• 미생물학회지
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• 제47권3호
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• pp.268-274
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• 2011

남조세균 Anabaena (Cyanobacteria, Nostocales)는 담수 생태계에서 녹조 현상을 유발하거나 일부 종은 간독소(hepatotoxin)를 갖고 있어 수질관리 차원에서 주목 받아 왔다. 본 연구는 Anabaena RNA polymerase beta subunit (rpoB) 유전자 염기서열을 규명하였으며, 분류학적 분자 마커로 사용하기 위하여 이들 염기서열의 특성을 평가하였다. Anabaena rpoB 유전자는 16S rRNA 유전자와 비교하여 염기 유사도가 낮으며 유전자 변이가 큰 것으로 분석되었으며, 통계적으로 유의한 차이를 보였다(Student t-test, p<0.01). Parsimony 분석을 통해 rpoB 유전자가 4.8배의 속도로 빠르게 진화하는 것으로 파악되었다. 또한 rpoB 유전자 phylogeny 분석에서 16S rRNA tree보다 높은 해상도로 Anabaena 균주를 명확하게 구분해 주었다. 본 연구 결과는 Anabaena의 종 식별, 분자계통 분류, 분자적 검출을 위해 rpoB 유전자가 매우 효과적이라는 것을 제시해 준다.

• 한국어류학회지
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• 제18권2호
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• pp.78-86
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• 2006

한국산 쉬리, Coreuleuciscus splendidus의 종내 집단간 유전자 다양성을 알기 위해 6개 주요강(북한강, 남한강, 금강, 오십천, 낙동강, 섬진강)으로부터 채집된 개체를 대상으로 16S rRNA 유전자와 미트콘드리아 cytochrome b 유전자에 근거하여 비교 분석하였다. 미트콘드리아 cytochrome b 유전자의 657 bp 길이의 염기서열 분석결과, 6개 집단간에 차이는 98.2~99.9%로 나타났으며 지리적으로 격리된 집단간에 높은 유전적 다양성을 보였다. 16S rRNA 유전자는 697 bp의 염기서열을 얻었으며, 종내 변이는 큰 차이가 없이 거의 동일하였다. 16S rRNA 유전자의 6개 집단간에는 97.7%에서 99.7%의 높은 유사성을 보였다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제24권11호
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• pp.1552-1559
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• 2011

Real time PCR was used in this study to determine the effect of triticale dried distillers grains with solubles (TDDGS) as a replacement for grain or barley silage in finishing diets on the presence of six classical ruminal bacterial species (Succinivibrio dextrinosolvens, Selenomonas ruminantium, Streptococcus bovis, Megasphaera elsdenii, Prevotella ruminicola and Fibrobacter succinogenes) within the rumen contents of feedlot cattle. This study was divided into a step-wise adaptation experiment (112 days) that examined the effects of adaptation to diets containing increasing levels of TDDGS up to 30% (n = 4), a short-term experiment comparing animals (n = 16) fed control, 20%, 25% or 30% TDDGS diets over 28 days, and a rapid transition experiment (56 days) where animals (n = 4) were rapidly switched from a diet containing 30% TDDGS to a barley-based diet with no TDDGS. It was found that feeding TDDGS as replacement for barley grain (control vs. 20% TDDGS) decreased 16S rRNA copy numbers of starch-fermenting S. ruminantium and S. bovis (p<0.001 and p = 0.04, respectively), but did not alter 16S rRNA copy numbers of the other rumen bacteria. Furthermore, feeding TDDGS as a replacement barley silage (20% vs. 25% and 30% TDDGS) increased 16S rRNA copy numbers of S. ruminantium, M. elsdenii and F. succinogenes (p<0.001; p = 0.03 and p<0.001, respectively), but decreased (p<0.001) the 16S rRNA copy number of P. ruminicola. Upon removal of 30% TDDGS and return to the control diet, 16S rRNA copy numbers of S. ruminantium, M. elsdenii and F. succinogenes decreased (p = 0.01; p = 0.03 and p = 0.01, respectively), but S. dextrinosolvens and S. bovis increased (p = 0.04 and p = 0.009, respectively). The results suggest that replacement of TDDGS for grain reduces 16S rRNA copy numbers of starch-fermenting bacteria, whereas substitution for barley silage increases 16S rRNA copy numbers of bacteria involved in fibre digestion and the metabolism of lactic acid. This outcome supports the contention that the fibre in TDDGS is highly fermentable.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제39권2호
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• pp.97-103
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• 2011

