• Title/Summary/Keyword: 2D Marker

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Genetics of Fusarium Wilt Resistance in Pigeonpea (Cajanus cajan) and Efficacy of Associated SSR Markers

  • Singh, Deepu;Sinha, B.;Rai, V.P.;Singh, M.N.;Singh, D.K.;Kumar, R.;Singh, A.K.
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제32권2호
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    • pp.95-101
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    • 2016
  • Inheritance of resistance to Fusarium wilt (FW) disease caused by Fusarium udum was investigated in pigeonpea using four different long duration FW resistant genotypes viz., BDN-2004-1, BDN-2001-9, BWR-133 and IPA-234. Based on the $F_2$ segregation pattern, FW resistance has been reported to be governed by one dominant gene in BDN-2004-1 and BDN-2001-9, two duplicate dominant genes in BWR-133 and two dominant complimentary genes in resistance source IPA-234. Further, the efficacy of six simple sequence repeat (SSR) markers namely, ASSR-1, ASSR-23, ASSR-148, ASSR-229, ASSR-363 and ASSR-366 reported to be associated with FW resistance were also tested and concluded that markers ASSR-1, ASSR-23, ASSR-148 will be used for screening of parental genotypes in pigeonpea FW resistance breeding programs. The information on genetics of FW resistance generated from this study would be used, to introgress FW resistance into susceptible but highly adopted cultivars through marker-assisted backcross breeding and in conventional breeding programs.

Genetic Variation in Sprout-related Traits and Microsatellite DNA Loci of Soybean

  • Lee, Suk-Ha;Kyujung Van;Kim, Moon-Young;Gwag, Jae-Gyun;Bae, Kyung-Geun;Oh, Young-Jin;Kim, Kyong-Ho;Park, Ho-Ki
    • 한국작물학회지
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    • 제48권5호
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    • pp.413-418
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    • 2003
  • Genetic diversity and soybean sprout-related traits were evaluated in a total of 72 soybean accessions (60 Glycine max, 7 Glycine soja, and 5 Glycine gracilis). 100-seed weight (SW) was greatly varied and ranged from 3.2g to 32.3g in 72 soybean accessions. Positive correlation was observed between GR and hypocotyl length (HL), whereas negative correlation was observed between SW and hypocotyl diameter (HD). Re-evaluation by discarding two soybean genotypes characterized with low GR indicated that much higher correlation of sprout yield (SY) with HD and SW. Based on the principal component analysis (PCA) for sprout-related traits, 57 accessions were classified. Soybean genotypes with better traits for sprout, such as small size of seeds and high SY, were characterized with high PCA 1 and PCA 2 values. The seed size in second is small but showed low GR and SY, whereas the third has large seed, high GR and more than 400% SY. In genetic similarity analysis using 60 SSR marker genotyping, 72 accessions were classified into three major and several minor groups. Nine of twelve accessions that were identified as the representatives of soybean for sprout based on PCA were in a group by the SSR marker analysis, indicating the SSR marker selection of parental genotypes for soybean sprout improvement program.

한국 재래닭의 경제형질 개량을 위한 apoVLDL-II 유전자의 유전자형 분석 (Genotype Analysis of apoVLDL-II Gene in Korean Chicken Breeds)

  • 정기철;이유주;;장병귀;최강덕;이준헌
    • 한국가금학회지
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    • 제35권4호
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    • pp.335-339
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    • 2009
  • 초저밀도 아포지단백(Very Low Density Apolipoprotein-II)은 조직의 지방단백질 분비 조성과 밀접한 관련이 있다고 알려진 유전자로서 최근 닭에서 성장 및 체구성과 매우 높은 연관이 있다고 알려져 있다. 본 연구는 닭의 3품종에서 PCR-RFLP 방법을 통해 apoVLDL-II 유전자의 유전자형을 분석하고 Broiler 형(B)과 Fayoumi 형(F)을 결정하였다. 각 품종간 유전자형 빈도는 한국 재래계에서 BB가 0.37, BF가 0.43, FF가 0.2로 검출되었고, 오계에서 BB가 0.2, BF가 0.6, FF가 0.2로 검출되었으며, 백색레그혼에서 BB가 0.16, BF가 0.84로 검출되었다. Broiler 형은 성장이나 체구성을 높이는 방향으로 작용한다는 기존의 보고를 바탕으로 본 연구에서 나타난 집단내 다양한 유전자형 분포는 재검증 작업을 거쳐 육종에 의해 이 형질들을 개량할 수 있음을 의미한다.

