• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제27권5호
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• pp.616-627
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• 2014

The Lanyu is a miniature pig breed indigenous to Lanyu Island, Taiwan. It is distantly related to Asian and European pig breeds. It has been inbred to generate two breeds and crossed with Landrace and Duroc to produce two hybrids for laboratory use. Selecting sets of informative genetic markers to track the genetic qualities of laboratory animals and stud stock is an important function of genetic databases. For more than two decades, Lanyu derived breeds of common ancestry and crossbreeds have been used to examine the effectiveness of genetic marker selection and optimal approaches for individual assignment. In this paper, these pigs and the following breeds: Berkshire, Duroc, Landrace and Yorkshire, Meishan and Taoyuan, TLRI Black Pig No. 1, and Kaohsiung Animal Propagation Station Black pig are studied to build a genetic reference database. Nineteen microsatellite markers (loci) provide information on genetic variation and differentiation among studied breeds. High differentiation index ($F_{ST}$) and Cavalli-Sforza chord distances give genetic differentiation among breeds, including Lanyu's inbred populations. Inbreeding values ($F_{IS}$) show that Lanyu and its derived inbred breeds have significant loss of heterozygosity. Individual assignment testing of 352 animals was done with different numbers of microsatellite markers in this study. The testing assigned 99% of the animals successfully into their correct reference populations based on 9 to 14 markers ranking D-scores, allelic number, expected heterozygosity ($H_E$) or $F_{ST}$, respectively. All miss-assigned individuals came from close lineage Lanyu breeds. To improve individual assignment among close lineage breeds, microsatellite markers selected from Lanyu populations with high polymorphic, heterozygosity, $F_{ST}$ and D-scores were used. Only 6 to 8 markers ranking $H_E$, $F_{ST}$ or allelic number were required to obtain 99% assignment accuracy. This result suggests empirical examination of assignment-error rates is required if discernible levels of co-ancestry exist. In the reference group, optimum assignment accuracy was achievable achieved through a combination of different markers by ranking the heterozygosity, $F_{ST}$ and allelic number of close lineage populations.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제62권4호
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• pp.438-448
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• 2020

This study was performed to increase the accuracy of genomic estimated breeding value (GEBV) predictions for domestic pigs using single-breed and admixed reference populations (single-breed of Berkshire pigs [BS] with cross breed of Korean native pigs and Landrace pigs [CB]). The principal component analysis (PCA), linkage disequilibrium (LD), and genome-wide association study (GWAS) were performed to analyze the population structure prior to genomic prediction. Reference and test population data sets were randomly sampled 10 times each and precision accuracy was analyzed according to the size of the reference population (100, 200, 300, or 400 animals). For the BS population, prediction accuracy was higher for all economically important traits with larger reference population size. Prediction accuracy was ranged from -0.05 to 0.003, for all traits except carcass weight (CWT), when CB was used as the reference population and BS as the test. The accuracy of CB for backfat thickness (BF) and shear force (SF) using admixed population as reference increased with reference population size, while the results for CWT and muscle pH at 24 hours after slaughter (pH) were equivocal with respect to the relationship between accuracy and reference population size, although overall accuracy was similar to that using the BS as the reference.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제50권4호
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• pp.465-474
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• 2008

연구에서는 돼지의 세포 분화 및 활성적 특이성과 개체의 성장, 노화의 생물학적 특성을 구명하고자 국내 대표적인 종돈을 대상으로 telomeric DNA probe를 이용한 양적형광접합보인법(Q-FISH)으로서 백혈구 세포의 연령 별, 품종 별, 성 별 텔로미어 함량을 분석 고찰하고, 텔로미어 함유율과 개체 별 각 생산 능력과의 연관성을 검토하고자 하였다. 본 연구에 공시된 품종은 대한양돈협회 제2종돈능력검정소에서 검정 사육된 Yorkshire, Landrace, Duroc 및 Berkshire종 암수 100두 이상으로서 분석 결과, 돼지의 연령이 증가함에 따라 유의한 텔로미어 함유율의 감소를 나타내었고, 품종 간에 있어서도 유색 종이 백색 종에 비해 유의적으로 높은 텔로미어 함유율을 보였으며, 성 간에도 수컷이 암컷에 비해 높은 텔로미어 함유율을 나타내었다. 한편 각 개체 별 능력검정 성적과 텔로미어 함유율 간의 상관관계를 분석한 바 일당 증체량, 정육율 및 선발지수와는 정(+)의 상관을 보이고, 체장, 사료 요구율 및 등지방 두께와는 부(－)의 상관을 보여 선발 지표로서 매우 바람직한 양상을 보이나 이들 간의 상관계수가 낮고 또한 모든 계수가 유의성이 없는 것으로 분석되어 각 경제형질과 개체의 텔로미어 함유율 간에 큰 연관성이 없는 것으로 나타났다. 이상의 결과들을 종합하여 볼 때 텔로미어 함유율이 돼지의 생리 표지로서 활용은 가능하나 생산능력의 표지로서 이용하기에는 다소 어려움이 있는 것으로 사료된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권2호
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• pp.83-87
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• 2012

