• 제목/요약/키워드: Biolog system

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Rapid Identification of Vibrio vulnificus in Seawater by Real-Time Quantitative TaqMan PCR

  • Wang, Hye-Young;Lee, Geon-Hyoung
    • Journal of Microbiology
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    • 제41권4호
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    • pp.320-326
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    • 2003
  • In order to identify Vibrio vulnificus in the Yellow Sea near Gunsan, Korea during the early and late summers, the efficiency of the real-time quantitative TaqMan PCR was compared to the efficiency of the conventional PCR and Biolog identification system^TM. Primers and a probe were designed from the hemolysin/cytolysin gene sequence of V. vulnificus strains. The number of positive detections by real-time quantitative TaqMan PCR, conventional PCR, and the Biolog identification system from seawater were 53 (36.8%), 36 (25%), and 10 strains (6.9%), respectively, among 144 samples collected from Yellow Sea near Gunsan, Korea. Thus, the detection method of the real-time quantitative TaqMan PCR assay was more effective in terms of accuracy than that of the conventional PCR and Biolog system. Therefore, our results showed that the real-time TaqMan probe and the primer set developed in this study can be applied successfully as a rapid screening tool for the detection of V. vulnificus.

Biolog Program을 이용한 참다래 궤양병균 동정용 Data Base (A Data Base for Identification of Pseudomonas syringae pv. actinidiae, the Pathogen of Kiwifruit Bacterial Canker, Using Biolog Program)

  • 고영진
    • 한국식물병리학회지
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    • 제13권2호
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    • pp.125-128
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    • 1997
  • Reactions of Pseudomonas syringae pv. actinidiae to 95 carbon sources in a 96-well microplate (BiOLOG GN MicroPlateTM) were investigated. The bacterium used 9 carbon sources such as D-mannitol, sucrose, etc., but did not use 62 carbon sources such as $\alpha$-cyclodextrin, dextrin, etc. Based on the reactions, a user data base for identification of P. syringae pv. actinidiae was constructed in Biolog program (BiOLOG MicroLogTM 2 system). P. syringae pv. actinidiae isolates collected from kiwifruits could be identified automatically with high similarity using the user data base, which could diagnose rapidly and easily whether the tree was infected with bacterial canker or not.

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Identification of Leuconostoc strains isolated from kimchi using carbon -source utilization patterns

  • Lee, Jung Sook;Chun, Chang Ouk;Kim, Sam Bong;Park, Bong Keun;Lee, Hun Joo;Ahn, Jong Seog;Mheen, Tae Ick
    • Journal of Microbiology
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    • 제35권1호
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    • pp.10-14
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    • 1997
  • The database of metabolic fingerprints generated using the GIolog system of lactic acid bacteria isolated from kimchi, described by Lee et al. (8), was used for the identification of 75 Leuconostoc isolates. The test strains were isoalted using a selective isolation medium specific for the genus Leuconostoc and examined for their ability to oxidize carbon sources using the Biolog system. The results show that the 75 test strains were identified to the known Leuconostoce clusters. It is suggested that the Biolog system can be applied for rapid identification of lactic acid bacteria isolated from kimchi.

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식품폐수 처리 단계별 미생물 대사지문 (Metabolic Fingerprinting of Food Wastewater Treatment System)

  • 유기환;이상현;이동근
    • 한국환경보건학회지
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    • 제34권4호
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    • pp.327-332
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    • 2008
  • To determine structure and activities of microbial communities in a food wastewater treatment system, biofilm of RABC (rotating activated Bacillus contactor) and samples of aeration tanks were analyzed. Heterotrophic bacterial concentrations were similar between biofilm and stage 1 aeration tank and decreased 2-log at stage 3 aeration tank as dissolved oxygen decreased, however portions of Bacillus groups were increased at stage 3 aeration tank. It was revealed by quantitative and qualitative analysis of metabolic fingerprinting patterns of Biolog GN2 plate that RABC represented much higher activities and a different microbial community structure compared to aeration tanks. Metabolic fingerprinting showed the carbon sources that isolated Bacillus groups could or could not use, were used similarly meaning that not only Bacillus groups but also other microbial groups would contribute to the treatment of wastewater.

PepN과 16S rRNA Gene Sequence 및 PCR 방법을 이용한 김치 젖산균의 동정 (Genetic Identification of the Kimchi Strain Using PCR-based PepN and 16S rRNA Gene Sequence)

  • 이명기;박완수;이병훈
    • 한국식품과학회지
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    • 제32권6호
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    • pp.1331-1335
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    • 2000
  • 김치 젖산균인 WL6는 API kit 또는 Biolog system방법에 의하여 동정한 결과, Leuconostoc mesenteroides ssp. cremoris, Leu. mesenteroides ssp. dextranicum 또는 Lactobacillus bifermentans로 나타나 동정되지 않았다. 그러나, pepN gene과 16S rRNA gene으로부터 2개의 specific-sequence primer set을 제조하여 PCR 방법으로 증폭한 후에 표준균주들과 비교한 결과, WL6는 Lactobacillus bifermentans로 추정되었다.