GC-1과 GC-4로 명명된 두 종의 그람 양성 박테리아가 제주도 연안해수로부터 동정되었다. 이 두 균주는 16S rRNA 유전자 염기서열 분석과 생리적 특성 분석결과를 토대로 Bacillus 속의 박테리아로 규명되었다. 균주 GC-1의 16S rRNA 유전자 염기서열은 B. tequiliensis와 B. subtilis subsp. inaquosorum의 16S rRNA 유전자 염기서열과 99.91%의 상동성을 보였고, 균주 GC-4의 16S rRNA 유전자 염기서열은 B. altitudinis, B. stratosphericus 및 B. aerophilus의 16S rRNA 유전자 염기서열과 100%의 상동성을 보였다. 그러나 두 균주의 생리학적-유전학적 특성 분석 결과, 이들이 계통적 유연관계를 갖는 다른 Bacillus 속의 균주들과 상당한 차이가 있었고, 따라서 조사된 Bacillus 속과는 다른 속에 속할 가능성이 높았다. 이러한 결과는 Bacillus 속이 진화과정 중에 다양한 변종으로 진화되었음을 암시한다.

• 한국패류학회지
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• 제27권4호
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• pp.395-400
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• 2011

Phylogenetic analyses on the Phylum Mollusks has so far been conducted by many researchers in the world. However, there was no report on taxonomic analysis on Acila divaricata vigila which is belonging to Class Bivalvia, Subclass Protobranchia. In this study, we performed molecular phylogenetic analysis on Acila divaricata vigila using 16S rRNA sequence through maximum likelihood method. As a result, it is clearly divided into the legion of mollusk classification unit (when you zoom in order) and represented to support the current classification in the Phylum Mollusca belong to Class Bivalvia, Subclass Protobranchia, Subclass Pteriomorphia, Subclass Paleoheterodonta, Subclass Heterodonta and Subclass Anomalodesmacea. To our knowledge, this is the first report of molecular phylogenetic analysis on Acila divaricata vigila using 16S rRNA gene and these data suggests that 16S rRNA gene will be useful for analyzing the phylogenetic relationship of Subclass Protobranchia.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제35권4호
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• pp.347-351
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• 2007

감자 더뎅이병은 제주도 전 지역에서 발생하는 병해로서 더뎅이병 발생 시 경제적인 손실이 막대한 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 제주도 감자 더뎅이병징이 있는 부위에서 Streptomyces spp.를 분리, 배양한 후, 16S rRNA 유전자를 이용하여 계통분석을 실시하였다. 계통분석 결과 제주도 감자 더뎅이병징이 있는 부위에서 분리된 균은 모두 Streptomyces spp.에 속하였으며, 대부분이 기존에 더뎅이병을 일으키는 Streptomyces spp.로 확인되었다. 그러나 일부의 분리균은 기존에 알려진 감자 더뎅이병원균과는 다르다. 따라서 이들 병원균에 대해서는 지방산과 단백질 분석, 그리고 DNA-DNA 혼성화 등과 같은 보다 많은 연구의 수행을 통하여 새로운 더뎅이병을 일으키는 Streptomyces spp.인지, 또는 아직까지 명명되지 않은 Streptomyces spp.인지를 확인해야 할 것으로 사료된다.

• 한국물환경학회지
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• 제20권5호
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• pp.506-511
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• 2004

Maintaining dissolved oxygen (DO) at sufficiently low concentration in the aeration tank at a wastewater treatment plant (WWTP) is essential for reduction of the costs of operation and maintenance. On the other hand, the low DO level may result in adverse effect on the integrity of the activated sludge, A typical and disastrous outcome frequently experienced is the outgrowth of filamentous microorganisms, which is called as filamentous bulking, In addition to the traditional methods such as sludge settleability and microscopic observation of the culture, molecular techniques including polymerase chain reaction (PCR) amplification followed by 16S rRNA sequencing were applied to identify filamentous bacteria present in bulking sludge under a condition of low DO concentration, Two morphologically distinct groups, presumably consisting of Sphaerofilus nafans, and Eikelboom Type 1701 or Type 1851, were identified through microscopic observation. They were further confirmed by subsequent 16S rRNA sequencing. Dominant filamentous bacteria identified by the molecular techniques were consisted of three major groups. Sequences of partial 16S rRNA cloned showed that the filamentous bulking organisms were closely related to Eikelboom Type 021N and Eikelboom Type 1701, and Sphaerotilus natans, respectively. Molecular methods were found to possess a strong potential of direct examination of the microbial community of an activated sludge system.