The health effects of low blood lead level in oxidative stress as a marker, serum gamma-glutamyl transpeptidase level, in male steelworkers

  • Su-Yeon Lee;Yong-Jin Lee;Young-Sun Min;Eun-Chul Jang;Soon-Chan Kwon;Inho Lee
    • Annals of Occupational and Environmental Medicine
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    • 제34권
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    • pp.34.1-34.13
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    • 2022
  • Background: This study aimed to investigate the association between lead exposure and serum gamma-glutamyl transpeptidase (γGT) levels as an oxidative stress marker in male steelworkers. Methods: Data were collected during the annual health examination of workers in 2020. A total of 1,654 steelworkers were selected, and the variables for adjustment included the workers' general characteristics, lifestyle, and occupational characteristics. The association between the blood lead level (BLL) and serum γGT level was investigated by multiple linear and logistic regression analyses. The BLL and serum γGT values that were transformed into natural logarithms were used in multiple linear regression analysis, and the tertile of BLL was used in logistic regression analysis. Results: The geometric mean of the participants' BLLs and serum γGT level was 1.36 ㎍/dL and 27.72 IU/L, respectively. Their BLLs differed depending on age, body mass index (BMI), smoking status, drinking status, shift work, and working period, while their serum γGT levels differed depending on age, BMI, smoking status, drinking status, physical activity, and working period. In multiple linear regression analysis, the difference in models 1, 2, and 3 was significant, obtaining 0.326, 0.176, and 0.172 (all: p < 0.001), respectively. In the multiple linear regression analysis stratified according to drinking status, BMI, and age, BLLs were positively associated with serum γGT levels. Regarding the logistic regression analysis, the odds ratio of the third BLL tertile in models 1, 2, and 3 (for having an elevated serum γGT level within the first tertile reference) was 2.74, 1.83, and 1.81, respectively. Conclusions: BLL was positively associated with serum γGT levels in male steelworkers even at low lead concentrations (< 5 ㎍/dL).

유전자 분석을 통하여 선발된 한우로부터 초음파 유래 체외수정란 이식에 의한 고품질 한우 생산기술의 실용화 I. DNA 검정우에서 초음파기기를 이용한 난포란의 채란에 관한 연구 (Practical Applications of DNA Marker-Assisted Selection and OPU-Derived IVF Embryo Transfer for the Production of High Quality Meat in Hanwoo I. Collection of Follicular Oocytes with Ultrasound-Guided Transvaginal Ovum Pick-Up from DNA Marker-proved Hanwoo)

  • 박희성;이지삼;진종인;박준규;홍승표;이명열;정장용
    • 한국수정란이식학회지
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    • 제16권3호
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    • pp.183-191
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    • 2001
  • 본 연구는 고품질육의 DNA marker가 규떵된 한우로부터 초음파유노 난포란의 연속적 채취를 통하여 능력이 우수한 한우 수정란온 대량생산하는 방법의 확립과 이를 한우농가에 응용하고자 초음파 난자채취기를 이용하여 등지방층두께, 일당증체량, 근내지방도 및배최장근 단면적에 연관된 DNA marker를 보유하고 있는 한우 5두로부터 개체및 난포수, 채취방법, 회수한 난포란의 등급 등을 조사하였다. 한우 5두의 개체별 난포수는 6, 10, 5, 4 및 11회 관찰하여 각각 59개(9.8$\pm$4.5개), 82개(8.2$\pm$4.8개), 83개(16.6$\pm$2.6개), 50개(12.5$\pm$0.5개) 및 79개(7.2$\pm$3.1개)였으며, 모두 36회에 걸쳐 관찰하였던 바 353개(9.8$\pm$4.9개)의 난포를 확인할 수 있었다. 전체 난포수는 small(227개), medium(112개), large follicles(14개) 순으로 나타났으며, 개체별 평균 난포수는 5101번 개체가 평균 16.6$\pm$2.6개로써 가장 높았다. 개체별 난포란의 회수율은 5101번 개체가 89.3%(50/56 ; >2mm) 및 94%(47/50 ; $\leq$2mm)로써 가장 높게 나타났으며, 5두 전체 회수율은 $\leq$2mm(손가락 촉지)가 85.7%(132/154)로써 >2mm (초음파 image)의 74.2%(201/271)보다 유의적 (P<0.01)으로 높게 나타났다. >2mm의 난포에서 채취한 회수란의 등급은 각각 1.0%(G I). 5.0%(G II), 31.3%(G III) 및 62.7%(G IV)로 나타났으며, $\leq$2mm의 난포로부터 채취한 회수란을 각각 2.3%(G I), 16.7%(II),38.6%(G III) 및 42.4%(G IV)의 등급별 회수을 보였다. 1등급(G I) 난포란은 2~6mm 난포에서 1개(1.1%)였으며, 2등급(G II)은 $\leq$2mm, 2-6mm 및 $\geq$6mm 난포에서 각각 5개(3.3%), 11개(11.7%) 및 3개(33.3%)로써 $\geq$6mm 난포에서 가장 높게 나타났다. 3등급(G III) 난포란도 각각 43개(28.9%). 35개(37.2%) 및 5개(55.6%)로써 $\geq$6mm 난포에서 가장 높았으나, 4등급(GIV) 난포란은 $\geq$6mm 난포에서 1개(11.1%)로써 $\leq$2mm 및 2-6mm 난포에서의 101개(67.8%) 및 47개(50.0%) 보다 매우 낮게 나타났다. 전체 회수 난포란수도 4등급이 59.1%(149/252)로써 1, 2, 3등급의 0.4% (1/252), 7.6%(19/252) 및 32.9%(83/252)보다 높게 나타났다. 1회 평균 회수 난포란은 $\leq$2mm 난포에서 4.8$\pm$3.7개로써 2-6mm(3.0$\pm$3.4개) 및 $\geq$6mm (0.3$\pm$0.6개)보다 높았으며, 1회당 평균 8.1$\pm$5.1개의 난포란을 회수하였다.

