Jhee, Kwang-Hwan;Tohru, Yoshimura;Yoichi, Kurokawa;Nobuyoshi, Esaki;Kenji, Soda
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
제9권6호
/
pp.695-703
/
1999
We have studied the stereospecificities of various pyridoxal 5'-phosphate (PLP) dependent enzymes for the hydrogen transfer between the C-4' of a bound coenzyme and the C-2 of a substrate in the transamination catalyzed by the enzymes. Stereospecificities reflect the structures of enzyme active-sites, in particular the geometrical relationship between the coenzyme-substrate Schiff base and the active site base participating in an $\alpha$-hydrogen abstraction. The PLP enzymes studied so far catalyze only a si-face specific (pro-S) hydrogen transfer. This stereochemical finding suggests that the PLP enzymes have the same topological active-site structures, and that the PLP enzymes have evolved divergently from a common ancestral protein. However, we found that o-amino acid aminotransferase, branched chain L-amino acid aminotransferase, and 4-amino-4-deoxychorismate lyase, which have significant sequence homology with one another, catalyze a re-face specific (pro-R) hydrogen transfer. We also showed that PLP-dependent amino acid racemases, which have no sequence homology with any aminotransferases, catalyze a non-stereospecific hydrogen transfer: the hydrogen transfer occurs on both faces of the planar intermediate. Crystallographical studies have shown that the catalytic base is situated on the re-face of the C-4' of the bound coenzyme in o-amino acid aminotransferase and branched chain L-amino acid aminotransferase, whereas the catalytic base is situated on the si-face in other aminotransferases (such as L-aspartate aminotransferase) catalyzing the si-face hydrogen transfer. Thus, we have clarified the stereospecificities of PLP enzymes in relation with the primary structures and three-dimensional structures of the enzymes. The characteristic stereospecificities of these enzymes for the hydrogen transfer suggest the convergent evolution of PLP enzymes.
N형 칼슘통로의 비활성화기전에 관하여는 아직까지도 막전압의존성 기전과 칼슘의존성 기전간에 논란이 계속되고 있다. 2003년에 의학물리에 발표한 논문1)에서 본 연구자는 N형 칼슘통로의 비활성화 기전은 2가지 성분 -빠른 성분과 느린 성분을 가지고 있고 빠른 성분은 칼슘의존적이 아니며 오직 느린 성분만이 칼슘의존적일 가능성을 제시하였다. 본 논문에서는 막전압의존성 기전이 옳건 칼슘의존성 기전이 옳건 간에 세포 신호전달 체계로서 비활성화와 연계된 기전이 필요하므로 이러한 맥락에서 인산화 기전을 연구하였다. 흰쥐 경동맥 결절뉴론을 단일 세포로 얻은 후 whole cell patch clamp technique를 사용하여 N형 칼슘전류를 기록하고 대조 세포내액을 사용하였을 때와 phosphatase inhibitor인 okadaic acid를 포함한 세포내액을 사용하였을 때의 차이를 비교하였다. Okadaic acid에 의하여 비활성화정도가 증가되었고 이러한 okadaic acid 효과는 주로 N형 통로를 통하여 영향을 미침을 N형 칼슘통로 억제제인 $\omega$-conotoxin GVIA를 사용함으로써 확인하였다. Okadaic acid에 의한 비활성화 증가 효과는 protein kinase를 비특이적으로 억제하는 staurosporine에 의하여 억제되었고 또한 calmodulin dependent protein kinase의 특이적 억제제인 lavendustin C에 의하여 억제되었으므로 인산화과정이 N형 칼슘통로 비활성화와 관련되어 있고 특히 calmodulin을 통한 인산화과정이 주로 관여함을 확인하였다. 본 연구자가 발표한 선행논문1)에 의해 외부의 2가 양이온에 의해 빠른 비활성화가 진행되며, 본 논문에 의하여 인산화과정에 의해 빠른 비활성화가 촉진된다는 사실이 확인되었다. 그러나 본 연구결과만으로는 인산화과정이 비활성화 자체라고는 볼 수 없으며 단지 인산화과정에 의해 비활성화가 가속되었다고 해석할 수 밖에 없다. 인산화과정이 비활성화자 체인지 여부는 2가 양이온이 칼슘통로에 작용하는 결합부위에 관한 연구 및 인산화 부위가 칼슘통로인지 아니면 다른 조절 부위인지 여부를 확인할 수 있는 연구가 진행되어야 확실히 알 수 있을 것이다.
