• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제24권11호
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• pp.1473-1483
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• 2014

Reports of herbicide resistance events are proliferating worldwide, leading to new cultivation strategies using combinations of pre-emergence and post-emergence herbicides. We analyzed the impact during a one-year cultivation cycle of several herbicide combinations on the rhizobacterial community of glyphosate-tolerant Bt-maize and compared them to those of the untreated or glyphosate-treated soils. Samples were analyzed using pyrosequencing of the V6 hypervariable region of the 16S rRNA gene. The sequences obtained were subjected to taxonomic, taxonomy-independent, and phylogeny-based diversity studies, followed by a statistical analysis using principal components analysis and hierarchical clustering with jackknife statistical validation. The resilience of the microbial communities was analyzed by comparing their relative composition at the end of the cultivation cycle. The bacterial communites from soil subjected to a combined treatment with mesotrione plus s-metolachlor followed by glyphosate were not statistically different from those treated with glyphosate or the untreated ones. The use of acetochlor plus terbuthylazine followed by glyphosate, and the use of aclonifen plus isoxaflutole followed by mesotrione clearly affected the resilience of their corresponding bacterial communities. The treatment with pethoxamid followed by glyphosate resulted in an intermediate effect. The use of glyphosate alone seems to be the less aggressive one for bacterial communities. Should a combined treatment be needed, the combination of mesotrione and s-metolachlor shows the next best final resilience. Our results show the relevance of comparative rhizobacterial community studies when novel combined herbicide treatments are deemed necessary to control weed growth.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제29권5호
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• pp.631-639
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• 2016

China has a long history of sheep (Ovis aries [O. aries]) breeding and an abundance of sheep genetic resources. Knowledge of the complete O. aries mitogenome should facilitate the study of the evolutionary history of the species. Therefore, the complete mitogenome of O. aries was sequenced and annotated. In order to characterize the mitogenomes of 3 Chinese sheep breeds (Altay sheep [AL], Shandong large-tailed sheep [SD], and small-tailed Hulun Buir sheep [sHL]), 19 sets of primers were employed to amplify contiguous, overlapping segments of the complete mitochondrial DNA (mtDNA) sequence of each breed. The sizes of the complete mitochondrial genomes of the sHL, AL, and SD breeds were 16,617 bp, 16,613 bp, and 16,613 bp, respectively. The mitochondrial genomes were deposited in the GenBank database with accession numbers KP702285 (AL sheep), KP981378 (SD sheep), and KP981380 (sHL sheep) respectively. The organization of the 3 analyzed sheep mitochondrial genomes was similar, with each consisting of 22 tRNA genes, 2 rRNA genes (12S rRNA and 16S rRNA), 13 protein-coding genes, and 1 control region (D-loop). The NADH dehydrogenase subunit 6 (ND6) and 8 tRNA genes were encoded on the light strand, whereas the rest of the mitochondrial genes were encoded on the heavy strand. The nucleotide skewness of the coding strands of the 3 analyzed mitogenomes was biased toward A and T. We constructed a phylogenetic tree using the complete mitogenomes of each type of sheep to allow us to understand the genetic relationships between Chinese breeds of O. aries and those developed and utilized in other countries. Our findings provide important information regarding the O. aries mitogenome and the evolutionary history of O. aries inside and outside China. In addition, our results provide a foundation for further exploration of the taxonomic status of O. aries.

• Applied Biological Chemistry
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• 제5권
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• pp.7-21
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• 1964

