• 한국가금학회지
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• 제37권4호
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• pp.355-360
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• 2010

본 연구는 국내에 보급되고 있는 대표적인 토종닭 브랜드인 한협3호와 농촌진흥청에서 개발된 브랜드인 우리맛닭, 두 브랜드 집단 간의 유전적 특성을 분석하여 향후 브랜드간의 차별화 전략을 구체화 하는데 있어 기초 자료로 활용하고자 실시하였다. 토종닭 실용계인 우리맛닭(W) 152수와 한협3호(H) 150수, 총 302수를 선발하여 공시재료로 활용하였으며, 다형성이 확인된 10종의 MS marker를 선발하여 활용하였다. 분석 결과, 두 브랜드의 평균 대립유전자의 수는 9.3으로 확인되었으며, 우리맛닭의 평균 대립유전자의 수는 8.4개, 한협3호는 7.2개로 우리맛닭이 보유한 대립유전자의 수가 많은 것으로 확인되었다. 반면, 기대되는 이형접합도(Ex H)와 관측된 이형접합도(Ob H)는 한협3호가 우리맛닭에 비해 높은 것으로 확인되었다. 두 브랜드 집단을 대상으로 각각의 MS marker의 유전자형을 분석하여 브랜드별 기대되는 이형접합도(expected heterozygosity: Ex H)와 관측된 이형접합도(observed heterozygosity: Ob H) 및 PIC(polymorphism information content)값을 계산하였다. 두 브랜드 집단 간의 유전적 유연관계를 분석 결과, DA distance는 0.132, 그리고 standard genetic distance는 0.199로 확인되었다. 두 브랜드 집단 간의 유전적 구조에 따라 각 개체들이 어떻게 분포되어 있는가를 확인한 결과, 두 집단에 속한 개체들은 크게 두 개의 그룹으로 나뉘어 분포하고 있음을 확인할 수 있었다. 두 집단 간의 유전적 거리는 비교적 가깝지만 각 개체들간의 유전적 구조를 분석한 결과, 확연히 구분되는 유전적 특성을 지니고 있음을 확인하였다.

• IMMUNE NETWORK
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• 제7권2호
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• pp.66-74
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• 2007

Background: The genus Flavivirus consists of many emerging arboviruses, including Dengue virus (DV), Japanese encephalitis virus (JEV) and West Nile virus (WNV). Effective preventive vaccines remain elusive for these diseases. Mice are being increasingly used as the animal model for vaccine studies. However, the pathogenic mechanisms of these viruses are not clearly understood. Here, we investigated the interaction of DV and JEV with murine bone marrow-derived dendritic cells (bmDC). Methods: ELISA and FACS analysis were employed to investigate cytokine production and phenotypic changes of DCs obtained from bone marrow following flavivirus infection. Results: We observed that these viruses altered the cytokine profile and phenotypic markers. Although both viruses belong to the same family, JEV-infected bmDC produced anti-inflammatory cytokine (IL-10) along with pro-inflammatory cytokines, whereas DV infection induced production of large amounts of pro-inflammatory cytokines (IL-6 and TNF-${\alpha}$) and no IL-10 from murine bmDCs. Both flaviviruses also up-regulated the expression of co-stimulatory molecules such as CD40, CD80 and CD86. JEV infection led to down-regulation of MHC II expression on infected bmDCs. We also found that cytokine production induced by JEV and DV is MyD88-dependent. This dependence was complete for DV, as cytokine production was completely abolished in the absence of MyD88. With regard to JEV, the absence of MyD88 led to a partial reduction in cytokine levels. Conclusion: Here, we demonstrate that MyD88 plays an important role in the pathogenesis of flaviviruses. Our study provides insight into the pathogenesis of JEV and DV in the murine model.

• KSBB Journal
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• 제24권4호
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• pp.410-414
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• 2009

