• Genomics & Informatics
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• 제21권1호
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• pp.15.1-15.4
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• 2023

Bioinformatics education can be defined as the teaching and learning of how to use software tools, along with mathematical and statistical analysis, to solve biological problems. Although many resources are available, most students still struggle to understand even the simplest sequence alignment algorithms. Applying visualizations to these topics benefits both lecturers and students. Unfortunately, educational software for visualizing step-by-step processes in the user experience of sequence alignment algorithms is rare. In this article, an educational visualization tool for biological sequence alignment is presented, and the source code is released in order to encourage the collaborative power of open-source software, with the expectation of further contributions from the community in the future. Two different modules are integrated to enable a student to investigate the characteristics of alignment algorithms.

• Genomics & Informatics
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• 제13권4호
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• pp.119-125
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• 2015

RNA is a polymeric molecule implicated in various biological processes, such as the coding, decoding, regulation, and expression of genes. Numerous studies have examined RNA features using whole transcriptome sequencing (RNA-seq) approaches. RNA-seq is a powerful technique for characterizing and quantifying the transcriptome and accelerates the development of bioinformatics software. In this review, we introduce routine RNA-seq workflow together with related software, focusing particularly on transcriptome reconstruction and expression quantification.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2004년도 The 3rd Annual Conference for The Korean Society for Bioinformatics Association of Asian Societies for Bioinformatics 2004 Symposium
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• pp.13-20
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• 2004

Grid system has the potential to resolve the current need of bioinformatics for super-computing environment inexpensively. There are already several Grid applications of bioinformatics tools. To solve the real-world bioinformatics problems, however, the various integration of each tool is necessary in addition to the implementation of more basic tools. Workflow based problem solving environment can be the efficient solution for this type of software development. There are still heavy overhead, however, to develop and implement workflow model on current Grid system. He re we propose a model of simple problem solving environment that enables component based workflow design of integrated bioinformatics applications on Grid environment by using Condor functionalities. We realized this model for practical bioinformatics solutions of a genome sequence analysis and a comparative genome analysis. We implemented necessary bioinformatics tools and interfacing tools as the components, and combine them in the workflow model of each solution by using the tools presented in Condor.

• 대한약학회:학술대회논문집
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• 대한약학회 2002년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.1
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• pp.173.2-174
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• 2002

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권1호
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• pp.44-49
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• 2015

Thermostable enzymes derived from Thermotoga maritima have attracted worldwide interest for their potential industrial applications. Structural analysis and docking studies were preformed on T. maritima β-glucosidase enzyme with cellobiose and pNP-linked substrates. The 3D structure of the thermostable β-glucosidase was downloaded from the Protein Data Bank database. Substrates were downloaded from the PubCehm database and were minimized using MOE software. Docking of BglA and substrates was carried out using MOE software. After analyzing docked enzyme/substrate complexes, it was found that Glu residues were mainly involved in the reaction, and other important residues such as Asn, Ser, Tyr, Trp, and His were involved in hydrogen bonding with pNP-linked substrates. By determining the substrate recognition pattern, a more suitable β-glucosidase enzyme could be developed, enhancing its industrial potential.

• Genomics & Informatics
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• 제5권4호
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• pp.200-202
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• 2007

For the past several years, we have built various tools for automatic construction of biopathways to help biological experts, especially in the field of agriculture. We integrated several systems for constructing web applications for analyzing biological pathway information for agricultural species, constructing optimized pathway maps. In addition to building web applications for agricultural pathway information, we developed several stand-alone software tools, which are publicly downloadable under proper license agreements.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2004년도 The 3rd Annual Conference for The Korean Society for Bioinformatics Association of Asian Societies for Bioinformatics 2004 Symposium
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• pp.86-100
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• 2004

