• 제목/요약/키워드: 18S

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둥굴레속 식물의 18S rDNA 염기서열의 특성 (Characterization of 18S rDNA in Polygonatum spp. Collections)

  • 윤종선;김익환;박재성;이철희;홍의연;윤태;정승근
    • 한국약용작물학회지
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    • 제14권3호
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    • pp.178-182
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    • 2006
  • 둥굴레 유전자원의 유연관계를 위한 기초 자료를 얻고자 둥굴레속 식물 수집종 10종에서 18S ribosomal RNA를 암호화하는 18S rDNA 영역의 염기서열을 결정하고 그 특성을 분석한 결과를 요약하면 다음과 같다. 둥굴레속 10종의 18S rDNA 영역 전체의 길이는 $913{\sim}914bp$로 비슷하였으나, 총 8개 지점에서 염기의 치환 및 결실에 의한 변이가 발생하였다. 전위는 $T{\rightarrow}C$전위가 4개 지점에서 발생하였고, $A{\rightarrow}G$ 전위가 1개 지점에서 발생하였으며, 전좌는 $C{\rightarrow}A$ 전좌가 1개 지점에서 발생하여 전위가 전좌보다 5배 만큼 발생하였다. 결실은 2개 지점에서 발생하였다. 18S rDNA의 염기의 조성은 adenine $23.09{\sim}23.33%$, guanine $23.33{\sim}23.52%$, thymine $25.60{\sim}25.85%$, cytosine $27.38{\sim}27.79%$로 pyrimidine계가 purine계보다 많았다. 18S rDNA의 A + T 함량은 $48.80{\sim}49.18%$로 평균 48.99%였고, G+C 함량은 $50.82{\sim}51.20%$로 평균51.01%였다. 다중 정렬에 의해 염기서열을 비교한 결과 $99.7{\sim}100%$ 일치하여 종간에 차이가 적었다.

Mucor racemosus 18S rRNA gene의 3'말단 염기해독 (3'-terminal sequence of mucor racemosus 18S rRNA gene)

  • 지근억;김진경
    • 미생물학회지
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    • 제29권5호
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    • pp.284-289
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    • 1991
  • the nucleotide sequence of the 3' terminal 568 bases of the 18S rRNA gene from Mucor racemosus was determined. The 3' end of the structural gene was identified by comparison with the published sequence for the Saccharomyces cerevisiae gene. The M. racemosus gene was found to share 83.8% homology with that of S. cerevisiae and 71-81% homology with those of human, mouse, maize, Xenopus laevis and Tetrahymena thermophila. The known methylation sites in X. laevis and human were also highly conserved in M. racemosus and located within most conserved regions of 18S RNA gene throughout evolution.

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A report of eight unrecorded UV-resistant bacterial species in Korea isolated in 2018

  • Kim, Ju-Young;Sathiyaraj, Srinivasan;Subramani, Gayathri;Lee, JinWoo;Maeng, Soo hyun;Jang, Jun Hwee;Lee, Ki-Eun;Lee, Eun-young;Kim, Myung Kyum
    • Journal of Species Research
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    • 제7권3호
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    • pp.202-209
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    • 2018
  • Eight bacterial strains, 18JY8-13, 18JY13-16, 18JY43-7, 18JY12-7, 18JY1-1, 18JY1-7, 18JY15-3, and 18JY7-2 assigned to the phylum Firmicutes were isolated from a variety of soil samples collected in the Jeju Island, Korea. Cells of the eight strains were Gram-positive, aerobic and showed resistant to UV-radiation. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence revealed that strains 18JY8-13, 18JY13-16, 18JY43-7, 18JY12-7, 18JY1-1, 18JY1-7, 18JY15-3, and 18JY7-2 were most closely related to Bacillus paranthracis(99.9%), Bacillus paramycoides(99.6%), Bacillus australimaris(99.9%), Bacillus wiedmannii (100%), Bacillus halosaccharovorans(99.6%), Bacillus deserti(98.7%), Bacillus cereus (99.8%), and Bacillus albus(100%), respectively. This is the first report of these eight species in Korea.