본 연구에서는 18,668두의 자가검정 및 입회검정된 돼지 자료를 이용하여 유전모수를 추정하였다. 2007년부터 2011년 4월까지 전라남도 영광 소재 N 종돈장에서 검정된 Duroc, Berkshire, Landrace 및 Yorkshire종 18,668두에 대한 자료를 근거로 하여 돼지의 주요 산육형질인 일당증체량, 체고 및 체장에 대한 유전력, 유전상관 및 표현형상관을 다형질 Animal model을 이용하여 추정하였다. 본 연구에서 추정된 Duroc종에 대한 일당증체량, 체고 및 체장에 대한 유전력은 0.22, 0.37, 0.4로 추정되었으며 Berkshire종의 유전력은 0.58, 0.34 및 0.48로 나타났고 Landrace종의 각 형질의 유전력은 0.26, 0.41 및 0.52이었으며 Yorkshire종의 유전력은 0.28, 0.39 및 0.43을 나타내었다. 본 연구에서 추정된Duroc의 주요 경제 형질간의 유전 상관 및 표현형 상관은 일당 증체량과, 체고, 체장, 체고와 체장간에 각각 유전, 표현형 상관 0.33, 0.47과 0.42, 0.48 그리고 0.57 및 0.41로 추정되었으며 Berkshire종 유전 상관 및 표현형 상관은 0.75, 0.70 및 0.53, 0.58 그리고 체고의 대한 체장은 0.69 및 0.57을 나타내었다. Landrace종의 경우 유전 상관 및 표현형 상관이 일당증체량과, 체고, 체장, 체고와 체장간에 각각 유전, 표현형 상관 0.17, 0.38과 0.34, 0.46 그리고 0.61 및 0.52로 추정 되었으며 Yorkshire종은 0.50, 0.53 및 0.47, 0.56 그리고 0.71, 0.59로 추정되었다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권3호
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• pp.307-314
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• 2004

돼지를 이용한 이종간 장기 이식은 차세대 장기 공급 부족 문제를 해결해 줄 수 있는 가능성을 제공해준다. 그러나 돼지 장기를 이용한 이종간 장기 이식은 면역학적인 문제 외에도 가축 유래 전염성 병원균에 대한 안전성 문제가 심각하게 고려되어지고 있다. 대부분의 외인성 병원균은 무균 사육환경을 통해 제어되는 반면 내인성 레트로 바이러스(Endogenous Retrovirus, PERVs)는 germ line을 통해 전파됨으로 사육 조건으로 해결할 수는 없다. 본 연구는 이종간 장기 이식용 무균 돼지 생산시 가장 문제가 되는 PERVs에 대한 분포를 알아보고자 국내 돼지(Landrace, Berkshire, Yorkshire, Duroc)의 genome 내 PERVs 분포와 유전자 염기 서열을 비교하였다. 모든 공시 돼지(20두)의 genomic DNA로부터 PCR을 이용하여 PERV A/B/C와 PERV-E의 존재를 확인하였다. pol 유전자 일부 염기 서열 분석 결과 같은 품종내 개체간 또는 품종간 상동성이 99.1과 98.8%로 매우 높게 나왔다. 본 연구의 결과 모든 국내 돼지 유전자내에 PERV A/B/C와 PERV E가 provirus 형태로 많이 존재하며 바이러스간의 높은 상동성은 바이러스 제어에 많은 잇점으로 작용하리라 사료되며 아직 밝혀지지 않은 내인성바이러스에 대한 연구가 요구되어진다. 그러므로 본 연구의 자료는 이종간 장기 이식용 무균돼지 생산 시 PERVs 를 제어하기 위한 기초 자료로 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제44권1호
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• pp.31-38
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• 2002