계산을 통한 단백질 상호작용 예측 기법의 중요성이 제기되면서 많은 단백질 상호 작용 예측 기법이 제안되고 있다. 하지만 이러한 기법들이 일반 사용자가 손쉽게 사용할 수 있는 서비스 형태로 제공되고 있는 경우는 드물다. 본 논문에서는 현재까지 알려진 단백질 상호작용 예측 기법 중 예측 기법의 완성도가 높고 상대적으로 예측 정확도가 높은 것으로 알려진 도메인 조합 기반 단백질 상호 작용 예측 기법을 PreSPI(Prediction System for Protein Interaction)라는 서비스 시스템으로 설계하고 구현하였다. 구현된 시스템이 제공하는 기능은 크게 도메인 조합 기반 단백질 상호 작용 예측 기법을 서비스 형태로 만들어 제공하는 기능으로 입력 단백질 쌍에 대한 상호작용 예측이 중심이 된 핵심기능과, 핵심 기능으로부터 파생되는 기능인 부가 기능, 그리고 주어진 단백질에 대한 도메인 정보검색 기능과 같이 단백질 상호작용에 관하여 연구하는 연구자에게 도움이 되는 일반적인 기능으로 구성되어 있다. 계산을 통해 단백질 상호 작용을 예측하는 시스템은 대규모계산이 요구되는 경우가 많아 좋은 성능을 갖추는 것이 중요하다. 본 논문에서 구현된 PreSPI 시스템은 서비스에 따라 적절히 그 처리를 병렬화 함으로써 시스템의 성능 향상을 도모하였고, PreSPI 가 제공하는 기능을 웹 서비스 API 로 Deploy 하여 시스템의 개방성을 지원하고 있다. 또한 인터넷 환경에서 변화되는 단백질 상호 작용 및 도메인에 관한 정보를 유연하게 반영할 수 있도록 시스템을 계층 구조로 설계하였다. 본 논문에서는 PreSPI 가 제공하는 몇 가지 대표적인 서비스에 관하여 사용자 인터페이스를 중심으로 상술함으로써 초기 PreSPI 사용자가 PreSPI 가 제공하는 서비스를 이해하고 사용하는 데에도 도움이 되도록 하였다.있어서 자각증상, 타각소견(他覺所見)과 함께 이상(異常)은 확인되지 않았으며 부작용도 없었다. 이상의 결과로부터, ‘펩타이드 음료’는 경증고혈압 혹은 경계역고혈압자(境界域高血壓者)의 혈압을, 자각증상 및 혈액${\cdot}$뇨검사에도 전혀 영향을 미치지 않고 저하시킨다고 결론지었다.이병엽을 염색하여 흰가루 병균의 균사생장과 포자형성 등을 관찰한 결과 균사가 용균되는 것을 볼 수 있었으며, 균사의 용균정도와 분생포자형성 억제 정도는 병 방제효과와 일치하는 경향을 보였다.을 의미한다. IV형은 가장 후기에 포획된 유체포유물이며, 광산 주변에 분포하는 석회암체 등의 변성퇴적암류로부터 $CO_{2}$ 성분과 다양한 성분의 유체가 공급되어 생성된 것으로 여겨진다. 정동이 발달하고 있지 않으며, 백운모를 함유하고 있는 대유페그마타이트는 변성작용에 의한 부분용융에 의해 형성된 멜트에서 결정화되었으며, 상당히 높은 압력의 환경에서 대유페그마타이트의 결정화작용 과정에서 용리한 유체의 성분이 전기석에 포획되어 있다. 이때 용리된 유체는 다양한 성분을 지니고 있었으며, 매우 낮은 공융온도와 다양한 딸결정은 포유물 내에 NaCl, KCl 이외에 적어도 $CaCl_{2},\;MgCl_{2}$와 같은 성분을 포함하고 있음을 지시한다. 유체의 용리는 적어도 $2.7{\sim}5.3$ kbar 이상의 압력과 $230{\sim}328^{\circ}C$ 이상의 온도에서 시작되었다.없었다. 결론적으로 일부 한방제와 생약제제는 육계에서 항생제를 대체하여 사용이 가능하며 특히 혈액의 성분에 유의한 영향을 미치는 것으로 사료된다. 실증연구가 필요할 것으로 사료된다.trip과 Sof-Lex disc로 얻어진 표면은 레진전색제의 사용으로 표면조도의 개선

• Genomics & Informatics
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• 제17권4호
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• pp.45.1-45.3
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• 2019

To identify pathways associated with survival phenotypes using gene expression data, we recently proposed the hierarchical structural component model for pathway analysis of gene expression data (HisCoM-PAGE) method. The HisCoM-PAGE software can consider hierarchical structural relationships between genes and pathways and analyze multiple pathways simultaneously. It can be applied to various types of gene expression data, such as microarray data or RNA sequencing data. We expect that the HisCoM-PAGE software will make our method more easily accessible to researchers who want to perform pathway analysis for survival times.

• Genomics & Informatics
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• 제6권1호
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• pp.50-53
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• 2008

We have released five Java Application Programming Interface (API) packages for viewing three-dimensional structures of proteins from the Protein Data Bank. To this end, the user interface of an earlier version has been refactored in an object-oriented fashion, in which refactoring is the process of changing a software system to improve its internal structure, without altering the external behavior. Various GUI design and features have been provided conveniently thanks to the Model-View-Control (MVC) model, which is an architectural pattern used in software engineering. Availability: The source code and API specification can be downloaded from https://sourceforge.net/projects/j3dpsv/.

• 기술혁신연구
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• 제12권3호
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• pp.229-258
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• 2004

To promote successful bioinformatics commercialization in terms of CoPS, we try to explore a commercialization process based on the characteristics of the product. Our study shows that external integration with sector-specific infrastructure is a critical factor to obtaining a knowledge base for CoPS commercialization, and that sector-specific local infrastructure is useful resource for early commercialization stages(imagining, incubating, and demonstrating stages). This paper analyzes Ensoltek's commercialization process on the basis of analysis of bioinformatics industry and Daeduck Science Park. This leads us to suggest the following policy implication for supporting commercialization activities in bioinformatics industry ; long-term investment policy towards infrastructure and software R&D, promotion policy for collaboration, and introduction of commercialisation based industry-university-public research institute cooperation.