O,O-Diethyl-S-Phenyl $Phosphorothiolate-^{18}O$의 산화반응기작 (Mechanistic Investigation in the Oxidation of ${\underline{O}},{\underline{O}}-Diethyl-{\underline{S}}-Phenyl\;Phosphorothiolate-^{18}O$)

  • 김정한
    • Applied Biological Chemistry
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    • 제37권3호
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    • pp.210-215
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    • 1994
  • ${\underline{O}},{\underline{O}}-Diethyl-{\underline{S}}-phenyl\;phosphorothiolate-^{18}O$와 관련화합물들을 합성하고 MCPBA로 산화시켰다. 각 반응을 $^{31}P$ NMR로 추적하였고 반응산물을 GC-MS로 분석하였다. ${\underline{O}},{\underline{O}}-Diethyl-{\underline{S}}-phenyl\;phosphorothiolate-^{18}O$은 메탄올에서 MCPBA에 의해 diethyl methyl phosphate로 전환되며 $^{18}O$를 포함하고 있어 이 산화반응은 Segall과 Casida가 제안하였던 반응기작을 따르고 있음이 증명되었다.

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A report of six unrecorded radiation-resistant bacterial species isolated from soil in Korea in 2018

  • Maeng, Soohyun;Sathiyaraj, Srinivasan;Subramani, Gayathri;Kim, Ju-Young;Jang, Jun Hwee;Kang, Myung-Suk;Lee, Ki-Eun;Lee, Eun-young;Kim, Myung Kyum
    • Journal of Species Research
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    • 제7권3호
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    • pp.222-230
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    • 2018
  • Six bacterial strains 18JY42-3, 18SH, 18JY76-11, 17J11-11, 18JY14-14, and 18JY15-11 assigned to the phylum Proteobacteria, Firmicutes, and Actinobacteria were isolated from soil samples in Korea. The Cohnella species, strain 18JY42-3 was Gram-stain-positive, short rod-shaped and beige-colored. The Methylobacterium species, strains 18SH and 18JY76-11 were Gram-stain-negative, short rod-shaped and pink-colored. The Microterricola species, strain 17J11-11 was Gram-stain-positive, short rod-shaped and yellow-colored. The Paenarthrobacter species, strains 18JY14-14 and 18JY15-11 were Gram-stain-positive, short rod-shaped and white-colored. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence showed that strains 18JY42-3, 18SH, 18JY76-11, 17J11-11, 18JY14-14, and 18JY15-11 were most closely related Cohnella rhizosphaerae (MH497628; 98.8%), Methylobacterium goesingense (MH497632; 99.1%), Methylobacterium populi (MH497635; 99.9%), Microterricolagilva (MH504108; 98.4%), Paenarthrobacter nicotinovorans (MH497641; 100%), and Paenarthrobacter nitroguajacolicus (MH497646; 99.2%), respectively. All the six unrecorded strains showed resistance to UV radiation. This is the first report of these six species in Korea.

Template Synthesis and Characterization of Host (Nanocavity of Zeolite Y)-Guest ([Cu([18]aneN4S2)]2+, [Cu([20]aneN4S2)]2+, [Cu(Bzo2[18]aneN4S2)]2+, [Cu(Bzo2[20]aneN4S2)]2+) Nanocomposite Materials