Journal of Korean Society for Atmospheric Environment
/
제18권E4호
/
pp.191-201
/
2002
The pH, electric conductivity. and the major ionic components were analyzed for the precipitation samples collected at 1100 Site of Mt. Halla and Jeju city. The quality of analytical data was verified by the comparison of ion balances, conductivities and acid fractions, all of which correlation coefficients were over 0.952. The ionic strengths lower than 10$^{-4}$ M were found in 57 and 28% at 1100 Site and Jeju city respectively. The precipitation in Jeju city was influenced more by the oceanic effect than those in 1100 Site. The acidification of precipitation was caused mostly by S $O_4$$^{2-}$and N $O_3$$^{[-10]}$ in both areas, and the organic acids have contributed to the acidity with only 7~8%. The neutralization factors by N $H_3$ were about 44 and 47% at the 1100 site and the Jeju city, respectively, whereas those by CaC $O_3$were 21 and 24%, and the free acidity were about 38 and 28% at two sites. From the investigation of seawater and soil enrichment factors, the S $O_4$$^{2-}$, N $O_3$$^{[-10]}$ and N $E_4$$^{+}$ were immigrated by other sources rather than from the seawater or soil origins. but not in the case of $Mg^{2+}$, C $l^{[-10]}$ , N $a^{+}$, and $K^{+}$. Factor analysis has shown that the precipitation at the 1100 site had been influenced mostly by anthropogenic sources, followed by soil and sea-water sources. On the other hand, the precipitation at the Jeju city was mainly influenced by oceanic sources, followed by anthropogenic and soil sources.urces.
We have isolated and characterized a new insect chicken type (c-type) lysozyme gene from the common cutworm, Spodoptera litura. The full-length cDNA of Spodoptera lysozyme is cloned by rapid amplification of cDNA ends PCR (RACE-PCR). The isolated cDNA consists of 1039 bp including the coding region for a 142-amino acid residue polypeptide, which included a signal peptide of 21-amino acid residue and a mature protein of 121-amino acid residue. The predicted molecular weight of mature lysozyme and its theoretical isoelectric point from amino acid composition is 13964.8 Da and 9.05, respectively. The deduced amino acid sequence of Spodoptera lysozyme gene shows the highest similarity (96.7%) to Spodoptera exigua lysozyme among other lepidopteran species. Amino acid sequence comparison with other the c-type lysozymes, Spodoptera lysozyme has the completely conserved $Glu^{32}$ and $Asp^{50}$ of the active site and eight Cys residues are completely conserved in the same position as that of other lepidopteran lysozymes.
The fission yeast Schizosaccharomyces pombe contains two distinct superoxide dismutase (SOD) activities, one in the cytosol encoded by the $sod2^{+}$ gene and the other in mitochondria. The $sod2^{+}$ gene encoding putative mitochondrial manganese superoxide dismutase (MnSOD) was isolated from the S. pombe genomic library using a PCR fragment as the probe. The nucleotide sequence of the $sod2^{+}$ gene and its flanking region (4051 bp HindIII fragment) was determined. An intron of 123 nt in size was predicted and confirmed by sequencing the cDNA following reverse transcription PCR. The predicted Sod2p consists of 218 amino acid residues with a molecular mass of 24,346 Da. The deduced amino acid sequence showed a high degree of homology with other MnSODs, especially in the metal binding residues at the active site and their relative positions. The transcriptional start site was mapped by primer extension at 231 at upstream from the ATG codon. A putative TATA box(TATAAAA) was located 58 nt upstream from the transcriptional start site and putative polyadenylation sites were located at 1000, 1062, and 1074 nt downstream from the ATG start codon.