단염기 다양성 (Single-Nucleotide Polymorphisms, SNPs)은 핵산수준에서의 개개인의 유전 서열간의 차이를 나타내는 말로 최근 맞춤의약 분야에서 각광 받고 있다. 일반적으로 SNPs존재 유무를 확인하는데 주로 사용되는 방법은 ABI automated DNA sequencer와 같은 대용량 염기서열 결정 기계에서 산출되는 결과물 파일로부터 DNA서열을 추출하여 BLAST와 같은 상동성 검색을 수행하는 것이다. 본 논문에서는 사용자로부터 참조서열, AB1파일, SNPs 존재 가능성을 가진 염기의 위치 정보를 입력 값으로 받아 해당 위치에 존재하는 염기의 SNPs 치환 및 heterozygosity 여부를 확인 할 수 있는 프로그램인 SNPchaser를 개발하였다. 특정 유전자 서열 내에서 SNPs를 보이는 염기의 위치에 대한 정보를 사용자가 알고 있는 경우, 전체 유전자 서열에 대해 SNPs유무를 조사할 필요 없이 SNPs를 보인다고 보고된 위치의 염기를 조사하여 SNPs유무를 판단하고, 해당지역의 염기의 chromatogram정보를 사용자에게 제공하는 기능을 가지고 있다. 또한 SNPchaser는 사람과 같은 2배체의 염색체를 가진 생명체에 존재 하는 SNPs지역의 염기에 대한 heterozygosity여부를 사용자가 손쉽게 판별할 수 있도록 하였다. 본 논문에서 개발한 SNPchaser는 http://www.bioinformatics.ac.kr/SNPchaser에서 사용 가능하다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권7호
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• pp.1326-1334
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• 2008

The prime-boost vaccination with DNA vaccine and recombinant viral vector has emerged as an effective prophylactic strategy to control infectious diseases. Here, we compared the protective immunities induced by multiple alternating immunizations with DNA vaccine (pCIgB) and replication-incompetent adenovirus (Ad-gB) expressing glycoprotein gB of pseudorabies virus (PrV). The platform of pCIgB-prime and Ad-gB-boost induced the most effective immune responses and provided protection against virulent PrV infection. However, priming with pCIgB prior to vaccinating animals by the DNA vaccine-prime and Ad-boost protocol provided neither effective immune responses nor protection against PrV. Similarly, boosting with Ad-gB following immunization with DNA vaccine-prime and Ad-boost showed no significant responses. Moreover, whereas the administration of Ad-gB for primary immunization induced Th2-type-biased immunity, priming with pCIgB induced Th1-type-biased immunity, as judged by the production of PrV-specific IgG isotypes and cytokine IFN-$\gamma$. These results indicate that the order and injection frequency of vaccine vehicles used for heterologous prime-boost vaccination affect the magnitude and nature of the immunity. Therefore, our demonstration implies that the prime-boost protocol should be carefully considered and selected to induce the desired immune responses.

• Journal of Microbiology
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• 제43권5호
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• pp.430-436
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• 2005

In this study, the prevalence and quantity of a latent pseudorabies virus (PrV) infection in the nervous tissues of randomly selected pigs was determined via nested and real-time PCR. The nervous tissues, including the trigeminal ganglion (TG), olfactory bulb (OB), and brain stem (BS), were collected from the heads of 40 randomly selected pigs. The majority of the nervous tissues from the selected pigs evidenced a positively amplified band on nested PCR. In particular, nested PCR targeted to the PrV glycoprotein B (gB) gene yielded positive results in all of the BS samples. Nested PCR for either the gE or gG gene produced positive bands in a less number of nervous tissues ($57.5\%$ and $42.5\%$, respectively). Real-time PCR revealed that the examined tissues harbored large copy numbers of latent PrV DNA, ranging between $10^{0.1}\;and\;10^{7.2}(1-1.58{\times}10^7)$ copies per $1{\mu}g$ of genomic DNA. Real-time PCR targeted to the PrV gE gene exhibited an accumulated fluorescence of reporter dye at levels above threshold, thereby indicating a higher prevalence than was observed on the nested PCR ($100\%$ for BS, $92\%$ for OB, and $85\%$ for TG). These results indicate that a large number of farm-grown pigs are latently infected with a field PrV strain with a variety of copy numbers. This result is similar to what was found in association with the human herpes virus.

• KSBB Journal
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• 제8권5호
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• pp.495-503
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• 1993

