• 생명과학회지
• /
• 제22권2호
• /
• pp.232-238
• /
• 2012

금정산성 막걸리$^{(R)}$는 전통적인 수제누룩과 쌀로부터 발효된 한국의 전통적인 술이다. 본 연구에서는 막걸리 발효기간 동안 세균과 진균의 다양성을 특성화하기 위해 16S와 28S rRNA 유전자를 목적으로 하는 PCRDenaturing Gradient Gel Electrophoresis (PCR-DGGE) 분석을 수행하였다. 막걸리 발효기간 동안 PCR-DGGE profile에서 검출된 세균은 16S rRNA 유전자 서열에 기초한 동정결과 Lactobacillus spp. (L. curvatus, L. kisonensis, L. plantarum, L. sakei 및 L. gasseri), Pediococcus spp. (P. acidilactici, P. parvulus, P. agglomerans및 P. pentosaceus), Pantoea spp. (P. agglomerans 및 P. ananatis) 그리고 Citrobacter freundii로 총 12종이었으며, 배양2일 이후 L. curvatus가 주된 우점 종을 형성하였다. 반면 PCR-DGGE profile에서 검출된 진균은 28S rRNA 유전자 서열에 기초한 동정결과 Pichia kudriavzevii, Saccharomyces cerevisiae, Asidia idahoensis, Kluyveromyces marxianus, Saccharomycopsis fibuligera 및 Torulaspora delbrueckii로 6종이었으며 주된 우점 진균은 배양0일에서 2일에 P. kudriavzevii에서 배양 3일에서 6일에 S. cerevisiae로 전환되었다. 결과적으로 PCR-DGGE분석은 막걸리발효기간 동안 미생물의 구조와 다양성을 이해하는 데 유용한 도구임을 보여주었다.

• 미생물학회지
• /
• 제44권3호
• /
• pp.251-257
• /
• 2008

대청호와 용담호로부터 조류 독소인 microcystin을 생산하는 남조세균을 분리하고, 이의 16S rRNA와 microcystin 생합성 유전자(mcyA)를 분석하였다. 분리된 조류 중 대청호에서 분리된 DC-2와 총담호에서 분리된 YD-1, YD-6은 16S rRNA와 mcyA 유전자 염기서열을분석한 결과 Microcystis aeruginosa에 속하는 것으로 판단되었다. 용담호에서 분리된 YDS2-3의 경우, mcyA 유전자는 M. aeruginosa와 매우 유사하나 16S rRNA 유전자는 매우 상이한 것으로 나타나 Microcystis 속에 속하는 새로운 종일 가능성 이 있는 것으로 판단되었다. 대청호와 용담호 시료로부터 mcyA 유전자 library를 구축하여 분리된 조류의 유전자와 비교한 결과, DC-2의 mcyA 유전자가 두 호수에서 가장 우점하는 것과 일치하였다. 본 연구에서 분리된 조류는 독성 조류의 모니터링 및 제어에 관한 연구에 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국식품위생안전성학회지
• /
• 제33권4호
• /
• pp.280-288
• /
• 2018

본 연구는 국내에서 생산되거나 해외에서 수입되어 국내에서 유통되는 수산물 중에서 두족류를 문어류, 낙지류, 오징어류, 주꾸미류, 꼴뚜기류의 5개 그룹으로 구분하여 분석하였다. 두족류 5개 그룹을 판별을 하기 위해 미토콘드리아에 존재하는 유전자를 분석하였고, 그 중에서 COI (mitochondrial cytochrome C oxidase subunit I), 16s rRNA (16s ribosomal RNA), 12s rRNA (12s ribosomal RNA) 내에서 상당히 유사한 DNA 서열 부분과 일부 서열 변화 부분이 확인되었다. 명확하게 두족류 5개 그룹 판별을 하기 위해 COI, 16s rRNA, 12s rRNA 유전자의 일부 서열 변화 부분에서 그룹 특이적 프라이머 세트를 디자인하였다. 국내 외에서 확보한 두족류 시료(참문어, 낙지, 살오징어, 아메리카 대왕오징어, 갑오징어, 주꾸미, 모래주꾸미, 하이야주꾸미, 참꼴뚜기, 창꼴뚜기, 한치꼴뚜기)의 genomic DNA을 추출하여 각 그룹의 특이적 프라이머를 이용하여 SYBR 기반의 real-time PCR 시스템에 의해 분석되었고, threshold cycle (Ct) value와 같은 real-time PCR 결과 분석에 의해 두족류 내 그룹 판별이 가능하였다(Table 3).

