• 제목/요약/키워드: Bioinformatic

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생명과학 문헌정보 네트워크 프로토타입 설계 (Design of Biology and Bioinformatics Literature Network Prototype)

  • 안부영;안성수;권창혁;박형선
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2005년도 춘계학술발표대회
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    • pp.585-588
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    • 2005
  • 연구자들이 국외 생명과학관련 문헌정보를 찾으려면 PubMed와 같은 세계적인 문헌정보서비스를 많이 이용하며, 국내 생명과학관련 문헌정보를 찾으려면 KISTI 학회마을, KoreaMed 등 여러 사이트를 방문해야 한다. 이에 생명과학관련 연구를 원활히 수행할 수 있도록 생명정보 데이터베이스와 분석도구를 서비스하고 있는 KISTI 바이오인포매틱스센터(CCBB) 홈페이지에서 인터넷상의 Open Access 문헌정보와 국내 학회정보를 수집하여 메타 데이터베이스를 구축하여 서비스하고자 한다. 또한 생명과학 관련 주제별 Open Archiving 커뮤니티의 구성과 운영을 통한 연구자간의 정보교환을 유도하고, 더불어 논문뿐만 아니라 세미나, 연구노트 등의 최신의 연구정보를 공유할 수 있도록 본 프로토타입 시스템을 설계하였다.

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스트림 데이터 처리를 위한 질의 색인 기법 (Query Indexing Technique for Processing Stream Data)

  • 이동규;정재두;이양구;정영진;류근호
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2006년도 추계학술발표대회
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    • pp.381-384
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    • 2006
  • 센서 네트워크 환경에서 스트림 데이터를 모니터링 하기 위해서는 스트림 데이터에 대한 연속적인 질의들을 효과적으로 처리하는 것이 필요하다. 이러한 연속적인 질의를 빠르게 검색하고 처리하기 위하여 낮은 저장 비용과 빠른 탐색 성능을 가진 질의 색인 기법이 많이 활용되고 있다. 기존 연구들은 사전에 삽입될 Interval 을 알고 트리를 구성하므로 동적인 삽입, 삭제가 불가능하거나 삽입된 Interval 수와 Interval 의 범위에 따라 높은 저장 비용이나 상대적으로 느린 탐색 속도를 보인다. 따라서 이 논문에서는 연속적인 질의 처리를 효율적으로 하기 위하여 Hashed Multiple Lists 를 제안한다. 제안된 기법은 빠른 선형 탐색 성능과 낮은 저장 비용을 요구하며 삽입, 삭제가 용이하고 다양한 범위를 표현할 수 있는 장점이 있다. 제안된 색인 기법은 센서 네트워크를 응용한 시스템과 상황 인식 시스템 등에서 연속적인 질의를 처리하는데 활용할 수 있다.

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Identifying pathogenic variants related to systemic lupus erythematosus by integrating genomic databases and a bioinformatic approach

  • Ratih Dewi Yudhani;Dyonisa Nasirochmi Pakha;Suyatmi Suyatmi;Lalu Muhammad Irham
    • Genomics & Informatics
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    • 제21권3호
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    • pp.37.1-37.11
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    • 2023
  • Systemic lupus erythematosus (SLE) is an inflammatory-autoimmune disease with a complex multi-organ pathogenesis, and it is known to be associated with significant morbidity and mortality. Various genetic, immunological, endocrine, and environmental factors contribute to SLE. Genomic variants have been identified as potential contributors to SLE susceptibility across multiple continents. However, the specific pathogenic variants that drive SLE remain largely undefined. In this study, we sought to identify these pathogenic variants across various continents using genomic and bioinformatic-based methodologies. We found that the variants rs35677470, rs34536443, rs17849502, and rs13306575 are likely damaging in SLE. Furthermore, these four variants appear to affect the gene expression of NCF2, TYK2, and DNASE1L3 in whole blood tissue. Our findings suggest that these genomic variants warrant further research for validation in functional studies and clinical trials involving SLE patients. We conclude that the integration of genomic and bioinformatic-based databases could enhance our understanding of disease susceptibility, including that of SLE.

