A new molecular-baiting method was studied by retrieving targeted gene fragments from an oligonucleotide microarray bait after hybridization. To make the microarray bait, 70-mer oligonucleotides that were designed to specifically represent the SSA1 gene of Saccharomyces cerevisiae were printed on the slide. Samples of the Saccharomyces cerevisiae mRNA were extracted and labeled by the RD-PCR (Restriction Display PCR) method using the Cy5-labelled universal primer, then applied for hybridization. The sample fragments that hybridized to the microarray were stripped, and the eluted cDNAs were retrieved and cloned into the pMD 18-T vector for transformation, plasmid preparation, and sequencing. BLAST searching of the GenBank database identified the retrieved fragments as being identical to the SSA1 gene (from 2057-2541bp). A new method is being established that can retrieve the sample fragments using an oligo-microarray-bait.
Lee, Byung Wook;Kim, Tae Hyung;Kim, Seon Kyu;Kim, Sang Soo;Ryu, Gee Chan;Bhak, Jong
Molecules and Cells
/
제21권2호
/
pp.269-275
/
2006
A recent report of the Korean Intellectual Property Office(KIPO) showed that the number of biological sequence-based patents is rapidly increasing in Korea. We present biological features of Korean patented sequences though bioinformatic analysis. The analysis is divided into two steps. The first is an annotation step in which the patented sequences were annotated with the Reference Sequence (RefSeq) database. The second is an association step in which the patented sequences were linked to genes, diseases, pathway, and biological functions. We used Entrez Gene, Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), and Gene Ontology (GO) databases. Through the association analysis, we found that nearly 2.6% of human genes were associated with Korean patenting, compared to 20% of human genes in the U.S. patent. The association between the biological functions and the patented sequences indicated that genes whose products act as hormones on defense responses in the extra-cellular environments were the most highly targeted for patenting. The analysis data are available at http://www.patome.net
Inhyup Kim;Wan-Taek Im;Kiseong Joh;Myung Kyum Kim;Jung-Hoon Yoon;Wonyong Kim;Taegun Seo
Journal of Species Research
/
제12권3호
/
pp.229-239
/
2023
We isolated and identified 25 unrecorded bacterial species belonging to the phylum Actinomycetota found in the Republic of Korea. Sequence comparison of 16S rRNA was performed using the NCBI BLAST and EzBioCloud database to identify 25 species, which had a 16S rRNA gene sequence similarity of >98.8% and were allocated as unrecorded species in the Republic of Korea. Among the 25 unrecorded bacterial strains, Streptomyces was the most common with nine species, followed by Leifsonia with two species. Isoptericola, Nocardioides, Dermacoccus, Sinomonas, Patulibacter, Marmoricola, Allobranchiibius, Aldersonia, Actinokineospora, Agromyces, Aeromicrobium, Cellulomonas, and Gordonia with one species each were also found. Twenty-five unrecorded species were excavated in various environments, such as tidal flats, ferns, soil, pine cones, moss, mud, wetlands, and plants. These isolates were characterized on the basis of their phylogenetic, biochemical properties, and morphological data, and species descriptions were provided.
Fragmenting the rock mass is considered as the most important work in open-pit mines. Ground vibration is the most hazardous issue of blasting which can cause critical damage to the surrounding structures. This paper focuses on developing an explicit model to predict the ground vibration through an multi objective evolutionary polynomial regression (MOGA-EPR). To this end, a database including 79 sets of data related to a quarry site in Malaysia were used. In addition, a gene expression programming (GEP) model and several empirical equations were employed to predict ground vibration, and their performances were then compared with the MOGA-EPR model using the mean absolute error (MAE), root mean square error (RMSE), mean (𝜇), standard deviation of the mean (𝜎), coefficient of determination (R2) and a20-index. Comparing the results, it was found that the MOGA-EPR model predicted the ground vibration more precisely than the GEP model and the empirical equations, where the MOGA-EPR scored lower MAE and RMSE, 𝜇 and 𝜎 closer to the optimum value, and higher R2 and a20-index. Accordingly, the proposed MOGA-EPR model can be introduced as a useful method to predict ground vibration and has the capacity to be generalized to predict other blasting effects.
