• 한국버섯학회지
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• 제6권1호
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• pp.20-26
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• 2008

흰목이버섯 균주와 공생균을 수집하고 ITS 5.8S rDNA sequencing을 하여 유전자 서열을 분석하였다. Gene Bank Data homology search 결과 분리된 균의 rDNA 서열이 이 Tremella fuciformis AF042409의 rDNA 서열과 99% 일치하는 것으로 확인되었다. 그리고 함께 분리된 공생균은 같은 방법으로 Annulohhypoxylon stygium 으로 확인하였다. 분리된 T. fuciformis KG 103과 A. stygium KG 201 균주는 PD배지에서 각각 14 mm/14 days과 85 mm/14 days의 균사생육을 나타내었다. T. fuciformis KG 103 균주의 생육최적온도는 $25^{\circ}C$ (14mm/14days) 이었으며, $35^{\circ}C$ 고온과 $15^{\circ}C$이하 저온에서 균사 생장이 억제되었다. A. stygium KG 201은 흰목이버섯균과 유사한 최적온도를 나타내었다. T. fuciformis KG 103 균의 생육 최적 pH는 5.0이었으며, A. stygium KG 201도 pH 5.0에서 생육이 가장 왕성하였다. 흰목이버섯 종균용 최적 배지로 참나무톱밥 77.5%, 미강 20%, 석고 1.5%, 황백당 1%가 선정되었다. T. fuciformis KG 103과 A. stygium KG 201혼합 종균을 제조하고 흰목이버섯 자실체생산을 위한 병속재배 방법을 확립하였다. 콘코브(Corn cob) (77%와 52%)가 사용한 재료 중 최적의 자실체 성장률을 나타냈으며, 콘코브 함량을 줄일수록 생육이 저조하였다. 면실박과 참나무톱밥은 단독 사용시 생육이 저조하였고, 콘코브를 첨가시 수율이 증대되었다. 최적수분농도는 55%로 결정되었다.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제28권2호
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• pp.178-183
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• 2003

The purpose of this study was to investigate the frequency of 7 putative pathogens in endodontic infections. The specimens were collected from infected pulpal tissue of patients who were referred for root canal treatment to the department of conservative dentistry, Chosun University Samples were collected aseptically using a barbed broach and a paper point. The cut barbed broaches and paper points were transferred to an eppendorf tube containing 500 ml of 1 X PBS. DNAs were extracted from the samples by direct DNA extraction method using lysis buffer (0.5% EDTA, 1% Triton X-100). Identification of 7 putative pathogens was performed by PCR based on 16S rDNA. The target species were as follows : Porphyromonas endodontalis, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Bacteroides forsythus, Actinobacillus actinomycetemcomitans, and Treponema denticola. Our data revealed that the prevalence of P. endodontalis was found in 88.6% (39/54), P. ginivalis 52.3% (23/44), P. nigrescens 18.2% (8/44), P intermedia 15.9% (7/44) B. forsythus 18.2% (8/44), A. actinomycetemcomitans 3.3% (1/44), T. denticola 25% (l1/44) of the samples. The high prevalence of P. endodontalis and P. ginivalis suggests that they may play an important role in the etiology of endodontic infections.

• 한국어류학회지
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• 제25권2호
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• pp.59-64
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• 2013

한국 제주도에서 채집된 곰치과(Muraenidae) 엽상자어 2개체 (전장 36.2~69.2 mm)를 대상으로 mtDNA 12S rRNA 724 base pair 염기서열을 분석한 결과, 한국 통영에서 채집된 나망곰치(Gymnothorax minor) 성어와 100% 일치하였다. 나망곰치 엽상자어는 전체 근절수가 137~139개, 등지느러미 앞 근절수가 32개, 항문앞 근절수가 82~86개, 전장에 대한 체고가 10% 이상인 형태적 특징을 나타내었다.

• Mycobiology
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• 제51권5호
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• pp.281-287
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• 2023

The symbiotic association between fungus-gardening termites Macrotermes and its fungal symbiont has a moderate degree of specificity-although the symbiotic fungi (Termitomyces) form a monophyletic clade, there is not a one-to-one association between termite species and their fungus-garden associates. Here, we aim to determine the origin and phylogenetic relationships of Termitomyces in Oman. We used sequences of the internal transcribed spacer region (ITS) and the nuclear large subunit ribosomal RNA (LSU rRNA, 25S) gene and analyzed these with sequences of Termitomyces from other geographic areas. We find no evidence for more than a single colonization of Oman by Termitomyces. Unexpectedly, we find Termitomyces in Oman is most closely related to the symbiont of M. subhyalinus in West Africa rather than to those of geographically closer populations in East Africa.