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Flying Cake: 모바일 단말기를 이용한 실감형 게임 (Flying Cake: An Augmented Game on Mobile Device)

  • 박안진;정기철
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제34권1호
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    • pp.79-94
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    • 2007
  • 언제, 어디서, 누구나 대용량 네트워크를 사용할 수 있는 유비쿼터스(ubiquitous) 시대가 다가오면서, 카메라가 장착되어 있고 무선 통신이 가능한 PDA, 웨어러블(wearable) 컴퓨터와 같은 휴대용 장치가 가까운 미래에는 일상의 한 부분이 될 것이다. 이런 상황을 반영하듯, 휴대용 장치를 이용한 실감형 게임(augmented game)에 관한 다양한 연구가 진행되어 왔다. 기존의 실감형 게임들은 전통적으로 'backpack' 시스템이나 패턴마커(pattern marker)를 이용하였다. 'backpack' 시스템은 비싸고, 거추장스러우며, 사용하기 불편한 단점이 있으며, 패턴마커를 사용하면 미리 정한 장소에서만 게임을 해야 하는 단점을 가지고 있다. 본 논문에서 소개하는 게임 Flying Cake는 거추장스러운 장비 대신, 가볍고 휴대 가능한 PDA를 이용하며, 실제 세계에서 가상의 물체를 접목(overlay)하기 위해, 수동적인 패턴마커 대신 얼굴 영역을 이용한다. Flying Cake는 PDA만을 이용하여 실제 세계를 돌아다니며 카메라에 의해 입력된 영상에 접목된 가상의 캐릭터를 공격하는 일인용과 무선 랜을 통해 전송되는 상대방의 영상에 접목된 가상의 캐릭터를 공격하는 이인용을 제공하는 실감형 슈팅 게임이다. 얼굴 추출 기술을 이용하여 입력 영상의 얼굴영역에 가상의 캐릭터를 접목하며, 사용자는 가상의 캐릭터를 공격하며 게임을 즐긴다. Flying Cake는 얼굴 추출 기술을 이용하여 PDA카메라를 통해 입력된 실제 세계와 가상의 물체 사이의 상호작용을 제공하는 새로운 패러다임(paradigm)을 제공함으로써 사용자에게 새로운 즐거움을 제공할 것이다.