가잠(家蠶)(Bombyx mori)의 잠체(蠶體), 용체 및 견사선(絹絲腺)(후부(後部))에서 phenol법(法)으로 RNA를 추출(抽出)하여 RNA의 nucleotide 조성(組成)(mole ratio)을 살피는 한편, 견사선(絹絲腺)(후부(後部))에서 초원심법(超遠沈法)으로 r-RNA, s-RNA를 분리(分離)하여 이에 대(對)한 nucleotide조성(組成)을 조사(調査)하고 또 가잠견사선(家蠶絹絲腺)과 비교(比較)할 목적(目的)으로 거미 방적선(紡績腺)의 t-RNA를 분리(分離)하여 nucleotide성분(成分)을 측정(測定)하여 다음과 같은 결과(結果)를 얻었다. 1) 잠란(蠶卵)에 있어서 이것을 마수(磨粹), 탈지(脫脂) 후(後) lysozyme을 작용(作用)시키고 10% NaCl용액(溶液)으로 가열(加熱) 추출(抽出)하는 새방법(方法)을 고찰(考察)하여 RNA의 추출(抽出)이 극난(極難)한 잠란(蠶卵)에서 RNA를 분리(分離)하는데 성공(成功)하였다. 2) 가잠란(家蠶卵), 잠체(蠶體), 용체 및 견사선(絹絲腺)(후부(後部))의 t-RNA nucleotide 조성(組成)은 다음과 같다. 시료(試料) $\frac{G+C}{A+U}$ $\frac{G+U}{A+C}$ $\frac{Pu}{Py}$ 가잠란(家蠶卵)의 RNA 1.14 1.24 0.99 가잠체(家蠶體)의 RNA 1.40 1.36 0.80 용체의 RNA 1.40 1.33 1.35 후부견사선(後部絹絲腺)의 RNA 1.05 1.32 1.15 이로서 잠체(蠶體). 용체 및 견사선(絹絲腺)의 Pu/Py는 각각(各各) 차이(差異)가 있으나 G+U/A+C는 3자간(者間)에 1.3의 거이 동일(同一)한 수치(數値)를 보여주고 있다. G+C/A+U는 잠체(蠶體)와 용체에 있어서 동일(同一)하나 견사선(絹絲腺)의 그것과는 차이(差異)가 있다. 한편 잠란(蠶卵)에 있어서는 Pu/Py, G+C/A+U, G+U/A+C가 각각(各各) 잠체(蠶體), 용체 및 견사선(絹絲腺)에 있어서와 현저(顯著)한 차이(差異)를 보여주고 있다. G+C/A+U가 1.3이나 되는 RNA의 base ratio를 가진 생물(生物)에 관(關)해서는 아직 보고(報告)된 바 없고 다만 본논문(本論文)의 가잠(家蠶)에 관(關)한 RNA와 속편(續編)인 각종(各種) 패류(貝類) RNA의 nucleotide 조성(組成)에서 모두 1.3에 가까운 수치(數値)를 보여주고 있다. 3) 견사선(絹絲腺)(후부(後部)) t-RNA와 거미 방적선(紡績腺)의 t-RNA의 nucleotide molar ratio 및 견사선(絹絲腺)의 r-RNA, s-RNA nucleotide 조성(組成)은 다음과 같다. 재료(材料) $\frac{G+C}{A+U}$ $\frac{G+U}{A+C}$ $\frac{Pu}{Py}$ 가잠견사선(家蠶絹絲腺)(후부(後部)의 t-RNA 1.05 1.32 1.15의 r-RNA 1.12 1.30 1.20의 s-RNA 1.55 1.33 0.65 지주방적선(蜘蛛紡績腺)의 t-RNA 1.35 1.24 1.16 즉(卽) 가잠견사선(家蠶絹絲腺)(후부(後部))과 거미방적선(紡績腺)의 t-RNA nucleotide 조성(組成)은 Pu/Py가 1.15와 1.16으로서 거이 동일(同一)하지만 G+C/A+U, G+U/A+C에 차이(差異)가 있음을 보았다. 한편 가잠견사선(家蠶絹絲腺)(후부(後部)) r-RNA와 s-RNA의 Pu/Py와 G+C/A+U는 현저(顯著)한 차이(差異)가 있고, G+U/A+C에 있어서는 1.3으로서 거이 동일(同一)한 수치(數値)를 보여주고 있다. 4. 이상(以上)과 같이 잠체(蠶體)에 관(關)한 RNA의 nucleotide 조성(組成)은 소위(所謂) GC-type로서, 현재(現在)까지 문헌(文獻)에 보고(報告)된 각종(各種) 생물(生物)의 RNA의 base ratio에 관(關)하여 비교(比較) 검토(檢討)하였으며, RNA의 nucleotide ratio의 차이(差異)의 의의(意義)에 대(對)하여 고찰(考察)하였다.

• Journal of Species Research
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• 제12권spc2호
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• pp.23-32
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• 2023

During screening for indigenous prokaryotic species in Republic of Korea in 2021, a total of 21 bacterial strains assigned to the phylum Bacteroidota were isolated from a variety of environmental habitats including pine cone, seaweed, soil, sea sediment, brackish water and moss. Based on the 16S rRNA gene sequence similarity value of more than 98.7% and formation of a robust phylogenetic clade with the type strain of the closest bacterial species, it was found that the 21 strains belong to independent and recognized bacterial species. There has been no official report that the identified 21 species have been isolated in Republic of Korea up to date. Therefore, 16 species in six genera of two families in the order Flavobacteriales, two species in two genera of two families in the order Cytophagales, one species in one genus of one family in the order Chitinophagales and two species in one genus of one family in the order Sphingobacteriales are proposed as unrecorded species of the phylum Bacteroidota isolated in Republic of Korea. Their Gram reaction, colony and cell morphology, basic phenotypic characteristics, isolation source, taxonomic status, strain ID and other information are described in the species descriptions.