• Journal of Microbiology
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• 제43권2호
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• pp.144-151
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• 2005

During the past ten years, Archaea have been recognized as a widespread and significant component of marine picoplankton assemblages. More recently, the presence of novel archaeal phylogenetic lineages has been discovered in coastal marine environments, freshwater lakes, polar seas, and deep-sea hydrothermal vents. Therefore, we conducted an investigation into the archaeal community existing in tidal flat sediment collected from Ganghwa Island, Korea. Phylogenetic analysis of archaeal 16S rDNA amplified directly from tidal flat sediment DNA revealed the presence of two major lineages, belonging to the Crenarchaeota ($53.9\%$) and Euryarchaeota ($46.1\%$) phyla. A total of 102 clones were then sequenced and analyzed by comprehensive phylogenetic analysis. The sequences determined in our samples were found to be closely related to the sequences of clones which had been previously obtained from a variety of marine environments. Archaeal clones exhibited higher similarities ($83.25 - 100\%$) to sequences..from other environments in the public database than did those ($75.22 - 98.46\%$) of previously reported bacterial clones obtained from tidal flat sediment. The results of our study suggest that the archaeal community in tidal flat sediment is remarkably diverse.

• 환경생물
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• 제25권4호
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• pp.349-355
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• 2007

지렁이과 (family Megascolecidae) 왕지렁이속 (genus Amynthas) 그룹을 rDNA ITS 유전자를 이용하여 계통 유연관계를 알아보고자 하였다. 2과 10속에서 26종의 DNA 염기서열을 이용하여 종간 계통적 유연관계를 MP (Maximum Parsimony), NJ (Neighbor Joining), QP (Quartet Puzzling)로 계통도를 작성하였다. 염기서열이 확보된 Megascolecidae (지렁이과)의 국내외 26종에 대한 계통 분석은 위 3개의 알고리즘 모두 동일한 5개의 그룹으로 나뉘는 것을 확인하였다. 또한 Amynthas 속은 크게 한국산 그룹과 필리핀산 그룹으로 구분되었다. 첫 번째 그룹, Amynthas jirensis, A. agrestis, A. gucheonensis, A. sopaikensis, A. bubonis, A. multimaculatus, A. koreanus, A. dageletensis, A. heteropodus, A. odaesanensis, Pontoscolex sp., Pheretima sp. 1와 다른 그룹, Dendropheretima banahawensis. Amynthas halconensis, A. isarogensis, A. mindrooensis, Pithemera sp. 2, Pithmera sp. 1, and Pleionogaster sp.이다. 이는 ITS 유전자가 속간의 차이를 보여주는 것보다 동일한 속이라 하더라도 지리적 차이에 따른 환경의 영향을 받았음을 알 수 있다. 즉 형태적 분화가 이루어졌다고 하더라도 유전적으로는 동질성을 나타내고 있음을 알 수 있다. 형태적 특징에 의한 명백한 차이는 구분되지 않았다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제40권1호
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• pp.25-31
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• 2002

We describe a riboprinting scheme for identification of unknown Acanthamoeba isolates at the species level. It involved the use of PCR-RFLP of small subunit ribosomal RNA gene (riboprint) of 24 reference strains by 4 kinds of restriction enzymes. Seven strains in morphological group I and III were identified at species level with their unique sizes of PCR product and riboprint type by Rsa 1. Unique RFCP of 17 strains in group II by Dde I. Taq I and Hae III were classified into: (1) four taxa that were identifiable at the species level. (2) a subgroup of 4 taxa and a pair of 2 taxi that were identical with each other. and (3) a species complex of 7 taxa assigned to A. castellanii complex that were closely related. These results were consistent with those obtained by 18s rDNA sequence analysis. This approach provides an alternative to the rDNA sequencing for rapid identification of a new clinical isolate or a large number of environmental isolates of Acanthamoeba.

• 대한의생명과학회지
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• 제1권1호
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• pp.55-72
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• 1995

