• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• v.18 no.3
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• pp.225-230
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• 2003

본 연구는 DNA 상해유도기작을 규명하기 위하여 하등 진핵생물인 분열형 효모 Schizosaccharomyces Pombe로부터 subtraction hybridization방법을 이용하여 자외선 유도 유전자인 UVI-180을 분리하고 그 유전자 구조와 발현양상을 조사하였다. UVI-180유전자의 발현양상을 Northern hybridization 방법으로 살펴본 결과 자외선(ultraviolet-light)조사 1시간 후에 최대의 발현 증가를 나타내었다. 반면 알킬화제인 MMS(methyl methanesulfonate)처리에 의해서는 전혀 발현이 증가되지 않았다. 이 결과 UVI-180유전자는 DNA상해에 따라 각기 다른 발현양상을 나타냄을 알 수 있었다. 유전자의 기능을 알기 위하여 null-mutant세포 주를 제조하여 그 특성을 살펴본 결과 이 유전자는 세포의 성장에 필수적인 유전자임을 알 수 있었다.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• v.26 no.6
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• pp.1397-1407
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• 2015

Individual phenotype is mostly influenced by genetic factors as well as the effects of environmental factors. Therefore, adjustment of environmental factors are needed in order to see more clearly the effects of genetic factors that we are interested in gene screening study related to Hanwoo's economic trait. The purpose of this study is to propose new statistical model that was adjusted environmental factor and identify adjustment effect in a superior gene marker screening study for producing high quality Hanwoo. First, statistical model including both genetic factor and environmental factor establishes and adjusted value of economic trait find by removing effect of environmental factor such as age, breeding farm. Finally, we identify superior gene marker combination and compare accuracy by applying MDR to data of before and after adjustment. Economic trait is used C18:1, SFA, MUFA, MS, CWT, BFT and SNP marker is used 6 markers of LPL that were identified as more excellent SNP marker than the others among 49 markers through fatty acid composition and economic trait performance test.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2014.11a
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• pp.469-470
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• 2014

동적 무기할당 문제는 전형적인 NP-완전 문제로써 위협하는 표적에 대해 아군의 무기를 적절히 할당하는 문제이다. 이는 매우 시간 제약적인 문제로써 가능한 단 시간 내에 적절한 무기할당 및 대응을 도출하여야 하지만 매우 유동적인 전장 환경에서 이는 쉽지 않다. 최근 이와 같이 높은 복잡성을 가진 빅데이터를 기반으로 하는 응용에서 분산 처리 시스템을 활용한 분석 및 처리에 대한 연구가 큰 주목을 받고 있고, 대표적인 프레임워크로써 맵리듀스가 활용되고 있다. 그러나 맵리듀스는 전체 데이터에 대한 일괄 처리 기능만을 제공하므로 동적 데이터에 대한 유전자 알고리즘의 수행이 쉽지 않고, 최종 결과 도출에 여전히 많은 시간을 필요로 한다. 본 논문에서는 맵리듀스 환경에서 유전자 알고리즘 기반의 동적 무기할당 알고리즘을 제안한다. 제안하는 기법에서는 맵리듀스 환경에서 유전자 알고리즘의 연속적인 데이터 처리의 지원을 위해 새롭게 추가 및 제거된 무기-표적 데이터만을 분석하고, 이를 기 분석 완료된 데이터와 결합하여 최종 결과를 도출한다. 이를 통해, 신속한 동적무기할당의 수행이 가능하다.

• Journal of Soil and Groundwater Environment
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• v.11 no.1
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• pp.1-6
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• 2006

The analysis of functional population and its dynamics on the environment is essential for understanding bioremediation in environment. Here, we report a method for oligonucleotide microarray for the monitoring of aliphatic and aromatic degradative genes. This microarray contained 15 unique and group-specific probes which were based on 100 known genes involved pathways in biodegradation. Hybridization specificity tests with pure cultures, strain Pseudomonas aeruginosa KCTC 1636 indicated that the designed probes on the arrays appeared to be specific to their corresponding target genes. It was found that the presence of 8 genes encoding alkane, naphthalene, biphenyl, pyrene (PAH ring-hydroxylating) degradation pathway could be detected in oil contaminated soil sample. Therefore, the findings of this study strongly suggest that oligonucleotide microarray is an effective diagnostic tool for evaluating biodegradation capability in oil contaminated subsurface environment.

• Proceedings of the KIEE Conference
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• 2002.07b
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• pp.1175-1177
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• 2002

본 논문에서는 외란에 매우 강인한 특성을 갖는 유전자 알고리즘에 의한 PI 제어기를 통하여 속도 제어기를 설계하고 성능평가를 하였다. 유전자 알고리즘의 파라미터인 교배율, 돌연변이율, 세대내 개체수 세대수를 선정하여 최적해를 구하는데 적절한 선정이 필요하다. 따라서 Matlab/Simulink 환경 하에서 유도전동기 제어 시스템을 모델링하고 시뮬레이션 결과를 통해서 유전자 알고리즘의 적절한 파라미터 선정 후 제어기의 유용성을 입증하였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2001.10b
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• pp.172-174
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• 2001

유전자알고리즘을 병렬로 처리하려는 이유는 수행시간의 향상과 최적해의 향상이다. 하지만 이에 대한 연구와 응용이 적은데 이는 연구 환경이 열악하기 때문이다. 즉, 슈퍼컴퓨터와 같은 고가의 장비가 필요하며, 그것이 보편적으로 우리 주변에 있지 않다는 것이 가장 큰 장애가 되었다. 이를 극복하기 위한 방법은 에이전트라는 소프트웨어를 이용해서 유전자 알고리즘을 병렬로 처리를 하는 것이다. 이 연구에서는 이런 방법으로 유전자 알고리즘을 병렬로 처리를 하여도 수행시간의 향상과 최적해의 향상을 보일 수 있는지를 연구한다.