페퍼민트 세포의 회분배양에 의한 monoterpenoid 풍미성분의 생산 가능성과 세포의 생육 및 정유생산 특성을 알아보기 위해 캘러스로부터 얻은 모배양액 을 기포반응기 형태의 생물반응기에 접종하여 배양 하였다. 회분배양 중 접종량, abiotic stress, yeast elicitor, 그리고 2단 배양 등의 배양조건이 세포생육 과 박하정유 생성 빛 조성에 마치는 영향을 조사하 였으며 배지의 sucrose 농도와 세포생육의 kinetics 를 분석하였다. 접종량을 탈리하여 배양한 결과 2.0 %(PCV)를 접종한 경우가 반응기에서 배양이 가장 적당하였는데 배양 10일 만에 5.8g/P 의 세포생육을 얻었으며 0.109g/P 의 박하정유가 생성되였다. Abi-otic stress의 영향을 보기 위해 16시간은 $27^{\circ}C$ 에서 명상태로,8시간은 암상태로 하고 10'C로 온도를 낮추어 배양한 결과 세포의 생육은 떨어졌으나 박하정유 생성량은 0.546g/P 로 높은 수율을 보여 주었다. 사용한 Lin-Staba 배 지 에 100mg/P 의 yeast extract를 elicitor로 첨가했을 때 세포의 생육과 정유 의 생성량이 높았으며 유일하게 menthol이 정유 중 22.5%의 높은 농도로 생성되었다. 배지의 당농도를 1/2로 줄이고 $27^{\circ}C$ , 명조건으로 6일간 배양한 후 1OOmg/P 의 yeast elicitor를 첨가하여 8시간을 암 상태와 lOoe로 저온처리를 실시하여 6일간 배양한 결과 8일 이후에는 세포의 생육이 감소하였고 정유 생성량은 증가하지 않았으며 menthol도 생생되지 않았다. Dry cell yield는 O.38g dry cell/g sugar이 였으며 specific growth rate은 O.25day-1 이었다. 회분배양에 의해 박하정유가 생성됨을 알 수 있었으 냐 menthol이 생성되지 않고 전구체인 pulegone과 p piperitone이 축적되였다. 그러나 특이하게도 yeast elicitor를 첨가한 경우 menthol이 22.5%로 생성되 었는데 이제까지 박하세포 배양에 의해 생성된 men­t thol 함량으로는 최대치를 보여주는 결과이였다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제8권4호
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• pp.169-175
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• 2008

목적: 대장암에서 microsatellite instability high (MSI-H)를 보인 환자가 microsatellite stable (MSS) 또는 microsatellite instability low (MSI-L)를 가진 그룹보다 예후가 좋은 것으로 되어 있으나 II기, III기 대장암에서 MSI-H를 보인 환자가 MSS 또는 MSI-L를 가진 그룹보다 5-fluorouracil (5-FU)에 대한 효과가 떨어진다는 연구 보고가 있다. Thymidylate synthase (TS)는 DNA 합성에 필요한 물질임과 동시에 5-FU의 표적물질이며 암환자에서 TS 발현율이 높을수록 5-FU에 의한 항암치료 효과가 감소한다. 이와 같이 MSI가 높을수록, TS 발현이 높을수록 5-FU에 대한 감수성이 떨어지기 때문에 MSI와 TS간의 상관관계를 밝히려는 연구가 대장암 환자를 대상으로 시도되었으나 현재까지의 결과는 상관관계가 있다는 보고와 없다는 보고가 있어서 일정하지 않다. 위암 환자에서는 MSI와 TS의 관계에 대한 연구는 없다. 따라서 본 연구에서는 위암 환자에서의 MSI와 TS 발현정도의 상관관계를 분석하였다. 대상 및 방법: 2004년 1월부터 2006년 5월까지 분당차병원에서 위암으로 근치적 위절제술을 시행 받은 환자 중 99명을 대상으로 MSI 및 TS 발현 정도를 비교 분석하였다. MSI는 5개의 표지자(BAT25, BAT26, D2S123, D5S346, D17S250)에 대해서 분석하였고 TS는 면역조직화학 염색으로 그 발현 정도를 측정하였다. 결과: 전체 99예의 환자에서 MSS/MSI-L 및 MSI-H인 경우가 각각 92 (92,9%), 7 (7.1%)예였고 TS에 대한 면역조직화학 염색 정도에 따라 negative, low TS 및 high TS인 경우는 각각 46 (46.5%), 33 (33.3%), 20 (20.2%)예였다. MSS/MSI-L 92예에서 TS의 negative, low TS, high TS는 각각 46 (50%), 30 (32.6%), 16 (17.4%)예였고 MSI-H인 7예에서는 TS의 negative, low TS, high TS가 0 (0%), 3 (42.9%), 4 (57.1%)예로 MSI-H 7예 모두에서 TS를 발현하였고 검정 결과 통계적으로 유의하게 MSI-H와 high TS 간에는 상관관계가 있었다. 결론: 위암환자에서 MSI-H를 보인 경우가 MSS/MSI-L를 보인 경우보다 더 높은 TS의 발현을 보였다.