임상 검체에서 분리 동정한 E.faecalis 균주에 대하여 gentamicin및 타 항균제에 대한 감수성을 조사했고, R-플라스미드 DNA패턴 및 제한효소에 의한 DNA단편분석,filter-mating에 의한 gentamicin 플라스미드 DNA 전이, R-플라스미드 DNA 제거, tetracycline 내성 유전자확인, 항원분석을 실시하였다. 분리된 40주 E. faecalis 모두가 gentamicin에는 내성이었고, 25주는 요 검체에서 분리되었으며, 이 40균주들 중 95%가 입원환자에서 분리되어 중요한 원내감염균임을 알 수 있었다. Gentamicin 고도내성 E. faecalis는 24주(60%)이었고, 최소억제농도의 범위는 ampicillin이 1~64$\mu$g/ml, Chroramphenicol 이 8~128$\mu$g/ml 과 erythromycin 128 $\mu$g/ml, vancomycinol 1~2 $\mu$g이었다. 분리한 Gentamicin 고도내성 E. faecalis HL-1은 4가지 항균제에 모두 내성이었고, 7종류의 플라스미드가 있었다. HL-2와 HL-3은 모두 6종류, HL-4는 7종류, HL-5는 4종류 그리고 HL-6은 5종류의 플라스미드가 있었다. E. faecalis HL-1 과 HL-6의 내성전달 빈도는 6.3$\times10^{-4}$ 과 3.7$\times10^{-5}$이 었으며, E faecalis HL-1의 내성전달 빈도가 높았다 접합에 의해 E.faecalir HL-1과 HL-6의 플라스미드 중 51.7 Kb크기의 전이된 DNA가 확인되어 gentamicin 내성이 플라스미드 전이에 의한 것임을 알 수 있었다. Tetracycline 유전자는 E.faecalis transconjugants R-1의 2.15 Kb 플라스미드에 있었다. 공여균주 및 transconjugants균주의 항원성을 Immunoblotting으로 분석한 결과 E. faecalis HL-1과 E. faecalis transconjugants R-1균주는 97.8, 46.8 Kd의 분자량을 갖는 단백질과 공통적으로 반응하였고, E. faecalis HL-6와 E. faecalis transconjugants R-6균주는 46.8 Kd의 분자량을 갖는 단백질과 공통적으로 반응하였다. 그 반응의 강도는 85.8, 97.8, 46.8, 33.7, 63.5 와 74.8 Kd 순이었다. 공여균주 E. faecalis HL-6에서는 반응하지 않았던 97.8, 95.8, 74.8와 63.5 Kd의 단백질이 E. faecalis transconjugants R-6균 주에서 반응하였다. 이들 종 특이성 단백질을 Invitro에서는 배양되지 않는 E. faecalis에 대한 혈청학적 진단의 항원으로 이용한다면 유용할 것이다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제50권2호
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• pp.87-94
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• 2007

전통 장류 발효식품의 발효도와 저장성을 증진시키기 위하여 전통 콩 발효식품으로부터 cellulase, amylase, protease 활성 및 항균활성 물질 생성이 우수한 바실러스 HS25 균주를 분리하여 그 배양학적 특성을 검토하였다. HS25 균주는 편모와 내생포자를 가지며, 다량의 점질물을 형성하는 그람양성 간균으로 catalase 양성, oxidase 음성으로 esculin을 가수분해하였고, 16S rDNA분석 등을 통하여 Bacillus subtilis로 밝혀져 B. subtilis HS25로 명명하였다. B. subtilis HS25 균주의 생육 및 항균물질 생산을 위하여 최적 배지조성은 soluble starch 1%, yeast extract 0.5%, peptone 0.5% 및 $MgCl_2{\cdot}6H_{2}O$ 0.05%이었으며, 최적 배양온도는 $25{\sim}45^{\circ}C$, 초기 pH는 $6.5{\sim}9.5$, 최적 교반속도는 $160{\sim}200$ rpm이었고, 항균활성이 가장 높게 나타나는 배양 시간 범위는 $12{\sim}36$시간째였다.

• 한국식품저장유통학회지
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• 제14권5호
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• pp.516-525
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• 2007

자체 제조한 초고추장에 무첨가, 주정 3% 첨가, 녹차추출물 1, 3, 5% 첨가, 주정 1%와 녹차추출물 1% 그리고 주정 1%와 녹차추출물 2% 첨가한 시료를 각각 준비한 후 3주 동안 25, $37^{\circ}C$에 저장하면서 총균수, pH, 산도, 당도, 관능검사를 수행함으로써 초고추장의 품질변화를 조사하였다. 먼저 초고추장의 우점균주를 동점하기 위하여 분리된 균주를 16S rDNA 염기서열 분석을 수행한 결과 분리균주는 Bacillus amyloliquefaciens ER282로 최종 동정되었다. 한편 녹차추출물 자체를 1, 3, 5, 10% 농도에서 항균력을 시험한 결과 높은 항균효과를 나타내었다. 항균력이 높은 녹차추출물을 추가적으로 첨가한 초고추장 시료의 저장중의 총균수 변화를 조사한 결과 $25^{\circ}C$와 $37^{\circ}C$ 모두 무첨가구에 비하여 균체수가 현저히 감소하였다. 하지만 pH 산도 및 당도의 변화는 모든 첨가구에서 저장 기간에 따른 유의적 차이가 없었다. 그러나 관능검사와 전체적인 기호도 평가 결과에서는 대부분의 시료는 저장기간이 증가함에 따라 품질이 낮아지는 경향을 보였으나, 3% 녹차추출물 첨가 시료는 유의적으로 높은 기호도를 나타내었다.