• 제목/요약/키워드: 화학적 결합형태

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질량분석기를 활용한 효과적 이황화결합 분석법 개발 (Mass Spectrometry-Based Strategy for Effective Disulfide Bond Identification)

  • 진종화;민호필;권오승;오현정;김종원;박철환
    • Korean Chemical Engineering Research
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    • 제55권1호
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    • pp.27-33
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    • 2017
  • 이황화결합(Disulfide Bond)은 다양한 생리학적 혹은 병리학적 과정 중 단백질번역 후 변형(Post-Translational Modifications) 과정 중에 형성된다. 그러므로 이황화결합에 대한 정보는 단백질의 화학적 구조를 보다 종합적으로 이해하는데 매우 중요한 일이다. 질량분석기를 이용한 이황화결합 분석은 매우 효과적이며, 현재까지 질량 분석기를 활용한 다양한 이황화결합 분석법들이 개발되었다. 그러나, 대부분의 이황화결합 분석법의 경우, 이황화결합 분석 시 자유-시스테인잔기(Free Thiol Residues) 분석을 고려하지 않았다. 본 연구에서는 이황화결합에 관여하는 시스테인/자유-시스테인에 초점을 두고 총 4단계(1단계: 아미노산 서열을 통한 이황화결합 가능 부위를 예측, 2단계: 자유시스테인의 존재 유무의 확인, 3단계: 질량 분석기를 활용한 이황화결합 분석, 4단계: 이황화결합 분석법의 종합적인 검증)의 분석법을 개발하였다. 나아가, 본 연구에서 개발된 분석 기법을 실제 휴먼 유래 재조합 단백질(HRPE1)에 적용함으로써 개발된 이황화결합 분석법의 효용성을 확인하였다. HRPE1의 경우, 총 6개의 이황화결합(Inter-chain 형태: 1, Intra-chain 형태: 5)으로 구성된 것을 최종 확인하였다.

Aromaticity의 에너지적, 구조적, 자기적 측면에서의 정량적 분석과 경향성 탐색

  • 김현동;임종현;남연식;이진용
    • EDISON SW 활용 경진대회 논문집
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    • 제6회(2017년)
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    • pp.54-63
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    • 2017
  • 유기 화학에서 Aromatic 화합물은 내부 전자의 비편재화로 인해 부가적인 에너지적 안정성을 얻는 화합물을 일컫는다. 이러한 화합물의 aromaticity를 판단하는 보편적인 기준으로는 Huckel's rule이 널리 알려져 있다. 그러나 Huckel's rule은 복잡한 화합물에서는 적용이 어려울 뿐 아니라 최근에는 Huckel's rule에서 벗어난 aromatic 화합물이 보고되고 있다. 따라서 본 연구에서는 Huckel's rule의 한계를 보완하고자 aromatic 화합물의 에너지적, 구조적, 자기적 성질을 계산화학적 방법으로 분석하고 이를 토대로 체계적인 기준을 제시하였다. 본 연구에서는 동일한 수의 탄소와 수소로 구성된 $C_nH_n$ 형태의 annulene 또는 annulene 라디칼과 이들의 이온을 계산 대상으로 설정하여 homodesmotic stabilization energy (HSE), C-C결합 길이, nucleus-independent chemical shift (NICS)를 산출해내기 위한 density functional theory (DFT) 계산을 수행하였다. 그 결과 aromatic 화합물은 공통적으로 0보다 큰 HSE 값을 가지며 C-C결합 길이가 비교적 일정하고 0보다 작은 NICS 값을 갖는 것을 확인할 수 있었다.

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화학적처리/한외여과막 결합공정에 의한 세슘이온의 제거 특성 (The Removal Characteristics of Caesium Ion by Chemical/Ultrafiltration Combination Process)

