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FOX hunting system을 이용한 배추 기능유전자 탐색 (Systematic approaches to identify functional genes using the FOX-hunting system in Chinese cabbage)

  • 이인호;정유진;박종인;노일섭;강권규
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제37권2호
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    • pp.174-185
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    • 2010
  • Full-length cDNAs are essential for the correct annotation of genomic sequences and for the functional analysis of genes and their products. To elucidate the functions of a large population of Chinese cabbage (Brassica rapa) genes and to search efficiently for agriculturally useful genes, we have been taking advantage of the full-length cDNA Over-eXpresser (FOX) gene hunting system. With oligo dT column it purify the each mRNA from the flower organs, leaf and stem tissue. And about 120,000 cDNAs from the library were transformed into $\lambda$-pFLCIII-F vector. Of which 115,000 cDNAs from the library were transformed into T-DNA binary vector, pBigs for transformation study. We used normalized full-length cDNA and introduced each cDNA into Arabidopsis by in planta transformation. Full-length Chinese cabbage cDNAs were expressed independently under the CaMV 35S promoter in Arabidopsis. Selfed seeds were harvested from transgenic Arabidopsis. We had selected 2,500 transgenic plants by hygromycin antibiotic tolerant test, and obtained a number of transgenic mutants. Each transgenic Arabidopsis was investigated in morphological changes, fertility and leaf colour. As a result, 285 possible morphological mutants were identified. Introduced cDNA was isolated by PCR amplification of the genomic DNA from the transgenic mutants. Sequencing result and BLAST analysis showed that most of the introduced cDNA were complete cDNAs and functional genes. Also, we examined the effect of Bromelain on enhancing resistance to soft rot in transgenic Chinese cabbage 'Osome'. The bromelain gene identified from FOX hunting system was transformed into Chinese cabbage using Agrobacterium methods. Transformants were screened by PCR, then RT-PCR and real time PCR were performed to analyze gene expression of cysteine protease in the T1 and T2 generations. The anti-bacterial activity of bromelain was tested in Chinese cabbages infected with soft rot bacteria. The results showed that the over-expressed bromelain gene from pineapple conferred enhanced resistance to soft rot in Chinese cabbage.

Pattern Recognition of the Herbal Drug, Magnoliae Flos According to their Essential Oil Components

  • Jeong, Eun-Sook;Choi, Kyu-Yeol;Kim, Sun-Chun;Son, In-Seop;Cho, Hwang-Eui;Ahn, Su-Youn;Woo, Mi-Hee;Hong, Jin-Tae;Moon, Dong-Cheul
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제30권5호
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    • pp.1121-1126
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    • 2009
  • This paper describes a pattern recognition method of Magnoliae flos based on a gas chromatographic/mass spectrometric (GC/MS) analysis of the essential oil components. The botanical drug is mainly comprised of the four magnolia species (M. denudata, M. biondii, M. kobus, and M. liliflora) in Korea, although some other species are also being dealt with the drug. The GC/MS separation of the volatile components, which was extracted by the simultaneous distillation and extraction (SDE), was performed on a carbowax column (supelcowax 10; 30 m{\time}0.25 mm{\time}0.25{\mu}m$) using temperature programming. Variance in the retention times for all peaks of interests was within RSD 2% for repeated analyses (n = 9). Of the 74 essential oil components identified from the magnolia species, approximately 10 major components, which is $\alpha$-pinene, $\beta$-pinene, sabinene, myrcene, d-limonene, eucarlyptol (1,8-cineol), $\gamma$-terpinene, p-cymene, linalool, $\alpha$-terpineol, were commonly present in the four species. For statistical analysis, the original dataset was reduced to the 13 variables by Fisher criterion and factor analysis (FA). The essential oil patterns were processed by means of the multivariate statistical analysis including hierarchical cluster analysis (HCA), principal component analysis (PCA) and discriminant analysis (DA). All samples were divided into four groups with three principal components by PCA and according to the plant origins by HCA. Thirty-three samples (23 training sets and 10 test samples to be assessed) were correctly classified into the four groups predicted by PCA. This method would provide a practical strategy for assessing the authenticity or quality of the well-known herbal drug, Magnoliae flos.

고내후성 활엽수종의 추출성분을 이용한 신기능성 물질의 분리 및 생리활성 (Bioactivities and Isolation of Functional Compounds from Decay-Resistant Hardwood Species)