Tricholoma matsutake has been the most valuable ectomycorrhizal fungi in Asia because of its unique flavor and taste. However, due to the difficulty of artificial cultivation, the cultivation of T. matsutake has relied on natural growth in forests. To cultivate the T. matsutake artificially, microorganisms in fairy rings were introduced. In this study, we isolated 30 fungal species of microfungi from the soil of fairy rings. Among them, one single fungal strain showed a promoting effect on the growth of T. matsutake. The growth effect was confirmed by measuring the growth area of T. matsutake and enzyme activities including a-amylase, cellulase, and b-glucosidase. In comparison with control, microfungal metabolite increased the growth area of T. matsutake by 213% and the enzyme activity of T. matsutake by 110-200%. The isolated fungal strain was identified as Penicillium citreonigrum by BLAST on the NCBI database. The Discovery of this microfungal strain is expected to contribute to artificial cultivation of T. matsutake.
The importance of biological resources has been gradually increasing, and mollusks have been utilized as main fishery resources in terrestrial ecosystems. But little is known about genomic and transcriptional analysis in mollusks. This is the first report on the transcriptomic profile of Meretrix lusoria. In this study, we constructed cDNA library and determined 542 of distinct EST sequences composed of 284 singletons and 95 contigs. At first, we identified 180 of EST sequences that have significant hits on protein sequences of the exclusive Mollusks database through BLASTX program and 343 of EST sequences that have significant hits on NCBI NR database. We also found that 211 of putative sequences through local BLAST (blastx, E < e-10) search against KOG database were classified into 16 functional categories. Some kinds of immune response related genes encoding allograft inflammatory factor 1 (AIF-1), B-cell translocation gene 1 (BTG1), C-type lectin A, thioester-containing protein and 26S proteasome regulatory complex were identified. To determine phylogenetic relationship, we identified partial sequences of four genes (COX1, COX2, 12S rRNA and NADH dehydrogenase) that significantly matched with the mitochondrial genomes of 3 species-Ml (Meretrix lusoria), Mp (Meretrix petechialis) and Mm (Meretrix meretrix). As a result, we found that there was a little bit of a difference between sequences of Korean isolates and other known isolates. This study will be useful to develop breeding technology and might also be helpful to establish a classification system.
Metallothionein (MT) family of metal-binding proteins are involved in maintaining homeostasis and heavy metal poisoning. Recently, MT has been considered as a biomarker that can identify a particular species, very similar to the use of cytochrome oxidase I (COI) gene. Satsuma myomphala species of land snails have been reported from North-East Asia, including South Korea and Japan. In particular, the land snail species have been known from only a limited area of Geoje Island, Gyeongsangnam-do province of South Korea. Genetic studies of S. myomphala has been limited with only 6 nucleotide, 2 protein registered on the NCBI server. For elucidating the genetic information of S. myomphala, we conducted RNA sequencing analysis using Illumina HiSeq 2500 next-generation platform. We screened the MT gene from the RNA-Seq database to confirm the molecular phylogenetic relationship. After sequencing, the de novo analysis and clustering generated 103,774 unigenes. After annotation against PANM database using BLAST program, we obtained MT sequence of 74 amino acid residues containing the coding region of 222 bp. Based on this sequence, we found about 53 sequences using the BLAST program in NCBI nr database. Using ClustalX alignment, Maximum-Likehood Tree of MEGA program, we confirmed the molecular phylogenetic relationships that showed similarity with mollusks such as Helix pomatia and H. aspersa, Megathura crenulata.
