• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.108.2-109
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• 2003

The Gyeonggi-do Agricultural Research and Extension Services has developed a web-site (www.epilove.com) in collaboration with EPINET to provide information on agricultural weather and rice disease and insect pest management in Gyeonggi-do. Weather information includes near real-time weather data monitored by automated weather stations (AWS) installed at rice paddy fields of 11 Agricultural Technology Centers (ATC) in Gyeonggi-do, and weekly weather forecast by Korea Meteorological Administration (KMA). Map images of hourly air temperature and rainfall are also generated at 309m x 309m resolution using hourly data obtained from AWS installed at 191 locations by KMA. Based on near real-time weather data from 11 ATC, hourly infection risks of rice blast, sheath blight, and bacterial grain rot for individual districts are estimated by disease forecasting models, BLAST, SHBLIGHT, and GRAINROT. Users can diagnose various diseases and insects of rice and find their information in detail by browsing thumbnail images of them. A database on agrochemicals is linked to the system for disease and insect diagnosis to help users search for appropriate agrochemicals to control diseases and insect pests.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제35권1호
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• pp.45-50
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• 2020

본 연구는 원주시 내 대형 초밥 뷔페에서 제공되는 초밥, 회 등 26개 수산물 가공품을 대상으로 DNA 바코드를 분석하여 원재료의 종을 동정하였다. DNA 바코드 증폭을 위하여 미토콘드리아의 16S ribosomal RNA 및 cytochrome c oxidase subunit I 유전자 부위를 증폭하는 프라이머 세트를 이용하여 증폭된 PCR 산물의 염기서열을 분석하였다. 확보한 염기서열은 BLAST Search를 이용하여 미국국립보건원 GenBank에 등록되어있는 생물 종의 염기서열과 비교하여 염기서열 유사도와 매칭 점수를 고려하여 최종 종을 동정하였다. 모니터링 결과 분석 제품의 58%는 제품명과 사용된 원재료가 일치하였지만, 27%에서는 불일치가 관찰되었다. 초메기초밥에는 가이양(Pangasianodon hypophthalmus)이 꽃돔회에는 붉평치(Lampris guttatus)가 사용되었으며, 날치알군함 및 청어알무침에는 열빙어(Mallotus villosus) 알이 사용되었음을 확인하였다. 타코와사비군함 및 오징어간장소스에 사용된 원재료는 주꾸미(Amphioctopus fangsiao) 및 남방주꾸미(Amphioctopus membranaceus)로 각각 동정되었다.

• 한국가스학회지
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• 제5권2호
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• pp.30-35
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• 2001

현재 운용중인 가스배관은 다양한 건설진동에 의하여 영향을 받고 있다. 특히 지하철 공사 및 도로공사 시에는 건설장비의 사용, 대형차량의 통행 및 발파 등으로 인해 발생되는 건설진동이 가스관에 큰 영향을 미친다. 매설가스관의 경우는 매설된 위치와 근접한 곳에서 시행되는 발파로 인한 진동영향이 큰 상태이며 노출가스관의 경우는 차량진동에 대하여 가장 크게 영향을 받고 있다. 본 논문에서는 가스배관 주변에서 발생하는 건설진동을 측정, 분석함으로써 건설진동에 의한 가스배관의 진동을 손쉽게 예측할 수 있는 가스관 진동예측 프로그램을 소개하였다. 이 프로그램은 가스관의 진동을 예측하는 소프트웨어로 기존의 신뢰성 분석된 경험식과 유한요소해석을 통한 구조해석 결과를 이용하여 매설 및 노출 가스관에서의 진동치를 현장조건에 따라 예측할 수 있고, 측정된 진동데이터를 데이터베이스화 할 수 있는 기능을 가지고 있다. 또한 현장에서 발파진동을 측정하여 발파진동추정식을 산정하고, 지발당 허용장약량을 나타내는 그래프를 자동으로 형성할 수 있는 기능을 가지고 있다. 따라서 현장 근무자가 손쉽게 가스관 주변에서 진동을 예측하여 가스관의 안전성을 평가할 수 있다.