• 한국가금학회지
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• 제45권3호
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• pp.229-236
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• 2018

본 연구는 연산오계(천연기념물 제265호)와 이를 기원으로 하는 5개 지역별 오계 집단의 유전적 특성 및 차별성을 분석하기 위해 25개의 초위성체(MS) 마커를 이용하여 총 9개 집단 243수를 대상으로 유전자형을 분석하였다. 마커별 다형성 분석 결과, 총 153개의 대립유전자가 확인되었으며, $H_{\exp}$와 PIC의 경우 MCW0145에서 각각 0.640, 0.570으로 가장 높았고, $H_{obs}$는 MCW0252에서 0.607로 가장 높은 값을 나타내었다. 반면, LEI0166에서 $H_{\exp}$, $H_{obs}$, PIC가 각각 0.248, 0.204, 0.202로 가장 낮았다. 집단간 유전거리 분석 결과로는 9개 집단중 YSO 집단과 SUO 집단이 가장 가까운(0.073) 반면, LG 집단과 CBO 집단 사이에서 가장 먼(0.937) 것으로 확인되었다. 집단의 실제 구조를 확인하기 위한 집단별 균일도를 분석한 결과, 공시된 9개의 집단은 3개의 집단으로 구분했을 때 최적의 K값(7.96)을 얻을 수 있었으며, 5개의 오계 집단(YSO, ARO, CBO, CNO, SUO) 및 LG 집단과 CN RIR 집단은 각각 1, 2, 3번 군집에 분포하고 있는 것으로 나타났다. 한편, GBO 집단의 경우 1번과 3번 클러스터에 걸쳐서 분포하고 있는 것으로 보아 사육과정에서 타집단과의 교잡이 일어났을 것으로 추정된다. 이러한 결과를 통해 추후 오계 유전자원에 대한 국가 수준의 유전적 특성평가 및 관리의 기초 자료로 유용하게 활용될 것으로 기대된다.

• 생명과학회지
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• 제17권2호통권82호
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• pp.279-285
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• 2007

위암 환자 30명과 결장암 환자 30명의 암 조직과 그 주위의 정상 조직을 구분하고, 암 조직과 정상조직의 쌍을 찾지 못한 경우의 위암 조직 8개와 결장암 조직 10개의 각 조직에서 Mycoplasma DNA의 존재 유무를 PCR법으로 확인하고 PCR산물에서 DNA의 염기서열을 분석하여 Mycoplasma DNA 서열과 비교함으로써 Mycoplasmas를 검색한 결과 다음과 같은 결론을 얻었다. 위암 조직과 그 주위 조직 30개 중에서 Mycoplasma DNA가 검출된 것은 각각 13개(43.3%)와 18개(60%)이었으며, 결장암 조직과 그 주위 조직 30개 중에서 Mycoplasma DNA가 검출된 것은 각각 12개(40%)와 15개(50%)이었다. Mycoplasma DNA가 검출된 위암 조직에서 mycoplasma 균종의 분리빈도는 M. faucium, M. subdolum, M. salivarium, M. auris, M. hyosynoviae, M. conjunctivae의 순이었다. Mycoplasma DNA가 검출된 위암 조직 주변의 정상조직에서 mycoplasma 균종은 M. facium, M. subdolum, M. salivarium, M. auris, M. hyosynoviae, M. bovigenitalium와 M. pulmonis의 순이었다. Mycoplasma DNA가 검출된 결장암 조직에서 mycoplasma 균종의 분리 빈도는 M. faucium, M. subdolum, M. salivarium, M. auris, M. hyosynoviae), M. synoviae M. bovigenitalium, M. gallinarum, M. moatsii의 순이었다. Mycoplasma DNA가 검출된 결장암 조직 주변의 정상조직에서 mycoplasma 균종은 M. faucium, M. subdolum, M. salivarium, M. auris, M. hyosynoviae, M. bovis, M. opalescens, M. bovigenitalium, M. gallinarum와 M. moatsii의 순이었다. 이상의 결과에서 위암 및 결장암 조직 보다 암 주위의 정상 조직에서 Mycoplasma DNA의 검출율이 높았으며, 검출된 Mycoplasma 균종도 암 조직과 정상 조직에서 차이가 없었으므로 이들 암과 Mycoplasma와는 상관관계가 없는 것으로 생각된다.