성 정도 즉 프랙탈 지수에 있어서는 대도시보다 중소도시에서 보다 높게 나타났으나 통계적으로 유의성은 없었다. 소나무 패치의 복잡성은 종다양성 및 종풍부도와 유의한 상관관계를 보였으나 외래종 비율과는 그렇지 않은 것으로 나타났다. 종합적으로 보면, 도시 내 고립 임지의 소나무림을 재생하기 위해서는 군락과 경관생태학적 정보에 의거한 생태학적 관리와 더불어 신중한 인공갱신 전략이 필요하다고 생각된다.

순위 비교를 기반으로 하는 다양한 유전자 개수로 이루어진 암 분류 결정 규칙의 생성 (Generating Rank-Comparison Decision Rules with Variable Number of Genes for Cancer Classification)

  • 윤영미;변상재;박상현
    • 정보처리학회논문지D
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    • 제15D권6호
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    • pp.767-776
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    • 2008
  • 마이크로어레이 기술은 최근 실험적 분자생물학 분야에서 활발히 사용되고 있는 기술이다. 마이크로어레이 데이터는 한 번의 실험으로 수 만개의 유전자에 대한 발현값을 얻을 수 있으므로, 여러 질병의 발현형질을 연구하는데 매우 유용하게 사용된다. 마이크로어레이 데이터의 문제점은 참여하는 유전자의 수에 비해 참여하는 샘플(생물조직샘플)의 수가 매우 적고, 분류분석 기법을 사용하여 얻어진 분류자의 해석이 어렵다는 점이다. 본 연구에서는 위의 문제점을 해결하고자, 샘플 내 순위를 이용하여 동일한 생물학적 목적으로 수행된 공개 마이크로어레이 데이터를 통합하고, 순위 비교를 기반으로 하는 다양한 유전자 개수로 이루어진 암 분류 결정 규칙들로 이루어진 분류자를 제안한다. 본 분류자는 k개의 규칙으로 이루어진 앙상블 방법을 기반으로 하며, 하나의 규칙은 최대N개의 유전자, 관련유전자간의 순위비교 관계식, 판별클래스로 이루어져 있다. 하나의 규칙에 참여하는 유전자의 수를 다양하게 함으로써 좀더 신뢰성 높은 분류자를 생성할 수 있다. 또한 본 분류자는 생물학적 해석이용이하며, 분류자를 구성하는 유전자를 명확히 식별할 수 있고, 총 개수가 많지 않으므로 임상환경에서의 사용가능성도 생각해 볼 수 있다.

Software development for the visualization of brain fiber tract by using 24-bit color coding in diffusion tensor image

  • Oh, Jung-Su;Song, In-Chan;Ik hwan Cho;Kim, Jong-Hyo;Chang, Kee-Hyun;Park, Kwang-Suk
    • 대한자기공명의과학회:학술대회논문집
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    • 대한자기공명의과학회 2002년도 제7차 학술대회 초록집
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    • pp.133-133
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    • 2002
  • Purpose: The purpose of paper is to implement software to visualize brain fiber tract using a 24-bit color coding scheme and to test its feasibility. Materials and Methods: MR imaging was performed on GE 1.5 T Signa scanner. For diffusion tensor image, we used a single shot spin-echo EPI sequence with 7 non-colinear pulsed-field gradient directions: (x, y, z):(1,1,0),(-1,1,0),(1,0,1),(-1,0,1),(0,1,1),(0,1,-1) and without diffusion gradient. B-factor was 500 sec/$\textrm{mm}^2$. Acquisition parameters are as follows: TUTE=10000ms/99ms, FOV=240mm, matrix=128${\times}$128, slice thickness/gap=6mm/0mm, total slice number=30. Subjects consisted of 10 normal young volunteers (age:21∼26 yrs, 5 men, 5 women). All DTI images were smoothed with Gaussian kernel with the FWHM of 2 pixels. Color coding schemes for visualization of directional information was as follows. HSV(Hue, Saturation, Value) color system is appropriate for assigning RGB(Red, Green, and Blue) value for every different directions because of its volumetric directional expression. Each of HSV are assigned due to (r,$\theta$,${\Phi}$) in spherical coordinate. HSV calculated by this way can be transformed into RGB color system by general HSV to RGB conversion formula. Symmetry schemes: It is natural to code the antipodal direction to be same color(antipodal symmetry). So even with no symmetry scheme, the antipodal symmetry must be included. With no symmetry scheme, we can assign every different colors for every different orientation.(H =${\Phi}$, S=2$\theta$/$\pi$, V=λw, where λw is anisotropy). But that may assign very discontinuous color even between adjacent yokels. On the other hand, Full symmetry or absolute value scheme includes symmetry for 180$^{\circ}$ rotation about xy-plane of color coordinate (rotational symmetry) and for both hemisphere (mirror symmetry). In absolute value scheme, each of RGB value can be expressed as follows. R=λw|Vx|, G=λw|Vy|, B=λw|Vz|, where (Vx, Vy, Vz) is eigenvector corresponding to the largest eigenvalue of diffusion tensor. With applying full symmetry or absolute value scheme, we can get more continuous color coding at the expense of coding same color for symmetric direction. For better visualization of fiber tract directions, Gamma and brightness correction had done. All of these implementations were done on the IDL 5.4 platform.

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