구리(Ⅱ)를 이온교환한 제올라이트 Y에서 프로필렌을 산화시킬 때 아크롤레인을 생성하는 활성점에 관하여 검토하였다. 구리(Ⅱ)를 이온교환한 제올라이트 Y내에 존재하는 Bronsted 산점은 반응 초기에 탄화수소의 생성을 주다가, 반응이 진행됨에 따라 피독되어 가는 것 같다. 아크롤레인의 생성은 탄화수소의 생성이 있는 동안은 극히 낮으며, 정상 상태에서의 생성율은 제올라이트 내부표면의 구리 이온의 분포와 관계가 있는 것 같다. 이로 미루어 보아 아크롤레인을 형성하는 활성점은 Bronsted 산점이 아니고 구리 이온이라고 생각된다.
위험물을 취급하는 사업장에서 인근에 미치는 영향을 평가할 때 독성물질의 누출은 가장 관심있는 분야중의 하나이다. 대표적인 시설로서 염산 생산시설을 선정하여 공정정보로부터 사고 시나리오를 선정하고 독성물질 누출시 사업장외로 영향을 미치는 사고 시나리오를 선정하여 환경부의 지침에 따라서 평가하였다. ALOHA를 활용하여서 최악의 사고 시나리오를 비롯한 사고 시나리오를 평가하였으며 이들의 사고시 피해완화대책도 살펴보았다. 평가결과 염산생산시설은 현재의 안전조치가 충분하여서 추가의 개선대책이 필요하지 않은 것으로 판명되었다.
To elucidate the putative role of the amido group in the metal binding of the fuculose-1-phosphate aldolase from Methanococcus jannaschii, we have examined a potential targen using site-directed mutagenesis. The replacement of asparagine 25 with leucine or threonine was shown to have a negative effect, not only on catlytic efficiency, but also on substrage recognition as well. The Hill coefficient values yeilded a value of =1. All metals used with the wild-type aldolases exhibited higher activity than that of the mutants. The spectra of the mutants were quite different from the wild-type aldolase. A highly conserved amino acid of asparagine 25 in a related family of aldolase odes not appear to provide sufficient evidence for evolution.
Dihydrolipoamide dehydrogenase (E3) catalyzes the reoxidation of dihydrolipoyl moiety of the acyltransferase components of three $\alpha$-keto acid dehydrogenase complexes and of the hydrogen-carrier protein of the glycine cleavage system. His-457 of Pseudomonas putida E3 is suggested to interact with the hydroxyl group of Tyr-18 of the other subunit and with Glu-446, a component in the last helical structure. To examine the importance of the suggested interactions in human E3 function, the corresponding residue of human E3, Asn-473, was substituted to Leu using site-directed mutagenesis. The E3 mutant was expressed in Escherichia coli and highly purified using an affinity column. Its E3 activity was decreased about 37-fold, indicating that Asn-473 residue was important to the efficient catalytic function of human E3. Its slightly altered spectroscopic properties implied that small conformational changes could occur in the E3 mutant.
Aspartase from Hafnia alvei was inactivated by N-ethylmaleimide (NEM) and 5,5' -Dithiobis-(2-znitrobenzoic acid) (DTNB) following pseudo-first order kinetics. Their apparent reaction orders were 0.83 and 0.50 for NEM and DTNB modifications, respectively, indicating that inactivation was due to a sulfhydryl group in the active site of aspartase and participation of the sulfhydryl group in an essential step in the catalytic reaction. When aspartase was modified by DTNB, the enzyme activity was restored by dithiothreitol treatment, indicating that cysteine residuetsl islarel possibly at or near the active site. The pH-dependence of the inactivation rate by NEM suggested that an amino acid residue having pK value of 8.3 was involved in the inactivation. When aspartase was incubated with NEM and L-aspartate together, L-aspartate markedly protected the enzyme from inactivation by NEM, but the other reagents used did not.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.