XML 기반의 생물정보학시스템 (XML-BASED BIOINFORMATIC SYSTEMS)

  • 신종환;정무영
    • 한국경영과학회:학술대회논문집
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    • 대한산업공학회/한국경영과학회 2002년도 춘계공동학술대회
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    • pp.301-305
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    • 2002
  • Bioinformatics can beexplained as the science of developing algorithms, applicatiou tools, and computer databases and so on, for the purpose of supporting and enhancing biological research. Bioinformatic information systems (BIS) typically handle large data sets and the amount of the data goes up exponentially. Another impediment to easy extraction and retrieval of genomic data in BIS is the need to access different sites for similar information. Recently. there has been some attempts to integrate bioinformatics data in the World Wide Web (WWW) among the bioinformatics community by the internet computing technology. However, the work to integrate bioinformatics data on a universal platform has some problems because of the lack of standard, terminologies, semantics, and ontologies about bioinformatics. In this paper, an XML-based BIS architecture is proposed as an integrated BIS framework. The XML and related technologies allow the creation of meaningful information tags to exchange data between various databases as a standard format, and to create more simple interfaces. This integrated BIS framework has bioinformatic architectural components which is used in the Corporate Information Factory (CIF) method.

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DNA Microarrav Analysis on Saccharomyces cerevisiae under High Carbon Dioxide Concentration in Fermentation Process

  • Nagahisa, Keisuke;Nakajima, Toshiharu;Yoshikawa, Katsunori;Hirasawa, Takashi;Katakura, Yoshio;Furusawa, Chikara;Shioya, Suteaki;Shimizu, Hiroshi
    • Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
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    • 제10권5호
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    • pp.451-461
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    • 2005
  • The effect of carbon dioxide on yeast growth was investigated during the cultivation of pH 5.0 and pH 6.8. by replacing the nitrogen part with carbon dioxide under aerobic conditions. The values of the specific growth rate under pH 5.0 and pH 6.8 conditions became 64.0% and 46.9%, respectively, compared to those before the change in gas composition. This suggests that the effect of carton dioxide was greater pronounced in pH 6.8 than in pH 5.0. The genome-wide transcriptional response to elevated carbon dioxide was examined using a DNA microarray. As for upregulated genes, it was noteworthy that 3 genes were induced upon entry into a stationary phase and 6 genes were involved in stress response. Of 53 downregulated genes, 22 genes were involved in the ribosomal biogenesis and assembly and 5 genes were involved in the lipid metabolism. These facts suggest that carbon dioxide could bring the cell conditions partially to a stationary phase. The ALD6 gene encoding for cytosolic acetaldehyde dehydrogenase was downregulated, which would lead to a lack of cell components for the growth. The downregulation of ALD6 was greater in pH 6.8 than in pH 5.0. consistent with physiological response. This suggests that it might be the most effective factor for growth inhibition.

생물다양성 학습을 위한 생물다양성 DB 활용에 관한 연구 (A Study on Using of Biodiversity Database for Learning of Biodiversity)

  • 안부영;조희형;박재홍
    • 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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    • 한국콘텐츠학회 2005년도 추계 종합학술대회 논문집
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    • pp.428-432
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    • 2005
  • 본 논문에서는 국내에 산재한 생물다양성정보를 학습에 활용하기 위하여 KISTI에서 구축한 생물다양성 DB 현황과 e-Learning의 기술요소 등을 조사하였으며, 기존에 구축된 생물다양성정보 DB를 활용하여 일반인과 학생들을 위한 생물다양성 학습 콘텐트를 기획하고 설계하였다. 본 설계를 바탕으로 생물다양성 콘텐트를 개발한다면, 국토가 좁고, 네트워크 인프라가 잘 갖추어져 있는 우리나라의 실정에 맞는 사이버공간상의 학습의 장으로서 일반인과 학생들에게 양질의 생물다양성 학습 콘텐트를 제공할 수 있으리라 기대한다.

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