• Genomics & Informatics
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• 제3권3호
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• pp.86-93
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• 2005

Human brain EST data provide important clues for our understanding of the molecular biology associated with the function of the normal brain and the molecular pathophysiology with brain disorders. To systematically and efficiently study the function and disorders of the human brain, 45,773 human brain ESTs were collected from 27 human brain cDNA libraries, which were constructed from normal brains and brain disorders such as brain tumors, Parkinson's disease (PO) and epilepsy. An analysis of 45,773 human brain ESTs using our EST analysis pipeline resulted in 38,396 high-quality ESTs and 35,906 ESTs, which were coalesced into 8,246 unique gene clusters, showing a significant similarity to known genes in the human RefSeq, human mRNAs and UniGene database. In addition, among 8,246 gene clusters, 4,287 genes ($52\%$) were found to contain full-length cONA clones. To facilitate the extraction of useful information in collected these human brain ESTs, we developed a user-friendly interface system, the Korea Brain Unigene Database (KBUD). The KBUD web interface allows access to our human brain data through three major search modes, the BioCarta pathway, keywords and BLAST searches. Each result when viewed in KBUD offers comprehensive information concerning the analyzed human brain ESTs provided by our data as well as data linked to various other publiC databases. The user-friendly developed KBUD, the first world-wide web interface for human brain EST data with ESTs of human brain disorders as well as normal brains, will be a helpful system for developing a better understanding of the underlying mechanisms of the normal brain well as brain disorders. The KBUD system is freely accessible at http://kugi.kribb.re.kr/KU/cgi -bin/brain. pI.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제29권3호
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• pp.161-170
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• 2002

인삼 모상근의 프로테옴 분석에 의해 얻은 질량분석 스펙트럼 데이터는 MALDI/TOF/MS에서 얻는 질량 스펙트럼과 ESI/Q-TOF/MS에서 얻는 탄뎀 질량 스펙트럼으로 구분된다. 질량 스펙트럼은 단백질이 효소에 의해 분해된 펩타이드들의 분자량 정보를 제공하며, 탄뎀 질량 스펙트럼에서는 아미노산 단위로 분해된 절편 단백질의 분자량으로부터 아미노산 서열을 결과로 얻는다. 펩타이드의 아미노산 서열을 BLAST로 검색하면 유사한 단백질을 GenBank에서 검색할 수 있다. 이러한 단백질 동정 방법은 완전한 유전체 서열이 알려진 생물체의 경우 높은 정확도로 단백질을 동정할 수 있으나, 그렇지 않은 경우는 유사한 단백질이 데이터베이스에 존재하지 않아 분석이 용이하지 않다. 본 연구에서는 질량 스펙트럼 및 절편 단백질의 아미노산 서열을 EST (expressed sequence tag) 서열과 비교하여 프로테옴 데이터와 일치하는 EST 서열을 찾아내고 이를 BLAST검색에 의해 단백질 동정에 활용하였다. ESI/Q-TOF/MS 에서 얻은 아미노산 서열은 길이는 짧지만 데이터의 신뢰도가 높으므로 EST 서열과의 연관 관계를 밝힘으로써 단백질에 대한 정보를 보완할 수 있었다. ESI/Q-TOF/MS에서 얻은 펩타이드의 아미노산 서열을 EST 서열과 비교한 결과 90%의 아미노산 서열이 EST DB에서 발견되었다. NCBI의 nr 데이터베이스에서 아미노산 서열을 검색하여 찾은 단백질이 68%임에 비하여, 인삼 EST 서열에 의한 검색이 22% 더 많은 결과를 얻었다. MALDI/TOF/MS의 질량 스펙트럼에서 nr 데이터베이스로 검색한 결과와 인삼 EST 데이터베이스를 검색한 결과가 일치하는 경우는 47개 중 9개인 19%에 불과하여, 탄뎀 질량 분석으로 아미노산 서열을 얻지 않고, 단지 질량 스펙트럼으로부터 단백질을 동정하는 방법으로는 단백질 동정의 정확한 결과를 기대하기 어려움을 확인하였다.

