• 대한원격탐사학회:학술대회논문집
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• 대한원격탐사학회 2007년도 Proceedings of ISRS 2007
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• pp.438-441
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• 2007

Recently, due to molecular biology and engineering technology, DNA microarray makes people watch thousands of genes and the state of variation from the tissue samples of living body. With DNA Microarray, it is possible to construct a genetic group that has similar expression patterns and grasp the progress and variation of gene. This paper practices Cluster Analysis which purposes the discovery of biological subgroup or class by using gene expression information. Hence, the purpose of this paper is to predict a new class which is unknown, open leukaemia data are used for the experiment, and MCL (Markov CLustering) algorithm is applied as an analysis method. The MCL algorithm is based on probability and graph flow theory. MCL simulates random walks on a graph using Markov matrices to determine the transition probabilities among nodes of the graph. If you look at closely to the method, first, MCL algorithm should be applied after getting the distance by using Euclidean distance, then inflation and diagonal factors which are tuning modulus should be tuned, and finally the threshold using the average of each column should be gotten to distinguish one class from another class. Our method has improved the accuracy through using the threshold, namely the average of each column. Our experimental result shows about 70% of accuracy in average compared to the class that is known before. Also, for the comparison evaluation to other algorithm, the proposed method compared to and analyzed SOM (Self-Organizing Map) clustering algorithm which is divided into neural network and hierarchical clustering. The method shows the better result when compared to hierarchical clustering. In further study, it should be studied whether there will be a similar result when the parameter of inflation gotten from our experiment is applied to other gene expression data. We are also trying to make a systematic method to improve the accuracy by regulating the factors mentioned above.

• 한국균학회소식:학술대회논문집
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• 한국균학회 2014년도 추계학술대회 및 정기총회
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• pp.41-41
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• 2014

Agaricus bisporus, commonly known as the button mushroom, is the most widely cultivated species of edible fungi. Low frequency of recombination ratio and homokaryotic or monokaryotic spore on meiotic basidia form obstacles for breeding programs. Since the first hybrid varieties for white button mushrooms were released in Europe, new varieties released afterwards were either identical of very similar to these first hybrids on morphologies. Therefore, different DNA markers have been used to define unique varieties of A. bisporus strains. Aim of this study is to assess the genetic diversity of different A. bisporus strains in Korea. Twelve UFP (Universal fungal primer, JK BioTech. Ltd), 12 simple sequence repeat (ISSR) and 30 SSR primers were used to assess genetic diversity of monokaryotic and dikaryotic Agaricus bisporus strains including other 19 Agaricus spp. Of them, four UFP, four SSR primers, $(GA)_8T$, $(AG)_8YC$, $(GA)_8C$ and $(CTC)_6$ and seven SSR markers produced PCR polymorphic bands between the Agaricus species or within A. bisporus strains. PCR polymorphic bands were inputted for UPGMA cluster analysis. Forty five strains of A. bisporus are genetically clustered into 6 groups, showing coefficient similarity from 0.75 to 0.9 among them. In addition, genetic variations of monokaryotic and dikaryotic Agaricus bisporus strains were partially detected by PCR technologies of this study. The varieties, Saea, saedo, Saejeong and Saeyeon that have recently been developed in Korea were involved in the same group with closely genetic relationship of coefficient similarity over 0.96, whereas, other strains were genetically related to A. bisporus strains that were introduced from USA, Eroupe and Chinese.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제55권4호
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• pp.128-135
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• 2012

Purpose: Unbalanced diets and decreased physical activity have contributed to increased prevalence of obesity and metabolic syndrome in adolescents. We have performed a systematic review and data analysis to examine the association between dietary pattern and metabolic syndrome risk factors in adolescents. Methods: We searched the PubMed and BioMedLib databases for appropriate articles published during the past 10 years and selected 6 articles. The studies reviewed applied factor analysis or cluster analysis to extract dietary patterns. For data analysis, we examined the association between dietary patterns and the prevalence of metabolic syndrome risk factors using data of 3,168 adolescents (13 to 18 years) obtained from 4 consecutive Korean Nutrition Health and Nutrition Examination Surveys (1998, 2001, 2005, and 2007 to 2009). Results: Our systematic review confirmed that western dietary patterns are positively associated with metabolic syndrome risk factors such as obesity and elevated triglycerides, while traditional dietary patterns were negatively associated. Data analysis found that the number of adolescents aged 16 to 18 years who had "Rice & Kimchi" dietary pattern decreased, while the number having western dietary patterns increased during the 1998 to 2009 time frame. There were no changes in the dietary patterns in adolescents aged 13 to 15 years. The risk of elevated serum triglycerides and reduced serum high density lipoprotein cholesterol was high in the "Rice & Kimchi" dietary pattern compared to the other dietary pattern groups. Conclusion: Because adolescents' dietary patterns are changing continuously and have long-term effects, further studies on the dietary patterns of adolescents and their health effects into adulthood are necessary.