• Journal of Microbiology
• /
• 제45권6호
• /
• pp.479-484
• /
• 2007

Bacterial communities at 10 cm, 100 cm, and 200 cm depths in a 100-year-old lead-zinc tailing heap were evaluated by constructing 16S rRNA gene libraries. In total, 98 operational taxonomic units (OTUs) were identified from 193 clones at a 3% sequence difference level. The OTU number and species richness decreased with the depth. Species composition was significantly different between the three libraries. Fifty-seven percent of the examined clones were Acidobacteria and 27% belonged to Proteobacteria. Other sequences included Chloroflexi, Firmicutes, Chlamydiae, Actinobacteria, Gemmatimonadetes, Nitrospira, and three unclassified OTUs. Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, and Actinobacteria were mainly distributed in the rhizosphere of naturally colonizing plants; however, Deltaproteobacteria, Acidobacteria, and Chloroflexi tended to inhabit the deeper tailings (below the 100 cm-depth).

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제12권3호
• /
• pp.497-502
• /
• 2002

Thirty-nine strains of Leuconostocs found to be tolerant to $10\%$ or more garlic were selected for further identification, by comparing their whole-cell protein pattern, 16S rRNA gene (first 530 bases) sequence, cellular fatty acid composition, and carbon source metabolism. Two isolates were Identified as Leuconostoc mesenteroides and 32 others as Leuconostoc citreum. Five other strains belonging to a cluster could not be allocated to the existing species. 16S rRNA gene sequence and cellular fatty acid composition of the unidentified bacteria exhibited close similarity with Leuconostoc argentinum. The unidentified isolates were not allocated to L. argentinum, because they formed polysaccharide from sucrose, while L. argentinum strains do not. Leuconostocs tolerant to high concentration of garlic were found predominantly on garlic surface, an extreme environment which is unfit for most of other microorganisms.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제23권4호
• /
• pp.384-389
• /
• 1995

Streptoalloteichus hindustanus ATCC 31219, a nebramycin complex producer, is similar to Streptomyeces tenebrarius in a viewpoint of resistance to a wide range of aminoglycoside antibiotics. S. tenebrarius has resistance mechanisms of 16s rRNA methylation and aminogycoside modification. However, it is not known whether resistance mechanisms of Stall. hindustanus are the same as in S. tenebrarius. Therefore, we have tried to isolate resistance determinants from Stall. hindustanus. Two different types of aminoglycoside resistance determinants were isolated from Stall. hindustanus and expressed in Streptomyces lividans TK24. The apramycin resistance gene (amr) and the tobramycin resistance gene (tmr) isolated from Stall. hindustanus showed broad resistance spectrum against a dozen of aminoglycoside antibiotics. The complete nucleotide sequences of apramycin resistance gene (amr) were determined. The deduced amino acid sequence of the amr gene of Stall hindustanus ATCC 31219 showed extensive sequence homology to the 16s rRNA methylase gene (kamB) of S. tenebrarius.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제38권3호
• /
• pp.263-272
• /
• 2010