혼화재로서 고로슬래그가 콘크리트의 전과정 환경영향에 미치는 효과를 정량적으로 평가하기 위하여, 3395개의 실내 배합 및 1263개의 레미콘 배합을 분석하였다. 콘크리트의 환경영향을 평가하기 위한 전 과정 평가 방법을 요약하면, 1) 고려된 시스템 경계는 요람에서 시공 전단계까지이며, 2) 재료, 운송 및 콘크리트 생산에서의 환경부하 평가는 국가 생애주기 데이터목록을 주로 기반으로 하였으며, 3) 환경부하는 분류화, 특성화, 정규화 및 가중치 단계를 거쳐 정량적인 환경영향 지표로 환산되었다. 콘크리트 전과정 환경영향은 주로 지구 온난화, 광화학 산화생성물 및 무생물 자원고갈의 세 범주로 분류될 수 있었다. 또한, 콘크리트의 환경영향 지표들은 주로 보통 포틀랜드 시멘트의 양에 의해 결정되었으며, 고로슬래그 치환율의 증가와 함께 감소하였다. 이를 고려하여, 콘크리트의 환경영향 지표들은 단위 결합재 양 및 고로슬래그 치환율의 함수로 간단하게 모델링 될 수 있었다.
성장을 멈추고 있는 원시난포(primordial follicle)에서 난포발달이 개시되어 1차난포(primary follicle)로 발달하는 조절기전은 잘 알려져 있지 않다. 이 초기 난포발달 과정에 관여하는 유전자를 알아내기 위해 suppression subtractive hybridization(SSH)을 사용하였다. 생후 1일과 5일째의 생쥐 난소로부터 얻은 cDNA로 forward와 reverse subtraction을 수행하여 각각 day1과 day5-subtracted cDNA library를 얻었다. 이를 cloning한 결과, 357개 clone의 염기 서열을 BLAST와 RIKEN을 이용해 분석하여 27개의 clone은 novel gene으로 330개의 clone은 데이터 베이스와 일치함을 알았다. 이 중에 기능이 알려진 유전자는 day1에서는 42종, day5에서는 47종이 각각 차이 나게 발현하고 있는 것으로 나타났다. Day1-subtracted cDNA library에서는 GDF8, lats2, septin2, wee1등 4개 유전자를, day5-subtracted cDNA library에서는 HSP84, laminin2, MATER, MTi7, PTP 및 wrn등 6개 유전자를 선택하여 LCM-RT-PCR방법으로 실제로 원시난포와 1차난포에서 차이 나게 발현되고 있는 것을 확인하였다. 본 연구에서 얻은 유전자 발현 양상의 결과는 앞으로 생쥐뿐만 아니라 사람 난소에서 primordial-primary follicle transition에 관여하는 기전을 연구하는데 중요한 정보를 제공할 수 있을 것으로 사료된다.
이전 연구에서 넙치유래 재조합 마이오스타틴 프로도메인을 무지개송어에 한달간 침지법을 통하여 처리한 결과 대조군에 비하여 무게가 최대 약 42% 증가되었다. 따라서 본 연구는 재조합 마이오스타틴 프로도메인을 침지법에 의해 처리된 무지개송어와 대조군의 근육으로부터 발현되는 cDNA를 제작하여 마이오스타틴 프로도메인에 의해서 유도된 특정유전자를 선발하기 위하여 ACP (annealing control primer)를 이용한 DDRT법을 통하여 분석하였다. 총 20가지의 ACP를 이용한 결과 2개의 특정 유전자를 분석하였으며, NCBI BLAST 분석결과 Cytochrome P450 mono oxygenase와 Profilin으로 판명되었다. 이 중 Cytochrome P450 mono oxygenase는 대조군보다 발현량이 증가하였으며, Profilin는 대조군에 비해서 발현량이 감소하였다. 이러한 결과를 재확인하기 위하여 두 유전자의 primer를 각각 제작하여 semi-quantitative RT-PCR를 시행한 결과 DDRT법에 의한 분석과 동일하였다. 본 결과는 어류의 성장에서 마이오스타틴 프로도메인의 기능 및 메카니즘에 대한 연구에 유용한 자료가 될 것으로 사료된다.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.