• Korean Chemical Engineering Research
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• 제45권6호
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• pp.611-618
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• 2007

아민기로 코팅된 단분산 폴리스티렌 입자를 제조한 뒤 톨루엔-물로 구성된 유중수 액적(oil-in-water emulsion) 내부에서 입자를 자기 조립(self-assembly)시켜 다양한 다면체(polyhedra) 구조의 콜로이드 클러스터(colloidal cluster)를 제조하였다. 콜로이드 클러스터의 표면에서 솔-젤(sol-gel) 반응을 유발한 뒤 표면이 실리카로 코팅된 복합(composite) 콜로이드 클러스터를 제조할 수 있었고 이를 주형(template)으로 활용하여 고온 소성에 의해 내부의 폴리스티렌 입자를 제거하고 마이크로미터 크기의 다양한 구조의 비구형상 공동 입자(hollow particle)를 제조하였다. 밀도구배원심분리법 (density gradient centrifugation)에 의해 폴리스티렌 구성 입자의 수와 구조가 균일한 콜로이드 클러스터를 제조할 수 있었으며 표면 솔-젤 반응에 의해 비구형상 구조의 공동 입자를 제조하였다.

• 한국경제지리학회지
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• 제25권3호
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• pp.339-356
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• 2022

본 연구는 창업과 기업 성장 기반이 취약한 비수도권 지역에서 지역대학의 우수한 연구·산학협력 역량을 기반으로 캠퍼스에 지역혁신생태계를 구축한 사례로서 일본의 홋카이도대학 리서치&비즈니스파크에 주목한다. 홋카이도대학 리서치&비즈니스파크는 캠퍼스 유휴부지를 활용하여 지역 주도로 중장기계획을 수립하고, 그에 따라 2003년부터 지금까지 점진적인 개발과정을 거쳐서 조성되고 있으며, 지역대학 특성화와 지역산업 기반을 고려한 바이오산업클러스터 구축이라는 산업적 접근 방식을 통해 산학협력 활성화를 추구하였다. 또한 지역 산학연관 협력적 거버넌스에 의해 다양한 기업지원 서비스를 제공한다. 이러한 홋카이도대학 리서치&비즈니스파크 조성전략은 최근 캠퍼스 혁신파크 등 대학 캠퍼스를 활용하여 지역의 발전을 도모하는 각종 정책 및 사업에 중요한 정책적 시사점을 제공한다.

• Journal of Veterinary Science
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• 제21권6호
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• pp.73.1-73.10
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• 2020

Background: Bovine papilloma is a neoplastic disease caused by bovine papillomaviruses (BPVs), which were recently divided into 5 genera and at least 24 genotypes. Objectives: The complete genome sequence of BPV type 15 (BPV Aks-02), a novel putative BPV type from skin samples from infected cows in Southern Xinjiang China, was determined by collecting warty lesions, followed by DNA extraction and amplicon sequencing. Methods: DNA was analyzed initially by polymerase chain reaction (PCR) using the degenerate primers FAP59 and FAP64. The complete genome sequences of the BPV Aks-02 were amplified by PCR using the amplification primers and sequencing primers. Sequence analysis and phylogenetic analysis were performed using bio-informatic software. Results: The nucleotide sequence of the L1 open reading frame (ORF) of BPV Aks-02 was 75% identity to the L1 ORF of BPV-9 reference strain from GenBank. The complete genome consisted of 7,189 base pairs (G + C content of 42.50%) that encoded 5 early (E8, E7, E1, E2, and E4) and 2 late (L1 and L2) genes. The E7 protein contained a consensus CX₂CX₂₉CX₂C zinc-binding domain and a LxCxE motif. Among the different members of this group, the percentages of the complete genome and ORFs (including 5 early and 2 late ORFs) sequence identity of BPV Aks-02 were closer to the genus Xipapillomavirus 1 of the Xipapillomavirus genus. Phylogenetic analysis and sequence similarities based on the L1 ORF of BPV Aks-02 revealed the same cluster. Conclusions: The results suggest that BPV type (BPV Aks-02) clustered with members of the Xipapillomavirus genus as BPV 15 and were closely related to Xipapillomavirus 1.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제34권5호
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• pp.1017-1028
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• 2024