  • 정경환;이근우;김길정;박헌휘
    • 에너지공학
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    • 제3권1호
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    • pp.70-76
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    • 1994
  • 본 연구는 방사성 폐액의 처리를 목적으로 화학처리와 한외여과막(UF)의 결합공정에 의해서 세슘이온의 제거특성을 조사하였다. 이 공정은 대상핵종과 선택성이 크고 한외여과막에 의해서 분리가 가능한 거대분자를 주입하여 핵종을 결합시키고, 이를 한외여과막에 의해서 분리 제거하는 개념이다. 실험은 흡착제로서 K2Cu3(Fe(CN6)2)를 제조하여 주입하였고 회분식 UF stirred cell를 이용하였으며, 용액의 pH, 세슘이온의 농도 및 K2Cu3(Fe(CN6)2)의 농도에 따라 세슘이온의 제거효율을 측정하였다. 세슘의 제거효율은 pH 및 K2Cu3(Fe(CN6)2)의 몰비에 따라 결정되며, pH가 5∼6에서 높은 제거율을 나타내었고 Cs/K2Cu3(Fe(CN6)2)의 몰비가 1.5 이하에서 90% 이상 제거되었다. K2Cu3(Fe(CN6)2)에 대한 Cs의 결합특성은 Langmuir isotherm형태의 식으로 나타내어 평가하였으며, 이때 세슘이온의 최대 흡착용량은 1.72 mM/mM K2Cu3(Fe(CN6)2) 이었다.

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Au Deposition Effect on Amorphous In-Ga-Zn-O Thin Film Investigated by High-Resolution x-ray Photoelectron Spectroscopy

  • 강세준;백재윤;신현준
    • 한국진공학회:학술대회논문집
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    • 한국진공학회 2012년도 제43회 하계 정기 학술대회 초록집
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    • pp.301-301
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    • 2012
  • Amorphous In-Ga-Zn-O (a-IGZO)는 광학적으로 투명하고 높은 전자이동도를 가지고 있어서 차세대 thin-film-transistor의 channel layer 물질로 각광받고 있다. 이러한 a-IGZO를 TFT channel layer로 사용하기 위해서는 소스 드레인 전극물질과 IGZO박막의 계면에서 ohmic contact을 만드는 것도 중요하다. 하지만 산화물 반도체의 특성상 금속물질을 증착시킬 때 산화금속계면을 형성하기 때문에 ohmic contact이 형성되기 어려운 것으로 알려져 있다. Au는 보통 전극물질로 많이 사용되는데, 이는 전기전도도가 매우 높고, 독특한 산화환원반응 특성을 보이지만, 화학반응을 잘 일으키지 않는 안정성을 가지는 성질에 기인한다. 본 연구진은 Au가 a-IGZO에 증착 시에 일어나는 표면의 화학적 상태변화를 이해하기 위해 방사광을 이용한 고분해능 광전자 분광법을 이용하여 표면변화를 분석하였다. Au는 (Au 4f) 증착 초기엔 약간의 gold oxide가 함께 형성되지만, 주로 metal gold의 형태로 존재하였다. In 3d, Ga 3d, O 1s, Zn 3d 각각의 스펙트럼에서는 Au 증착으로 인해 낮은 결합에너지에 새로운 state가 나타났다. 한편, In은 상대적으로 다른 원소들에 비해 Au와 좀 더 결합을 잘 하는 것으로 나타났는데 이는, In 5s 전자궤도가 전도메커니즘에서 중요한 역할을 하기 때문에, In-Au의 상대적인 강한 결합은 a-IGZO의 전기적 특성 변화에 기여할 수 있음을 의미한다.

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토양세척에 의한 비소 및 중금속 오염토양의 복원 (Remediation of Soils Contaminated with Arsenic and heavy Metals by Soil Washing)

  • 고일원;이철효;이광표;김경웅
    • 한국지하수토양환경학회지:지하수토양환경
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    • 제9권4호
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    • pp.52-61
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    • 2004
  • 음이온 비소와 양이온 아연 및 니켈로 오염된 토양을 산세척으로 복원하기 위해서 토양세척 파일럿 장비를 이용해서 토양의 물성과 산세척 특성 및 미세토양과 용존 오염물의 발생 특성을 고찰하였다. 비소와 아연 및 니켈의 pH $2{\sim}3$에서 산세척시 황산과 인산은 공존 경쟁 음이온의 존재로 비소의 제거 효율을 높였고, 염산은 비소, 니켈, 아연을 동시에 효율적으로 제거하였다. 세척조에서 화학적 용출은 임계체류시간 이상에서 세척 효율이 일정해졌고, 산에 의한 용출 가능한 존재형태는 교환성 및 산화물 결합과 유기성 결합형태, 그리고 부분적으로 잔류형태였다. 오염 토양의 입도에 따른 과립의 토양입자의 토양세척 효율은 높지만, 미세입자($<74{\mu}m$)는 오염물질의 농집 현상이 일어나서 제거효율이 감소했다. 또한, $<149{\mu}m$ 이하의 미세토양을 물리적 입도 분리시 전체 세척효율이 향상되었다. 따라서, 미세토양의 양이 최소가 되고 화학적 용출이 최대가 되는 세척 효율 교차지점에서 화학적 용출과 미세토양의 분리가 토양세척의 증가된 효율을 보여 주었다.