• 생명과학회지
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• 제13권5호
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• pp.723-731
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• 2003

Lipase 유전자들의 보존적 영역을 탐색하기 위해 LED(Lipase Engineering Database)와 COG (Clusters of Orthologous Groups of proteins)를 통하여 각각 132개와 24개의 서열을 얻어 분석하였다. Lipase 유전자의 염기서열은 아주 다양하였고 LED의 각 상동성그룹 (homologous family) 별로 독특한 아미노산 서열이 보존적인 것을 확인 할 수 있었다. COG0657에 속하는 lipase들은 LED의 Moraxella lipase 1 homologous group과 유사한 아미노산 보존적 영역이 있음을 확인하였다. 다양한 반응 조건에 적응하는 혹은 높은 활성을 갖는 새로운 lipase 유전자를 원핵생물에서 탐색하기 위하여 다양한 시도들이 수행되어 왔지만 그들은 모두 배양가능한 미생물에 국한되어 있었다. 배양할 수 없는 세균의 유전자원을 포함하는 메타게놈에 대한 유용성 역시 최근에 널리 인식되고 있다. Lipase 유전자의 다양성으로 보았을 때 메타게놈을 이용한 새로운 lipase 유전자를 찾는 작업도 가능할 것으로 사료되어 lipase유전자 일부를 (222∼713 bp) 증폭시키는 총 10개의 PCR primer를 설계하였으며 그 가능성을 NCBI의 BLAST를 통하여 검증하였다. Lipase 유전자의 염기서열은 아미노산 서열보다 아주 다양하여 비교적 많은 수의 primer set이 필요하였다. 각 primer set의 증폭효율은 각 LED group의 16.7%와 60.0% 사이였고 개별적인 primer set을 이용할 때 보다 3.6배 효율이 높은 것으로 드러났다. Lipase 유전자의 다양성은 설계된 primer set들을 이용하여 새로운 lipase 유전자를 검출할 가능성을 높이는 것으로 사료되었다.

• 한국균학회소식:학술대회논문집
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• 한국균학회 2014년도 추계학술대회 및 정기총회
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• pp.11-11
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• 2014

Fungal pathogens have huge impact on health and economic wellbeing of human by causing life-threatening mycoses in immune-compromised patients or by destroying crop plants. A key determinant of fungal pathogenesis is their ability to undergo developmental change in response to host or environmental factors. Genetic pathways that regulate such morphological transitions and adaptation are therefore extensively studied during the last few decades. Given that epigenetic as well as genetic components play pivotal roles in development of plants and mammals, contribution of microbial epigenetic counterparts to this morphogenetic process is intriguing yet nearly unappreciated question to date. To bridge this gap in our knowledge, we set out to investigate histone modifications among epigenetic mechanisms that possibly regulate fungal adaptation and processes involved in pathogenesis of a model plant pathogenic fungus, Magnaporthe oryzae. M. oryzae is a causal agent of rice blast disease, which destroys 10 to 30% of the rice crop annually. Since the rice is the staple food for more than half of human population, the disease is a major threat to global food security. In addition to the socioeconomic impact of the disease it causes, the fungus is genetically tractable and can undergo well-defined morphological transitions including asexual spore production and appressorium (a specialized infection structure) formation in vitro, making it a model to study fungal development and pathogenicity. For functional and comparative analysis of histone modifications, a web-based database (dbHiMo) was constructed to archive and analyze histone modifying enzymes from eukaryotic species whose genome sequences are available. Histone modifying enzymes were identified applying a search pipeline built upon profile hidden Markov model (HMM) to proteomes. The database incorporates 22,169 histone-modifying enzymes identified from 342 species including 214 fungal, 33 plants, and 77 metazoan species. The dbHiMo provides users with web-based personalized data browsing and analysis tools, supporting comparative and evolutionary genomics. Based on the database entries, functional analysis of genes encoding histone acetyltransferases and histone demethylases is under way. Here I provide examples of such analyses that show how histone acetylation and methylation is implicated in regulating important aspects of fungal pathogenesis. Current analysis of histone modifying enzymes will be followed by ChIP-Seq and RNA-seq experiments to pinpoint the genes that are controlled by particular histone modifications. We anticipate that our work will provide not only the significant advances in our understanding of epigenetic mechanisms operating in microbial eukaryotes but also basis to expand our perspective on regulation of development in fungal pathogens.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제15권2호
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• pp.123-130
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• 2007