Lignocellulolytic enzymes play a crucial role in efficiently converting lignocellulose into valuable platform molecules in various industries. However, they are limited by their production yields, costs, and stability. Consequently, their production by producers adapted to local environments and the choice of low-cost raw materials can address these limitations. Due to the large amounts of olive stones (OS) generated in Morocco which are still undervalued, Penicillium crustosum, Fusarium nygamai, Trichoderma capillare, and Aspergillus calidoustus, are cultivated under different fermentation techniques using this by-product as a local lignocellulosic substrate. Based on a multilevel factorial design, their potential to produce lignocellulolytic enzymes during 15 days of dark incubation was evaluated. The results revealed that P. crustosum expressed a maximum total cellulase activity of 10.9 IU/ml under sequential fermentation (SF) and 3.6 IU/ml of β-glucosidase activity under submerged fermentation (SmF). F. nygamai recorded the best laccase activity of 9 IU/ml under solid-state fermentation (SSF). Unlike T. capillare, SF was the inducive culture for the former activity with 7.6 IU/ml. A. calidoustus produced, respectively, 1,009 ㎍/ml of proteins and 11.5 IU/ml of endoglucanase activity as the best results achieved. Optimum cellulase production took place after the 5th day under SF, while ligninases occurred between the 9th and the 11th days under SSF. This study reports for the first time the lignocellulolytic activities of F. nygamai and A. calidoustus. Furthermore, it underlines the potential of the four fungi as biomass decomposers for environmentally-friendly applications, emphasizing the efficiency of OS as an inducing substrate for enzyme production.

• 생물환경조절학회지
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• 제20권3호
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• pp.211-215
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• 2011

포도 '캠벨얼리' 품종의 결과지당 적정 엽수를 구명하기 위해 만개 30일 후에 결과지당 2송이를 착과시키고, 첫 번째 송이는 70~75립, 두 번째 송이는 35~40립으로 조절하고 변색기 이후 과실의 품질변화를 조사하였다. 과실의 당도는 변색기 이후 28일 동안 급격히 증가하였으나, 그 이후에는 일정한 수준을 유지하였다. 결과지당 15엽 처리구는 착색초기부터 빠르게 증가되어 착색 28일 후에 $16.0^{\circ}Bx$ 이상 되었으나, 결과 지당 10엽 처리구는 $12.0^{\circ}Bx$로 증가폭이 적었고, 결과 지당 5엽 및 0엽 처리구는 당도 축적이 거의 없었다. 산도는 모든 처리구에서 28일 동안 감소되었고, 결과 지당 엽수가 많을수록 감소폭도 컸다. 결과지당 15엽 처리구는 변색기 이후 7일 동안 빠르게 감소된 후 수확기까지 꾸준히 감소되어 0.5%로 되었으나, 결과지당 5엽 및 0엽 처리구는 감소세가 완만하여 수확기에도 산 함량이 1.0%로 높았다. 과피색은 결과지당 15엽에서 hunter L과 b값이 변색기 이후 7일 동안 빠르게 감소되었고, 그 이후에는 완만하게 감소되어 수확기에 가장 낮은 값을 나타냈고, hunter a값은 변색기 이후 7일 동안 빠르게 증가되었고, 그 이후에는 약간 감소되었다. 그러나 결과지당 5엽 및 0엽 처리구는 hunter L과 b값이 변색기부터 완만하게 감소되었고, hunter a 값은 착색초기에는 현저히 낮았으나, 수확기까지 꾸준히 증가되었다. 총 안토시아닌은 결과지당 15엽 처리구에서 변색기 7일 후부터 빠르게 증가된 후 변색기 28일 후부터는 일정한 수준을 유지하였고, 다른 처리구는 변색기 이후 큰 차이가 없었다.