양적형질 유전자좌위(Quantitative trait loci; QTL) 연관지도 작성을 위해 regression interval mapping method에 의해 Berkshire종과 Yorkshire종간 교배를 통해 생산된 $F_2$ 집단에서 실시하였다. 염색체내 QTL 위치를 결정하기 위해 regression 모델을 통해 계산된 검정통계량(F-statistic)에 대한 유의적인 threshold 수준의 설정은 permutation test 및 Lander와 kruglyak (1995)에 의해 제시된 방법으로 산출하였다. 525두 $F_2$ 개체에 대해 조사된 기록 중 5형질(도체중, 등심 단면적, 근내지방 교잡도, 콜레스테롤 함량, 척추 늑골 등지방 두께) 기록을 분석에 이용하였고 genome 전체에 걸친 125개의 microsatellite marker에 대해 3세대 집단 모두 개체에 대해 유전자형을 조사하였다. 회귀분석 모형에 따라 additive 및 dominance 효과를 추정하였으며 이때 모든 회귀계수 값과 F-검정 통계량은 각각 1cM 단위로 추정하였다. 각 형질별, 염색체별로 10,000회의 permutation에 의해 genome-wise 및 chromosome-wise threshold를 추정하였다. Lander와 Kruglyak(1995)에 의해 제시된 방법으로 산출된 threshold 값은 매우 높게 추정되어 이러한 threshold의 적용시 실제로 QTL 존재 여부를 인정할 수 있는 경우의 수가 permutation에 의해 유도된 threshold를 적용했을 때보다 상대적으로 적은 결과를 보였다. 5% genome-wise threshold의 경우 형질별로 다소 상이한 경향을 나타냈으며 분석에 활용된 5개 형질에 대해 총 4개의 QTL이 5% genome-wise 수준에서 검색되었다.

• 한국축산식품학회지
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• 제26권3호
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• pp.337-342
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• 2006

본시험은 돼지에 대한 산삼 배양액 급여 효과를 구명하기 위하여 $60{\pm}3kg(126{\pm}3$일령)의 Berkshire 종 암퇘지와 거세돼지 각각 60두씩 총 120두를 선발하여 2(성; 암 vs. 거세)${\times}2$(대조구 vs. 산삼 배양액 첨가구) 'factorial' 실험설계 하에 돈방당 30두씩 4 돈방에 임의로 배치한 다음 약 110 kg($193{\pm}4$일령)까지 70일간 비육 시험을 수행하였다. 이때 대조구는 산삼 배양액을 첨가하지 않은 구로 하였고, 시험구는 산삼 배양액을 1일 1L씩 첨가 음수시켰고, 그 결과는 다음과 같다. 처리 간에 암퇘지의 경우 수분 함량, 경도 및 씹힘성은 대조구보다 처리구가 높게 나타났으나, 보수력과 지방의 $L^*$값은 반대로 낮게 나타났다(p<0.05). 처리 간에 거세돼지의 경우 전단가와 육색 $a^*$값이 대조구보다 처리구가 높게 나타나(p<0.05) 산삼 배양액 급여에 따라 조직이 단단해지고 육의 $a^*$값은 향상되나 보수력과 지방의 명도가 낮아지는 단점을 나타내었다. 성별 간에 처리구의 경우 조지방 함량, 지방의 $a^*$와 $b^*$값, 경도, 응집성 및 씹힘성은 암퇘지보다 거세돼지가 낮게 나타났으나, pH는 반대로 높게 나타나(p<0.05) 암퇘지에 비하여 거세돼지가 조지방 함량은 적고, 조직이 무르나 지방의 $b^*$값은 낮고 pH가 높은 장점을 나타내었다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권2호
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• pp.89-94
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• 2012