Poly(trans-5-methylproline)의 변광회전에 따른 용액의 성질변화 (Changes in Solution Properties of Poly(trans-5-methylproline) During Mutarotation)

  • 한만정
    • 대한화학회지
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    • 제23권1호
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    • pp.7-14
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    • 1979
  • Poly(trans-5-methylproline) (PTMP)의 변광회전에 따른 CD, ORD 및 uv 스펙트럼의 변화를 관찰하였다. PTMP의 정방향 변광회전은 유기강산이나 trifluoroethanol (TFE) 속에서 일어나며 역방향 변광회전은 TFE용액을 과량의 지방족 알코올로서 회전시킬때 일어났다. 정방향과 역방향 변광회전시의 CD, ORD, 및 uv 스펙트럼의 변화는 polyproline 변광회전시의 변화와 평형하게 일어났다. PTMP의 정방향 변광회전시 ${\alpha}CH-$양성자의 화학적이동은 0.3 ppm downfield로 이동하였고 환원 점도는 0.15에서 0.26(dl/g)로 증가하였다 적당한 용매의 혼합물에서는 형태 I 과 II는 평형을 이루었다. 이러한 모든 용액성질의 변화는 polyproline의 변화와 유사하기 때문에 I, II의 두 형태는 polyproline 형태 I, II와 같을 것이며 형태 I은 모두 시스아미드 결합을 가진 helix이고, 형태 II는 모두 트란스 아미드 결합을 가진 helix일 것이다.

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Self-Assembly Monolayers 처리 공정이 블록 공중합체를 이용한 나노패턴 제조에 미치는 영향

  • 황영현;권순묵;김영환;조원주;김용태
    • 한국진공학회:학술대회논문집
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    • 한국진공학회 2011년도 제40회 동계학술대회 초록집
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    • pp.339-339
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    • 2011
  • 기존의 광학리소그래피방법으로는 나노크기의 패턴을 형성하는데에 있어서 많은 제약이 있으며, 사실상 수십나노크기의 패턴을 형성하는데에는 전자빔리소그래피등 새로운 패턴형성 방법이 요구되고 있다. 블록 공중합체를 이용한 나노 패턴은 서로 다른 화학적 구조를 가지는 고분자들이 공유결합으로 연결되어 있는 분자구조를 이용하여, 하나의 분자 내에 서로 다른 블록들이 상분리를 일으키려는 것과 동시에 이들의 공유결합으로 인해 그 정도가 제한되는 것을 이용하여 라멜라, 실린더, 구 등의 주기적으로 배열된 형태의 구조물을 형성하는 패터닝 기술이다. 블록 공중합체를 이용한 나노크기의 패턴 형성은 열역학적으로 안정적인 구조이며, 대면적으로 구현 할 수 있어서 차세대 소자제작을 위한 제작기술로 많은 관심을 가지고 있다. 하지만 블록공중합체를 이용한 나노패턴 기술은 선행적으로 나노구조체를 결함이 없고, 원하는 형태로 제작 할 수 있는 공정의 확립이 필요하다. 따라서 본 연구에서는, 이러한 블록 공중합체을 이용한 나노패턴을 제조하는 공정에서, 폴리스틸렌과 실리콘 산화물 박막과의 표면반응을 막기 위한 Self-Assembly Monolayers (SAMs) 처리 공정이 패턴 형성에 미치는 영향을 알아보기 위하여 MPTS의 농도 및 처리시간을 변화시켰다. 나노패턴을 분석, 확인하기 위하여 Atomic Force Microscopic (AFM)과 Field Emission Scanning Electron Microscope (FESEM)을 이용하였다.