• 생물환경조절학회지
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• 제24권3호
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• pp.217-225
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• 2015

본 연구에서는 동절기 시설원예 난방에너지 절감을 위해 방울토마토의 온도민감부인 생장부를 추종하면서 난방을 수행할 수 있는 국소난방 시스템을 개발하고자 하였다. 방울토마토 생장부 추종형 국소난방시스템은 온실하류로의 균일한 열분배를 위해 내/외부 덕트와 온풍난방기를 연결하는 이중덕트 분배장치, 정식 후 작물 유인에 따라 덕트를 토마토 줄기끝 생장점과 개화화방을 추종하여 상하로 이동시키기 위한 권취장치 등으로 구성되었다. 국소난방 시스템의 운용은 토마토 정식 직후에는 덕트를 작물 상부에 위치시키며 작물 생장에 따라 생장부 국소난방과 차광 회피를 위해 덕트를 상하로 이동시켰다. 방울토마토 수경재배 온실을 대상으로 생장부 국소난방구와 관행의 바닥덕트 난방구에 대해 난방성능과 작물생육 비교시험을 수행하였다. 그 결과 생장부 국소난방구는 야간 난방시간에 작물 군락내 상부 기온이 하부에 비해 $0.9{\sim}2.0^{\circ}C$ 높으며, 바닥덕트 난방구에 비해 군락상부 기온은 $0.3{\sim}1.8^{\circ}C$ 높고, 하부 기온은 $1.4{\sim}1.8^{\circ}C$ 낮게 나타나 온도에 민감한 상부 생장부를 상대적 고온으로 관리하고, 군락하부는 상대적 저온으로 관리 가능하며, 관행 바닥덕트 난방구의 높이별 온도분포를 역전시킬 수 있음을 확인하였다. 토마토 군락에 대한 적외선 열화상 측정을 통해 정식 직후부터 줄기내림 유인재배기간에 걸쳐 생장부 국소난방구는 군락내에 높이별 엽온의 온도성층화를 형성하여 생장부 추종 국소난방이 가능함을 확인하였다. 난방방식별 작물생육 분석결과 초장을 제외한 나머지 항목은 유의적인 차이가 없었으며, 수확량에서도 생장부 국소난방구가 초기 수량이 약간 우세하였으나 총 수확량은 동일한 수준으로 나타났다. 온풍난방비 경유소비량은 생장부 국소난방구가 군락의 높이별 최적 온도관리로 관행 바닥덕트 난방구에 비해 약 23.7% 절감되는 것으로 나타났다. 본 시스템은 길이 90m 온실에 대한 적용시험에서 열분배 성능의 한계로 온실 상/하류간 온도편차가 발생하였으며, 시스템 개선을 위해 내부덕트의 직경 또는 두께 상향, 열복사 억제 재질의 덕트 사용 등 열분배 성능 최적화를 위한 추가연구가 필요한 것으로 판단되었다.

• 한국해양학회지:바다
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• 제16권1호
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• pp.27-38
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• 2011

동계 진해만 광역해역의 식물플랑크톤의 군집구조와 영양염 제한 특성을 파악하고자 식물플랑크톤 군집의 정점간 비교와 환경인자간의 관계를 조사하였다. 아울러 식물플랑크톤의 성장에 영향을 미치는 제한영양염을 평가하기 위해서 현장수를 이용하여 생물검정실험을 수행하였다. 조사기간동안 규조류와 은편모조류는 대부분의 정점에서 전체 식물플랑크톤의 90% 이상을 점유하였고, 식물플랑크톤의 현존량은 마산만이 진해만 보다 현저히 높게 관찰되었다. DIN:DIP 비, pH, 투명도는 식물플랑크톤의 생물량과 유의한 양(+)의 관계를 보였다. 식물플랑크톤 군집구조를 바탕으로 Cluster 분석과 MSD 분석을 한 결과 크게 3개의 그룹으로 구분되었다. 제 1그룹은 고성과 통영을 중심으로 한 진해만 서부해역으로 은편모조류가 전체 식물플랑크톤 현존량에 50% 이상으로 우점하였다. 제 2그룹은 마산만 가장 내측해역으로 높은 생물량, 낮은 투명도, 높은 DIN:DIP 비가 관찰된 것이 특이적이였다. 제 3그룹은 진해만 동부수역에 해당되는 마산만 외측과 진해만 중앙해역으로 구분이 되었고, 이들 정점의 특성은 DSi:DIP 비가 높았고, 규조류가 우점출현하였다. 영양염 절대농도와 구성성분비에 의한 제한영양염과 생물검정실험을 통한 영양염 제한은 마산만 대부분의 정점은 P 영양염의 제한이 관찰되었고, 진해만은 N기원의 영양염제한이 식물플랑크톤의 증식에 중요한 역할을 하는 것으로 파악되었다. 동계 진해만은 규산염이 상대적으로 풍부하게 존재하였고, 이는 규조류가 우점하기 좋은 환경이라 사료된다.