  • Salavati-Niasari, Masoud;Mirsattari, Seyed Nezamodin;Saberyan, Kamal
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제30권2호
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    • pp.348-354
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    • 2009
  • Copper(II) complexes with tetraoxo dithia tetraaza macrocyclic ligands; [18]ane$N_4S_2$: 1,4,10,13-tetraaza-5,9,14,18-tetraoxo-7,16-dithia-cyclooctadecane, [20]ane$N_4S_2$: 1,5,11,15-tetraaza-6,10,16,20-tetraoxo-8,18-dithia-cyclocosane,Bzo2[18]ane$N_4S_2$: dibenzo-1,4,10,13-tetraaza-5,9,14,18-tetraoxo-7,16-dithia-cyclooctadecane, Bzo2[20]ane$N_4S_2$: dibenzo-1,5,11,15-tetraaza-6,10,16,20-tetraoxo-8,18-dithia-cyclocosane; were entrapped in the nanopores of zeolite-Y by a two-step process in the liquid phase: (i) adsorption of [bis(diamine)copper(II)] (diamine = 1,2-diaminoethane, 1,3-diaminopropane, 1,2-diaminobenzene, 1,3-diaminobenzene); $[Cu(N-N)_2]^{2+}$-NaY; in the nanopores of the zeolite, and (ii) in situ template condensation of the copper(II) precursor complex with thiodiglycolic acid. The obtained complexes and new host-guest nanocomposite materials; $[Cu([18]aneN_4S_2)]^{2+}-NaY,\;[Cu([20]aneN_4S_2)]^{2+}-NaY,\;[Cu(Bzo_2[18]aneN_4S_2)]^{2+}-NaY,\;[Cu(Bzo_2[20]aneN_4S_2)]^{2+}$-NaY; have been characterized by elemental analysis FT-IR, DRS and UV-Vis spectroscopic techniques, molar conductance and magnetic moment data, XRD and, as well as nitrogen adsorption. Analysis of data indicates all of the complexes have been encapsulated within nanopore of zeolite Y without affecting the zeolite framework structure.

한국산 잇바디돌김 (Porphyra dentata)의 핵 18S rDNA 염기선열 분석 (Sequence Analysis of Nuclear 18s rDNA from Porphyra dentata (Rhodophyta) in Korea)

  • ;김명숙;조지영;진형주;홍용기
    • 생명과학회지
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    • 제12권4호
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    • pp.427-432
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    • 2002
  • 잇바디돌김(Porptyra dentata)을 대상으로 핵의 18S ribo-somal RNA를 지령하는 유전자 즉 18S rDNA 유전자를 증폭하고, 염기서열분석을 수행하였다. 전체 18S rDNA의 exon 영역 크기는 1822 bp, intron 영역의 크기는 512 bp였다. 이들 exon과 intron 영역의 G+C함량은 각각 49%와 55%씩 나타내었다. 일본산 잇바디돌김(CenBank accession number: AB013183)의 exon 영역과의 비교에서 상동성이 97.1%에 도달하였다. 568번과 569번 염기사이의 upstream에 위치하는 intron 영 역에서는 AB013183과 52.1%의 상동성을 보였다.

반추위액의 미생물에 의한 In vitro 상에서의 리놀렌산과 리놀산의 Biohydrogenation (In vitro Biohydrogenation of Linolenic and Linoleic Acids by Microorganisms of Rumen Fluid)

  • 이수원
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제47권6호
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    • pp.985-1000
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    • 2005
  • 리놀렌산(C18:3)과 리놀산(C18:2)의 biohydrogenation 과 반추위 내에서의 이들 지방산의 bypass를 검토하기 위하여 3 구로 나누어 티모시 조사료를 반추위액과 함께 in vitro상에서 39℃, 0, 3, 6, 9, 24, 36 시간 동안 혐기 배양 시험을 하였다. 첫번째 시험의 목적은 C18:2과 C18:3의 in vitro biohydrogenation에 대한 조사료의 성장 단계(stem elongation, early heading, late heading, early flowering)와 질소 시비(0 and 120kg N ha-1)의 영향을 시험하는 것이었다. 수소첨가가능분획(hydrogenable fraction), C18:2과 C18:3의 효과적인 소실과 bypass는 stem elongation 시 수확된 티모시에서 높았고, 성숙함에 따라 일정하게 감소하였다. 질소시비구는 C18:3의 수소첨가가능분획, C18:2과 C18:3의 효과적인 소실과 bypass가 증가하였다. 그러나 C18:2과 C18:3의 소실율은 성숙과 질소시비(P≻0.1)에 의해 영향을 받지 않았다. 2번째 시험에서는 in vitro C18:2과 C18:3 biohydrogenation에 대한 티모시 보존 방법의 영향을 보았다. 사일리지는 C18:2과 C18:3를 가장 효과적으로 소실시켰으며, 건초는 가장 효과가 낮았다. C18:2과 C18:3의 biohydrogenation 된 양은 건초에서 보다 헤일리지와 사일리지에서 더 높았다. 티모시 헤일리지와 비교하였을 때 C18:3의 bypass는 신선 목초, 시든풀, 건초에서 더 높았다. C18:2의 bypass는 건초와 헤일리지에 비해 신선목초와 사일리지가 더 높았다. 3번째 시험에서는 C18:2과 C18:3의 소거와 bypass에 대한 티모시 헤일리지와 사일리지에 대한 개미산 첨가와 Lactobacillus plantarum 접종의 효과를 검토하였다. 개미산의 첨가는 헤일리지와 사일리지에 있어서 C18:3의 biohydrogenation 비율을 증가시켰으나 사일리지에 있어서 C18:2의 수소첨가 가능분획을 감소시켰다. 이러한 3가지 배양구의 결과는 티모시에 있어 C18:2과 C18:3의 수소첨가 가능분획과 bypass가 성숙도에 따라 감소하였고 질소시비에 따라 증가하였음을 보여 준다. 헤일리지와 사일리지에서 건초에서 보다 C18:2과 C18:3의 더 많은 양이 biohydrogenation 되었으며 C18:3의 반추위 소실은 헤일리지에서 보다 신선목초, 시든풀, 건초에서 더 높았다.