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Lipolytic enzyme을 생성하는 해양성 세균 Psehdoalteromonas sp.의 분리와 특성

  • 김영미;이원재
    • 한국어업기술학회:학술대회논문집
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    • 한국어업기술학회 2003년도 춘계 수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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    • pp.168-169
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    • 2003
  • Lipase(E.C. 3.1.1.3)는 triglyceride의 ester 결합을 가수분해하여 glycerol과 지방산을 생성하거나 기질에 특이적으로 계합성하는 효소로, lipase의 생산 및 용도의 개발에 관한 많은 연구가 진행되어져 왔다(Macrae et al., 1985). 미생물 유래의 lipase는 기존의 화학적인 처리에 의한 생산물을 얻을 때 생기는 여러 부산물에 대한 문제를 해결할 수 있고, 일단 순수한 형태로 분리된 균주는 배양조건이 수립되면 원하는 시간에 필요한 양의 균체를 유용물질의 원료로 공급하여 생산 작업의 규모도 필요에 의해 증대할 수 있다. (중략)

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간흡충에 감염된 실험쥐 담관 섬유모세포의 미세구조적 변화 (Ultrastructural Change of the Bile Duct Fibroblast at Infected Rat with Clonorchis sinensis)

  • 김수진;민병훈
    • Applied Microscopy
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    • 제34권2호
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    • pp.121-130
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    • 2004
  • 동물의 결합조직에 분포하고 있는 섬유모세포 (fibroblast)는 결합조직을 구성하는 세포의 한 종류로서 세포질 돌기들이 잘 발달된 형태적 특징이 있는 것으로 실험쥐 담관의 경우 간흡충 등의 기생충에 의하여 물리, 화학적 상해를 받았을 때 세포변이가 유발될 뿐만 아니라, 담관 암세포로 전이되기도 하는 것으로 알려져 있다. 따라서 저자 등은 실험쥐의 담관이 기생충에 의한 상해를 받았을 때 섬유모세포의 세포 표면과 세포질의 변화를 알아보고자 실험쥐 담관에서 섬유모세포를 분리하여 전자현미경으로 확인하고 다음과 같은 결과를 얻었다. 대조군 실험쥐 담관의 섬유모세포들은 일반적인 형태로 세포돌기, 세포표면 및 세포질을 구성하고 있었으나 간흡충 감염군 실험쥐 담관의 섬유모세포는 미세소관에 의한 세포질 돌기들이 다수 발달하고 다양한 종류의 포낭형 조면소포체 그리고 세포질에 전자밀도가 높은 다양한 액포, 높은 밀도의 리보좀을 포함하는 조면소포체, 다양한 형태의 과립 및 많은 수의 미세섬유가 관찰되는 형태적 변화가 관찰되었다. 간흡충에 감염된 담관의 섬유모세포는 간흡충에 의하여 상해 받은 세포가 물리화학적 자극에 의한 적응으로 단백질 합성이 증가하며 multi-vesicular 형태의 Golgi복합체가 생성되고, 세포질돌기 형성하는 것으로 확인되었다. 세포질에 광범위하게 분포하는 multi-vesicle은 당말단인 sialic acid를 포함하고 세포내에서 세포표면의 미세융모에 이르기까지 이동하는 것으로 확인되었다. 이상의 결과로 간흡충 감염 실험쥐로부터 분리된 섬유모세포는 actin단백으로 구성된 세포돌기가 잘 발달하고, 세포내 조면소포체에서 형성된 단백질이 Golgi복합체에서 당말단인 sialic acid로 전환되어 세포표면에 분포하게 된다. 이는 간흡충 감염으로 물리 화학적 자극 자극받은 섬유세포가 미세구조적 변화를 유발하는 것으로 확인되었다.

알켄-오존 반응의 중간 생성물에 대한 ab initio 양자역학적 고찰 (Quantum Mechanical Investigation on the Intermediates of Alkene-Ozone Reaction)

  • 강창덕;김승준
    • 대한화학회지
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    • 제42권2호
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    • pp.161-171
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    • 1998
  • 알켄-오존 반응에서 생성된 중간 생성물로써 primary ozonide (POZ),secondary ozonide (SOZ)그리고 carbonyl oxide의 분자구조, vibrational frequencies그리고 infrared(IR)스펙트럼의 세기 등에 대한 이론적 연구를 high level ab initio 양자역학적 방법(CISD,CCSD)을 사용하여 수행하였다. 일반적으로, polarization function은 결합각과 결합길이를 감소시키는 경향을 보였고 반면, electron correlation effect는 결합길이와 결합각을 약간 증가시키는 경향을 보이고 있다. Carbonyl oxide의 분자구조는 zwitterionic form이 diradical form보다 더 안정한 것으로 예측되었으며, 두 형태의 에너지는 차이는 TZ2P CISD level에서 약 22.4 kcal/mol인 것으로 계산되었다. 또한, POZ과 SOZ의 분자구조 및 harmonic vibrational frequencies들을 실험결과와 비교 분석하였으며 IR세기에 근거하여 각 vibrational mode를 assign 하였다.

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