• Journal of Food Hygiene and Safety
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• v.38 no.4
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• pp.246-254
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• 2023

V. parahaemolyticus causes waterborne and foodborne disease such as acute diarrhea. In this study, V. parahaemolyticus isolates from seawater, fish tanks, and distributed fishery products in Jeju were investigated for potential toxin or species-specific genes (tdh, trh, tlh, and toxR) using RT-PCR and their genetic characteristics were analyzed using Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Overall, V. parahaemolyticus of 90 strains (36.7%), including 33 strains from seawater, 8 strains from fish tanks, and 50 strains from fishery products, were isolated from 245 samples. All V. parahaemolyticus strains did not detect the tdh gene, whereas all strains detected tlh or toxR genes. In addition, trh genes were detected in 3 strains from seawater and 1 strain from fishery products. Monthly quantitative testing of seawater revealed that V. parahaemolyticus was positively correlated with water temperature. The 90 strains of V. parahemolyticus obtained in this study showed by gene homology between types, ranging from 64.0-97.3%. Among these, thirteen types showed 100% homology between genes. These results indicate that continuous monitoring is needed to facilitate food poisoning epidemiological investigations because some isolated V. parahaemolyticus strains harbored toxin genes and V. parahaemolyticus strains isolated from seawater, fish tanks, and distributed fishery products showed genetic similarity.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2013.11a
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• pp.1340-1342
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• 2013

최근 대량으로 발생되고 있는 유전체 정보 해석 과정 중의 하나로 유전체 내에서 유전자 기능 분석을 수행하기 위하여 본 논문에서는 C-Hunter 알고리즘을 이용하여 계통 발생 다양성을 대표하는 8종의 생물데이터를 이용하여 유전자 클러스터들을 다양한 OS에서 GUI환경으로 기능 해석을 수행 할 수 있도록 구현하였다. 본 연구를 통하여 NGS 수행 시 대량 생산되는 유전체의 유전자 기능 분석을 보다 빠르고 정확하게 다양한 환경에서 수행할 수 있을 것으로 기대한다.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• v.19 no.2
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• pp.135-140
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• 2004

고혈압에서 지질대사 이상은 빈번히 나타나는 현상으로, 지질대사 이상에 관여하는 유전자들은 고혈압의 발병원인을 규명하기 위한 후보 유전자로 인식되어 왔다. 이에 본 연구에서는 paraoxonase 2(PON2) 유전자에 존재하는 Cys311Ser다형성을 유전자 표지로 이용하여 한국인 집단에서 이 유전자 표지가 고혈압과 관련성이 있는 지를 조사하고자 하였다. 연구 대상은 총 195명으로, 이들 중에서 82명은 고혈압 환자 군이었고, 나머지 113명은 정상 혈압 군이었다. PON2 유전자의 Cys311Ser 다형성을 분석하기 위해서 중합효소 연쇄반응과 제한 효소인 Dde Ⅰ처리를 수행하여 유전자형을 결정하였다. 연구 결과, Cys/Ser이 형접합체를 갖는 사람들이 고혈압군에서 유의하게 높은 빈도로 나타났으며(P<0.05),다른 신체 계측치 및 혈청내 지질 농도와는 유의한 관련성을 나타내지 않았다. 본 연구에서 관찰된 이러한 관련성이 기능적인 연관인지 혹은 연관불평형에 의한 결과인지에 대해서는 보다 더 많은 연구 대상을 이용한 추시를 통해 밝혀질 수 있을 것으로 생각된다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2000.10b
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• pp.99-101
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• 2000

본 논문에서는 유전자 프로그래밍을 이용하여 판단 기준을 탐색할 수 있는 자율 이동로봇의 센서 해석회로를 진화 하드웨어상에 구현하였다. 자율 이동 로봇은 센서 정보를 통하여 환경 정보를 인지하고 자율성을 유지한다. 그러나 기존의 센서 체계는 첫째, 잡음의 영향을 심하게 받으며, 둘째 같은 환경에 대하여 동일한 종류의 센서라 할지라도 심한 편차가 존재하는 관측값을 출력한다는 문제점을 갖는다. 따라서 센서의 특성에 대한 고려없이 판단기준을 결정하면 로봇의 정확한 환경인지를 보장할 수 없게 된다. 본 논문에서는 센서 입력값 해석 기준을 센서 특성에 맞추어 적응적으로 변화시키는 센서를 구현하여 입력 해석과정에서의 정확도를 향상하였다.