• 미생물학회지
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• 제45권2호
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• pp.170-176
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• 2009

제주도에 서식하는 2종의 해양 해면, Dictyonella sp.와 Spirastrella abata의 공생세균 군집구조를 16S rDNA-DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis) 방법에 의해 분석하였다. 해면으로부터 total genomic DNA를 추출하여 GC clamp가 추가된 세균에 특이적인 341f primer와 518r primer를 이용하여 16S rRNA gene의 V3 부위를 증폭한 후 DGGE 전기 영동하고 재증폭하여 염기서열을 분석하였다. 그 결과 Dictyonella sp.에서 8개, Spirastrella abata에서 7개의 band를 확인할 수 있었다. 공통된 주요 band가 없는 패턴을 나타내었으며, DGGE band로부터 DNA를 추출하여 부분 염기서열을 분석한 결과, NCBI에 등록된 서열들과 93%~98%의 유사도를 나타내었다. Dictyonella sp.의 주요 해면 공생세균은 uncultured Gammaproteobacteria, Spirastrella abata의 경우 uncultured Alphaproteobacteria, Firmicutes에 각각 포함되어 해면 종에 따른 숙주 특이적 분포를 보이는 것으로 나타났다.

• 한국지하수토양환경학회:학술대회논문집
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• 한국지하수토양환경학회 2003년도 추계학술발표회
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• pp.438-441
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• 2003

The present study reports the novel physiological function of dissimilatory perchlorate reduction by two strains JB101 and JB109 isolated from a sewage treatment facility in Incheon, South Korea. The physiological data of the isolates showed good correspondence with the members of the family Enterobacteriaceae. The partial 16S rRNA and 16S rDNA sequence of strains JB101 and JB109 showed similarity of 99.8% to Citrobacter amalonaticus and 98% to Citrobacter farmari, respectively. The study infers toward possibility of Citrobacter spp. to form an important group of dissimilatory perchlorate reducers within the (equation omitted) subclass of Proteobacteria because the majority of the known. members belong to two monophyletic groups namely Dechloromonas and Dechlorosoma in $\beta$ subclass of Proteobacteria.

• 미생물학회지
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• 제52권2호
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• pp.175-182
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• 2016

본 연구에서는 상수리림 부식층으로부터 방향족 화합물(리그닌 polymers) 분해세균을 분리하여 계통학적 특성을 밝히고, pyrosequencing 계통분석을 통해 부식층 내 주요 세균군집과의 상관관계를 검토하고자 하였다. 방향족 화합물(p-anisic acid, benzoic acid, ferulic acid 및 p-coumaric acid)을 이용하는 세균 42균주를 분리하여 16S rRNA 계통해석한 결과, Rhizobium, Sphingomonas, Burkhorlderia, Pseudomonas 계통군으로 확인되었다. 이들 방향족화합물 분해세균 중 Burkhorlderia 계통군은 전체 분리균주의 83%로 높은 비율을 차지하였다. 차세대 염기서열 분석법(pyrosequencing)을 이용하여 부식층시료로부터 7,862개의 16S rRNA 유전자 염기서열을 얻었으며, 유의성 97% 수준에서 1,821 OTUs와 다양성 지수 6.76가 확인되었다. 상수리림 부식층 내 세균군집은 총 22개 문(phylum)으로 구성되었으며, 주요 세균군집으로 확인된 ${\beta}$-proteobacteria 계통군은 Burkholderia, Polaromonas, Ralstoria, Zoogloea, Variovorax를 포함하는 15개 속으로 세분류 되었다. 이들 세균 중 약 50%가 Burkholderia 속으로 확인되었다. 상수리림 부식층 내 우점군집으로 밝혀진 Burkholderia 계통군은 산림 생태계에서 리그닌 분해 대사 과정에 중요한 미생물생태학적 역할을 수행하는 것으로 판단되었다.

• 생명과학회지
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• 제20권7호
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• pp.1012-1018
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• 2010