본 연구에서는 18,668두의 농장 검정된 종돈 자료를 이용하여 유전모수 및 육종가를 추정하였다. 2007년부터 5월부터 2011년 4월까지 영광 소재 N종돈장에서 검정된 Duroc, Berkshire, Landrace 및 Yorkshire종 18,668두에 대한 자료를 근거로 하여 돼지의 주요 경제형질인 90 kg 도달일령, 등지방두께 및 등심단면적에 대한 유전력, 유전상관, 표현형상관 및 육종가를 다형질 Animal model을 이용하여 추정하였다. 본 연구에서 추정된 Duroc종에 대한 90kg 도달일령, 등지방두께 및 등심단면적에 대한 유전력은 0.22, 0.62, 0.37로 추정되었으며 Berkshire종의 유전력은 0.52, 0.57 및 0.32로 나타났고 Landrace종의 각 형질의 유전력은 0.26, 0.51 및 0.23이었으며 Yorkshire종의 유전력은 0.29, 0.47 및 0.26을 나타내었다. 본 연구에서 추정된 Duroc의 주요 경제 형질간의 유전 상관 및 표현형 상관은 90 kg 도달일령과, 등지방두께, 등심단면적, 등지방와 등심단면적간에 각각 유전, 표현형상관 0.24, -0.25과 0.11, -0.21 그리고 -0.41 및 -0.19로 추정되었으며 Berkshire종 유전 상관 및 표현형 상관은 -0.01, -0.35 및 0.01, -0.28 그리고 등지방두께에 대한 등심단면적은 -0.68 및 -0.22를 나타내었다. Landrace종의 경우 유전 상관 및 표현형 상관이 90 kg 도달일령과, 등지방두께, 등심단면적, 등지방두께와 등심단면적간에 각각 유전, 표현형 상관 0.01,.-0.23과 0.03, -0.37 그리고 -0.17 및 -0.24로 추정 되었으며 Yorkshire종은 0.01, -0.23 및 0.03, -0.37 그리고 -0.17, -0.24로 추정 되었다. 연도별 유전적 개량 추세를 살펴보면 90 kg 도달일령의 경우 매년도달일령이 짧아지는 것을 나타냈으며 등지방두께의 경우 모든 품종에서 매년 두꺼워지는 것을 보였고 등심단면적은 각 품종이 매년 증감을 반복하는 것을 나타냈다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제29권2호
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• pp.257-262
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• 2016

This study was conducted to compare the physicochemical traits of dry-cured hams made from two different three-way crossbred pigs: Yorkshire${\times}$Landrace${\times}$Duroc (YLD) and Yorkshire${\times}$Berkshire${\times}$Duroc (YBD). Animals were slaughtered at a live weight of 110 to 120 kg and cooled at $0^{\circ}C$ for 24 h in a chilling room, the ham portion of the carcasses were cut and processed by dry-curing for physico-chemical analyses. While the moisture and crude protein contents of dry-cured ham were higher in YLD than in YBD, crude fat and ash content were higher in YBD (p<0.05). The salt contents of ham from YBD were higher than those from YLD (p<0.05). YBD ham samples showed a higher $L^*$ and $b^*$ values than those from YLD, while YBD ham showed lower $a^*$ value (p<0.05). Thiobarbituric acid reactive substances (TBARS) and volatile basic nitrogen (VBN) values of YLD hams were lower than those of YBD samples (p<0.05). Hardness, gumminess, chewiness, and shear force values of YBD ham were higher than those of YLD sample (p<0.05). Saltiness was significantly higher in YBD ham than in YLD samples (p<0.05). YLD ham displayed a superior quality than YBD. Considering the meat quality parameters of two-way crossbred ham, YLD hams could be more suitable for the production of dry-cured products.

• 한국축산식품학회지
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• 제33권2호
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• pp.189-197
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• 2013

This study was conducted to determine the meat quality characteristics of pork belly from 3 different two-way crossbreeds of Yorkshire${\times}$Landrace (YL), Yorkshire${\times}$Berkshire (YB), and Yorkshire${\times}$Chester White (YC), which were domesticated for Korean consumers. Twenty pigs from each crossbreed (total n=60) were randomly selected when they reached the 110-120 kg range of market weight, slaughtered, and cooled at $0^{\circ}C$ for 24 h. The pork bellies on the left side of the cooled carcasses were then sampled and analyzed. The pH of pork bellies was the lowest in YC among the crossbreds. There was no significant difference in fat content by crossbred, but YB bellies had the lowest moisture content (p<0.05). The cooking loss of YB bellies was lower than those of others (p<0.05). The TBARS values in YB was significantly higher than those of the others at 14 d. YL bellies had a higher percentage of stearic acid, oleic acid, and MUFA than the other breeds, while YB and YC had a higher percentage of myristic acid, linoleic acid, linolenic acid, and n-6 fatty acids than the YB (p<0.05). PUFA content and P/S were significantly higher in YC compared with YL. Except for arginine, the concentrations of most free amino acids were higher in YB bellies than in others, (p<0.05). Sensory evaluation scores of bellies were higher for YC than for other breeds (p<0.05).