한국산 송이버섯에서의 18s ribosomal DNA 서열 (The 18s rDNA Sequences of the Basidiocarps of Tricholoma matsutake in Korea)

  • 이상선;홍성운
    • 한국균학회지
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    • 제26권2호통권85호
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    • pp.256-264
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    • 1998
  • 한국에서 자생하고 소나무와 외생균근을 갖는 송이에 대한 18S ribosmal DNA의 DNA 서열을 조사하였다. 4개의 지역에서 채집된 송이의 514 bp 분석결과 18S rDNA의 서열는 모두 동일하였고, 경북대학교 미생물연구실의 연구 결과와는 4 bp가 차이가 나타났다. NCBI의 BLAST search결과, T. matstake와 제일 유사한 것으로 나타났다. 분석된 514 bp의 서열비교에서는 다른 버섯균과 차이가 있는 서얼 부분을 파악하였다. 또한, 이러한 자료를 이용하여 유사도 분석에서 각각의 속에 속하는 균들은 같은 묶음을 나타내고 있으나, 과 혹은 그 이상의 단위에서의 비교는 좋은 결과가 나오지 않았다. 본 연구를 통해 외생균근의 확인 작업에 필요한 primer 제작을 위한 사전 자료를 얻었으며, 또한 조사된 염기서열도 분석할 수 있었다.

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Phylogenetic Analysis and Rapid Detection of Genus Phellinus using the Nucleotide Sequences of 18S Ribosomal RNA

  • Nam, Byung-Hyouk;Lee, Jae-Yun;Kim, Gi-Young;Jung, Heon-Ho;Park, Hyung-Sik;Kim, Cheng-Yun;Jo, Wol-Soon;Jeong, Soo-Jin;Lee, Tae-Ho;Lee, Jae-Dong
    • Mycobiology
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    • 제31권3호
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    • pp.133-138
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    • 2003
  • Analysis of phylogenetic relationship was performed among Phellinus species based on 18S ribosomal subunit sequence data. Twenty-five strains of 19 Phellinus species including P. linteus were examined in this study. Regions of 18S ribosomal subunit were very conserved, but some variable regions between Phellinus species were observed. The species-specific detection primers, modified by 2 or 3 nucleotides in sense primer were designed based on 18S ribosomal DNA(rDNA) sequence data. The 210 by PCR bands were detected with annealing temperature $48^{\circ}C$. The 18S 2F-18S 4R detection primer set distinguished P. linteus from various Phellinus species but some species like P. baumii, P. weirianius, P. rhabarberinus and P. pomaceus also had weak reactivity on this primer set. The 18S 3F-18S 4R primer set distinguished only P. linteus from various Phellinus species, although sensitivity with this primer set was lower than that of 18S 2F-18 4R primer set. These primer sets would be useful for the detection of only P. linteus among unknown Phellinus species rapidly.