• 미생물학회지
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• 제51권4호
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• pp.398-406
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• 2015

제주도에서 채집한 해양 해면 Halichondria panicea의 공생세균 군집구조를 배양에 의한 ARDRA와 비배양에 의한 DGGE 분석 방법에 의하여 조사하였다. 16S rRNA gene-ARDRA 분석을 위해 변형된 Zobell 배지와 Marine agar를 이용하여 120균주를 선별하고 제한효소, HaeIII와 MspI을 사용하여 ARDRA type을 구분하였다. ARDRA type으로부터 유래한 16S rRNA gene 염기서열 분석 결과, 알려진 세균 종과 96% 이상의 유사도를 나타내었으며 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes 등 3문 4강이 관찰되었다. 그 중 Alphaproteobacteria가 우점하였다. 같은 해면, H. panicea의 DGGE 분석을 위해 total genomic DNA로부터 16S rRNA gene를 증폭하여 DGGE fingerprinting을 수행한 결과 14개의 밴드가 관찰되었다. 각 밴드의 16S rRNA gene 염기서열은 알려진 세균의 염기서열과 100%의 유사성을 나타내었으며 대부분의 염기서열은 uncultured bacteria에 속하였다. DGGE 분석으로부터 미생물의 군집은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteira, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Chloroflexi 등 6문 7강으로 나타났다. ARDRA와 DGGE 방법에 의해 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes가 공통적으로 발견되었으나 전체적인 공생세균의 군집구조는 분석방법에 따라 차이를 나타내었다. 배양에 의한 방법보다 비배양 방법에서 더 다양한 세균군집구조를 나타내었다.

• 생명과학회지
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• 제24권4호
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• pp.361-369
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• 2014

16S rRNA gene PCR법은 환자 검체로부터 병원성 미생물을 검출 및 동정에 사용되어진다. 본 연구는 대량의 임상미생물 진단을 위해 bacterial 16S rRNA 부위 유전자 서열을 이용하여 광대한 범위와 높은 특이도를 가지는 primer을 포함한 PCR법을 개발하였다. 10개 표준 균주 16S rRNA 보존 부위의 유전자 서열을 기반으로 primer set를 구축하였다. 98명 환자 검체에서 임상 미생물을 분리하였다. 98개 균주는 phenotypic 방법을 이용하여 확인하고, 개발된 primer set와 universal primer set를 이용한 PCR법으로 확인하였다. 획득한 PCR 산물은 forward primer, reverse primer, 그리고 자동화 DNA 분석기를 이용하여 각 균주의 16S rRNA 유전자 서열을 분석 및 확인하였다. 본 연구에서 개발된 primer set와 universal primer set의 임상미생물 검출에 대한 효율성을 평가하였고, 또한 phenotypic 방법과 분자생물학적 방법을 비교했다. 분리된 98개 균주를 대상으로 개발된 primer set로 16S rRNA PCR을 진행하여 778 bp 크기의 단일밴드로 증폭 되었음을 확인했다. 총 98개중 94개 균주(95.9%)는 phenotypic 결과와 동일함을 확인했다. 새로 개발된 primer set를 이용한 결과는 universal primer set를 이용한 98개 균주(100%)의 결과와 동일함을 확인하였다. 개발된 16S rRNA gene PCR법은 임상미생물 검출 및 동정에서 신속성, 정확성, 그리고 검사 비용 절감의 장점을 가진다. 개발된 primer set는 병원성 미생물 동정에서 효율성을 확인했다.

• 한국치위생학회지
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• 제13권5호
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• pp.889-900
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• 2013

Objectives : Molecular biology techniques were employed to assess diversity of bacterial in children's dental caries. Methods : DNA of germs was extracted and the diversity of the 16S rRNA clones was analyzed by amplified rDNA restriction analysis and sequencing. The experimental samples were pit and fissure caries (PC), deep dentinal caries (DC), smooth surface caries (SC), and supragingival plaque (PQ) from 50 children of age less than 12 years old. The control group was healthy teeth supragingival plaque (HT). Thirty clones from each 16S rRNA clone library of 5 samples were randomly selected, thus a total of 150 clones were analyzed. Results : Amplified rDNA restriction analysis uncovered 18, 20, 11, 17, and 22 phylotypes from healthy teeth, pit and fissure caries, deep dentinal caries, smooth surface caries, and supragingival plaque, respectively. Sequencing analysis found the dominance of Actinomycs naeslundii and Fusobacterium nucleatum in the healthy teeth; Leptotrichia sp. in the pit and fissure caries; Actinomyces sp., Streptococcus mutans, and Rahnella aquatilis in the deep dentinal caries; Streptococcus mutans and Actinomyces sp. in the smooth surface caries; Enterobacter hormaechei and Streptococcus sanguinis in the supragingival plaque. Conclusions : Clonal analysis identified 6 phyla, 20 genera, and 51 species.