• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2014.03a
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• pp.399-408
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• 2014

신약을 개발하거나 단백질 구조를 예측하는데 Molecular Mechanics (MM)의 방법을 사용한다. 하지만, MM 만으로는 자연현상에서 일어나는 결과를 정확하게 기술하기 어렵다. 본 연구는 기존의 MM 방법으로는 정확히 예측이 불가능한 비 공유결합 중 하나인 ${\pi}-{\pi}$ interaction을 양자역학 계산을 통해 정확한 예측이 가능한지 알아보았다. ${\pi}-{\pi}$ interaction이란 생채 내, 의약 화합물에서 발견되는 결합이기 때문에, 단백질과 결합하는 구조의 예측에 중요하다고 할 수 있다. 본 실험은 ${\pi}-{\pi}$ interaction을 갖는 Sandwich, T shape, 그리고 Parallel displaced 세 가지 모형과 각각의 모형 아래에 분자를 하나 더 쌓은 모형을 추가하여 양자역학 재산을 수행하였다. 양자역학 계산은 DFT의 세가지 함수 M06_2X, M05_2X, B3LYP를 이용하였다. 실험결과에서 세 가지 함수가 각기 다른 결과를 보였는데, 상대적으로 B3LYP의 경우에는 세가지 모델에서 모두 제대로 된 에너지 변화를 계산하지 못하였으며, M06_2X와 M05_2X의 결과에서는 거리에 따른 ${\pi}-{\pi}$ interaction 에너지의 변화를 정확하게 계산하였다. 이러한 결과를 바탕으로, 양자역학의 방법을 통해 MM에서는 예측이 불가능한 ${\pi}-{\pi}$ interaction을 계산 할 수 있고 이 부분을 고려하여 화합물 간의 결합구조를 예측을 향상시킬 수 있다.

• Journal of the Korean Chemical Society
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• v.25 no.6
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• pp.343-350
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• 1981

The crystal and molecular structure of P-aminobenzaldehyde cyclohexylthiosemicarbazone, C14H20N4S, has been determined from 2712 integrated intensities measured on a computer controlled four circle diffractometer with monochromated $CuK_{\alpha}$, X-ray radiation. The crystals are monoclinic, space group C2/c with eight molecules in a unit cell of dimensions, a = 12.488(2), b = 12.276(4), c = 19.997(6)${\AA}$ and ${\beta}=103.55(3)^{\circ}$. The structure was solved by Patterson and Fourier method and refined by a full-matrix least squares method to a final R value of 0.058 for all reflections. The C(8)-S bond is trans to N(2)-N(3) and C(8)-N(1) is cis to N(2)-N(3) bond. The cyclohexane ring has chair conformation and makes an angle of $40.7^{\circ}$ with the benzene ring. The molecules are linked by N(2)H…S hydrogen bonds into dimer-like units which are held together by $N-H{\ldots}N$ hydrogen bonds. Sulfur accepts second rather weak hydrogen bond from N(4). An intramolecular hydrogen bond exists between N(1) and N(3) atoms.