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바이칼호에서 분리한 빈영양성 세균과 저온성 세균의 탄소원 이용 특성 (Sole-Carbon-Source Utilization Patterns of Oligotrophic and Psychrotrophic Bacteria Isolated from Lake Baikal.)

  • 이건형;배명숙;박석환;송홍규;안태석
    • 미생물학회지
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    • 제40권3호
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    • pp.248-253
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    • 2004
  • 2000년 9월부터 2002년 12월 사이에 바이칼호에서 분리된 빈영양성 세균 168균주와 저온성 세균 132균주를 대상으로 BIOLOG Microplate를 이용하여 탄소원의 이용특성을 조사하였다. 본 연구에 사용된 빈영양성 세균 중 oxidase 양성 (GN-NENT 그룹)의 86% (56균주)와 oxidase음성 (GN-ENT그룹)의 89% (92균주), 저온성 세균 중 oxidase 음성 (GN-ENT 그룹)의 82% (85균주)는 다앙한 탄소원 중에서 $\alpha$-D-glucose를 이용할 수 있었으며, 저온성 세균 중 oxidase 양성 (GN-NENT 그룹)의 93% (26 균주)는 bromosuccinic acid를 이용하였다. $\alpha$-D-lactose는 빈영양성 GN-ENT 그룹의 일부만이 이용하였으며 나머지 균주들은 전혀 이용하지 못하였다. BIOLOG Microplate를 이용하여 동정된 균들을 속별로 살펴보면, Pseudomonas속이 49균주로 가장 많았으며, 그 외에도 Salmonella 속, Serratia속, Buttiauxella 속, Pantoea 속, Yersinia 속, Brevundimonas 속, Hydrogenophaga 속, Photorhabdus 속, Sphingomonas 속, Xenorhabdus 속이 동정되었다.

Linkage Between Biodegradation of Polycyclic Aromatic Hydrocarbons and Phospholipid Profiles in Soil Isolates

  • Nam, Kyoung-Phile;Moon, Hee-Sun;Kim, Jae-Young;Kukor, Jerome-J.
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제12권1호
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    • pp.77-83
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    • 2002
  • A bacterial consortium capable of utilizing a variety of polycyclic aromatic hydrocarbons has been isolated from a former manufactured gas plant site. The consortium consisted of four members including Arthrobacter sp., Burkholderia sp., Ochrobacterium sp., and Alcaligenes sp., which were identified and characterized by the patterns of fatty acid methyl esters (FAME analysis) and carbon source utilization (BIOLOG system). With the individual members, the biodegradation characteristics of aromatic hydrocarbons depending on different growth substrates were determined. FAME analyses demonstrated that microbial fatty acid profiles changed to significant extents in response to different carbon sources, and hence, such shift profiles may be informative to characterize the biodegradation potential of a bacterium or microbial community.

Botrytis cinerea에 의한 네프로레피스 잿빛곰팡이병 (Gray Mold of Nephrolepis Caused by Botrytis cinerea)

  • 전용호;김정호;김영호
    • 식물병연구
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    • 제12권2호
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    • pp.115-118
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    • 2006
  • [ $2000{\sim}2001$년 2월 수원시 농가 육묘장에서 B. cinerea 에 의한 네프로레피스 잿빛곰팡이병이 발생하였다. 병징은 잎에 발생하여 병든 부분이 검게 썩으며 병반부위에 회색의 곰팡이가 많이 생기고 심할 경우 감염된 부위가 말라 떨어진다. 분생포자는 무색, 단포자이며 난형 또는 타원형으로 크기는 $13.5{\sim}16.9{\times}6.8{\sim}9.2{\mu}m$였고, 분생자경 위에 분생포자가 아주 많이 형성되었다. 분생자경은 갈색으로 격막이 있고 폭은 $8.7{\sim}11.1{\mu}m$였다. 또한 탄소원 이용정도를 Biolog system을 사용하여 조사한 결과 참조 Botrytis cinerea 와 78%의 높은 유사도를 보였다. 이 곰팡이에 의한 네프로레피스 병은 국내에서 처음 발견되어 보고되므로 이 병을 네프로레피스 회색곰팡이병으로 명명하고자한다.

수돗물속에서 관재질에 따른 생물막의 CLPP (CLPP of Biofilm on Different Pipe Materials in Drinking Water Distribution System)

  • 이동근;이재화;이상현;하배진;하종명
    • 생명과학회지
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    • 제14권6호
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    • pp.891-894
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    • 2004
  • 배급수관망에 사용되는 아연도강관과 탄소강관이, 수돗물속에서 생장시키는 생물막의 세균농도와 미생물군집의 양상을 비교하기 위하여 Biolog GN plate를 이용한 CLPP를 수행하였다. 세균농도는 $10^4\;-\;10^6\;CFU/cm^2$이었고, 탄소강관과 아연도강관에 따른 생물막의 세균농도는 유의한 차이가 없었다. 평균적인 발색양상은 비슷하였지만 개별적인 CLPP 양상은 재질과 시기에 따라 다른 것으로 나타나, 미생물군집의 양상이 시간과 재질에 따라 다른 것을 알 수 있었다.