The Hsp 20.8 and Hsp 90 cDNA sequence retrieved from NCBI database and consists of 764 bp and 2582 bp lengths respectively. The corresponding cDNA homologus sequences were BLAST searched in Bombyx mori genomic DNA database and two genomic contigs viz., BAAB01120347 and AADK01011786 showed maximum homology. In B. mori Hsp 20.8 and Hsp 90 is encoded by single gene without intron. Specific primers were used to amplify the Hsp 20.8 gene and Hsp 90 variable region from genomic DNA by using the PCR. Obtained products were 216 bp in Hsp 20.8 and 437 bp in Hsp 90. There was no variation found in the six silkworm races PCR products size of contrasting response to thermal tolerance. The comparison of the sequenced nucleotide variations through multiple sequence alignment analysis of Hsp 90 variable region products of three races not showed any differences respect to their thermotolerance and formed the clusters among the voltinism. The comparison of aminoacid sequences of B. mori Hsps with dipteran and other insect taxa revealed high percentage of identity growing with phylogenetic relatedness of species. The conserved domains of B. mori Hsps predicted, in which the Hsp 20.8 possesses ${\alpha}-crystallin$ domain and Hsp 90 holds HATPase and Hsp 90 domains.

• 한국균학회소식:학술대회논문집
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• 한국균학회 2018년도 춘계학술대회 및 임시총회
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• pp.19-19
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• 2018

Fungal pathogens have huge impact on health and economic wellbeing of human by causing life-threatening mycoses in immune-compromised patients or by destroying crop plants. A key determinant of fungal pathogenesis is their ability to undergo developmental change in response to host or environmental factors. Genetic pathways that regulate such morphological transitions and adaptation are therefore extensively studied during the last few decades. Given that epigenetic as well as genetic components play pivotal roles in development of plants and mammals, contribution of microbial epigenetic counterparts to this morphogenetic process is intriguing yet nearly unappreciated question to date. To bridge this gap in our knowledge, we set out to investigate histone modifications among epigenetic mechanisms that possibly regulate fungal adaptation and processes involved in pathogenesis of a model plant pathogenic fungus, Magnaporthe oryzae. For functional and comparative analysis of histone modifications, a web-based database (dbHiMo) was constructed first to archive and analyze histone modifying enzymes from eukaryotic species whose genome sequences are available. Based on the database entries, we carried out functional analysis of genes encoding histone modifying enzymes. Here I provide examples of such analyses that show how histone acetylation and methylation is implicated in regulating important aspects of fungal pathogenesis. Current analysis of histone modifying enzymes is followed by ChIP-seq and RNA-seq experiments to pinpoint the genes that are controlled by particular histone modifications. We anticipate that our work will provide not only the significant advances in our understanding of epigenetic mechanisms operating in microbial eukaryotes but also basis to expand our perspective on regulation of development in fungal pathogens.

• Genomics & Informatics
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• 제7권1호
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• pp.38-40
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• 2009

The EST Knowledge Integrated System, EKIS (http://ekis.kribb.re.kr), was established as a part of Korea's Ministry of Education, Science and Technology initiative for genome sequencing and application research of the biological model organisms (GEAR) project. The goals of the EKIS are to collect EST information from GEAR projects and make an integrated database to provide transcriptomic and metabolomic information for biological scientists. The EKIS constitutes five independent categories and several retrieval systems in each category for incorporating massive EST data from high-throughput sequencing of 65 different species. Through the EKIS database, scientists can freely access information including BLAST functional annotation as well as Genechip and pathway information for KEGG. By integrating complex data into a framework of existing EST knowledge information, the EKIS provides new insights into specialized metabolic pathway information for an applied industrial material.