  • 배영수;이상용;오덕환;최돈하;김영균
    • 임산에너지
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    • 제19권2호
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    • pp.93-101
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    • 2000
  • 아까시나무의 목질부와 현사시나무, 물푸레나무 및 느릅나무의 수피를 채취하여 아세톤-물 혼합용액(7:3, v/v) 으로 추출한 후 hexane, chloroform, ethylacetate 및 수용성으로 분획하고 동결건조하여 분말로 조제한 후 메탄올-물 등의 용리용매로 Sephadex LH-20 칼럼에서 크로마토그래피를 수행하였다. 물푸레나무에서는 aesculitin 및 그 파생물인 fraxetin 등 다량의 쿠마린 화합물과 에스테르화합물을 단리하였으며, 느릅나무로부터 C-7에 xylopyranose와 apiofuranose와 같은 5탄당이 결합된(+)-catechin 배당체 화합물과 procyanidn B-3를 단리하였다. 아까시나무에서는 leucorobinetinidin의 C-4에 ethoxyl 기가 결합된 flavan 유도체 화합물과 robinetin 등의 flavanonol 화합물을 단리하였다. 현사시나무에서는 taxifolin 등의 후라보노이드 화합물과 배당체인 sakuranetin-5-O-glucopyranoside를 단리하였으며 살리신 유도체인 salireposide 등을 단리하였다. 내후성 시험에서는 목재블록에 부후균을 접종하여 배양한 후 중량감소를 측정하는 방법과 목분-agar 배지에 부후균을 접종한 후 균사의 생장 직경을 측정하는 방법을 적용하였다. 아까시나무가 다른 시룓르보다 우수한 활성을 나타내었으며 특히 메탄올 추출머리를 하지 않은 시료가 처리한 시료보다 좋은 균사생장 저해효과를 나타냈다. 항산화 활성 시험에서는 물푸레나무의 에틸아세테이트 분획이 가장 높은 활성을 보였으며, 아까시나무의 에틸아세테이트 분획도 비교적 높은 효과를 나타내었고, 이 두 분획으로부터 단리된 주요 단리화합물에 대해서는 물푸레나무의 aesculetin이 가장 높았으며 아까시나무의 robinetinidin도 비교적 좋은 효과를 나타냈다.)나 틈새시장(niche market) 마케팅 등에 적용 가능하리라 여겨진다.된다.다.산물로 판단되었다.징하며 WLWQ에 적용되는 몇 가지 제약을 관찰하고 이를 일반적인 언어원리로 설명한다. 첫째, XP는 주어로만 해석되는데 그 이유는 XP가 목적어 혹은 부가어 등 다른 기능을 할 경우 생략 부위가 생략의 복원 가능선 원리 (the deletion-up-to recoverability principle)를 위배하기 때문이다. 둘째, WLWQ가 내용 의문문으로만 해석되는데 그 이유는 양의 공리(the maxim of quantity: Grice 1975) 때문이다. 평서문으로 해석될 경우 WP에 들어갈 부분이 XP의 자질의 부분집합에 불과하므로 명제가 아무런 정보제공을 하지 못한다. 반면 의문문 자체는 정보제공을 추구하지 않으므로 앞에서 언급한 양의 공리로부터 자유롭다. 셋째, WLWQ의 XP는 주제어 표지 ‘는/-은’을 취하나 주어표지 ‘가/-이’는 취하지 못한다(XP-는/-은 vs. XP-가/-이). 이는 IP내부 에 비공범주의 존재 여부에 따라 C의 음운형태(PF)가 시성이 정해진다는 가설로 설명하고자 했다. WLWQ에 대한 우리의 논의가 옳다면, 본 논문은 다음과 같은 이론적 함의를 기닌다. 첫째, WLWQ의 존재는 생략에 대한 두 이론 즉 LF 복사 이론과 PF 삭제 이론 중 전자의 입장을 지지한다. 둘째, WP를 XP로부터 복원할 때 부분 자질만 복사된다. 이는 어휘가 통사층위로 들어온 이후에도 어휘 자질들이 완전히 동결되는 것이 아니라 계속 지시될 수 있다는 가설을 지지한다.ance and stress, and high threshold voltage. Besides, sheet resistance and stress value, rms(root mean square) by AFM were observed. On the electrical

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제조방법에 따른 떫은감 (Diosyros kaki Thumb.)의 대사체 프로파일링과 중성지질/콜레스테롤 대사 관련 유전자발현 연구 : in vitro 및 in vivo 연구 (Metabolites profiling and hypolipidemic/hypocholesterolemic effects of persimmon (Diosyros kaki Thumb.) by different processing procedures: in vitro and in vivo studies)

  • 박수연;오은경;임예니;신지윤;정희아;박송이;이진희;최정숙;권오란
    • Journal of Nutrition and Health
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    • 제51권4호
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    • pp.275-286
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    • 2018
  • 본 연구는 떫은감 청도반시의 분말을 열수 추출하고 칼럼 추출하는 과정에서 획득한 PWE와 TEP에 대한 대사체 프로파일을 분석하고, 유리지방산을 처리한 HepG2 세포와 식이로 고지혈증을 유도한 Wistar계 흰쥐의 간조직을 사용하여 중성지질 및 콜레스테롤 대사 관련 유전자 발현을 측정하였다. 대사체 분석은 가스크로마토그래프-질량분석법과 액체크로마토그래프-질량분석법을 사용하였으며, PLS-DA 분석과 heatmap 분석을 실시한 결과 PWE는 떫은감 분말과 비교적 유사한 대사체 프로파일을, 그리고 TEP는 떫은감 분말과 매우 다른 대사체 프로파일을 가지고 있음을 확인하였다. 세포실험과 또한 세포실험에서 얻어진 결과를 검증하기 위해 수행된 동물실험에서 PWE와 TEP는 모두 SREBP1c와 FAS 유전자 발현을 감소하여 간의 지방축적을 감소시키는 것으로 관찰되었으나, 콜레스테롤 축적을 억제하는 효능은 PWE에 비해 TEP에서 우세하게 증가하는 것이 관찰되었다. 특별히 TEP는 SREBP2, HMGCR 유전자 발현을 억제하고 LDLR 유전자 발현을 촉진하는 것으로 나타났다. TEP는 탄닌 중 Gallic acid 그리고 장쇄지방산아미드인 Oleamide와 Palmitamide 함량이 유의하게 증가되었으므로, 향후 이들 성분과 타깃 유전자의 상관성을 분석하고, 이를 통해 시스템네트워크로 나타내어 대사체 프로파일에 따른 지질 및 콜레스테롤 대사 간 상호 영향을 추가적으로 연구해야 할 것으로 사료된다.