독도 연안에 존재하는 배양 가능한 미생물의 다양성을 16S rRNA 분석으로 조사하였다. 동도 선착장 주변과 서도 숙소 부근을 중심으로 채취한 시료에서 163개의 해양 미생물을 분리하였다. 분리한 미생물 163종을 16S rRNA 염기서열의 분석을 이용하여 부분동정 할 수 있었다. 부분동정된 미생물은 gamma-proteobacteria(58%), alpha-proteobacteria (20%), bacteriodetes(16%) 계통이 대부분을 차지하고 있었고, 그 외에도 low G+C Gram positive bacteria와 epsilonproteobacteria가소수 동정 되었다. 염기서열이 분석된 미생물들은 이전에 보고된 미생물들의 16S rRNA 유전자와 93.3%에서 100%의 유사도를 보이며 56속 94종으로 부분 동정되었다. 163종의 부분 동정된 미생물 중 36개의 분리 미생물이 새로운 종으로 분류될 후보군으로 추정되었다. 본 연구의 결과 독도연안 바닷물에는 proteobacteria와 bacteriodetes의 비율이 높게 나타났고, 미생물 다양성을 높게 유지하고 있었다. 이 다양한 미생물로부터 다양한 유용미생물 자원을 확보할 수 있고, 새로운 종으로 분류될 후보군 들은 추후 여러 생리생화학적 실험을 수행하여 새로운 종 또는 새로운 속으로 발표할 수 있을 것으로 판단된다.

• 미생물학회지
• /
• 제41권2호
• /
• pp.117-124
• /
• 2005

Rotifer와 병든 넙치 자어로부터 분리된 2개의 균주는 표현형적인 특성 확인 결과 Vibrio ichthyoenteri로 확인이 되었다. V. ichthyoenteri를 검출하기 위래 고감도 PCR 방법 개발을 하기 위래 V. ichthyoenteri 16S-23S rRNA intergenic spacer region(ISR)을 분석하였고, V. ichthyoenteri중 특이적 primer를 개발하였다. V. ichthyoenteri 의 ISR를 분석한 결과 1개의 다형성 ISR type서열을 포함하고 있었다. ISR서열은 길이는 348bp이며 tRNA gene을 가지고 있지 않았다. 이 서열을 가지고 이미 알려진 다른 Vibrio 종의 ISR 서열과 mutiple alignment를 수행한 결과 여러 영역에서 높은 가변성을 나타내어 가변 부위를 표적으로 하여 V. ichthyoenteri를 검출하기 위한 종 특이적 primer를 제작하였다. 제작된 primer의 특이성을 확인하기 위해 Vibrio 표준균주 19종의 genomic DNA와 분리균주 18 group에 genomic DNA 그리고 V. ichthyoenteri와 가장 유사한 서열을 가지고 있다고 알려진 Vibrio 종의 genomic DNA를 가지고 시험하였다. 그 결과 본 연구에서 제작된 종 특이적 primer를가지고 PCR 반응을 하면 V. ichthyoenteri를 검출 할 수가 있다.

• Food Science and Biotechnology
• /
• 제16권2호
• /
• pp.320-324
• /
• 2007

The bacterial diversity in Korean soybean-fermented foods was investigated using a PCR-based approach. 16S rRNA sequences were amplified and cloned from two different soybean-fermented foods such as doenjang (soybean paste), and ganjang (soybean sauce). Staphylococcus equorum (60.6%), Tetragenococcus halophila (21.2%), Leuconostoc mesenteroides (9.1%), Lactobacillus sakei (6.1%), and Bacillus subtilis (3.0%) were detected among clones isolated from soybean paste samples and Halanaerobium sp. (37.5%), Halanaerobium fermentans (37.5%), T. halophila (12.5%), Staphylococcus sp. (6.3%), S. equorum (3.1%), and B. subtilis (3.1%) were detected among clones isolated from soybean sauce. Our approach revealed different bacterial distributions and diversity from those previously obtained using culture-dependent methods.

• 대한수의학회지
• /
• 제59권3호
• /
• pp.157-160
• /
• 2019

The production of rmtB-encoded 16S rRNA methylases has emerged as a novel mechanism promoting high-level resistance toward aminoglycosides in Gram-negative bacteria. Between 2015 and 2017, 636 distinct commensal Escherichia (E.) coli isolates were collected from different farms in South Korea to determine the prevalence and molecular characteristics of rmtB. The positive rates of rmtB between all the isolates and amikacin-resistant isolates were 1.1 and 100%, respectively. High-level aminoglycoside resistance could be transferred by conjugation from rmtB-positive donors to higher amikacin-resistance efficacies. This is the first report of 16S rRNA methylase-encoding genes in E. coli isolated from food-producing animals in Korea.