본 연구에서, 고지방식이에 의한 비만, streptozotocin처리에 의한 당뇨 및 노화에 의해 알츠하이머병의 원인 유전자인 APP의 발현이상이 생기는지를 조사하였다. 일반식이(ND)/고지방식이(HFD), 16주령/26주령, 및 정상/당뇨 등의 조건별 8가지 조합에 88마리의 C57BL/6 생쥐를 각 그룹에 최소 10마리씩 나누어 키웠으며, 각 실험생쥐로부터 추출한 부고피하지방 및 부고환지방조직에서의 APP mRNA 발현양을 quantitative real-time PCR로 측정하였다. 그 결과, 피하지방조직에서의 APP 유전자는 16주령과 26주령에서 고지방식이로 키워 비만을 유도한 동물에서 2배정도 높게 발현되었으나(16주령 $125.0{\pm}13.9$ vs. $63.5{\pm}9.9$, p=0.001; 26주령 $120.2{\pm}6.0$ vs. $51.8{\pm}6.3$, p<0.0001), 부고환지방조직에서는 APP 발현양의 차이가 나타나지 않았다. 16주령과 26주령 사이에서의 노화에 따른 APP 발현양의 차이도 나타나지 않았다. 또한, 일반 및 고지방식이로 키운 16주령 생쥐의 피하지방조직 APP 유전자 발현은 STZ에 의해 유도된 당뇨병 생쥐에서 크게 감소되었다(ND non-diabetic $63.5{\pm}9.9$ vs. diabetic $40.2{\pm}5.0$, p<0.05; HFD $125.0{\pm}13.9$ vs. $67.0{\pm}9.0$, p<0.01). APP mRNA 발현양의 선형회귀분석에 의하면, 당뇨병이 유발되지 않은 일반 생쥐(R=0.657, p<0.0001, n=39)와 당뇨병 생쥐(R=0.508, p=<0.0001, n=49) 모두에서의 APP mRNA 발현양이 체중과 깊은 연관성이 있음이 확인되었으나, APP mRNA 양과 혈당과의 연관성은 나타나지 않았다. 이는 STZ에 의한 당뇨병 생쥐에서 관찰된 APP mRNA 발현의 감소는 고혈당증에 의한 것이 아닌 체중감소의 영향인 것으로 추측된다. 본 연구의 결과로 APP mRNA는 생쥐의 피하지방 및 부고환지방에서 발현되고 있고, 비만에의 의해 증가하며, 체중감소에 의해 감소한다는 것을 확인하였다. 이들 결과는 사람에게서 확인된 체중변화에 의한 APP 이상발현 현상을 더욱 분명히 보여주었으며, 이런 APP 이상발현이 중년기 비만과 노령기의 알츠하이머병 환자 뇌에서의 amyloidogenesis 증가 매개자로서의 역할 가능성을 시사한다.

• 미생물학회지
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• 제45권4호
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• pp.397-403
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• 2009

이 연구는 해양 유래의 천연 항산화물질에 관한 연구로서 항산화물질 생산 해양 방선균은 제주연안 해수에서 분리되었다. 균주는 16S rRNA 염기서열, 전자현미경에 의한 형태학적, 생리, 생화학적 및 세포 지방산 분석을 기초로 동정되었다. 분리균주 ACT-1은 그람양성, 호기성, 비운동성, 기질균사체색이 red, 기중균사체 색이 gray계열 이었다. 세포지방산 분석결과 주요 지방산으로 $C_{15:0}$ anteiso (39.33%), $C_{16:1}$ cis 9 (11.96%), $C_{16:0}$ (13.08%)와 $C_{17:0}$ anteiso (10.99%)로 분석되었으며, 최종적으로 Streptomyces sp. ACT-1으로 동정되었다. Streptomyces sp. ACT-1 메탄올 추출물의 항산화활성은 DPPH (1,1-diphenyl-2-picrylhydrazyl), hydroxyl, alkyl radical 소거활성을 ESR (electron spin resonance) spectrometer를 이용하여 측정되었다. SBME-1 (Streptomyces broth methanol extract)의 DPPH 라디컬 소거활성은 $1,000{\mu}g$/ml 농도에서 67%, Hydroxyl radical 소거활성은 $500{\mu}g$/ml에서 84%, Alkyl radical 소거활성은 $1,000{\mu}g$/ml 농도에서 71%를 보였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제30권4호
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• pp.346-351
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• 2002

토양으로부터 pretease활성이 우수한 균주를 선별하여 형태학적, 생화학적 동정과정 및 16 rRNA염기서열 분석 등의 방법을 이용하여 Bacillus sp. DS-1으로 동정하였다. Bacillus sp. DS-1은 초기 배지의 pH가 7.0인 조건에서 정지기에서 가장 높은 활성을 나타내었다. Bacillus sp. DS-1으로부터 protease를 생산하기 위해 탄소원으로는 1% glucose, 질소원으로는 1% yeast extract를 첨가할 때 대조구와 비교하여 각각 20%와 30% 더 효과적인 것으로 나타났다. Bacillus sp. DS-1이 생산하는 protease의 최적활성은 55$^{\circ}C$와 pH 7.0이었다. 1 mM의 EDTA첨가에 의해 protease활성이 84%실활 되었고 이 결과로부터 Bacillus sp. DS-1의 상등액에 존재하는 주된 protease 활성은 metalloprotease임을 알 수 있었다.