Haplotype Analysis of BRCA1 Gene D17S855 and D17S1322 Markers in Iranian Familial Breast Cancer Patients

  • Miresmaeili, Sayed Mohsen;Tamandani, Dor Mohammad Kordi;Kalantar, Seyed Mehdi;Moshtaghiun, Seyed Mohammad
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제17권7호
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    • pp.3615-3617
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    • 2016
  • Background: Breast cancer molecular analysis by linkage analysis has the advantage of facilitating early diagnosis in asymptomatic genetic carriers, with a view to the preventive follow-up of these subjects and genetic counseling. The aim of this study was to evaluate BRCA1 gene D17S855 and D17S1322 markers in breast cancer patients. Materials and Methods: A series of 85 BC patients and 85 unrelated healthy women were recruited for haplotype analysis performed using two short tandem repeat markers located within the BRCA1 gene locus. Each marker was amplified with PCR genomic DNA from each individual and fluorescently end-labeled primers. Results: Both D17S855 and D17S1322 markers included 12 kinds of alleles. Results indicate that most of the BC patients shared two common 121-150 (11.2%, RR=1.56 and p=0.02) and 121-146 (5.6%, RR=1.9 and p=0.02) haplotypes. Conclusions: Our results should be helpful to understand the haplotype phase in the BRCA1 gene and establish a genetic screening strategy in the Iranian population.

과도 증속 확산(TED)의 3차원 모델링 (Three-dimensional Modeling of Transient Enhanced Diffusion)

  • 이제희;원태영
    • 전자공학회논문지D
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    • 제35D권6호
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    • pp.37-45
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    • 1998
  • 본 논문에서는 본 연구진이 개발 중인 INPROS 3차원 반도체 공정 시뮬레이터 시스템에 이온주입된 불순물의 과도 확산(TED, transient enhanced diffusion) 기능을 첨가하여 수행한 계산 결과를 발표한다. 실리콘 내부에 이온주입된 불순물의 재분포를 시뮬레이션하기 위하여, 먼저 몬테카를로 방법으로 이온주입 공정을 수행하였고, 유한요소법을 이용하여 확산 공정을 수행하였다. 저온 열처리 공정에서의 붕소의 과도 확산을 확인하기 위하여, 에피 성장된 붕소 에피층에 비소와 인을 이온 주입시킨 후, 750℃의 저온에서 2시간 동안 열처리 공정을 수행하였다. 3차원 INPROS 시뮬레이터의 결과와 실험적으로 측정한 SIMS 데이터와 그 결과가 일치함을 확인하였다. INPROS의 점결함 의존성 과도 증속 확산 모델과 소자 시뮬레이터인 PISCES를 이용하여 역 단채널 길이 효과(RSCE, reverse short channel effect)를 시뮬레이션하였다.

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D체와 R체 이성질체 판별과 GC-MS를 이용한 유전성 대사이상질환의 진단법 개발 (Diagnostic Method for Inborn Metabolic Disorders using differentiation between D- and R- Isomers on GC-MS)

  • 윤혜란
    • 대한유전성대사질환학회지
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    • 제15권2호
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    • pp.65-71
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    • 2015
  • Since the secretion of specific chiral isomers in urine (or plasma) is very crucial to diagnose some inborn metabolic disorders, clinical application of dual column achiral differential method has been performed for the absolute configuration of chiral compounds. Extracted from the acidified urine with diethyl ether, carboxylic functional group of organic acid (stereoisomers of the volatile) was derivatized with (-)-menthylation or (S)-(+)-3-methyl-2-butylation and followed by O-trifluoroacylation. Each of the enantiomers was accurately separated from the library matched double column (achiral) with a retention index (I). In various inborn metabolic disease urines, absolute chirality was identified correctly in the urine (10 patients) with inborn metabolic disease (including secretion of D, L- lactic acid, D, L-3-hydroxybutyric acid, and D, L-2-hydroxyglutaric acid). In this study, we identified and isolated the volatile diastereomer as a useful diagnostic marker, this successful application to urine specimens may be useful for diagnostic classification of inherited metabolic disorders.

Identification of meat Quality related genes in Korean Native Chicken using Proteomics

  • Jung, Kie-Chul;Park, Kang-Duk;Jang, Byoung-Gui;Sang, Byung-Don;Lee, Jun-Heon
    • 한국가금학회:학술대회논문집
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    • 한국가금학회 2003년도 제20차 정기총회 및 학술발표회
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    • pp.129-130
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    • 2003
  • 본 연구는 proteomics의 방법을 이용하여 가금의 육질과 관련된 단백질을 찾고자 수행하였다. 인삼부산물 추출액을 급여한 실용 재래닭에서 육질과 관련된 것으로 추정되는 후보 단백질들이 선발되었으며, 이 결과는 가금의 육질을 향상시키는 단백질 Marker로서 이용될 수 있을 뿐만 아니라 현재까지 밝혀지지 않은 가금의 2D map을 만드는데 역시 중요하게 이용될 수 있다.

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